-
Genom-szerte asszociációs elemzés
A genomszintű asszociációs vizsgálat (GWAS) célja olyan genetikai változatok (genotípus) azonosítása, amelyek specifikus tulajdonságokhoz (fenotípushoz) kapcsolódnak.A GWAS tanulmány azt vizsgálja, hogy a genetikai markerek nagyszámú egyed teljes genomját keresztezik, és populációs szintű statisztikai elemzéssel előrejelzi a genotípus-fenotípus asszociációkat.Széles körben alkalmazták az emberi betegségek kutatásában és az állatok vagy növények összetett tulajdonságain végzett funkcionális génbányászatban.
-
Egymagvú RNS szekvenálás
Az egysejt-rögzítés és az egyedi könyvtár-építési technika fejlődése a nagy áteresztőképességű szekvenálással kombinálva lehetővé teszi a génexpressziós vizsgálatokat sejtenként.Lehetővé teszi a komplex sejtpopulációk mélyebb és teljesebb rendszerelemzését, amelyben nagyrészt elkerüli heterogenitásuk elfedését az összes sejt átlagának felvételével.
Egyes sejtek azonban nem alkalmasak egysejt-szuszpenzió készítésére, ezért más minta-előkészítési módszerek – a szövetekből a sejtmag kivonása – szükségesek, vagyis a sejtmagot közvetlenül a szövetekből vagy sejtekből vonják ki, és egymagos szuszpenziót készítenek egy- sejt szekvenálás.
A BMK 10× Genomics ChromiumTM alapú egysejtű RNS szekvenáló szolgáltatást nyújt.Ezt a szolgáltatást széles körben használták olyan betegségekkel kapcsolatos vizsgálatokban, mint például az immunsejtek differenciálódása, a tumor heterogenitása, a szövetek fejlődése stb.
Térbeli transzkriptom chip: 10× Genomics
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Növény/állat teljes genom szekvenálása
A teljes genom újraszekvenálása, más néven WGS, lehetővé teszi a gyakori és ritka mutációk feltárását a teljes genomban, beleértve az egynukleotidos polimorfizmust (SNP), az inzerciós törlést (InDel), a szerkezeti variációt (SV) és a másolatszám-variációt (CNV). ).Az SV-k a variációs bázis nagyobb részét teszik ki, mint az SNP-k, és nagyobb hatást gyakorolnak a genomra, ami jelentős hatással van az élő szervezetekre.A hosszan leolvasott újraszekvenálás lehetővé teszi a nagy fragmentumok és bonyolult variációk pontosabb azonosítását, mivel a hosszú leolvasások sokkal könnyebbé teszik a kromoszómák keresztezését bonyolult régiókon, például tandem ismétlődéseken, GC/AT-ben gazdag régiókon és hipervariábilis régiókon.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 térbeli átírás
A sejtek térbeli szerveződése létfontosságú szerepet játszik különféle biológiai folyamatokban, mint például immuninfiltráció, embriófejlődés stb. A térbeli transzkriptom szekvenálás, amely a génexpressziós profilozást jelzi, miközben megtartja a térbeli helyzetre vonatkozó információkat, nagyszerű betekintést enged a transzkriptom szintű szöveti architektúrába.A technológia fejlődésével egyre nagyobb felbontással kell vizsgálni az ultratiszta szövetmorfológiát és a térbeli molekuláris expresszió valós szerkezeti különbségét.A BMKGENE átfogó, egyablakos térbeli transzkriptom szekvenálási szolgáltatást nyújt a mintáktól a biológiai betekintésig.
A térbeli transzkriptomikai technológiák új perspektívákat tettek lehetővé a különböző kutatási színtereken azáltal, hogy heterogén mintákban a génexpressziós profilt térbeli tartalommal határozták meg.
Térbeli átírási chip: BMKMANU S1000
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
A Visium Spatial Gene Expression egy általános térbeli transzkriptom szekvenálási technológia a szövetek teljes mRNS alapján történő osztályozására.Térképezze fel a teljes átiratot morfológiai kontextussal, hogy új betekintést nyerjen a normál fejlődésbe, a betegségek patológiájába és a klinikai transzlációs kutatásba.A BMKGENE átfogó, egyablakos térbeli transzkriptom szekvenálási szolgáltatást nyújt a mintáktól a biológiai betekintésig.
A térbeli transzkriptomikai technológiák új perspektívákat tettek lehetővé a különböző kutatási színtereken azáltal, hogy heterogén mintákban a génexpressziós profilt térbeli tartalommal oldották meg.
Térbeli transzkriptom chip: 10x Genomics Visium
Felület:Illumina NovaSeq platform
-
Teljes hosszúságú mRNS szekvenálás - nanopórus
Az RNS-szekvenálás felbecsülhetetlen eszköze volt az átfogó transzkriptomelemzésnek.Kétségtelen, hogy a hagyományos rövid leolvasású szekvenálás számos fontos fejlesztést ért el itt.Mindazonáltal gyakran találkozik korlátokkal a teljes hosszúságú izoforma-azonosításban, a mennyiségi meghatározásban és a PCR torzításában.
