Metagenomic Sequencing -NGS
Кызматтын артыкчылыктары
● Микробдук коомчулуктун профилин түзүү үчүн изоляция жана өстүрүлбөйт
● Айлана-чөйрөнүн үлгүлөрүндө аз көп түрлөрдү аныктоодо жогорку чечим
● «Мета-» идеясы бардык биологиялык өзгөчөлүктөрдү функциялык деңгээлде, түр деңгээлинде жана ген деңгээлинде бириктирет, бул чындыкка жакыныраак динамикалык көз карашты чагылдырат.
● BMK 10 000ден ашык үлгүлөрдү иштетип, ар кандай үлгү түрлөрү боюнча чоң тажрыйба топтойт.
Кызмат спецификациялары
| Платформа | Секвенциялоо | Сунушталган маалыматтар | Айлануу убактысы |
| Illumina NovaSeq платформасы | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 жумушчу күн |
Биоинформатика анализи
● чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
● Метагеном ассамблеясы
● Ашыкча эмес ген топтому жана аннотация
● Түрлөрдүн көп түрдүүлүгүн талдоо
● Генетикалык функциялардын көп түрдүүлүгүн талдоо
● Топтор аралык талдоо
● Эксперименттик факторлорго каршы ассоциациянын анализи
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
үчүнДНК экстракттары:
| Үлгү түрү | Суммасы | Концентрация | Тазалык |
| ДНК экстракттары | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Экологиялык үлгүлөр үчүн:
| Үлгү түрү | Сунушталган үлгүлөрдү алуу процедурасы |
| Топурак | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Калган соолуп калган затты бетинен алып салуу керек;Чоң бөлүктөрүн майдалап, 2 мм фильтрден өткөрөт;Стерилдүү EP-түтүккө же циротүбгө резервациялоо үчүн үлгүлөр. |
| Feces | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн үлгүлөрдү чогултуңуз жана аликвот алыңыз. |
| Ичеги мазмуну | Үлгүлөрдү асептикалык шартта иштетүү керек.PBS менен чогултулган кыртыштарды жуу;PBS центрифугасы жана EP-түтүкчөлөрдөгү чөктүргүчтү чогултуу. |
| Ылай | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн ылай үлгүсүн чогултуңуз жана аликвот алыңыз |
| Суу дене | Чектелген сандагы микробдук үлгү үчүн, мисалы, түтүк суусу, кудуктун суусу, ж.б., кеминде 1 л суу чогултуп, мембранадагы микробду байытуу үчүн 0,22 мкм чыпкадан өткөрүңүз.Мембрананы стерилдүү түтүктө сактаңыз. |
| Тери | Теринин бетин стерилденген кебез же хирургиялык бычак менен кылдат кырып, стерилдүү түтүккө салыңыз. |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Үлгүлөрдү суюк азотто 3-4 саат тоңдуруңуз жана суюк азотто же -80 градуска чейин узак мөөнөткө сактаңыз.кургак муз менен үлгү жеткирүү талап кылынат.
Кызматтын иш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
1.Гистограмма: Түрлөрдүн таралышы
2. KEGG метаболизм жолдоруна аннотацияланган функциялык гендер
3.Heat картасы: Салыштырмалуу ген молчулукка негизделген дифференциалдык функциялар
CARD антибиотикке туруктуулук гендердин 4.Circos
BMK Case
Топурак-мангр тамыры континуумун бойлото антибиотиктерге туруктуу гендердин жана бактериялык козгогучтардын таралышы
Жарыяланган:Кооптуу материалдар журналы, 2021-жыл
Тартиптештирүү стратегиясы:
Материалдар: Мангр тамырынын төрт фрагменттеринин ДНК экстрактылары: отургузулбаган топурак, ризосфера, эписфера жана эндосфера бөлүмдөрү
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Максаттары: Метагеном
16S рРНК гени V3-V4 аймагы
Негизги жыйынтыктар
Топурактан өсүмдүктөргө антибиотикке туруктуу гендердин (ARGs) таралышын изилдөө үчүн мангр көчөттөрүнүн топурак-тамыр континуумунда метагеномикалык секвенирлөө жана метабаркоддоо профили иштетилди.Метагеномикалык маалыматтар антибиотиктерге туруштук берүүчү гендердин 91,4% тынымсыз мода көрсөткөн жогоруда аталган бардык төрт топурак бөлүмдөрүндө аныкталгандыгын көрсөттү.16S рРНК ампликонун секвенирлөө 346 түрдү билдирген 29 285 ырааттуулукту жаратты.Ампликондук секвенирлөө аркылуу түрлөрдүн профилин түзүү менен айкалышып, бул диссеминация тамыр менен байланышкан микробиотага көз каранды эмес экендиги аныкталган, бирок, генетикалык элементтердин мобилдүүлүгү менен шартталышы мүмкүн.Бул изилдөө өз ара байланышкан топурак-тамыр континууму аркылуу топурактан өсүмдүктөргө ARGs жана патогендердин агымын аныктады.
Шилтеме
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Топурак-мангр тамыры континуумун бойлото антибиотиктерге туруктуу гендердин жана бактериялык патогендердин таралышы.Кооптуу материалдар журналы, 408, 124985.
