Азайтылган көрсөтүлүүчү бисульфиттик ырааттуулук (RRBS)
Азайтылган көрсөтүлүүчү бисульфиттик секвенирлөө (RRBS) CpG аралдарына бай аймактарды MspI бөлүнүшү менен байытууга, андан кийин 200-500/600 б/с фрагменттердин өлчөмүн тандоого негизделген. Натыйжада, CpG аралдарына жакын жайгашкан аймактар гана секвенирленет, ал эми алыскы CpG аралдары бар аймактар анализден чыгарылат. Бул процесс, бисульфиттик секвенирлөө менен айкалышып, ДНК метилденүүсүн жогорку чечилиште аныктоого мүмкүндүк берет, ал эми секвенирлөө ыкмасы, PE150, ортосуна эмес, кошумчалардын учтарына өзгөчө көңүл буруп, метилденүү профилин түзүүнүн натыйжалуулугун жогорулатат.
Бул ыкма ДНК метилдөөсүн изилдөөдө бүтүндөй геномдун бисульфиттик секвенирлөөсүнө (WGBS) үнөмдүү жана натыйжалуу альтернатива катары пайда болду. WGBS бүтүндөй геномду бир базалык резолюцияда изилдөө менен ар тараптуу түшүнүктөрдү берсе да, анын жогорку баасы чектөөчү фактор болушу мүмкүн, бул RRBS геномдун репрезентативдик бөлүгүн тандап талдоо менен бул кыйынчылыкты стратегиялык жактан жеңилдетет. Бул методология ДНК метилдөөсүн үнөмдүү изилдөөгө мүмкүндүк берген жана эпигенетикалык механизмдер жөнүндө билимди өркүндөткөн баа жеткис курал болуп саналат.
Кызматтын өзгөчөлүктөрү
● Illumina NovaSeq'теги ырааттуулукту аныктоо.
● Маалымат геномун талап кылат.
● Лямбда ДНКсы бисульфиттин конверсиясынын натыйжалуулугун көзөмөлдөө үчүн колдонулат.
● MspI тамак сиңирүүнүн натыйжалуулугу да көзөмөлдөнөт.
● Өсүмдүк үлгүлөрүн кош ферменттик сиңирүү.
Кызматтын артыкчылыктары
●WGBSке үнөмдүү жана натыйжалуу альтернативаБул анализди арзан баада жана үлгүлөргө болгон талаптарды төмөндөтүү менен жүргүзүүгө мүмкүндүк берет.
●Толук платформа:Биз үлгүлөрдү иштетүүдөн, китепкана куруудан жана ырааттуулукту аныктоодон баштап, биоинформатикалык анализге чейин бирдиктүү мыкты кызмат көрсөтөбүз.
●Кеңири экспертизаБиз ар кандай түрлөрдө ийгиликке жетиштик. BMKGENE он жылдан ашык тажрыйбага, жогорку квалификациялуу аналитикалык топко, ар тараптуу контентке жана сатуудан кийинки эң сонун колдоого ээ.
Кызматтын мүнөздөмөлөрү
| Китепкана | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган маалыматтарды чыгаруу | Сапатты көзөмөлдөө |
| MspI сиңирилген жана бисульфит менен иштетилген китепкана | Иллюминат PE150 | 8 Гб | Q30 ≥ 85% Бисульфиттин конверсиясы > 99% MspI кесүү натыйжалуулугу > 95% |
Үлгү талаптары
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы көлөмү (мкг) |
| |
| Геномдук ДНК | ≥ 30 | ≥ 1 | Чектелген деградация же булгануу |
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
BI анализи төмөнкүлөрдү камтыйт:
● Чийки секвенирлөөнүн сапатын көзөмөлдөө;
● Маалымат геномуна карта түзүү;
● 5 мК метилденген негиздерди аныктоо жана мотивдерди аныктоо;
● Метилденүүнүн бөлүштүрүлүшүн талдоо жана үлгүлөрдү салыштыруу;
● Дифференциалдык метилденген аймактарды (DMR) талдоо;
● DMR менен байланышкан гендердин функционалдык аннотациясы.
Сапатты көзөмөлдөө: тамак сиңирүүнүн натыйжалуулугу (геномдук картага түшүрүүдө)
Сапатты көзөмөлдөө: бисульфитти конверсиялоо (метилдөө маалыматын экстракциялоодо)
Метилдөө картасы: 5 мК метилдөөнүн геном боюнча таралышы
Үлгү салыштыруу: Негизги компоненттерди талдоо
Дифференциалдык метилденген аймактарды (DMR) талдоо: жылуулук картасы
BMKGene компаниясынын геномдук бисульфиттик секвенирлөө кызматтарынын жардамы менен жүргүзүлгөн изилдөө жетишкендиктерин атайын тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Ли, З. жана башкалар (2022) 'CRISPR активациясы жана паракриндик факторлор аркылуу Лейдиг сыяктуу клеткаларга жогорку сапаттагы кайра программалоо',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Тянь, Х. жана башкалар (2023) 'Кытайлык монозиготалуу эгиздердин дене курамынын геном боюнча ДНК метилденүү анализи',Европалык клиникалык изилдөө журналы, 53(11), б. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Ву, Ю. жана башкалар (2022) 'ДНКнын метилдениши жана белден жамбашка болгон катышы: кытайлык монозиготалуу эгиздерде эпигеном боюнча ассоциациялык изилдөө',Эндокринологиялык изилдөө журналы, 45(12), 2365–2376-бб. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
