BMKCloud Log in
条形banner-03

Продукциялар

Metagenomic Sequencing -NGS

Метагеном организмдердин аралаш коомчулугунун жалпы генетикалык материалдарынын жыйындысын билдирет, мисалы, айлана-чөйрөнүн метагеному, адамдын метагеному ж.б. Анда өстүрүлүүчү жана өстүрүлбөгөн микроорганизмдердин геномдору бар.Метагеномикалык секвенирлөө – бул экологиялык үлгүлөрдөн алынган аралаш геномдук материалдарды анализдөө үчүн колдонулган молекулярдык курал, ал түрлөрдүн көп түрдүүлүгү жана көптүгү, популяциянын түзүлүшү, филогенетикалык байланышы, функционалдык гендер жана экологиялык факторлор менен корреляция тармагы боюнча кеңири маалымат берет.

Платформа:Illumina NovaSeq6000


Кызматтын чоо-жайы

Демо натыйжалары

Case Study

Кызматтын артыкчылыктары

● Микробдук коомчулуктун профилин түзүү үчүн изоляция жана өстүрүлбөйт

● Айлана-чөйрөнүн үлгүлөрүндө аз көп түрлөрдү аныктоодо жогорку чечим

● «Мета-» идеясы бардык биологиялык өзгөчөлүктөрдү функциялык деңгээлде, түр деңгээлинде жана ген деңгээлинде бириктирет, бул чындыкка жакыныраак динамикалык көз карашты чагылдырат.

● BMK 10 000ден ашык үлгүлөрдү иштетип, ар кандай үлгү түрлөрү боюнча чоң тажрыйба топтойт.

Кызмат спецификациялары

 Платформа

Секвенциялоо

Сунушталган маалыматтар

Айлануу убактысы

Illumina NovaSeq 6000

PE150

6 G/10 G/20 G

45 жумушчу күн

Биоинформатика анализдери

● чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө

● Метагеном ассамблеясы

● Ашыкча эмес ген топтому жана аннотация

● Түрлөрдүн көп түрдүүлүгүн талдоо

● Генетикалык функциялардын көп түрдүүлүгүн талдоо

● Топтор аралык талдоо

● Эксперименттик факторлорго каршы ассоциациянын анализи

liuchengtu11

Үлгү талаптары жана жеткирүү

Үлгү талаптары:

үчүнДНК экстракттары:

Үлгү түрү

Суммасы

Концентрация

Тазалык

ДНК экстракттары

> 30 нг

> 1 нг/мкл

OD260/280= 1,6-2,5

Экологиялык үлгүлөр үчүн:

Үлгү түрү

Сунушталган үлгүлөрдү алуу процедурасы

Топурак

Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Калган соолуп калган затты бетинен алып салуу керек;Чоң бөлүктөрүн майдалап, 2 мм фильтрден өткөрөт;Стерилдүү EP-түтүккө же циротүбгө резервациялоо үчүн үлгүлөр.

Feces

Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн үлгүлөрдү чогултуңуз жана аликвот алыңыз.

Ичеги мазмуну

Үлгүлөрдү асептикалык шартта иштетүү керек.PBS менен чогултулган кыртыштарды жуу;PBS центрифугасы жана EP-түтүкчөлөрдөгү чөктүргүчтү чогултуу.

Ылай

Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн ылай үлгүсүн чогултуңуз жана аликвот алыңыз

Суу дене

Чектелген сандагы микробдук үлгү үчүн, мисалы, суу түтүгү, кудуктун суусу, ж.б., кеминде 1 л суу чогултуп, мембранадагы микробду байытуу үчүн 0,22 мкм чыпкадан өткөрүңүз.Мембрананы стерилдүү түтүктө сактаңыз.

Тери

Теринин бетин стерилденген кебез же хирургиялык бычак менен кылдат кырып, стерилдүү түтүккө салыңыз.

Сунушталган үлгү жеткирүү

Үлгүлөрдү суюк азотто 3-4 саат тоңдуруңуз жана суюк азотто же -80 градуска чейин узак мөөнөткө сактаңыз.кургак муз менен үлгү жеткирүү талап кылынат.

Кызматтын иш агымы

үлгү жеткирүү

Үлгү жеткирүү

Китепкана даярдоо

Китепкананын курулушу

Секвенциялоо

Секвенциялоо

Маалыматтарды талдоо

Маалыматтарды талдоо

Сатуудан кийинки кызматтар

Сатуудан кийинки кызматтар


  • Мурунку:
  • Кийинки:

  • 1.Гистограмма: Түрлөрдүн таралышы

    3

    2. KEGG метаболизм жолдоруна аннотацияланган функциялык гендер

    4

    3.Heat картасы: Салыштырмалуу ген молчулукка негизделген дифференциалдык функциялар5CARD антибиотикке туруктуулук гендердин 4.Circos

    6

    BMK Case

    Топурак-мангр тамыры континуумун бойлото антибиотиктерге туруктуу гендердин жана бактериялык козгогучтардын таралышы

    Жарыяланган:Кооптуу материалдар журналы, 2021-жыл

    Тартиптештирүү стратегиясы:

    Материалдар: Мангр тамырынын төрт фрагменттеринин ДНК экстрактылары: отургузулбаган топурак, ризосфера, эписфера жана эндосфера бөлүмдөрү
    Платформа: Illumina HiSeq 2500
    Максаттары: Метагеном
    16S рРНК гени V3-V4 аймагы

    Негизги жыйынтыктар

    Топурактан өсүмдүктөргө антибиотикке туруктуу гендердин (ARGs) таралышын изилдөө үчүн мангр көчөттөрүнүн топурак-тамыр континуумунда метагеномикалык секвенирлөө жана метабаркоддоо профили иштетилди.Метагеномикалык маалыматтар антибиотиктерге туруштук берүүчү гендердин 91,4% тынымсыз мода көрсөткөн жогоруда аталган бардык төрт топурак бөлүмдөрүндө аныкталгандыгын көрсөттү.16S рРНК ампликонун секвенирлөө 346 түрдү билдирген 29 285 ырааттуулукту жаратты.Ампликондук секвенирлөө аркылуу түрлөрдүн профилин түзүү менен айкалышып, бул диссеминация тамыр менен байланышкан микробиотага көз каранды эмес экендиги аныкталган, бирок, генетикалык элементтердин мобилдүүлүгү менен шартталышы мүмкүн.Бул изилдөө өз ара байланышкан топурак-тамыр континууму аркылуу топурактан өсүмдүктөргө ARGs жана патогендердин агымын аныктады.

    Шилтеме

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Топурак-мангр тамыры континуумун бойлото антибиотиктерге туруктуу гендердин жана бактериялык патогендердин таралышы.Кооптуу материалдар журналы, 408, 124985.

    цитата алуу

    Бул жерге билдирүүңүздү жазып, бизге жөнөтүңүз

    Бизге билдирүүңүздү жөнөтүңүз: