Метагеномикалык ырааттуулук -ngs
Метагеномия - бул экологиялык жана адамдык метагеномиялар сыяктуу организмдердин аралаш жамаатынын жалпы генетикалык материалынын жыйнагы. Анда майдалуучу жана uncultivatable микроорганизмдердин геномдору бар. НГС менен мылтык метагенизациялоо, салмакка алынып салынган салмактын үлгүлөрүнө салыштырмалуу бул экологиялык үлгүлөрдү изилдөө, ошондой эле, ошондой эле түрлөрдүн ар түрдүүлүгү, молчулук динамикасы жана калктын татаал түзүлүштөрү. Таксономикалык изилдөөлөрдөн тышкары, мылтык метагеномика ошондой эле функционалдык геномика перспективасын сунуштайт, коддолгон гендерди жана алардын экологиялык процесстерге чалгындоо ролдорун чалгындоого мүмкүнчүлүк берет. Акырында, генетикалык элементтер менен экологиялык факторлордун ортосундагы корреляциялык тармактарды түзүү микроб жана алардын экологиялык фонунун ортосундагы татаал интерлейди бирдиктүү түшүнүү үчүн бирдиктүү түшүнүккө өбөлгө түзөт. Корутунду, метагеномикалык ырааттуулук, бул татаал экосистемалардагы генетика жана экологиянын ортосунда көп кырдуу мамилелерди жарыктандыруу үчүн негизги микробдук жамааттардын терсикалык эмес инструментин түзүүчү, гинетика менен экологиянын ортосунда көп кырдуу мамилелерди жарык кылуу.
Платформалар: Илумина Новас жана ДНБСЕК-Т7
Кызматтын артыкчылыктары
●Микробдук коомчулуктун профилин изоляциялоо жана өстүрүүчү ыкма: Генетикалык материалды генетикалык материалды чебер организмдерден өткөрүп берүү.
●Жогорку чечим: Айлана-чөйрөнүн үлгүлөрүндө аз молчулук түрлөрүн аныктоо.
●Биоинформатика талдоосу:Таксономикалык ар түрдүүлүккө гана эмес, коомчулуктун функционалдык ар түрдүүлүгүнө да көңүл бурган.
●Чоң тажрыйба:Ар кандай изилдөө чөйрөсүндө бир нече метагеномика долбоорлорун ийгиликтүү жабуу жана 200,000 үлгүлөрдү кайра иштетүү, биздин команда ар бир долбоорго бир топ тажрыйбаны алып келет.
Кызмат мүнөздөмөлөрү
| Секент платформасы | Сезүү стратегия | Берилген маалыматтар | Сапатты көзөмөлдөө |
| Иллюмина Новасек же DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20ГБ | Q30≥85% |
Кызматтын талаптары
| Концентрация (ng / μl) | Жалпы суммасы (ng) | Көлөмү (μl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Топурак / Шлайт: 2-3г
● Ичеги-карын мазмуну: 0.5-2G
● Ичеги-карын мазмунунт: үтүктүрүү: 0.1-0,25г
● Өсүмдүктүн бети (байытылган чөкмө): 0.5-1G
● Ачуу чөкмө чөкмөлөрү: 0.2-0.5g
● Faechs (Чоң жаныбарлар): 0.5-2G
● Faech (чычкан): 3-5graine
● Өпкө алвеолярдык суюктук суюктук: Фильтр кагаз
● кындын SPAB: 5-6
● Терини / жыныс / шилекей / оозеки жумшак ткандардын / фаринжеал SPAB / Rectal SPAB: 2-3
● Микроорганизм: 5-6
● суу / аба / biofilm: фильтр кагаз
● Эндофитес: 2-3г
● Тиш планы: 0.5-1g
Кызматтын агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкана курулушу
Sequencing
Маалыматтарды талдоо
Сатуу кызматтары
Төмөнкү анализди камтыйт:
● Маалыматтын сапатын контролдоо
● Метагеномия жана ген менен божомол
● ген аннотация
● Таксомиялык альфа
● Коомчулуктун функционалдык анализи: биологиялык функция, метаболикалык, антибиотиктерге каршылык
● Функционалдык жана таксономикалык көп түрдүүлүктү тең:
BETAнын ар түрдүүлүгүн анализдөө
Топтардык анализ
Корреляциялык анализ: Экологиялык факторлордун ортосунда жана курамы менен ар түрдүүлүгү ортосунда
Функционалдык анализ: Картанын антибиотикти туруктуулугу
Кегг метаболикалык жолдорун дифференциалдуу талдоо: Маанилүү жолдордун жылуулугу
Таксономикалык бөлүштүрүүнүн альфа ар түрдүүлүгү: Ace Index
БЕТА Таксономикалык бөлүштүрүү: PCOA
БМКЖЕНДИН МЕГЕНТИНИН СИЗИНГИНИН ИЛИМИНАСЫ ЖОЛУГУШУУЧУЛАРЫНЫН МЕГЕНЦИЯСЫ ЖӨНҮНДӨ ЖОЛУГУШУУ ПАЙДАЛАНУУЧУЛАРЫ ПАЙДАЛАНУУЧУ ПАЙДАЛАНУУЧУЛАРЫ аркылуу.
Хай, Q. et al. (2023) "Астобод форелинин металеномикалык жана метаболикалык талдоосу (oncorhynchus mykiss) ар кандай маданият суунун температурасында инфекциялык некроз вирусуна жуккан",Микробиологиядагы чек аралар, 14, б. 1275649. DOI: 10.3389 / FMM.2023.12.56649.
Мао, С. жана Ал. (2023) "Микробдук жамааттар, каршылык көрсөтүү гендери, ар кандай трофикалык мамлекеттердин шаарларындагы калыс тобокелдиктер: ички байланыштар жана тышкы таасирлер",Кооптуу материалдар журналы, 9, б. 100233. DOI: 10.1016 / J.Hazadv.2023.100233.
Су, М. жана Ал. (2022) 'Метрономикалык анализ, суюк-байланышкан жана койлордун суюктук менен байланышкан жана катуу байланышкан микроорганизмдеринин ортосундагы айырмачылыктарды жана функцияларындагы айырмачылыктарды аныктаган,Микробиологиядагы чек аралар, 13, б. 851567. DOI: 10.3389 / FMM.2022.851567.
Инь, Дж. Et al. (2023) 'Семиздик эмесИнновация4 (5), б. 100486. DOI: 10.1016 / J.XINN.2023.100486.
Жао, X. ж.б. (2023) "Хай эй-дивариумдун жогорку жана төмөнкү жетекчисиндеги потенциалдуу тобокелдиктеринин метагеномикалык түшүнүктөрү,Жалпы чөйрөнүн илими, 887, б. 164026. DOI: 10.1016 / j.scetenv.2023.164026.
