Metagenomika (NGS)

A Shotgun metagenomics az Illumina segítségével egy népszerű eszköz a mikrobiomák tanulmányozására összetett mintákból származó DNS közvetlen szekvenálásával, lehetővé téve a taxonómiai és funkcionális sokféleség tanulmányozását. A BMKCloud metagenomikus (NGS) folyamata a minőségellenőrzéssel és a metagenom összeállítással kezdődik, amelyből a gének előrejelzése és nem redundáns adatkészletekbe csoportosítható, amelyek funkciót és taxonómiát több adatbázis használatával annotálnak. Ezt az információt a mintán belüli taxonómiai diverzitás (alfa-diverzitás) és a minták közötti (béta-diverzitás) elemzésére használják. A csoportok közötti differenciálelemzés paraméteres és nem-paraméteres tesztek segítségével olyan OTU-kat és biológiai funkciókat talál, amelyek különböznek a két csoport között, míg a korrelációs elemzés ezeket a különbségeket környezeti tényezőkhöz köti.