-
Геном боюнча ассоциациянын анализи
Геном боюнча жалпы ассоциациялык изилдөө (GWAS) өзгөчө белгилерге (фенотипке) байланышкан генетикалык варианттарды (генотип) аныктоого багытталган.GWAS изилдөө генетикалык маркерлер көп сандагы адамдардын бүт геномунун кайчылаш изилдейт жана популяция деңгээлинде статистикалык талдоо аркылуу генотип-фенотип бирикмелерин болжолдойт.Ал адамдын ооруларын изилдөөдө жана жаныбарлардын же өсүмдүктөрдүн татаал белгилери боюнча функциялык генди казып алууда кеңири колдонулат.
-
Бир ядролуу РНК секвенциясы
Бир клетканы басып алуудагы жана жеке китепкананы куруунун техникасындагы жетишкендиктер, жогорку ылдамдыктагы секвенирлөө менен айкалышып, генди экспрессияны клетка боюнча изилдөөгө мүмкүндүк берет.Бул комплекстүү клетка популяцияларына тереңирээк жана толук системалык анализ жүргүзүүгө мүмкүндүк берет, мында ал бардык клеткалардын орточо эсебин алуу менен алардын гетерогендүүлүгүн жашыруудан качат.
Бирок, кээ бир клеткалар бир клеткалуу суспензия жасоого ылайыктуу эмес, ошондуктан үлгүлөрдү даярдоонун башка ыкмалары - ткандардан ядрону алуу керек, башкача айтканда, ядро түз ткандардан же клеткадан алынып, бир ядролуу суспензияга даярдалат. клетка ырааттуулугу.
BMK 10 × Genomics ChromiumTM негизиндеги бир клеткалуу РНК секвенирлөө кызматын камсыз кылат.Бул кызмат иммундук клеткалардын дифференциациясы, шишиктин гетерогендүүлүгү, ткандардын өнүгүүсү ж.
Мейкиндик транскриптом чип: 10 × Геномика
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Өсүмдүктөрдүн/жаныбарлардын бүтүндөй геномунун тизилиши
Бүтүндөй геномдун ре-секвенциясы, ошондой эле WGS деп аталат, бүт геномдогу жалпы жана сейрек мутацияларды, анын ичинде жалгыз нуклеотиддик полиморфизмди (SNP), киргизүүнү жок кылууну (InDel), структуранын вариациясын (SV) жана көчүрмө санынын вариациясын (CNV) ачууга мүмкүндүк берет. ).SVs SNPs караганда вариация базасынын көбүрөөк бөлүгүн түзөт жана тирүү организмдерге олуттуу таасирин тийгизет геномго көбүрөөк таасир этет.Узак окулган ресеквенация чоң фрагменттерди жана татаал вариацияларды так аныктоого мүмкүндүк берет, анткени узак окуу тандемдик кайталоо, GC/AT-бай аймактар жана гипер-өзгөрмө аймактар сыяктуу татаал аймактардын үстүнөн хромосомалык өтүүнү бир топ жеңилдетет.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 мейкиндик транскриптому
Клеткалардын мейкиндикте уюштурулушу ар кандай биологиялык процесстерде, мисалы, иммундук инфильтрация, эмбриондун өнүгүүсү ж.б.у.с. маанилүү роль ойнойт. Мейкиндик абалынын маалыматын сактап, ген экспрессиясынын профилин көрсөткөн мейкиндик транскриптомунун секвенциясы транскриптомдук деңгээлдеги ткандардын архитектурасы боюнча чоң түшүнүктөрдү берет.Технологиянын өнүгүшү менен ультра ачык-айкын кыртыш морфологиясы жана мейкиндик молекулярдык экспрессиянын реалдуу структуралык айырмасы жогорураак чечим менен изилдениши керек.BMKGENE үлгүлөрдөн биологиялык түшүнүккө чейин комплекстүү, бир жолу мейкиндик транскриптомунун секвенирлөө кызматын камсыз кылат.
