Метагеномдук секвенирлөө -NGS
Метагеном - бул айлана-чөйрөнүн жана адамдын метагеномдору сыяктуу организмдердин аралаш коомчулугунун жалпы генетикалык материалынын жыйындысы. Ал өстүрүүгө жарамдуу жана өстүрүлбөгөн микроорганизмдердин геномдорун камтыйт. NGS менен метагеномикалык секвенирлөө айлана-чөйрөнүн үлгүлөрүнө киргизилген бул татаал геномдук ландшафттарды таксономиялык профилдөөдөн тышкары, түрлөрдүн ар түрдүүлүгүнө, сандын динамикасына жана татаал популяциялык структураларга майда-чүйдөсүнө чейин түшүнүк берүү менен изилдөөгө мүмкүндүк берет. Таксономикалык изилдөөлөрдөн тышкары, метагеномика функционалдык геномиканын көз карашын да сунуштайт, бул коддолгон гендерди жана алардын экологиялык процесстердеги болжолдуу ролдорун изилдөөгө мүмкүндүк берет. Акырында, генетикалык элементтер менен айлана-чөйрөнүн факторлорунун ортосундагы корреляциялык тармактарды түзүү микробдук коомдоштуктардын жана алардын экологиялык фонунун ортосундагы татаал өз ара аракеттенүүнү комплекстүү түшүнүүгө өбөлгө түзөт. Жыйынтыктап айтканда, метагеномдук секвенирлөө ар кандай микробдук коомдоштуктардын геномдук татаалдыктарын чечүү үчүн негизги курал болуп саналат, бул татаал экосистемалардын ичиндеги генетика менен экологиянын ортосундагы көп кырдуу мамилелерди чагылдырат.
Платформалар: Illumina NovaSeq жана DNBSEQ-T7
Кызматтын артыкчылыктары
●Микробдук коомчулукту профилдөө үчүн изоляциялоо жана өстүрбөө ыкмасыАйыл чарбасында өстүрүүгө жараксыз организмдерден алынган генетикалык материалды ырааттуулукка мүмкүндүк берүү.
●Жогорку чечилишАйлана-чөйрөнүн үлгүлөрүндө аз сандагы түрлөрдү аныктоо.
●Комплекстүү биоинформатикалык анализ:Таксономиялык ар түрдүүлүккө гана эмес, коомчулуктун функционалдык ар түрдүүлүгүнө да көңүл бурулган.
●Кеңири тажрыйба:Ар кандай изилдөө тармактарындагы бир нече метагеномика долбоорлорун ийгиликтүү аяктоо жана 200 000ден ашык үлгүлөрдү иштетүү боюнча тажрыйбасы менен биздин команда ар бир долбоорго бай тажрыйба алып келет.
Кызматтын мүнөздөмөлөрү
| Секвенирлөө платформасы | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган маалыматтар | Сапатты көзөмөлдөө |
| Illumina NovaSeq же DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Гб | Q30≥85% |
Кызмат көрсөтүү талаптары
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы сумма (нг) | Көлөмү (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Топурак/ылай: 2-3 г
● Ичегинин курамы - жаныбарлардыкы: 0,5-2 г
● Ичегидеги курт-кумурскалар: 0.1-0.25 г
● Өсүмдүктүн бети (байытылган чөкмө): 0,5-1 г
● Ачытуу сорпосу менен байытылган чөкмө): 0,2-0,5 г
● Ири жаныбарлардын заңы: 0,5-2 г
● Чычкандын заңы: 3-5 дан
● Өпкө альвеолярдык жуу суюктугу: чыпка кагазы
● Кындан алынган тампон: 5-6 тампон
● Тери/жыныс мүчөсүнүн тампоны/шилекей/ооздун жумшак тканы/кекиртек тампоны/түз ичегинин тампоны: 2-3 тампон
● Беттик микроорганизм: 5-6 тампон
● Суу объектиси/аба/биопленка: чыпка кагазы
● Эндофиттер: 2-3 г
● Тиш тактасы: 0,5-1 г
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Төмөнкү анализди камтыйт:
● Маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө ырааттуулугу
● Метагеномдун жыйындысы жана генди алдын ала айтуу
● Гендин аннотациясы
● Таксономиялык альфа ар түрдүүлүгүнүн анализи
● Коомчулуктун функционалдык анализи: биологиялык функциясы, зат алмашуу, антибиотиктерге туруктуулук
● Функционалдык жана таксономиялык ар түрдүүлүк боюнча талдоо:
Бета ар түрдүүлүк анализи
Топтор аралык анализ
Корреляциялык анализ: айлана-чөйрөнүн факторлору менен OUT курамынын жана ар түрдүүлүгүнүн ортосундагы
Функционалдык анализ: CARD антибиотиктерге туруктуулугу
KEGG зат алмашуу жолдорунун дифференциалдык анализи: маанилүү жолдордун жылуулук картасы
Таксономиялык бөлүштүрүүнүн альфа ар түрдүүлүгү: ACE индекси
Таксономиялык бөлүштүрүүнүн бета ар түрдүүлүгү: PCoA
BMKGeneнин метагеномдук секвенирлөө кызматтарынын Illumina менен биргеликте жетишкендиктерин атайын тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Хай, К. жана башкалар (2023) 'Ар кандай өстүрүлгөн суунун температурасында жугуштуу гемопоэтикалык некроз вирусу менен ооруган асан-үсөн форелинин (Oncorhynchus mykiss) ичеги курамынын өзгөрүшүнүн метагеномикалык жана метаболомикалык анализи',Микробиологиядагы чек аралар, 14, б. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Мао, К. жана башкалар (2023) 'Ар кандай трофикалык абалдагы шаардык көлдөрдөгү микробдук жамааттар, каршылык көрсөтүү гендери жана каршылык көрсөтүү коркунучтары: Ички байланыштар жана тышкы таасирлер',Кооптуу материалдардын жетишкендиктери журналы, 9, б. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Су, М. жана башкалар (2022) 'Метагеномикалык анализ койдун карынынын суюктук менен байланышкан жана катуу микроорганизмдеринин курамындагы жана функциясындагы айырмачылыктарды аныктады',Микробиологиядагы чек аралар, 13, б. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Семиз Нинсян чочколорунан алынган микробиоталар арык DLY чочколорунда булчуң май кислоталарынын топтолушун стимулдаштыруу үчүн карнитиндин метаболизмин кайра жандандырат',Инновация, 4(5), б. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Чжао, Х. жана башкалар (2023) 'Кытайдын Хайхэ эстуарийинин жогорку жана төмөнкү агымындагы типтүү биологиялык/ажырабай турган пластик жана пластик эмес таштандылардын потенциалдуу тобокелдиктерине метагеномикалык түшүнүктөр',Жалпы айлана-чөйрөнүн илими, 887, стр. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
