Салыштырмалуу геномика
Кызматтын артыкчылыктары
zz Эң көп талап кылынган сегиз анализди камтыган комплекстүү анализдер пакети
● Натыйжалар боюнча деталдуу жана оңой түшүнүктүү чечмелөө менен талдоодо жогорку ишенимдүүлүк
● Жакшы иштелип чыккан жарыялоого даяр сандар
● Жогорку квалификациялуу биоинформатика командасы ар кандай жекелештирилген талдоо талаптарын аткарат
● Кыскараак айлануу убактысы жана анализдин тактыгы жогору
● 900дөн ашык импакт-фактор менен жарыяланган 90дон ашык ийгиликтүү иштердин мол тажрыйбасы
Кызмат спецификациялары
| Болжолдуу айлануу убактысы | Түрлөрдүн саны | Анализдер |
| 30 жумушчу күн | 6 - 12 | Гендик үй-бүлө топтоо Ген үй-бүлөсүнүн кеңейиши жана жыйрылышы Филогенетикалык дарактын курулушу Дивергенция убактысын баалоо (Фоссил калибрлөө талап кылынат) LTR киргизүү убактысы (өсүмдүктөр үчүн) Бүтүндөй геномду кайталоо (өсүмдүктөр үчүн) Тандалма басым Синтениялык анализ |
Биоинформатика анализи
● Ген үй-бүлөсү
● Филогенетика
● Дивергенция убактысы
● Тандалма басым
● Синтениялык анализ
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
Геном секвенирлөө жана чогултуу үчүн кыртыш же ДНК
Tissue үчүн
| Түрлөр | Ткань | Сурамжылоо | PacBio CCS |
| Жаныбар | Висцералдык кыртыш | 0,5 ~ 1г | ≥ 3,5 г |
| Булчуң тканы | |||
| ≥ 5,0г | |||
| ≥ 5,0 мл | |||
| Сүт эмүүчүлөрдүн каны | |||
| ≥ 0,5 мл | |||
| Канаттуулардын/Балыктын каны | |||
| Өсүмдүк | Fresh Leaf | 1 ~ 2г | ≥ 5,0г |
| Жапчагы/Саңгы | 1 ~ 2г | ≥ 10,0г | |
| Root/Seed | 1 ~ 2г | ≥ 20,0г | |
| Клеткалар | Маданияттуу клетка | - | ≥ 1 x 108 |
Маалыматтар
Бир-бирине жакын түрлөрдүн геном ырааттуулугу файлдары (.fasta) жана аннотация файлдары (.gff3)
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
*Бул жерде көрсөтүлгөн демо натыйжалардын бардыгы Biomarker Technologies менен жарыяланган геномдордон алынган
1.LTR кыстаруу убактысын баалоо: Сүрөт башка түрлөргө салыштырмалуу Вайнинг кара буудай геномунда LTR-RTs киргизүү жолу боюнча уникалдуу бимодалык бөлүштүрүүнү көрсөткөн.Эң акыркы чоку болжол менен 0,5 миллион жыл мурун пайда болгон.
Ли Гуанг жана башкалар.Жаратылыш генетикасы, 2021
2.Чайоттун (Sechium edule) филогениясы жана ген үй-бүлөсүнүн анализи: Чайотту жана ген үй-бүлөдөгү башка 13 тектеш түрдү талдоо менен, Чайоттун жылан ашкабак (Trichosanthes anguina) менен эң жакын байланышы бар экени аныкталган.Болжол менен 27-45 Мяда жылан кабактан алынган чайот жана бүт геномдун кайталанышы (WGD) 25±4 Мяда чайотада байкалган, бул cucuibitaceae боюнча үчүнчү WGD окуясы.
Фу А жана башкалар,Багбанчылык изилдөө, 2021
3.Синтения анализи: жемиштердин өнүгүшүндөгү фитогормондорго тиешелүү кээ бир гендер чайотада, жылан ашкабакта жана ашкабакта табылган.Чайот менен ашкабактын ортосундагы корреляция чаёт менен жылан ашкабакка караганда бир аз жогору.
Фу А жана башкалар,Багбанчылык изилдөө, 2021
4.Gene үй-бүлө талдоо: G.thurberi жана G.davidsonii геномдорунун ген үй-бүлөсүнүн кеңейүү жана жыйрылышы боюнча KEGG байытуу стероиддик биосинтез жана брассиностероид биосинтези менен байланышкан гендер кеңейтилгенин көрсөттү.
Yang Z et al.,BMC биология, 2021
5.Whole геномду кайталоо талдоо: 4DTV жана Ks бөлүштүрүү талдоо бүт геномду кайталоо окуяны көрсөттү.Түр ичиндеги чокулары кайталанма окуяларды көрсөттү.Түр аралыктардын чокулары түрдүүлүк окуяларын көрсөттү.Талдоо көрсөткөндөй, башка үч жакын түр менен салыштырганда, O. europaea жакында эле чоң масштабдагы гендин кайталанышынан өткөн.
Рао Г жана башкалар,Багбанчылык изилдөө, 2021
BMK Case
Тишсиз роза: нымдуулукка көнүү менен байланышкан геномдук түшүнүк
Жарыяланган: National Science Review, 2021
Тартиптештирүү стратегиясы:
'Basye'sТикенексиз' (Р.Wichurainan) геном:
Болжол менен93 X PacBio + болжол менен.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Негизги жыйынтыктар
1.Жогорку сапаттагы R.wichuraiana геному узак окуу секвенирлөө ыкмаларын колдонуу менен курулган, анын натыйжасында 530,07 Мб (болжолдуу геномдун көлөмү агымдын цитометриясы боюнча болжол менен 525,9 Мб жана геномду изилдөө боюнча 525,5 болгон； Heterozy%3.0)BUSCO болжолдуу упай 93,9% түздү."Эски кызарган" (haploOB) менен салыштырганда, бул геномдун сапаты жана толуктугу базалык бир базалык тактык жана LTR чогултуу индекси (LAI = 20,03) менен тастыкталган.R.wichuraiana геномунда 32 674 белок коддоочу гендер бар.
2.Мульти-омика биргелешкен анализи, салыштырма геномикадан, транскриптомиядан, генетикалык калктын QTL анализинен турган, R. wichuraiana менен Роза чиненсистин ортосундагы чечүүчү түрдүүлүктү ачып берген.Ошондой эле, QTL менен байланышкан гендердин экспрессиясынын өзгөрүшү, кыязы, тамырдын тикенек үлгүсү менен байланыштуу болушу мүмкүн.
Basye;s Thornless жана Rosa chinensis ортосундагы салыштырма геномикалык анализ, анын ичинде синтения анализи, гендердин үй-бүлөлүк кластери, кеңейүү жана жыйрылуу анализи роза гүлдөрүнүн маанилүү белгилерине байланыштуу көптөгөн вариацияларды аныктады.NAC жана FAR1/FRS ген үй-бүлөсүндө уникалдуу кеңейүү кара тактарга каршылык менен байланыштуу болушу мүмкүн.
BT жана haploOB геномдорунун ортосундагы салыштырма геномика талдоо.
Чжун, М. жана башкалар."Тикенексиз роза: нымдуулукка көнүү менен байланышкан геномдук түшүнүк"National Science Review, 2021;, nwab092.