A nanopórusos szekvenálás abban különbözik a többi szekvenálási platformtól, hogy a nukleotidokat közvetlenül, DNS-szintézis nélkül olvassák le, és hosszú leolvasást generálnak több tíz kilobázison.Ez lehetővé teszi a közvetlen kiolvasást a teljes hosszúságú átiratok keresztezésére és az izoforma szintű vizsgálatok kihívásainak kezelésére.
Felület:Nanopore PromethION
Könyvtár:cDNS-PCR
-
Teljes hosszúságú mRNS szekvenálás - PacBio
De novoteljes hosszúságú transzkriptom szekvenálás, más névenDe novoAz Iso-Seq kihasználja a PacBio szekvenszer előnyeit olvasási hosszban, amely lehetővé teszi a teljes hosszúságú cDNS-molekulák megszakítás nélküli szekvenálását.Ez teljesen elkerüli az átírás-összeállítás lépései során keletkező hibákat, és unigén halmazokat hoz létre izoforma szintű felbontással.Ezek az unigén készletek erőteljes genetikai információt szolgáltatnak „referenciagenomként” transzkriptom szinten.Ezenkívül a következő generációs szekvenálási adatokkal kombinálva ez a szolgáltatás lehetővé teszi az izoforma szintű kifejezés pontos számszerűsítését.
Platform: PacBio Sequel IIKönyvtár: SMRT harangkönyvtár -
Eukarióta mRNS Sequencing-Illumina
Az mRNS szekvenálás lehetővé teszi a sejtekből specifikus körülmények között átírt összes mRNS profilozását.Ez egy hatékony technológia bizonyos biológiai folyamatok génexpressziós profiljának, génstruktúráinak és molekuláris mechanizmusainak feltárására.A mai napig az mRNS szekvenálást széles körben alkalmazták alapkutatásban, klinikai diagnosztikában, gyógyszerfejlesztésben stb.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Nem referencia alapú mRNS Sequencing-Illumina
Az mRNS szekvenálás a következő generációs szekvenálási technikát (NGS) alkalmazza, hogy befogja az eukarióta hírvivő RNS-ét (mRNS) bizonyos időszakban, amikor bizonyos speciális funkciók aktiválódnak.A leghosszabb összeillesztett transzkriptumot „Unigene”-nek nevezték, és referenciaszekvenciának használták a későbbi elemzésekhez, amely hatékony eszköz a fajok molekuláris mechanizmusának és szabályozó hálózatának referencia nélküli tanulmányozására.
Transzkriptom adatösszeállítás és unigen funkcionális annotáció után
(1) Előzetesen elkészítik az SSR-elemzést, a CDS-előrejelzést és a génszerkezetet.
(2) Minden egyes mintában el kell végezni az unigén expresszió mennyiségi meghatározását.
(3) A minták (vagy csoportok) közötti, eltérően kifejezett unigéneket az unigén expresszió alapján fedezik fel
(4) El kell végezni a differenciálisan kifejezett unigének klaszterezését, funkcionális annotációját és dúsítási analízisét
-
Hosszú, nem kódoló szekvenálás - Illumina
A hosszú, nem kódoló RNS-ek (lncRNS-ek) a 200 nt-t meghaladó hosszúságú RNS-molekulák egy fajtája, amelyekre rendkívül alacsony kódoló potenciál jellemző.Az LncRNS, mint a nem kódoló RNS-ek kulcsfontosságú tagja, főként a sejtmagban és a plazmában található.A szekvenálási technológia és a bioinformatika fejlődése számos új lncRNS azonosítását és biológiai funkciókkal való társítását teszi lehetővé.A kumulatív bizonyítékok arra utalnak, hogy az lncRNS széles körben részt vesz az epigenetikai szabályozásban, a transzkripció szabályozásában és a transzkripció utáni szabályozásban.
-
Kis RNS szekvenálás - Illumina
A kis RNS a nem kódoló RNS-molekulák egy osztályára utal, amelyek általában 200 nt-nál rövidebbek, beleértve a mikro-RNS-t (miRNS), a kis interferencia-RNS-t (siRNS) és a piwi-kölcsönhatásba lépő RNS-t (piRNS).
A mikroRNS (miRNS) a körülbelül 20-24 nt hosszúságú endogén kis RNS osztálya, amely számos fontos szabályozó szerepet játszik a sejtekben.A miRNS számos életfolyamatban vesz részt, amely szövet-specifikus és stádium-specifikus expressziót tár fel, és a különböző fajokban erősen konzervált.
-
cirkRNS szekvenálás-Illumina
A CircRNS-ek (Circular RNS-ek) a nem kódoló RNS-molekulák egyik osztálya, amelyeknek nincs 5′ végsapkája és 3′ végű poli(A) farka.A CircRNS-ek a kovalens kötés révén körkörös szerkezetet alakítanak ki, ami az RNS exonukleáz emésztésével szembeni állapot.A cirRNS fontos szerepet játszik a szervezetek növekedésében és fejlődésében, valamint a külső környezettel szembeni ellenálló képességében.
A CircRNS-nek számos funkciója van, amely képes kompetitíven megkötni a miRNS-t, kifejteni a ceRNS szabályozó funkcióját, szabályozni a génexpressziót.Az elmúlt években azt is megállapították, hogy szorosan összefügg a betegségek előfordulásával és kialakulásával, és nagy alkalmazási kilátásai vannak a betegségdiagnosztikai markerek és így tovább.
