ØЖогорку тажрыйбалуу: BMKде 200 000ден ашуун үлгүлөр ар кандай үлгүлөрдүн түрлөрүн камтыган, анын ичинде клетка маданияты, ткань, дене суюктугу ж.б. жана 7 000ден ашуун mRNA-Seq долбоорлору ар кандай изилдөө аймагын камтыган иштетилди.
ØКатуу сапатты көзөмөлдөө системасы: үлгү даярдоо, китепкана даярдоо, секвенирлөө жана биоинформатика, анын ичинде бардык кадамдар аркылуу негизги сапатты көзөмөлдөө пункттары жогорку сапаттагы натыйжаларды берүү үчүн тыгыз мониторинг астында турат.
ØАр кандай изилдөө максаттарын аткаруу үчүн функция аннотациялары жана байытуу изилдөөлөрү үчүн бир нече маалымат базалары бар.
ØСатуудан кийинки кызматтар: Долбоор аяктагандан кийин 3 айга жарактуу сатуудан кийинки кызматтар, анын ичинде долбоорлорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүү, суроолор жана жооптор ж.б.
Китепкана | Секвенирлөө стратегиясы | Берилиштер сунушталат | Сапатты көзөмөлдөө |
Poly A байытылган | Illumina PE150 | 6 Гб | Q30≥85% |
Нуклеотиддер:
Тазалык | бүтүндүк | Суммасы |
OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Чектелген же жок белок же ДНК булганышы гелде көрсөтүлгөн. | Өсүмдүктөр үчүн: RIN≥6,5;Жаныбарлар үчүн: RIN≥7;28S/18S≥1,0;базалык бийиктиги чектелген же жок | Конц.≥30 нг/мкл;Көлөмү ≥ 10 мкл;Жалпысынан ≥ 1,5 мкг |
Кыртыш: Салмагы (кургак):≥1 г
*5 мг аз кыртыш үчүн, биз жарк-тоңдурулган (суюк азотто) кыртыш үлгүсүн жөнөтүүнү сунуштайбыз.
Клетка суспензиясы:Клеткалардын саны = 3×106- 1×107
*Биз тоңдурулган клетка лизатын жөнөтүүнү сунуштайбыз.Эгерде клетканын саны 5×105тен аз болсо, суюк азотто тоңдурулган флеш сунушталат, бул микро экстракция үчүн жакшыраак.
Кан үлгүлөрү:Көлөмү≥1 мл
Микроорганизм:Массасы ≥ 1 г
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү энбелгиси: Топ+репликация, мисалы, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Жөнөтүү:
Биоинформатика
Эукариот mRNA секвенирлөө талдоо иш процесси
Биоинформатика
ØЧийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
ØМаалымдама геномунун тегиздөө
ØТранскрипт структурасын талдоо
ØЭкспрессиянын квантификациясы
ØДифференциалдык экспрессияны талдоо
ØФункцияга аннотация жана байытуу
1.mRNA Маалыматтын каныккан ийри сызыгы
2.Дифференциалдык туюнтма анализи-Вулкан сюжети
3.DEGs боюнча KEGG аннотациясы
4.DEG боюнча GO классификациясы