Метатранскриптомдун ырааттуулугу
Кызмат өзгөчөлүктөрү
● рРНКнын азайышы, андан кийин багыттуу мРНК китепканасын даярдоо.
● Illumina NovaSeq боюнча секвенирлөө.
Кызматтын артыкчылыктары
●Татаал микробдук жамааттардын өзгөрүүлөрүн изилдөө:Бул транскрипция деңгээлинде болот жана потенциалдуу жаңы гендерди изилдейт.
●Хост же чөйрө менен микробдук коомчулуктун өз ара аракеттенүүсүн түшүндүрүү.
●Комплекстүү биоинформатикалык анализ: Бул жамааттын таксономикалык жана функционалдык курамы боюнча түшүнүктөрдү, ошондой эле дифференциалдык ген экспрессиясын талдоону камсыз кылат.
●Кеңири ген аннотациясы:Микробдук жамааттардын маалыматтык ген экспрессиясы маалыматы үчүн заманбап ген функциясынын маалымат базасын колдонуу.
●Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде биз натыйжаларга байланыштуу суроолорду чечүү үчүн долбоордун артынан, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардамды жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Кызмат спецификациялары
| Секвенирлөө платформасы | Секвенирлөө стратегиясы | Берилиштер сунушталат | Маалыматтын сапатын көзөмөлдөө |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 Гб | Q30≥85% |
Үлгү талаптары
| Концентрация (нг/мкл) | Жалпы суммасы (мкг) | Көлөмү (µL) | OD260/280 | OD260/230 | РИН |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Кызматтын иш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Төмөнкү анализди камтыйт:
● Берилиштердин сапатын көзөмөлдөө
● Транскрипт Ассамблеясы
● Таксономикалык аннотация жана молчулук
● Функционалдык аннотация жана молчулук
● Экспрессиянын сандык анализи жана дифференциалдык анализи
Ар бир үлгүнүн таксономиялык бөлүштүрүлүшү:
Бета ар түрдүүлүк талдоо: UPGMA
Функционалдык аннотация – GO молчулук
Дифференциалдык таксономиянын көптүгү – LEFSE
BMKGeneнин мета транскриптомика секвенирлөө кызматтары тарабынан сунушталган басылмалардын жыйнагы аркылуу жетишкендиктерди изилдеңиз.
Лу, З. жана башкалар. (2023) 'Bacteroidales отрядындагы лактат-пайдалануучу бактериялардын кислотага толеранттуулугу жогорку концентраттуу рационго ыңгайлаштырылган эчкилерде руминалдык ацидоздун алдын алууга көмөктөшөт',Animal Nutrition, 14, 130–140-бб. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Сонг, З. жана башкалар. (2017) "Жогорку өтүмдүү ампликондор жана метатранскриптомикалык секвенирлөө аркылуу салттуу катуу абалдагы ферментациядагы негизги функционалдык микробиотаны ачуу",Микробиологиядагы чек аралар, 8(JUL). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/ТОЛУК.
Wang, W. жана башкалар. (2022) "Фитопатогендик Альтернария кычыткысынын метатранскриптомикалык изилдөөсүнөн табылган жаңы миковирустар",Вирустар, 14(11), б. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. жана башкалар. (2022) "Параллель метатранскриптом анализи коңуздар жана алардын ичеги симбионттары менен өсүмдүктүн экинчилик метаболиттеринин бузулушун аныктайт",Молекулярдык Экология, 31(15), 3999–4016-бб. doi: 10.1111/MEC.16557.
