Жылуулук картасы
Heatmap куралы матрицалык маалымат файлын киргизүү катары кабыл алат жана колдонуучуларга маалыматтарды чыпкалоо, нормалдаштыруу жана кластерлөө мүмкүнчүлүгүн берет. Жылуулук карталарын колдонуунун негизги учуру ар кандай үлгүлөрдүн ортосундагы ген экспрессиясынын деңгээлин кластердик анализдөө болуп саналат.
Gene Annotation
Ген аннотациясынын куралы ген аннотациясын ар кандай маалымат базаларына каршы киргизилген FASTA файлдарынын ырааттуулугунун негизинде аткарат.
Негизги жергиликтүү тегиздөө издөө куралы (BLAST)
BLAST куралы NCBI BLASTтин BMKCloud интеграцияланган версиясы жана BMKCloud эсебине жүктөлгөн маалыматтарды колдонуу менен ошол эле функцияларды аткаруу үчүн колдонулушу мүмкүн.
CDS_UTR болжолдоо
CDS_UTR Болжолдоо куралы белгилүү белок маалымат базаларына жана ORF болжолдоо натыйжаларына каршы BLAST натыйжаларынын негизинде берилген транскрипт ырааттуулугунда коддоочу аймактарды (CDS) жана коддолбогон аймактарды (UTR) болжолдоо үчүн иштелип чыккан.
Манхэттен участогу
Manhattan Plot куралы жогорку үлгүдөгү эксперименттерди көрсөтүүгө мүмкүндүк берет жана көбүнчө геномдук ассоциация изилдөөлөрүндө (GWAS) колдонулат.
Циркос диаграммасы
CIRCOS Диаграмма куралы геномдук өзгөчөлүк геномдо кантип бөлүштүрүлгөнүн натыйжалуу визуалдаштырууну камсыз кылат. Жалпы өзгөчөлүктөргө сандык локустар, SNPs, InDels, структуралык жана көчүрмө сан варианттары кирет.
Ген онтологиясы (GO) байытуу
GO байытуу куралы функционалдык байытуу анализин камсыз кылат. Бул куралдын негизги программалык камсыздоосу TopGO-Bioconductor пакети болуп саналат, ал дифференциалдык экспрессиялык анализди, GO байытуу анализин жана натыйжалардын визуализациясын камтыйт.
Weighted Gene Co-Expression Network Analysis (WGCNA)
WGCNA - гендин биргелешкен экспрессиясынын модулдарын ачуу үчүн кеңири колдонулган маалымат казып алуу ыкмасы. Бул микроаррей жана NGS ген экспрессия маалыматтарын камтыган ар кандай экспрессиялык маалыматтар топтомуна тиешелүү.
InterProScan
InterProScan куралы InterPro протеин ырааттуулугун талдоо жана классификациясын камсыз кылат.
GO KEGG байытуу
GO KEGG байытуу куралы берилген ген топтомуна жана тиешелүү аннотацияга негизделген GO байытуу гистограммасын, KEGG байытуу гистограммасын жана KEGG байытуу жолун түзүү үчүн иштелип чыккан.