Metagenomika (NGS)

Az Illumina által végzett shotgun metagenomika egy népszerű eszköz a mikrobiomok tanulmányozására, amely közvetlenül szekvenál DNS-t komplex mintákból, lehetővé téve mind a taxonómiai, mind a funkcionális diverzitás vizsgálatát. A BMKCloud metagenomikai (NGS) folyamata a minőségellenőrzéssel és a metagenom összeállításával kezdődik, amelyből a géneket megjósolják és nem redundáns adatkészletekbe csoportosítják, amelyeket több adatbázis felhasználásával funkció és taxonómia szerint annotálnak. Ezeket az információkat a mintán belüli taxonómiai diverzitás (alfa diverzitás) és a minták közötti diverzitás (béta diverzitás) elemzésére használják. A csoportok közötti differenciálanalízis olyan OTU-kat és biológiai funkciókat talál, amelyek a két csoport között különböznek, mind parametrikus, mind nem parametrikus tesztek segítségével, míg a korrelációanalízis ezeket a különbségeket a környezeti tényezőkhöz kapcsolja.