Салыштырмалуу геномика
Кызматтын артыкчылыктары
●Кеңири экспертиза жана жарыяланган жазууларBMKGene топтолгон геномдук 90дон ашык салыштырмалуу геномдук долбоорлорду ишке ашырды, ал эми топтолгон таасир этүү коэффициенти 900гө жетти.
●Комплекстүү биоинформатикалык анализталдоо пакети эң көп талап кылынган сегиз талдоону камтыйт, алар жакшы иштелип чыккан жарыялоого даяр сандарды берет жана натыйжаларды оңой чечмелөөгө мүмкүндүк берет
●Жогорку квалификациялуу биоинформатика командасы жана кыска анализ циклиСалыштырмалуу геномиканы талдоо жаатында чоң тажрыйбага ээ болгон BMKGene командасы ар кандай жекелештирилген талдоо талаптарын кыска мөөнөттө аткарат
●Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз долбоорду аяктоодон тышкары, 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтүн камтыйт. Бул убакыттын ичинде биз долбоорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүүгө жардам берүү жана жыйынтыктарга байланыштуу ар кандай суроолорго жооп берүү үчүн суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Кызматтын мүнөздөмөлөрү
| Болжолдуу бүтүрүү убактысы | Түрлөрдүн саны | Анализдер |
| 30 жумушчу күн | 6 - 12 | Гендердин үй-бүлөсүнүн кластерлениши Ген үй-бүлөсүнүн кеңейиши жана кыскарышы Филогенетикалык дарактын түзүлүшү Дивергенция убактысын баалоо (фоссилди калибрлөө талап кылынат) LTR киргизүү убактысы (өсүмдүктөр үчүн) Геномдун толук көчүрмөсү (өсүмдүктөр үчүн) Тандалма басым Синтендик анализ |
Биоинформатика анализдери
● Джиндин үй-бүлөсү
● Филогенетика
● Дивергенция убактысы
● Тандалма басым
● Синтендик анализ
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
Геномду ырааттуулукка келтирүү жана чогултуу үчүн ткань же ДНК
Клетчатка үчүн
| Түрлөр | Клетчатка | Сурамжылоо | PacBio CCS |
| Жаныбар | Ички ткань | 0,5 ~ 1 г | ≥ 3,5 г |
| Булчуң тканы | |||
| ≥ 5,0 г | |||
| ≥ 5,0 мл | |||
| Сүт эмүүчүлөрдүн каны | |||
| ≥ 0,5 мл | |||
| Канаттуулардын/Балыктардын каны | |||
| Өсүмдүк | Жаңы жалбырак | 1 ~ 2 г | ≥ 5,0 г |
| Гүл желеги/сабагы | 1 ~ 2 г | ≥ 10,0 г | |
| Тамыр/Урук | 1 ~ 2 г | ≥ 20,0 г | |
| Клеткалар | Өстүрүлгөн клетка | - | ≥ 1 x 108 |
Маалыматтар
Тыгыз тууган түрлөрдүн геномдук ырааттуулук файлдары (.fasta) жана аннотация файлдары (.gff3)
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Эксперименттик дизайн
Үлгү жеткирүү
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
*Бул жерде көрсөтүлгөн демо жыйынтыктардын баары Biomarker Technologies тарабынан жарыяланган геномдордон алынган
1. LTR киргизүү убактысын баалоо: Сүрөттө башка түрлөргө салыштырмалуу Вайнинг кара буудай геномундагы LTR-RT киргизүү убактысынын уникалдуу бимодалдык бөлүштүрүлүшү көрсөтүлгөн. Эң акыркы чоку болжол менен 0,5 миллион жыл мурун пайда болгон.
Ли Гуан жана башкалар,Жаратылыш генетикасы, 2021
2. Чайоттун (Sechium edule) филогениясы жана ген үй-бүлөсүн талдоо: Чайотту жана ген үй-бүлөсүндөгү башка 13 тектеш түрдү талдоо менен, Чайот жылан ашкабагы (Trichosanthes anguina) менен эң тыгыз тууган экени аныкталды. Чайот жылан ашкабагынан болжол менен 27-45 миллион жыл мурун пайда болгон жана геномдун толук дубликациясы (WGD) 25±4 миллион жыл мурун чайотто байкалган, бул cucuibitaceaeдеги үчүнчү WGD окуясы.
