Hi-C негизделген Геном Ассамблеясы
Кызматтын артыкчылыктары
Hi-Cге сереп салуу
(Liberman-Aiden E et al.,Илим, 2009)
● Контиг анкери үчүн генетикалык популяцияны түзүүнүн кереги жок;
● Маркердин тыгыздыгы 90%дан жогору контигдердин анкердик катышына алып келет;
● Учурдагы геномдук жыйындарды баалоого жана оңдоого мүмкүндүк берет;
● Геномду чогултууда жогорку тактык менен кыскараак айлануу убактысы;
● 500дөн ашык түр үчүн курулган 1000ден ашык Hi-C китепканалары менен бай тажрыйба;
● 760тан ашык аккумулятордук жарыяланган импакт-фактор менен 100дөн ашык ийгиликтүү учурлар;
● Polyploid геному үчүн Hi-C негизинде геном жыйындысы, 100% анкердик курсу мурунку долбоордо жетишилген;
● Hi-C эксперименттери жана маалыматтарды талдоо үчүн ички патенттер жана программалык камсыздоонун автордук укуктары;
● Өз алдынча иштелип чыккан визуализацияланган маалыматтарды тюнинг программалык камсыздоосу блокторду кол менен жылдырууга, артка бурууга, жокко чыгарууга жана кайра жасоого мүмкүндүк берет.
Кызмат спецификациялары
|
Китепкана түрү
|
Платформа | Окуу узундугу | Стратегияны сунуштоо |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Биоинформатика анализи
● чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
● Hi-C китепканасынын сапатын көзөмөлдөө
● Hi-C негизиндеги геномдук жыйын
● Монтаждан кийинки баалоо
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
| Жаныбар | Грибок | Өсүмдүктөр
|
| Тоңдурулган кыртыш: китепканага 1-2г Уячалар: Ар бир китепканага 1x 10^7 уяча | Тоңдурулган кыртыш: китепканага 1г | Тоңдурулган кыртыш: китепканага 1-2г
|
| *Hi-C эксперименти үчүн кеминде 2 аликвот (ар бири 1 г) жөнөтүүнү сунуштайбыз. | ||
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Көпчүлүк үлгүлөр үчүн этанолдо сактабоо сунушталат.
Үлгүлөрдү белгилөө: Үлгүлөр так белгилениши жана берилген үлгү маалымат формасына окшош болушу керек.
Жеткирүү: Кургак муз: Үлгүлөрдү алгач баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
ДНК экстракциясы
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
*Бул жерде көрсөтүлгөн демо натыйжалардын бардыгы Biomarker Technologies менен жарыяланган геномдордон алынган
1.Hi-C өз ара жылуулук картасыCamptotheca acuminataгеном.Картадан көрүнүп тургандай, өз ара аракеттенүүлөрдүн интенсивдүүлүгү сызыктуу аралыкка терс корреляцияланган, бул хромосома деңгээлинин жогорку тактыгын көрсөтүп турат.(Анкердик катышы: 96,03%)
Канг М жана башкалар.Nature Communications, 2021
2.Hi-C ортосундагы инверсияларды текшерүүгө көмөктөшкөнGossypium hirsutumL. ТМ-1 А06 жанаG. дендропаркChr06
Yang Z et al.,Жаратылыш байланыштары, 2019
SC205 маниок геномунун 3.Ассамблеясы жана биаллелик дифференциациясы.Hi-C жылуулук картасы гомологдук хромосомалардын ачык бөлүнүшүн көрсөткөн.
Ху В жана башкалар,Молекулярдык өсүмдүк, 2021
4.Hi-C жылуулук картасы Ficus эки түрүнүн геномунун жыйындысы:F.microcarpa(анкердик катышы: 99,3%) жанаF.hispida (анкердик катышы: 99,7%)
Чжан X жана башкалар.Клетка, 2020
BMK Case
Баньян дарагынын жана чаңдаткыч аарынын геномдору инжир аарынын коеволюциясы жөнүндө түшүнүк берет
Жарыяланган: Клетка, 2020
Тартиптештирүү стратегиясы:
F. microcarpa геном: болжол менен.84 X PacBio RSII (36,87 Гб) + Hi-C (44 Гб)
F. hispidaгеном: болжол менен.97 X PacBio RSII (36,12 Гб) + Hi-C (60 Гб)
Eupristina verticillataгеном: болжол менен.170 X PacBio RSII (65 Гб)
Негизги жыйынтыктар
1. Эки баньян дарагынын геному жана бир чаңдаткыч аары геному PacBio секвенциясы, Hi-C жана байланыш картасынын жардамы менен курулган.
(1)F. microcarpaгеном: 426 Мб (болжолдуу геномдун көлөмүнүн 97,7%) жыйындысы 908 Кб N50 контигинде, BUSCO баллы 95,6% түзүлдү.Жалпысынан 423 Мб ырааттуулугу Hi-C тарабынан 13 хромосомага байланган.Геном аннотациясынан 29 416 протеинди коддоочу ген алынды.
(2)F. Hispidaгеном: 360 Мб (геномдун болжолдуу өлчөмүнүн 97,3%) жыйындысы N50 492 Кб жана BUSCO баллы 97,4% болгон кирешелүү болду.Жалпысынан 359 Мб ырааттуулугу Hi-C тарабынан 14 хромосомага бекитилген жана жогорку тыгыздыктагы байланыш картасына абдан окшош.
(3)Eupristina verticillataгеном: 387 Мб (болжолдуу геномдун көлөмү: 382 Мб) контиг N50 3,1 Мб жана BUSCO баллы 97,7% менен түзүлдү.
2. Салыштырмалуу геномика анализи экөөнүн ортосундагы структуралык вариациялардын көп санын аныктадыFicusадаптивдик эволюцияны изилдөө үчүн баа жеткис генетикалык ресурсту камсыз кылган геномдор.Бул изилдөө биринчи жолу геномдук деңгээлде анжир аарысынын коэволюциясы жөнүндө түшүнүк берди.
 Экинин геномдук өзгөчөлүктөрү боюнча циркос диаграммасыFicusгеномдор, анын ичинде хромосомалар, сегменттик дупликациялар (SD), транспозондор (LTR, TEs, DNA TEs), гендердин экспрессиясы жана синтениясы |  Y хромосомасынын идентификациясы жана жынысын аныктоочу талапкер ген |
Чжан, X. жана башкалар."Баньян дарагы жана чаңдаткыч аарылардын геномдору инжир-аралардын коэволюциясы жөнүндө түшүнүк берет."183.4 уячасы(2020).
