-
Genom-szerte asszociációs elemzés
A genomszintű asszociációs vizsgálat (GWAS) célja olyan genetikai változatok (genotípus) azonosítása, amelyek specifikus tulajdonságokhoz (fenotípushoz) kapcsolódnak.A GWAS tanulmány azt vizsgálja, hogy a genetikai markerek nagyszámú egyed teljes genomját keresztezik, és populációs szintű statisztikai elemzéssel előrejelzi a genotípus-fenotípus asszociációkat.Széles körben alkalmazták az emberi betegségek kutatásában és az állatok vagy növények összetett tulajdonságain végzett funkcionális génbányászatban.
-
Egymagvú RNS szekvenálás
Az egysejt-rögzítés és az egyedi könyvtár-építési technika fejlődése a nagy áteresztőképességű szekvenálással kombinálva lehetővé teszi a génexpressziós vizsgálatokat sejtenként.Lehetővé teszi a komplex sejtpopulációk mélyebb és teljesebb rendszerelemzését, amelyben nagyrészt elkerüli heterogenitásuk elfedését az összes sejt átlagának felvételével.
Egyes sejtek azonban nem alkalmasak egysejt-szuszpenzió készítésére, ezért más minta-előkészítési módszerek – a szövetekből a sejtmag kivonása – szükségesek, vagyis a sejtmagot közvetlenül a szövetekből vagy sejtekből vonják ki, és egymagos szuszpenziót készítenek egy- sejt szekvenálás.
A BMK 10× Genomics ChromiumTM alapú egysejtű RNS szekvenáló szolgáltatást nyújt.Ezt a szolgáltatást széles körben használták olyan betegségekkel kapcsolatos vizsgálatokban, mint például az immunsejtek differenciálódása, a tumor heterogenitása, a szövetek fejlődése stb.
Térbeli transzkriptom chip: 10× Genomics
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Növény/állat teljes genom szekvenálása
A teljes genom újraszekvenálása, más néven WGS, lehetővé teszi a gyakori és ritka mutációk feltárását a teljes genomban, beleértve az egynukleotidos polimorfizmust (SNP), az inzerciós törlést (InDel), a szerkezeti variációt (SV) és a másolatszám-variációt (CNV). ).Az SV-k a variációs bázis nagyobb részét teszik ki, mint az SNP-k, és nagyobb hatást gyakorolnak a genomra, ami jelentős hatással van az élő szervezetekre.A hosszan leolvasott újraszekvenálás lehetővé teszi a nagy fragmentumok és bonyolult variációk pontosabb azonosítását, mivel a hosszú leolvasások sokkal könnyebbé teszik a kromoszómák keresztezését bonyolult régiókon, például tandem ismétlődéseken, GC/AT-ben gazdag régiókon és hipervariábilis régiókon.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 térbeli átírás
A sejtek térbeli szerveződése létfontosságú szerepet játszik különféle biológiai folyamatokban, mint például immuninfiltráció, embriófejlődés stb. A térbeli transzkriptom szekvenálás, amely a génexpressziós profilozást jelzi, miközben megtartja a térbeli helyzetre vonatkozó információkat, nagyszerű betekintést enged a transzkriptom szintű szöveti architektúrába.A technológia fejlődésével egyre nagyobb felbontással kell vizsgálni az ultratiszta szövetmorfológiát és a térbeli molekuláris expresszió valós szerkezeti különbségét.A BMKGENE átfogó, egyablakos térbeli transzkriptom szekvenálási szolgáltatást nyújt a mintáktól a biológiai betekintésig.
A térbeli transzkriptomikai technológiák új perspektívákat tettek lehetővé a különböző kutatási színtereken azáltal, hogy heterogén mintákban a génexpressziós profilt térbeli tartalommal határozták meg.
Térbeli átírási chip: BMKMANU S1000
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
A Visium Spatial Gene Expression egy általános térbeli transzkriptom szekvenálási technológia a szövetek teljes mRNS alapján történő osztályozására.Térképezze fel a teljes átiratot morfológiai kontextussal, hogy új betekintést nyerjen a normál fejlődésbe, a betegségek patológiájába és a klinikai transzlációs kutatásba.A BMKGENE átfogó, egyablakos térbeli transzkriptom szekvenálási szolgáltatást nyújt a mintáktól a biológiai betekintésig.
A térbeli transzkriptomikai technológiák új perspektívákat tettek lehetővé a különböző kutatási színtereken azáltal, hogy heterogén mintákban a génexpressziós profilt térbeli tartalommal oldották meg.
