16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Кызмат өзгөчөлүктөрү
● Sequencing платформасы: Illumina NovaSeq.
● 16S, 18S жана ITS кыска аймактарын күчөтүү, башка күчөтүү максаттарынын арасында.
● Ампликондун ийкемдүү тандоолору.
● Бир нече күчөтүү максаттары менен мурунку долбоордун тажрыйбасы.
Кызматтын артыкчылыктары
●Изоляциясыз:Айлана-чөйрөнүн үлгүлөрүндө микробдук курамын тез аныктоо.
●Жогорку чечим: Айлана-чөйрөнүн үлгүлөрүндө аз-көп компоненттерде.
●Кеңири колдонулуучу: Ар түрдүү микробдук коомчулукту изилдөө.
●Комплекстүү биоинформатикалык анализ: Акыркы QIIME2 пакети (микробдук экологиянын сандык түшүнүгү) маалымат базасы, аннотация, OTU/ASV жагынан ар түрдүү анализдер менен.
●Extensive Expertise: Жыл сайын өткөрүлүүчү 150 миң ампликон секвенирлөө долбоорлору менен BMKGENE он жылдык тажрыйбаны, жогорку квалификациялуу анализ тобун, ар тараптуу мазмунду жана сатуудан кийинки эң сонун колдоону алып келет.
Кызмат спецификациялары
| Китепкана | Секвенирлөө стратегиясы | Берилиштер сунушталат |
| Ампликон | Illumina PE250 | 50/100/300K тег (Окуу жуптары) |
Кызмат талаптары
| Концентрация (нг/мкл) | Жалпы сумма (нг) | Көлөмү (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Топурак/ылай: 1-2г
● Ичеги мазмуну-жаныбар: 0,5-2г
● Ичеги-курт-кумурскалар: 0,1-0,25г
● Өсүмдүк бети (байытылган чөкмө): 0,1-0,5г
● ачытуу сорпосу байытылган чөкмө): 0,1-0,5г
● заң (ири жаныбарлар): 0,5-2г
● заң (чычкан): 3-5 дан
● Өпкө альвеолярдык жуугуч суюктук: фильтр кагазы
● Кындын тампону: 5-6 тампон
● Тери/жыныс органынын тампону/ шилекейи/ооздун жумшак тканы/фарингеалдык тампон/ректалды тампон: 2-3 тампон
● Беттик микроорганизмдер: фильтр кагазы
● Суу объектиси/аба/биофильм: фильтр кагазы
● Эндофиттер: 1-2г
● Тиш тактасы: 0,5-1г
Кызматтын иш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Төмөнкү анализди камтыйт:
- Чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
- OTU кластерлөө /De-noise(ASV)
- OTU аннотациясы
- Alpha ар түрдүүлүк талдоо: бир нече индекстер, анын ичинде Шеннон, Симпсон жана ACE.
- Бета ар түрдүүлүк талдоо
- Топ аралык талдоо
- Корреляциялык анализ: экологиялык факторлор менен OUT курамы жана ар түрдүүлүк ортосунда
- 16S функционалдуу генди болжолдоо
Таксономиялык бөлүштүрүүнүн гистограммасы
таксономикалык молчулуктун кластердик жылуулук картасы
Alpha ар түрдүүлүк талдоо: сейрек кездешүүчү ийри
бета ар түрдүүлүк талдоо: NMDS
Группалар аралык анализ: LEFSE биомаркеринин ачылышы
BMKGene'нин Illumina менен ампликонду секвенирлөө кызматтары тарабынан түзүлгөн жетишкендиктерди басылмалардын тандалып алынган жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Донг, C. жана башкалар. (2022) 'Assembly, Core Microbiota, and Function of the Rhizosphere Soil and Funk Microbiota in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. жана башкалар. (2023) "Чычкандарда Gardnerella vaginalis менен шартталган бактериалдык вагинозду дарылоо үчүн синтетикалык бактериялык консорциумдун трансплантациясы", Microbiome, 11(1), 1-14-беттер. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. and Liu, H. (2022) "Lunar Palace 365" жер үстүндөгү жабык биорегенеративдик жашоону колдоо экспериментинин жүрүшүндө чогултулган аба чаңынын микробиомалары', Экологиялык микробиомалар, 17(1), 1-20-беттер. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. жана башкалар. (2022) 'Азоттун трансформациясы менен байланышкан функционалдуу гендердин азык-түлүккө көз каранды көптүгү, компосттоодо азоттун жоголушу көзөмөлдөнөт', Биоресурс технологиясы, 361, б. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
