-
PacBio-Толук узундуктагы 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S/18S/ITS) платформасы стандартташтырылган негизги анализди жана жекелештирилген анализди камтыган микробдук ар түрдүүлүк долбоорун талдоодо көп жылдык тажрыйбасы менен иштелип чыккан: негизги анализ учурдагы микробдук изилдөөлөрдүн негизги талдоо мазмунун камтыйт, талдоо мазмуну бай жана ар тараптуу, жана талдоо натыйжалары долбоордун отчеттору түрүндө берилет;Жекелештирилген анализдин мазмуну ар түрдүү.Үлгүлөр тандалып алынышы мүмкүн жана параметрлер жекелештирилген талаптарды ишке ашыруу үчүн негизги талдоо отчетуна жана изилдөө максатына ылайык ийкемдүү белгилениши мүмкүн.Windows операциялык системасы, жөнөкөй жана тез.
-
PacBio-Толук узундуктагы Транскриптом (Шилтеме эмес)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform секвенирлөө маалыматтарын киргизүү катары алып, бул колдонмо толук узундуктагы транскрипт ырааттуулугун (монтаждабастан) аныктай алат.Толук узундуктагы тизмектерди шилтеме геномуна салыштырып картага түшүрүү менен, транскрипттерди белгилүү гендер, транскрипттер, коддоо аймактары ж.б. менен оптималдаштырса болот. Бул учурда альтернативалуу сплайсинг ж.б. сыяктуу mRNA структураларын так аныктоого жетишүүгө болот.NGS транскриптомунун секвенирлөө маалыматтары менен биргелешип талдоо транскрипт деңгээлинде экспрессияны кеңири аннотациялоого жана так сандык аныктоого мүмкүндүк берет, бул негизинен төмөнкү агымдагы дифференциалдык экспрессияга жана функционалдык анализге пайда алып келет.
-
Toolkits
BMKCloud - бул геномдук программалар үчүн бирдиктүү чечимди камсыз кылуучу алдыңкы биоинформатикалык платформа, ага медициналык, айыл чарба, экологиялык ж.б.у.с. ар кандай аренада изилдөөчүлөр кеңири ишенет. BMKCloud комплекстүү, ишенимдүү жана эффективдүү кызматтарды көрсөтүүгө умтулат, анын ичинде биоинформатикалык талдоо платформалары жана куралдары. , эсептөө ресурстары, коомдук маалымат базасы, биоинформатикалык онлайн курстар, ж.б. BMKCloud ген аннотациясын, эволюциялык генетикалык куралдарды, ncRNA, маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө, чогултуу, тегиздөө, маалыматтарды алуу, мутациялар, статистика, фигура генератору, ырааттуулукту камтыган ар кандай көп колдонулган биоинформатикалык куралдарга ээ. талдоо ж.б.
-
кичинекей РНК
Чакан РНКлар - кыска коддолбогон РНКнын түрү, орточо узундугу 18-30 нт, анын ичинде miRNA, siRNA жана piRNA.Бул кичинекей РНКлар массалык түрдө ар кандай биологиялык процесстерге катышат, мисалы, мРНКнын бузулушу, котормонун бөгөт коюусу, гетерохроматиндин пайда болушу ж.б. секвенирлөө талдоо платформа стандарттык талдоо жана өнүккөн маалыматтарды казып турат.RNA-seq маалыматтарынын негизинде стандарттык анализ миРНКны идентификациялоого жана болжолдоого, miRNA максаттуу генди болжолдоого, аннотацияга жана экспрессияга анализ жасай алат.Өркүндөтүлгөн анализ ыңгайлаштырылган miRNA издөө жана экстракциялоо, Венн диаграммасын түзүү, miRNA жана максаттуу ген тармагын курууга мүмкүндүк берет.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS - бул Biomarker Technologies тармагындагы бай тажрыйбанын негизинде иштелип чыккан бүтүндөй геномду кайра секвенирлөөчү талдоо платформасы.Бул колдонууга оңой платформа Illumina платформасынан да, BGI секвенирлөө платформасынан да түзүлгөн ДНК секвенирлөө маалыматтарына туура келген бир нече негизги параметрди коюу менен интегралдык анализдин иш процессин тез тапшырууга мүмкүндүк берет.Бул платформа жогорку натыйжалуу эсептөө серверинде жайгаштырылган, ал өтө чектелген убакытта жогорку эффективдүү маалыматтарды талдоо мүмкүнчүлүгүн берет.Жекелештирилген маалыматтарды казып алуу стандарттык анализдин негизинде жеткиликтүү, анын ичинде мутацияланган ген суроосу, ПТР праймер дизайны ж.б.
