Hi-C негизиндеги геномдук ассамблея
Hi-C - жакындыкка негизделген өз ара аракеттешүүнү жана жогорку өтүмдүүлүк секвенирлөөсүн айкалыштыруу аркылуу хромосома конфигурациясын алуу үчүн иштелип чыккан ыкма. Бул өз ара аракеттенүүлөрдүн интенсивдүүлүгү хромосомалардагы физикалык аралыкка терс байланышта деп эсептелет. Ошондуктан, Hi-C маалыматтары геномдун долбоорунда чогултулган ырааттуулуктарды кластерлөө, иреттөө жана багыттоо жана аларды белгилүү сандагы хромосомаларга бекитүү үчүн колдонулат. Бул технология популяцияга негизделген генетикалык карта жок болгон учурда хромосома деңгээлиндеги геномду түзүүгө мүмкүнчүлүк берет. Ар бир геномго Hi-C керек.
Кызмат өзгөчөлүктөрү
● PE150 менен Illumina NovaSeq боюнча секвенирлөө.
● Кызмат формальдегид менен кайчылаш байланышты жана ДНК-белоктун өз ара аракеттенүүсүн сактоо үчүн алынган нуклеиндик кислоталардын ордуна кыртыш үлгүлөрүн талап кылат.
● Hi-C эксперименти жабышчаак учтарын биотин менен чектөөнү жана оңдоону, андан кийин өз ара аракеттенүүнү сактап, пайда болгон туңгуюк учтарды айлантууну камтыйт. Андан кийин ДНК стрептавидин мончоктору менен түшүрүлүп, китепкананы кийинки даярдоо үчүн тазаланат.
Кызматтын артыкчылыктары
Hi-Cге сереп салуу
(Liberman-Aiden E et al.,Илим, 2009)
●Популяциянын генетикалык маалыматтарына болгон муктаждыкты жоюу:Hi-C контиг анкери үчүн зарыл болгон маанилүү маалыматты алмаштырат.
●Жогорку маркер тыгыздыгы:90% дан жогору контиг анкердик катышына алып келет.
●Кеңири экспертиза жана жарыялоо жазуулары:BMKGene 1000 түрдүү түрлөрдүн жана ар кандай патенттердин Hi-C геномунун 2000ден ашык учурлары менен чоң тажрыйбага ээ. 200дөн ашык жарыяланган иштердин 2000ден ашуун топтолгон импакт фактору бар.
●Жогорку квалификациялуу биоинформатика командасы:Hi-C эксперименттери жана маалыматтарды талдоо үчүн ички патенттер жана программалык камсыздоонун автордук укуктары менен, өз алдынча иштелип чыккан визуализация маалымат программасы блокту кол менен жылдырууга, артка кайтарууга, жокко чыгарууга жана кайра жасоого мүмкүндүк берет.
●Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде биз натыйжаларга байланыштуу суроолорду чечүү үчүн долбоордун артынан, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардамды жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
●Комплекстүү аннотация: биз аныкталган вариациялары бар гендерге функционалдык аннотациялоо үчүн бир нече маалымат базасын колдонобуз жана бир нече изилдөө долбоорлору боюнча түшүнүктөрдү камсыз кылуу менен тиешелүү байытуу анализин жүргүзөбүз.
Кызмат спецификациялары
| Китепкана даярдоо | Секвенирлөө стратегиясы | Сунушталган маалымат чыгаруу | Сапатты көзөмөлдөө |
| Hi-C китепканасы | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Үлгү талаптары
| Ткань | Керектүү сумма |
| Жаныбарлардын ички органдары | ≥ 2 г |
| Animal Muscle | |
| Сүт эмүүчүлөрдүн каны | ≥ 2 мл |
| Канаттуулардын/Балыктын каны | |
| Өсүмдүк - жаңы жалбырак | ≥ 3 г |
| Маданияттуу клеткалар | ≥ 1x107 |
| Курт-кумурскалар | ≥ 2 г |
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
1) чийки маалыматтар QC
2) Hi-C китепканасынын QC: жарактуу Hi-C өз ара аракеттенүүсүн баалоо
3) Hi-C ассамблеясы: контигдерди топтордо кластерлөө, андан кийин ар бир топтун ичинде контиг тартиби жана контиг багытын дайындоо
4) Hi-C баалоо
Hi-C Library QC – Hi-C жарактуу өз ара жуптарды баалоо
Hi-C Ассамблеясы – статистика
Монтаждан кийинки баалоо – урналардын ортосундагы сигнал интенсивдүүлүгүнүн жылуулук картасы
BMKGeneнин Hi-C монтаждоо кызматтары тарабынан сунушталган жетишкендиктерди басылмалардын тандалып алынган жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Tian, T. жана башкалар. (2023) 'Геномдун жыйындысы жана көрүнүктүү кургакчылыкка туруктуу жүгөрү уругунун генетикалык диссекциясы', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), 496–506-беттер. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Азия бал аарысынын Apis cerana геномунун хромосома-шкала ассамблеясы', Генетикадагы чек аралар, 11, б. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Чжан, Ф. жана башкалар. (2023) 'Solanaceae үй-бүлөсүндө эки геномду талдоо аркылуу тропан алкалоид биосинтезинин эволюциясын ачуу', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), 1–18-беттер. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Чжан, X. жана башкалар. (2020) 'Баньян дарагынын жана чаңдаштыргыч аарынын геномдору анжир-аралардын коеволюциясы жөнүндө түшүнүк берет', Клетка, 183(4), 875-889.e17-беттер. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
