mRNS-szekvenálás (NGS) referencia genommal
Az RNS-szekvenálás egy standard eszköz az élet- és növénytudományokban, áthidalva a genomok és a proteomák közötti szakadékot. Erőssége abban rejlik, hogy új transzkriptumokat fedez fel és egyetlen vizsgálatban számszerűsíti expressziójukat. Széles körben használják összehasonlító transzkriptomikai vizsgálatokhoz, fényt derítve a különböző tulajdonságokhoz vagy fenotípusokhoz kapcsolódó génekre, például mutánsok és vad típusok összehasonlítására vagy a génexpresszió feltárására specifikus körülmények között. A BMKCloud mRNA(Reference) alkalmazás integrálja az expressziós kvantifikációt, a differenciális expressziós analízist (DEG) és a szekvenciaszerkezet-elemzéseket az mRNA-szekvenálás (NGS) bioinformatikai folyamatába, és egyesíti a hasonló szoftverek erősségeit, biztosítva a kényelmet és a felhasználóbarát jelleget. A felhasználók feltölthetik RNS-szekvenálási adataikat a felhőbe, ahol az alkalmazás átfogó, egyablakos bioinformatikai elemzési megoldást kínál. Ezenkívül prioritást élvez az ügyfélélmény, személyre szabott műveleteket kínálva, amelyek a felhasználók egyedi igényeihez igazodnak. A felhasználók maguk állíthatják be a paramétereket és küldhetik el a folyamat küldetését, ellenőrizhetik az interaktív jelentést, megtekinthetik az adatokat/diagramokat és elvégezhetik a teljes adatbányászatot, például: célgén kiválasztása, funkcionális klaszterezés, diagramkészítés stb.
Platform:Illumina, MGI
Stratégia:RNS-szekvenálás
Elrendezés: Párosított, tiszta adatok.
Könyvtár típusa:fr-szálatlan, fr-első szál vagy fr-második szál
Olvasási hossz:150 bázispár
Fájltípus:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz vagy *.fq.gz. A rendszer a következőt fogja tenni:automatikusan párosítja a .fastq fájlokat a fájlneveik szerint,pl. *_1.fastq párosítva *._2.fastq-val.
Mintaszám:Nincsenek korlátozások a számra vonatkozóana minták számával, de az elemzési idő a minták számával együtt növekedni fog.minták nőnek.
Ajánlott adatmennyiség:6G mintánként