DNS/RNS szekvenálás - PacBio Sequencer
Jellemzők
Két szekvenálási mód a PacBio szekvenszeren: Continuous Long Read (CLR) és Circular Consensus Read (CCS)
| Szekvenálási mód | Könyvtár mérete | Elméleti adatokHozam (cellánként) | EgybázisúPontosság | Alkalmazások |
| CLR | 20Kb, 30Kb stb. | 80 Gb és 130 Gb között | kb.85% | De novo, SV hívás stb. |
| CCS | 15-20 Kb | 14–40 Gb/cella (II. folytatás) 70-110 Gb/cella (Revio) A mintáktól függ | kb.99% | De novo, SNP/Indel/SV hívás, Iso-Seq, |
A Revio és a Sequel II teljesítményének és jellemzőinek összehasonlítása
| Feltételek | Folytatás II rendszer | Revio rendszer | Növekedés |
| Nagyobb sűrűség | 8 millió ZMW | 25 millió ZMW | 3x |
| Önálló szakaszok | 1 | 4 | 4x |
| Rövidebb futási idők | 30 óra | 24 óra | 1,25x |
| 30X HiFi humán genom / év | 88 | 1300 | 15x összességében |
Szolgáltatás előnyei
● Több mint 8 éves tapasztalat a PacBio szekvenáló platformon, több ezer lezárt projekttel különböző fajokkal.
● Teljesen felszerelve a legújabb PacBio Sequencing platformokkal, a Revio, hogy garantálja a megfelelő szekvenálási teljesítményt.
● Gyorsabb átfutási idő, nagyobb adatmennyiség és pontosabb adatok.
● Közreműködött több száz nagy hatású PacBio-alapú kiadványban.
Mintakövetelmények
| Minta típusa | Összeg | Koncentráció (Qubit®) | Hangerő | Tisztaság | Mások |
| Genomi DNS | Adatigénytől függően | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5； Tiszta csúcs 260 nm-ennincsenek szennyeződések | A koncentrációt Qubit és Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 értékkel kell mérni |
| Teljes RNS | ≥1,2 μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5；nincsenek szennyeződések | RIN érték ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Szolgáltatási munkafolyamat
Minta előkészítés
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Projekt szállítás
1. Házon belüli adathozam
63 CCS-sejtből generált adatok (26 fajból)
| ADAT-PacBio-CCS-15 Kb | Átlagos | Max | Min | Középső |
| Hozam – részolvasások (Gb) | 421.12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Nyugodt – CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimeráz N50 | 145,651 | 175 430 | 118,118 | 144 689 |
| Alolvasások N50 | 17,509 | 23 924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Átlagos hosszúság-polimeráz | 67 995 | 89 379 | 49,664 | 66 433 |
| Átlagos hosszúság-alrészek | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Átlagos hossz-CCS | 14 489 | 19,074 | 8,575 | 14 655 |
16 CLR-sejtből generált adatok (76 fajból)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Átlagos | Max | Min | Középső |
| Hozam – részolvasások (Gb) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Polimeráz N50 | 39 456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| Alolvasások N50 | 28.490 | 41,012 | 14 430 | 29,063 |
| Átlagos hosszúság-polimeráz | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21.555 |
| Átlagos hosszúság-alrészek | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Data QC – DemoStatisztikák az adathozamról
| Minta | ccs Olvass Num | Összes ccs bázis (bp) | ccs N50 olvas (bp) | ccs átlagos hossz (bp) | ccs leghosszabb olvasottság (bp) | alolvasási bázisok (bp) | ccs arány (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