Фу А жана башкалар,Бакчачылыкты изилдөө, 2021
3. Синтендик анализ: Мөмөлөрдүн өнүгүшүндөгү фитогормондорго байланыштуу кээ бир гендер чаёте, жылан ашкабагында жана ашкабакта табылган. Чаёте менен ашкабактын ортосундагы корреляция чаёте менен жылан ашкабактын ортосундагы корреляцияга караганда бир аз жогору.
Фу А жана башкалар,Бакчачылыкты изилдөө, 2021
4. Ген үй-бүлөсүн талдоо: G.thurberi жана G.davidsonii геномдорундагы ген үй-бүлөсүнүн кеңейиши жана кыскарышы боюнча KEGG менен байытуу стероиддик биосинтез жана брассиностероиддик биосинтезге байланыштуу гендер кеңейгенин көрсөттү.
Ян З жана башкалар,BMC Биологиясы, 2021
5. Геномдун толук дубликациясын талдоо: 4DTV жана Ks бөлүштүрүү анализи геномдун толук дубликациясын көрсөттү. Түр ичиндеги чокулар дубликация окуяларын көрсөттү. Түр аралык чокулар түрлөрдүн пайда болуу окуяларын көрсөттү. Талдоо көрсөткөндөй, O. europaea башка үч жакын тууган түргө салыштырмалуу жакында эле ири масштабдуу ген дубликациясынан өткөн.
Рао Г жана башкалар,Бакчачылыкты изилдөө, 2021
BMK иши
Тикеңсиз роза: нымдуулукка адаптациялануу менен байланышкан геномдук түшүнүктөр
Жарыяланган күнү: Улуттук илимий сереп, 2021
Ырааттуулук стратегиясы:
'Басьенин'Тикенсиз' (Р.Вичурайнан) геном:
Болжол менен 93 X PacBio + болжол менен 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Негизги жыйынтыктар
1. Жогорку сапаттагы R.wichuraiana геному узак окуу секвенирлөө ыкмаларын колдонуу менен курулган, бул 530,07 Мб чогултууну камсыз кылган (геномдун болжолдуу өлчөмү агым цитометриясы боюнча болжол менен 525,9 Мб жана геномду изилдөө боюнча 525,5 болгон; гетерозиготалуулук болжол менен 1,03% болгон). BUSCO болжолдуу баллы 93,9% түзгөн. "Old blush" (haploOB) менен салыштырганда, бул геномдун сапаты жана толуктугу базалык бир базалык тактык жана LTR чогултуу индекси менен тастыкталган (LAI=20,03). R.wichuraiana геномунда 32 674 белок коддоочу ген бар.
2. Салыштырмалуу геномика, транскриптомика, генетикалык популяциянын QTL анализинен турган мультиомика муундарынын анализи R. wichuraiana жана Rosa chinensis ортосундагы маанилүү түрлөшүүнү аныктады. Ошондой эле, QTLдеги байланыштуу гендердин экспрессиясынын өзгөрүшү сабактын тикенектүү үлгүсү менен байланыштуу болушу мүмкүн.
Basye's Thornless жана Rosa chinensis өсүмдүктөрүнүн ортосундагы салыштырмалуу геномдук анализ, анын ичинде синтендик анализ, гендердин үй-бүлөсүнүн кластери, кеңейүү жана жыйрылуу анализи, розалардагы маанилүү белгилер менен байланышкан көптөгөн вариацияларды көрсөттү. NAC жана FAR1/FRS ген үй-бүлөлөрүндөгү уникалдуу кеңейүү кара тактарга туруктуулук менен байланыштуу болушу мүмкүн.
BT жана haploOB геномдорунун салыштырмалуу геномдук анализи.
Чжун, М. жана башкалар. “Тикенексиз роза: нымдуулукка адаптациялануу менен байланышкан геномдук түшүнүктөр”Улуттук илимий сереп, 2021;, nwab092.
