De novo bakteriális genom összeállítás
Teljes körű bakteriális genom-összeszerelési szolgáltatást nyújtunk, garantálva a hiányosságok hiányát. Ez a hosszú leolvasási idejű szekvenálási technológiák, mint például a Nanopore és a PacBio az összeszereléshez, valamint a rövid leolvasási idejű szekvenálás az Illumina-val az összeszerelési validációhoz és az ONT-leolvasások hibajavításához. Szolgáltatásunk a teljes bioinformatikai munkafolyamatot biztosítja az összeszereléstől a funkcionális annotáción át a fejlett bioinformatikai elemzésig, specifikus kutatási célokat szolgálva. Ez a szolgáltatás lehetővé teszi precíz referencia genomok fejlesztését különféle genetikai és genomikai vizsgálatokhoz. Ezenkívül olyan alkalmazások alapját képezi, mint a törzsoptimalizálás, a géntechnológia és a mikrobiális technológia fejlesztése, biztosítva a megbízható és hiányosságoktól mentes genomikai adatokat, amelyek elengedhetetlenek a tudományos ismeretek és a biotechnológiai innováció előmozdításához.
Szolgáltatási jellemzők
● Két lehetséges opció közül lehet választani a genom teljességének kívánt mértékétől függően.
● Vázlat genom opció: Rövid leolvasású szekvenálás Illumina NovaSeq PE150 készülékkel.
● Teljes 0 résű genom.
● Hosszú leolvasású szekvenálás Nanopore PromethION 48 vagy PacBio Revio készülékkel genom-összeállításhoz.
● Rövid leolvasású szekvenálás Illumina NovaSeq-en genom validáláshoz és hibajavításhoz (Nanopore) vagy vázlatos genom létrehozásához.
Szolgáltatás előnyei
●Nulla hézagú genom garantáltEz az Illumina szekvenálás és a hosszú leolvasású szekvenálással (Nanopore vagy PacBio) végzett integrációnak köszönhető.
●Teljes bioinformatikai munkafolyamat:Ez magában foglalja a genom összeszerelését és több genomiális elem predikcióját, a funkcionális génannotációt, valamint a genom vizualizációkat, például a Circos-diagramot.
●Kiterjedt szakértelemTöbb mint 20 000 összeállított mikrobiális genommal a BMKGENE több mint egy évtizedes tapasztalattal, magasan képzett elemzőcsapattal, átfogó tartalommal és kiváló értékesítés utáni támogatással rendelkezik.
●Értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl is kiterjed, 3 hónapos értékesítés utáni szervizidőszakkal. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdések és válaszok megválaszolását kínáljuk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolására.
●Többszörös szekvenálási stratégia áll rendelkezésre:Különböző kutatási célokhoz és a genom teljességének követelményeihez.
Szolgáltatási specifikációk
| Szolgáltatás | Szekvenálási stratégia |
| Vázlat genom | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genom | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opcionális) |
Mintakövetelmények:
| Koncentráció (ng/µL) | Teljes mennyiség (µg) | Térfogat (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7–2,2 | ≥1,0 |
| Nanopórus | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | 1,0–3,0 |
| Illuminátus | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Baktériumok: ≥3,5x1010 sejtek
Szolgáltatási munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
A következő elemzést tartalmazza:
● Szekvenálási adatok minőségellenőrzése
● Genom összeszerelés
● Genomkomponens-elemzés: CDS és több genomiális elem előrejelzése
● Funkcionális annotáció több általános adatbázissal (GO, KEGG stb.) és fejlett adatbázisokkal (CARD, VFDB stb.)
● Genom vizualizáció
A genomot könnyen hozzáférhető fasta formátumban, valamint a genom annotációs fájlt (gff) is biztosítjuk.
Gén annotáció – GO
Gén annotáció – CAZY szénhidrátok
Genom vizualizáció – Circos diagram
Fedezze fel a BMKGene bakteriális genom-összeszerelési szolgáltatásai által elősegített fejlesztéseket egy válogatott publikációgyűjteményen keresztül.
Dai, W. és munkatársai (2023) „A Bacteroides uniformis F18-22 felfedezése, mint biztonságos és új probiotikus baktérium az egészséges emberi vastagbélben jelentkező fekélyes vastagbélgyulladás kezelésére”,Nemzetközi Molekuláris Tudományok Folyóirata, 24(19). sz., 14669. o. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. és munkatársai (2021) „Több gyógyszerrel szemben rezisztens, blaOXA-1 és blaNDM-1 géneket hordozó Proteus mirabilis izolátumok Kínában, növekvő közegészségügyi kockázattal”,Integratív zoológia, 16(6), 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT és munkatársai (2017) „A Bacillus flexus KLBMP 4941 endofita teljes genomszekvenciája feltárja a növényi növekedést elősegítő mechanizmusát és a sótolerancia genetikai alapját”,Biotechnológiai folyóirat, 260, 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. és munkatársai (2021) „A Klebsiella többszörös replikonrezisztencia-plazmidjai az antimikrobiális gének kiterjedt elterjedését közvetítik”,Mikrobiológiai határok, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