-
mRNA(Шилтеме)
Транскриптом – геномдук генетикалык маалымат менен биологиялык функциянын протеомунун ортосундагы байланыш.Транскрипциялык деңгээлдеги жөнгө салуу организмдердин эң маанилүү жана эң кеңири изилденген жөнгө салуу режими болуп саналат.Транскриптомдун секвенциясы бир нуклеотидге чейин так резолюция менен транскриптомду каалаган убакта же каалаган шартта секвендештире алат. Ал гендин транскрипциясынын деңгээлин динамикалык түрдө чагылдыра алат, бир эле учурда сейрек кездешүүчү жана нормалдуу транскрипттерди аныктап, сандык аныктай алат жана структуралык маалыматты бере алат. атайын транскрипттердин үлгүсү.
Азыркы учурда, транскриптомдук секвенирлөө технологиясы агрономияда, медицинада жана башка изилдөө тармактарында, анын ичинде жаныбарлардын жана өсүмдүктөрдүн өнүгүүсүн жөнгө салуу, айлана-чөйрөгө адаптациялоо, иммундук өз ара аракеттенүү, гендердин локализациясы, түрлөрдүн генетикалык эволюциясы жана шишик жана генетикалык ооруларды аныктоодо кеңири колдонулуп келет.
-
Метагеномика (NGS)
Бул талдоо платформасы көп жылдык тажрыйбанын негизинде мылтыктын метагеномикалык маалыматтарын талдоо үчүн иштелип чыккан.Ал ар кандай кеңири керектүү метагеномика анализдерин камтыган интеграцияланган иш процессин камтыйт, анын ичинде маалыматтарды иштетүү, түр деңгээлиндеги изилдөөлөр, ген функцияларынын деңгээлинде изилдөөлөр, метагеномдорду бириктирүү ж.б. , параметр орнотуу, жекелештирилген фигураны түзүү, ж.б.
-
LncRNA
Узун коддолбогон РНКлар (lncRNA) белокторду коддой албаган узундугу 200 нттен ашкан транскрипттердин бир түрү.Топтолгон далилдер lncRNAлардын көпчүлүгү иштеши мүмкүн экенин көрсөтүп турат.Жогорку өндүрүмдүү секвенирлөө технологиялары жана биоинформатикалык талдоо куралдары бизге lncRNA ырааттуулугун жана жайгаштыруу маалыматын натыйжалуураак ачып берүүгө жана маанилүү жөнгө салуучу функциялары бар lncRNAларды ачууга жардам берет.BMKCloud тез, ишенимдүү жана ийкемдүү lncRNA анализине жетүү үчүн кардарларыбызга lncRNA секвенирлөө талдоо платформасын камсыз кылуу менен сыймыктанат.
