Növény/állat teljes genom szekvenálása
1. A szolgáltatás előnyei
Széleskörű tapasztalattal rendelkezik több mint 1000 faj genomszekvenálásában.
Több mint 800 publikált eset 4000 feletti kumulatív impaktfaktorral.
Átfogó bioinformatikai elemzés variációhívásról és függvényelemzésről.
2. Szolgáltatási specifikációk
| Felület | Könyvtár | Javasolt szekvenciális mélység | |
| Illumina | PE 150 | SNP esetén az InDel hívása ≥ 10x SV, CNY hívások esetén ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | SV, CNY hívások esetén ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | SNP, InDel, SV, CNY hívások esetén ≥ 10x |
3. Mintakövetelmények
| Felület | Konc.(ng/μL)
| Összeg (ng)
| Tisztaság
| Agaróz gél
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Törölje a fő sávot, nincs vagy korlátozottdegradáció figyelhető meg a gélen. 2. Nincs vagy korlátozott RNS- vagy fehérjeszennyeződés
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Az adathozamtól függ 10μg/sejt | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Bioinformációs elemzés
5. Szerviz munkafolyamat
Mintaszállítás
DNS kivonás
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Adatszolgáltatás
1) A genomtérképezés statisztikái
1. táblázat A leképezési eredmény statisztikái
1. ábra A betétméret és a lefedettség megoszlása.
2) Változásérzékelés
2. ábra Az SNP/INDEL/SV statisztikája és annotációja a minták között
3. ábra A vatációk genomszintű megoszlása
3) A variációk funkcionális annotációja
| 2019 | Természeti kommunikáció | A teljes genom újraszekvenálása feltárja a Brassica napus eredetét és a genetikai lokuszokat, amelyek részt vesznek a javításában |
| 2020 | PNAS | Az aranyhal (Carassius auratus) evolúciós eredete és háziasítási története |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | A két termesztett jutafaj referenciagenomja |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | A növényi és olajos magvak allopoliploid Brassicajuncea genomiális aláírása és a glükozinolátok felhalmozódását szabályozó genetikai lókuszok |
| 2019 | Molekuláris növény | A repcemagok világméretű gyűjteményének teljes genom újraszekvenálása feltárja ökotípus eltérésének genetikai alapját |
| 2022 | Kertészeti Kutatás | A genomszintű asszociációs elemzés molekuláris betekintést nyújt a görögdinnye magméretének természetes változásaiba |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Az egész genomra kiterjedő asszociációs tanulmány azonosítja a GhSAD1 olyan változatait, amelyek hidegtűrést biztosítanak a gyapotban |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Az egész genomra kiterjedő asszociációs vizsgálat és a transzkriptom összehasonlítása új QTL és jelölt géneket tár fel, amelyek szabályozzák a repce sziromméretét |
