Метагеномикалык ырааттуулук (NGS)
Кызматтын артыкчылыктары
ØМикробдук коомчулуктун профилин түзүү үчүн изоляция жана өстүрүлбөйт
ØАйлана-чөйрөнүн үлгүлөрүндө аз көп түрлөрдү аныктоодо жогорку чечим
Ø«Мета-» идеясы бардык биологиялык өзгөчөлүктөрдү функциялык деңгээлде, түр деңгээлинде жана ген деңгээлинде бириктирет, бул чындыкка жакыныраак динамикалык көз карашты чагылдырат.
ØBMK 10 000ден ашык үлгүлөрдү иштетип, ар кандай үлгү түрлөрү боюнча чоң тажрыйба топтойт.
Кызмат спецификациялары
| СеквенциялооПлатформа | Китепкана | Сунушталган маалымат кирешеси | Болжолдуу айлануу убактысы |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 күн |
Биоинформатика анализдери
üЧийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
üМетагеномдордун жыйындысы
üАртык эмес ген топтому жана аннотация
üТүрлөрдүн көп түрдүүлүгүн талдоо
üГенетикалык функциялардын көп түрдүүлүгүн талдоо
üТоп аралык талдоо
üЭксперименттик факторлорго каршы ассоциация анализи
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
үчүнДНК экстракттары:
| Үлгү түрү | Суммасы | Концентрация | Тазалык |
| ДНК экстракттары | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Экологиялык үлгүлөр үчүн:
| Үлгү түрү | Сунушталган үлгүлөрдү алуу процедурасы |
| Топурак | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Калган соолуп калган затты бетинен алып салуу керек;Чоң бөлүктөрүн майдалап, 2 мм фильтрден өткөрөт;Стерилдүү EP-түтүктөгү же резервациялоо үчүн киротүбдөгү аликвот үлгүлөрү. |
| заң | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн үлгүлөрдү чогултуу жана аликвот. |
| Ичеги мазмуну | Үлгүлөрдү асептикалык шартта иштетүү керек.PBS менен чогултулган кыртыштарды жуу;PBS центрифугасы жана EP-түтүкчөлөрдөгү чөктүргүчтү чогултуу. |
| Ылай | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн ылай үлгүсүн чогултуңуз жана аликвот алыңыз |
| Суу дене | Чектелген сандагы микробдук үлгү үчүн, мисалы, суу түтүгү, кудуктун суусу, ж.б., кеминде 1 л суу чогултуп, мембранадагы микробду байытуу үчүн 0,22 мкм чыпкадан өткөрүңүз.Мембрананы стерилдүү түтүктө сактаңыз. |
| Тери | Теринин бетин стерилденген кебез же хирургиялык бычак менен кылдат кырып, аны стерилдүү түтүккө салыңыз. |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Үлгүлөрдү суюк азотто 3-4 саат тоңдуруңуз жана суюк азотто же -80 градуска чейин узак мөөнөткө сактаңыз.кургак муз менен үлгү жеткирүү талап кылынат.
Кызматтын иш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
1.Гистограмма: Түрлөрдүн таралышы
2. KEGG метаболизм жолдоруна аннотацияланган функциялык гендер
3.Heat картасы: Салыштырмалуу ген көптүгүнө негизделген дифференциалдык функциялар
CARD антибиотикке туруктуулук гендердин 4.Circos
BMK Case
Топурак-мангр тамыры континуумун бойлото антибиотиктерге туруктуу гендердин жана бактериялык козгогучтардын таралышы
Жарыяланган:Кооптуу материалдар журналы, 2021
Тартиптештирүү стратегиясы:
Материалдар: Мангр тамырынын төрт фрагменттеринин ДНК экстрактылары: отургузулбаган топурак, ризосфера, эписфера жана эндосфера бөлүмдөрү
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Максаттары: Метагеном
16S рРНК гени V3-V4 аймагы
Негизги жыйынтыктар
Топурактан өсүмдүктөргө антибиотикке туруштук берүүчү гендердин (ARGs) таралышын изилдөө максатында мангр көчөттөрүнүн топурак-тамыр континуумунда метагеномикалык секвенирлөө жана метабаркоддоо профили иштетилди.Метагеномикалык маалыматтар антибиотиктерге туруштук берүүчү гендердин 91,4% тынымсыз мода көрсөткөн жогоруда аталган бардык төрт топурак бөлүмдөрүндө аныкталгандыгын көрсөттү.16S рРНК ампликонун секвенирлөө 346 түрдү билдирген 29 285 ырааттуулукту жаратты.Ампликондук секвенирлөө аркылуу түрлөрдүн профилин түзүү менен айкалышып, бул диссеминация тамыр менен байланышкан микробиотага көз каранды эмес экендиги аныкталды, бирок, генетикалык элементтердин мобилдүүлүгү менен шартталышы мүмкүн.Бул изилдөө өз ара байланышкан топурак-тамыр континууму аркылуу топурактан өсүмдүктөргө ARGs жана патогендердин агымын аныктады.
Шилтеме
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Топурак-мангр тамыры континуумун бойлото антибиотиктерге туруктуу гендердин жана бактериялык патогендердин таралышы.Кооптуу материалдар журналы, 408, 124985.