-
GWAS
Геном боюнча жалпы ассоциациялык изилдөө (GWAS) өзгөчө белгилерге (фенотипке) байланышкан генетикалык варианттарды (генотип) аныктоого багытталган.GWA изилдөөлөрү генетикалык маркерлердин көп сандагы индивиддердин бүт геномунун кайчылашын изилдейт жана популяция деңгээлинде статистикалык талдоо аркылуу генотип-фенотиптик ассоциацияларды болжолдойт.Бүтүндөй геномдун секвенциясы бардык генетикалык варианттарды ача алат.Фенотиптик маалыматтар менен айкалышып, GWAS фенотипке байланыштуу SNPs, QTLs жана талапкер гендерди аныктоо үчүн иштетилиши мүмкүн, бул заманбап жаныбарлардын/өсүмдүктөрдүн асыл тукумун бекемдейт.SLAF - бул геномдун кеңири таралган маркерлерин, SNPди ачкан өз алдынча иштелип чыккан жөнөкөйлөштүрүлгөн геномдун секвенирлөө стратегиясы.Бул SNPs, молекулярдык генетикалык маркерлер катары, максаттуу белгилери менен бирикме изилдөө үчүн иштетилиши мүмкүн.Бул генетикалык вариациялар менен байланышкан татаал белгилерди аныктоодо экономикалык жактан натыйжалуу стратегия.
-
Nanopore Толук узундуктагы транскриптомика
Организмдердеги татаал жана өзгөрмө альтернативалуу изоформалар гендердин экспрессиясын жана белоктун көп түрдүүлүгүн жөнгө салуу үчүн маанилүү генетикалык механизмдер болуп саналат.Транскрипт структураларын так аныктоо ген экспрессиясын жөнгө салуу мыйзам ченемдүүлүктөрүн терең изилдөө үчүн негиз болуп саналат.Nanopore секвенирлөө платформасы транскриптомиялык изилдөөнү изоформа деңгээлине ийгиликтүү алып келди.Бул талдоо платформасы ген деңгээлинде да, транскрипттердин деңгээлинде да сапаттык жана сандык анализдерге жетүүчү шилтеме геномунун негизинде Nanopore платформасында түзүлгөн RNA-Seq маалыматтарын талдоо үчүн иштелип чыккан.
-
цирк-РНК
Тегерек РНК(circRNA) – коддолбогон РНКнын бир түрү, алар жакында иштеп чыгууда, айлана-чөйрөгө каршылык көрсөтүүдө ж.б. катышкан жөнгө салуучу тармактарда маанилүү ролду ойной турганы аныкталды. Сызыктуу РНК молекулаларынан айырмаланат, мисалы, mRNA, lncRNA, 3′ жана 5′ циркРНКнын учтары биригип, тегерек түзүлүштү пайда кылат, бул аларды экзонуклеазанын сиңирүүсүнөн сактайт жана сызыктуу РНКнын көбүнө караганда туруктуураак.CircRNA ген экспрессиясын жөнгө салууда ар кандай функцияларга ээ экени аныкталган.CircRNA miRNA губка деп аталган атаандаштык менен миРНКны байланыштырган ceRNA катары аткара алат.CircRNA секвенирлөө талдоо платформасы circRNA түзүмүн жана экспрессиясын талдоо, максатты болжолдоо жана РНК молекулаларынын башка түрлөрү менен биргелешкен анализди камсыз кылат.
-
BSA
Көптөгөн Segregant Analysis платформасы бир кадамдуу стандарттык анализден жана жекелештирилген параметр жөндөөлөрү менен өркүндөтүлгөн анализден турат.BSA тез фенотип менен байланышкан генетикалык маркерлерди аныктоо үчүн колдонулган ыкма болуп саналат.BSAнын негизги иш процесси төмөнкүлөрдү камтыйт: 1. фенотиптери өтө карама-каршы келген инсандардын эки тобун тандоо;2. ДНКнын эки негизги бөлүгүн түзүү үчүн бардык инсандардын ДНКсын, РНКсын же SLAF-секвын (Биомаркер тарабынан иштелип чыккан) бириктирүү;3. шилтеме геномуна каршы же алардын ортосундагы дифференциалдык ырааттуулуктарды аныктоо, 4. ED жана SNP-индекс алгоритми боюнча талапкерге байланышкан аймактарды болжолдоо;5. Талапкер региондордо гендерди функционалдык талдоо жана байытуу, ж.б.. Генетикалык маркердик скрининг жана праймердик дизайн, анын ичинде маалыматтарда дагы өркүндөтүлгөн казып алуу да бар.
