Hi-C негизиндеги геномдун жыйындысы
Hi-C – бул хромосомалардын конфигурациясын аныктоо үчүн иштелип чыккан ыкма, ал жакындыкка негизделген өз ара аракеттенүүлөрдү жана жогорку өндүрүмдүүлүктөгү ырааттуулукту айкалыштырат. Бул өз ара аракеттенүүлөрдүн интенсивдүүлүгү хромосомалардагы физикалык аралык менен терс корреляцияланат деп эсептелет. Ошондуктан, Hi-C маалыматтары долбоор геномундагы чогултулган ырааттуулуктарды кластерлөөнү, иреттөөнү жана багыттоону жетектөө жана аларды белгилүү бир сандагы хромосомаларга бекитүү үчүн колдонулат. Бул технология популяцияга негизделген генетикалык карта жок болгон учурда хромосома деңгээлиндеги геномду чогултууга мүмкүндүк берет. Ар бир геномго Hi-C керек.
Кызматтын өзгөчөлүктөрү
● Illumina NovaSeq'те PE150 менен секвенирлөө.
● Кызмат формальдегид менен кайчылаш байланыш түзүп, ДНК менен белоктун өз ара аракеттенүүсүн сактоо үчүн экстракцияланган нуклеин кислоталарынын ордуна ткандардын үлгүлөрүн талап кылат.
● Hi-C эксперименти жабышчаак учтарды биотин менен чектөөнү жана учтарын калыбына келтирүүнү, андан кийин өз ара аракеттенүүлөрдү сактап калуу менен пайда болгон мокок учтарды тегеректөөнү камтыйт. Андан кийин ДНК стрептавидин мончоктору менен тартылып, андан кийин китепкана даярдоо үчүн тазаланат.
Кызматтын артыкчылыктары
Hi-Cге сереп
(Либерман-Эйден Э жана башкалар,Илим, 2009)
●Генетикалык популяция маалыматтарына болгон муктаждыкты жоюу:Hi-C байланышты бекитүү үчүн талап кылынган маанилүү маалыматты алмаштырат.
●Маркердин жогорку тыгыздыгы:90% дан жогору жогорку контигдик анкердик катышка алып келет.
●Кеңири экспертиза жана жарыяланган жазуулар:BMKGene 1000 ар кандай түрдөгү жана ар кандай патенттердеги Hi-C геномунун 2000ден ашык учурларын изилдөө боюнча чоң тажрыйбага ээ. Жарыяланган 200дөн ашык учурдун топтолгон таасир этүү фактору 2000ден ашат.
●Жогорку квалификациялуу биоинформатика командасы:Hi-C эксперименттери жана маалыматтарды талдоо үчүн ички патенттер жана программалык камсыздоонун автордук укуктары менен, өз алдынча иштелип чыккан визуалдаштыруу маалыматтар программасы блокторду кол менен жылдырууга, артка кайтарууга, жокко чыгарууга жана кайра жасоого мүмкүндүк берет.
●Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз долбоорду аяктоодон тышкары, 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтүн камтыйт. Бул убакыттын ичинде биз долбоорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүүгө жардам берүү жана жыйынтыктарга байланыштуу ар кандай суроолорго жооп берүү үчүн суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
●Толук аннотацияБиз аныкталган вариациялары бар гендерди функционалдык жактан аннотациялоо жана тиешелүү байытуу анализин жүргүзүү үчүн бир нече маалымат базаларын колдонобуз, бул бир нече изилдөө долбоорлору боюнча түшүнүк берет.
Кызматтын мүнөздөмөлөрү
| Китепканага даярдоо | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган маалыматтарды чыгаруу | Сапатты көзөмөлдөө |
| Hi-C китепканасы | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Үлгү талаптары
| Клетчатка | Керектүү сумма |
| Жаныбарлардын ички органдары | ≥ 2 г |
| Жаныбардын булчуңу | |
| Сүт эмүүчүлөрдүн каны | ≥ 2 мл |
| Канаттуулардын/Балыктардын каны | |
| Өсүмдүк - жаңы жалбырак | ≥ 3 г |
| Өстүрүлгөн клеткалар | ≥ 1x107 |
| Курт-кумурска | ≥ 2 г |
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Эксперименттик дизайн
Үлгү жеткирүү
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
1) Чийки маалыматтардын сапатын текшерүү
2) Hi-C китепканасынын сапатты көзөмөлдөөсү: жарактуу Hi-C өз ара аракеттенүүлөрүн баалоо
3) Hi-C чогултуу: топторго контигдерди топтоо, андан кийин ар бир топтун ичинде контигдик тартипти сактоо жана контигдик багытты дайындоо
4) Жогорку сапаттагы баалоо
Hi-C китепканасынын QC – Hi-C жарактуу өз ара аракеттешүү жуптарын баалоо
Hi-C Ассамблеясы – статистика
Чогултуудан кийинки баалоо – контейнерлердин ортосундагы сигнал интенсивдүүлүгүнүн жылуулук картасы
BMKGene компаниясынын Hi-C чогултуу кызматтары тарабынан ишке ашырылган жетишкендиктерди атайын тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Tian, T. жана башкалар (2023) 'Кургакчылыкка туруктуу жүгөрүнүн белгилүү бир гермоплазмасынын геномдук жыйындысы жана генетикалык диссекциясы', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), 496–506-беттер. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Ван, ЗЛ жана башкалар (2020) 'Азия бал аарысынын Apis cerana геномунун хромосома масштабындагы жыйындысы', Генетикадагы чек аралар, 11, б. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Solanaceae тукумундагы эки геномду талдоо аркылуу тропан алкалоиддеринин биосинтезинин эволюциясын ачуу', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), 1–18-беттер. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. жана башкалар. (2020) 'Баньян дарагынын жана чаңдаштыруучу аарынын геномдору анжир менен аарынын коэволюциясы жөнүндө түшүнүк берет', Cell, 183(4), 875-889.e17-беттер. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