Мейкиндик транскриптомикасынын технологиялары гетерогендүү үлгүлөрдөгү мейкиндик мазмуну менен ген экспрессия профилин чечүү аркылуу ар түрдүү изилдөө аренасында жаңы перспективаларды күчөттү.
Мейкиндик транскриптом чип: BMKMANU S1000
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression - бул жалпы mRNA негизинде кыртыштарды классификациялоо үчүн негизги мейкиндик транскриптомдук секвенирлөө технологиясы.Нормалдуу өнүгүү, оорунун патологиясы жана клиникалык котормо изилдөөлөрү боюнча жаңы түшүнүктөрдү табуу үчүн бүт транскриптомду морфологиялык контекст менен картага түшүрүңүз.BMKGENE үлгүлөрдөн биологиялык түшүнүккө чейин комплекстүү, бир жолу мейкиндик транскриптомунун секвенирлөө кызматын камсыз кылат.
Мейкиндик транскриптомикасынын технологиялары гетерогендүү үлгүлөрдөгү мейкиндик мазмуну менен ген экспрессия профилин чечүү аркылуу ар түрдүү изилдөө аренасында жаңы перспективаларды кеңейтти..
Мейкиндик транскриптом чип: 10x Genomics Visium
Платформа:Illumina NovaSeq 6000
-
Толук узундуктагы мРНК ырааттуулугу-нанопур
РНК ырааттуулугу ар тараптуу транскриптом анализи үчүн баа жеткис курал болуп калды.Албетте, салттуу кыска окуу секвенирлөө бул жерде көптөгөн маанилүү өнүгүүлөргө жетишти.Ошого карабастан, ал көп учурда толук узундуктагы изоформа идентификациясында, сандык аныктоодо, ПТР тенденциясына байланыштуу чектөөлөргө туш болот.
Nanopore секвенциясы башка секвенирлөө платформаларынан айырмаланат, мында нуклеотиддер түздөн-түз ДНК синтезисиз окулат жана ондогон килобазаларда узак окууну жаратат.Бул толук метраждуу стенограммаларды түз окууга жана изоформа деңгээлиндеги изилдөөлөрдөгү кыйынчылыктарды чечүүгө мүмкүнчүлүк берет.
Платформа:Nanopore PromethION
Китепкана:cDNA-PCR
-
Толук узундуктагы мРНК секвенирлөө -PacBio
De novoтолук узундуктагы транскриптомдук секвенирлөө, ошондой эле белгилүүDe novoIso-Seq окуу узундугу боюнча PacBio секвенсеринин артыкчылыктарын алат, бул толук узундуктагы кДНК молекулаларын эч кандай үзгүлтүксүз секвенирлөө мүмкүнчүлүгүн берет.Бул стенограмманы чогултуу кадамдарында пайда болгон каталардан толугу менен качат жана изоформа деңгээлиндеги резолюция менен униген топтомдорун түзөт.Бул униген топтому транскриптомдун деңгээлинде "маалымат геному" катары күчтүү генетикалык маалыматты берет.Кошумчалай кетсек, кийинки муундун секвенирлөө маалыматтары менен айкалышып, бул кызмат изоформа деңгээлиндеги туюнтумду так сандык аныктоого мүмкүнчүлүк берет.
Платформа: PacBio Sequel IIКитепкана: SMRT коңгуроо китепканасы -
Эукариоттук мРНК ырааттуулугу-Илюмина
mRNA секвенциясы белгилүү шарттарда клеткалардан транскрипцияланган бардык мРНКлардын профилин түзүүгө мүмкүндүк берет.Бул ген экспрессия профилин, ген структураларын жана кээ бир биологиялык процесстердин молекулярдык механизмдерин ачуу үчүн күчтүү технология.Бүгүнкү күнгө чейин мРНК секвенциясы фундаменталдуу изилдөөдө, клиникалык диагностикада, дарыларды иштеп чыгууда ж.б. кеңири колдонулат.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Шилтеме эмес мРНК ырааттуулугу-Иллюминага негизделген
mRNA секвенциясы кийинки муундун секвенирлөө ыкмасын (NGS) кабыл алуу үчүн, кээ бир өзгөчө функциялар активдешип жаткан белгилүү бир мезгилде Эукариоттун кабарчы РНКсын (mRNA) кармап алат.Эң узун транскрипция 'Unigene' деп аталып, кийинки талдоо үчүн шилтеме ырааттуулугу катары колдонулган, бул түрдүн молекулярдык механизмин жана регулятивдик тармагын шилтемесиз изилдөө үчүн эффективдүү каражат болуп саналат.