Térbeli transzkriptom chip: 10x Genomics Visium
Felület:Illumina NovaSeq 6000
-
Teljes hosszúságú mRNS szekvenálás - nanopórus
Az RNS-szekvenálás felbecsülhetetlen eszköze volt az átfogó transzkriptomelemzésnek.Kétségtelen, hogy a hagyományos rövid leolvasású szekvenálás számos fontos fejlesztést ért el itt.Mindazonáltal gyakran találkozik korlátokkal a teljes hosszúságú izoforma-azonosításban, a mennyiségi meghatározásban és a PCR torzításában.
A nanopórusos szekvenálás abban különbözik a többi szekvenálási platformtól, hogy a nukleotidokat közvetlenül, DNS-szintézis nélkül olvassák le, és hosszú leolvasást generálnak több tíz kilobázison.Ez lehetővé teszi a közvetlen kiolvasást a teljes hosszúságú átiratok keresztezésére és az izoforma szintű vizsgálatok kihívásainak kezelésére.
Felület:Nanopore PromethION
Könyvtár:cDNS-PCR
-
Teljes hosszúságú mRNS szekvenálás - PacBio
De novoteljes hosszúságú transzkriptom szekvenálás, más névenDe novoAz Iso-Seq kihasználja a PacBio szekvenszer előnyeit olvasási hosszban, amely lehetővé teszi a teljes hosszúságú cDNS-molekulák megszakítás nélküli szekvenálását.Ez teljesen elkerüli az átírás-összeállítás lépései során keletkező hibákat, és unigén halmazokat hoz létre izoforma szintű felbontással.Ezek az unigén készletek erőteljes genetikai információt szolgáltatnak „referenciagenomként” transzkriptom szinten.Ezenkívül a következő generációs szekvenálási adatokkal kombinálva ez a szolgáltatás lehetővé teszi az izoforma szintű kifejezés pontos számszerűsítését.
Platform: PacBio Sequel IIKönyvtár: SMRT harangkönyvtár -
Eukarióta mRNS Sequencing-Illumina
Az mRNS szekvenálás lehetővé teszi a sejtekből specifikus körülmények között átírt összes mRNS profilozását.Ez egy hatékony technológia bizonyos biológiai folyamatok génexpressziós profiljának, génstruktúráinak és molekuláris mechanizmusainak feltárására.A mai napig az mRNS-szekvenálást széles körben alkalmazták az alapkutatásban, a klinikai diagnosztikában, a gyógyszerfejlesztésben stb.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Nem referencia alapú mRNS Sequencing-Illumina
Az mRNS szekvenálás a következő generációs szekvenálási technikát (NGS) alkalmazza, hogy befogja az eukarióta hírvivő RNS-ét (mRNS) bizonyos időszakban, amikor bizonyos speciális funkciók aktiválódnak.A leghosszabb összeillesztett transzkriptumot „Unigene”-nek nevezték, és referenciaszekvenciának használták a későbbi elemzésekhez, amely hatékony eszköz a fajok molekuláris mechanizmusának és szabályozó hálózatának referencia nélküli tanulmányozására.
Transzkriptom adatösszeállítás és unigen funkcionális annotáció után
(1) Előzetesen elkészítik az SSR-elemzést, a CDS-előrejelzést és a génszerkezetet.
(2) Minden egyes mintában el kell végezni az unigén expresszió mennyiségi meghatározását.
(3) A minták (vagy csoportok) közötti, eltérően kifejezett unigéneket az unigén expresszió alapján fedezik fel
(4) El kell végezni a differenciálisan kifejeződő unigének klaszterezését, funkcionális annotációját és dúsítási analízisét
-
Hosszú, nem kódoló szekvenálás - Illumina
A hosszú, nem kódoló RNS-ek (lncRNS-ek) a 200 nt-t meghaladó hosszúságú RNS-molekulák egy fajtája, amelyekre rendkívül alacsony kódoló potenciál jellemző.Az LncRNS, mint a nem kódoló RNS-ek kulcsfontosságú tagja, főként a sejtmagban és a plazmában található.A szekvenálási technológia és a bioinformatika fejlődése számos új lncRNS azonosítását és biológiai funkciókkal való társítását teszi lehetővé.A kumulatív bizonyítékok arra utalnak, hogy az lncRNS széles körben részt vesz az epigenetikai szabályozásban, a transzkripció szabályozásában és a transzkripció utáni szabályozásban.
