16S/18S/ITS Ампликондук секвенирлөө-NGS
Кызматтын өзгөчөлүктөрү
● Ырааттуулукту аныктоо платформасы: Illumina NovaSeq.
● Башка күчөтүү максаттарынын катарында 16S, 18S жана ITSтин кыска аймактарын күчөтүү.
● Ампликондун ийкемдүү тандоосу.
● Бир нече күчөтүү максаттары боюнча мурунку долбоор тажрыйбасы.
Кызматтын артыкчылыктары
●Изоляциясыз:Айлана-чөйрөнүн үлгүлөрүндөгү микробдук курамды тез аныктоо.
●Жогорку чечилишАйлана-чөйрөнүн үлгүлөрүндөгү аз сандагы компоненттерде.
●Кеңири колдонулатАр кандай микробдук коомчулуктарды изилдөө.
●Комплекстүү биоинформатикалык анализМаалымат базасы, аннотация, OTU/ASV жагынан ар кандай анализдери бар акыркы QIIME2 пакети (микробдук экологияга сандык түшүнүк).
●Кеңири экспертизаЖыл сайын 150 миң ампликондук секвенирлөө долбоорлору жүргүзүлүп, BMKGENE он жылдан ашык тажрыйбага, жогорку квалификациялуу талдоо тобуна, ар тараптуу мазмунга жана эң сонун сатуудан кийинки колдоого ээ.
Кызматтын мүнөздөмөлөрү
| Китепкана | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган маалыматтар |
| Ампликон | Иллюминат PE250 | 50/100/300K тегдер (окуу жуптары) |
Кызмат көрсөтүү талаптары
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы сумма (нг) | Көлөмү (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Топурак/ылай: 1-2 г
● Ичегинин курамы - жаныбарлардыкы: 0,5-2 г
● Ичегидеги курт-кумурскалар: 0.1-0.25 г
● Өсүмдүктүн бети (байытылган чөкмө): 0,1-0,5 г
● Ачытуу сорпосу менен байытылган чөкмө): 0,1-0,5 г
● Ири жаныбарлардын заңы: 0,5-2 г
● Чычкандын заңы: 3-5 дан
● Өпкө альвеолярдык жуу суюктугу: чыпка кагазы
● Кындан алынган тампон: 5-6 тампон
● Тери/жыныс мүчөсүнүн тампоны/шилекей/ооздун жумшак тканы/кекиртек тампоны/түз ичегинин тампоны: 2-3 тампон
● Беттик микроорганизмдер: чыпка кагазы
● Суу объектиси/аба/биопленка: чыпка кагазы
● Эндофиттер: 1-2 г
● Тиш тактасы: 0,5-1 г
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Төмөнкү анализди камтыйт:
- Чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
- OTU кластерлөө / Ызы-чууну азайтуу (ASV)
- OTU аннотациясы
- Альфа ар түрдүүлүктү талдоо: Шеннон, Симпсон жана ACE сыяктуу бир нече индекстер.
- Бета ар түрдүүлүк анализи
- Топтор аралык анализ
- Корреляциялык анализ: айлана-чөйрөнүн факторлору менен OUT курамынын жана ар түрдүүлүгүнүн ортосундагы
- 16S функционалдык генди алдын ала айтуу
Таксономиялык бөлүштүрүүнүн гистограммасы
таксономиялык молчулуктун кластердик жылуулук картасы
Альфа ар түрдүүлүк анализи: сейрек бөлүнүү ийри сызыгы
бета ар түрдүүлүктү талдоо: NMDS
Топтор аралык анализ: LEFSE биомаркерин ачуу
BMKGene компаниясынын Illumina менен биргеликте түзүлгөн ампликондук секвенирлөө кызматтарынын жетишкендиктерин атайын тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Донг, К. жана башкалар (2022) 'Eucommia ulmoides өсүмдүктөрүндөгү ризосфера топурагынын жана кабыгынын микробиотасы, негизги микробиотасы жана функциясы', Микробиологиядагы чек аралар, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Ли, Ю. жана башкалар (2023) 'Чычкандарда Gardnerella vaginalis козгогон бактериялык вагинозду дарылоо үчүн синтетикалык бактериялык консорциумдарды трансплантациялоо', Microbiome, 11(1), 1–14-беттер. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. жана Liu, H. (2022) 'Жер үстүндөгү жабык биорегенеративдик жашоону колдоо эксперименти “Ай сарайы 365” учурунда чогултулган аба чаңынын микробиомдору', Environmental Microbiomes, 17(1), 1–20-беттер. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. жана башкалар (2022) 'Компосттоодо азоттун трансформациясы менен байланышкан функционалдык гендердин чийки затка көз каранды көптүгү көзөмөлдөнгөн азоттун жоголушу', Bioresource Technology, 361, б. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