Транскриптомдун маалыматтарын чогултуу жана унигендик функциялык аннотациядан кийин
(1) SSR анализи, CDS болжолдоо жана ген структурасы алдын ала түзүлөт.
(2) Ар бир үлгүдөгү униген экспрессиясынын сандык аныктамасы жүргүзүлөт.
(3) Үлгүлөрдүн (же топтордун) ортосундагы дифференциалдуу экспрессияланган унигендер униген экспрессиясынын негизинде ачылат
(4) Кластерлөө, функционалдык аннотациялоо жана дифференциалдуу экспрессияланган унигендерди байытуу анализи жүргүзүлөт
-
Узун эмес коддолгон секвенирлөө-Illumina
Узун коддолбогон РНКлар (lncRNAs) узундугу 200 нттен ашкан РНК молекулаларынын бир түрү, алар өтө төмөн коддоо потенциалы менен мүнөздөлөт.LncRNA, коддолбогон РНКлардын негизги мүчөсү катары, негизинен ядродо жана плазмада болот.Технологияны жана биоинформатиканы секвенирлөөнүн өнүгүшү көптөгөн жаңы lncRNAларды аныктоого жана аларды биологиялык функциялар менен байланыштырууга мүмкүндүк берет.Топтолгон далилдер lncRNAнын эпигенетикалык жөнгө салууга, транскрипцияны жөнгө салууга жана транскрипциядан кийинки жөнгө салууга кеңири катышарын көрсөтүп турат.
-
Чакан РНК секвенциясы-Илюмина
Чакан РНК узундугу 200 нттен ашпаган коддолбогон РНК молекулаларынын классына тиешелүү, анын ичинде микро РНК (miRNA), кичинекей интерференциялык РНК (siRNA) жана piwi-өз ара аракеттенүүчү РНК (piRNA).
МикроРНК (миРНК) — клеткаларда ар кандай маанилүү жөнгө салуучу ролду ойногон, узундугу болжол менен 20-24нт болгон эндогендик кичинекей РНКнын классы.miRNA көптөгөн тиричилик процесстерине катышат, алар кыртыштарды - спецификалык жана стадияны - спецификалык экспрессияны ачып берет жана ар кандай түрлөрдө жогорку деңгээлде сакталат.
-
circRNA секвенциясы - Иллюмин
Бүтүндөй транскриптомдук секвенирлөө РНК молекулаларынын бардык түрлөрүн, анын ичинде коддоочу (mRNA) жана коддолбогон РНКларды (анын ичинде lncRNA, circRNA жана miRNA) белгилүү бир убакытта белгилүү бир клеткалар аркылуу транскрипциялоо үчүн иштелип чыккан.Бүтүндөй транскриптомдун секвенциясы, ошондой эле "жалпы РНК секвенциясы" деп аталган транскриптомдун деңгээлинде комплекстүү жөнгө салуучу тармактарды ачууга багытталган.NGS технологиясынан пайдаланып, бүт транскриптомдук продуктулардын ырааттуулугу цеРНК анализи жана биргелешкен РНК анализи үчүн жеткиликтүү, бул функциялык мүнөздөмөлөргө карата биринчи кадамды камсыз кылат.circRNA-miRNA-mRNA негизиндеги ceRNAнын жөнгө салуучу тармагын ачып көрсөтүү.
