Бүтүндөй транскриптомдун секвенциясы - Illumina
Кызматтын артыкчылыктары
● РНКнын бардык түрлөрүн эсептөө, экспрессия жана хромосомага негизделген салыштырмалуу экспрессия боюнча баалоо
● Дифференциалдуу экспрессияланган РНКларды жана тиешелүү экспрессияларды аныктоо
● Гендердин биргелешкен экспрессиясынын анализи
● ceRNA тармагын талдоо
● Негизги гендер жол анализин камтыган
● BMKCloud негизинде жыйынтык жеткирүү: платформада жеткиликтүү жекелештирилген маалыматтарды казып алуу
● Долбоор аяктагандан кийин 3 айга жарактуу сатуудан кийинки кызматтар
Үлгү талаптары жана жеткирүү
| Китепкана | Платформа | Сунушталган маалыматтар | Маалымат QC |
| Жалпы РНК | Illumina PE150&SE50 | Circ/lnc/mRNA: 16G;miRNA: 10M окуу | Q30≥85% |
Үлгү талаптары:
Нуклеотиддер:
| Тазалык | актык | Контаминация | Суммасы |
| OD260/280≥1,7-2,5； OD260/230≥0,5-2,5； | Өсүмдүктөр үчүн: RIN≥6,5;Жаныбарлар үчүн: RIN≥7;28S/18S≥1.0;чектелген же негизги бийиктиги жок | Чектелген же жок белок же ДНК булганышы гелде көрсөтүлгөн. | Конц.≥100 нг/мкл;Көлөмү ≥ 10 мкл;Жалпысынан ≥ 2 мкг |
Кыртыш: Салмагы (кургак): ≥1 г
*5 мг аз кыртыш үчүн, биз жарк-тоңдурулган (суюк азотто) кыртыш үлгүсүн жөнөтүүнү сунуштайбыз.
Клетка суспензиясы: Клеткалардын саны = 3×107
*Биз тоңдурулган клетка лизатын жөнөтүүнү сунуштайбыз.Клеткалардын саны 5×105тен аз болсо, суюк азотто тоңдурулган жаркылдоо сунушталат.
Кан үлгүлөрү:
PA×geneBloodRNATube;
6 мл ЛТРИзол жана 2 мл кан (ТРИзол: Кан = 3: 1)
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер:
2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү этикеткалоо: Топ+репликация, мисалы, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Жөнөтүү:
1.Кургак муз: Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2.RNAstable түтүктөр: РНК үлгүлөрүн РНК стабилдештирүү түтүкчөсүндө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жөнөтүүгө болот.
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
РНК экстракциясы
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Биоинформатика
1.РНКнын бардык түрлөрүн баалоо салыштырмалуу туюнтмага негизделген
РНК экспрессиясындагы айырмачылыктардын мааниси жөнүндө циркос
2.Интеграцияланган KEGG жол тармагы
Интеграцияланган KEGG жол тармагы
3.ceRNA тармагын талдоо
ceRNA Тармакка негизделген DE-circRNA-miRNA-mRNA өз ара аракеттенүүсү
BMK Case
CircRNA экспрессия үлгүсү жана ceRNA жана miRNA–mRNA тармактары Brassica campestris CMS линиясында Anther өнүктүрүүгө тартылган
Жарыяланган:Эл аралык молекулярдык илимдер журналы,2019
NONMMUT015812-кыйратуучу КП (shRNA-2) клеткалары жана терс контролдоочу (sh-Scr) клеткалары белгилүү бир вирустук инфекциянын 6-күнү алынган.
Негизги жыйынтыктар
Бул изилдөө Полима цитоплазмасынын эркек тукумсуздугун (CMS) "Bcpol97-05A" линиясын жана "Bcajh97-01B" тукумдуу линиясын Brassica campestris L. ssp түздү.chinensis Makino, syn.B. rapa ssp.chinensis жана бүт транскриптомдук секвенирлөө аркылуу стерилдүү линиянын гүл бүчүрлөрү менен түшүмдүү линиянын ортосундагы РНК экспрессиясын профилдөөчү салыштырууларды жүргүзгөн.
1. Бардыгы болуп 31 дифференциалдуу экспрессияланган (DE) circRNAs, 47 DE miRNAs жана 4779 DE mRNAs аныкталган.
2.Ген онтологиясы (GO) анализи DE гендердин көбү чаңча дубалынын өнүгүшүнө катышканын көрсөттү.
3. DE mRNAs (анын ичинде стерилдүү линиядагы өйдө жөнгө салынган жана ылдый жөнгө салынган mRNAs тукумдуу линияга салыштырганда) KEGG жолун байытуу анализи көрсөткөндөй, "крахмал жана сахаросеметаболизм", "фенилпропаноид биосинтези", "пентоза жана глюкуронат интеркониондору" ” эң байытылган зат алмашуу жолдору болгон.
 дифференциалдуу туюнтулган мРНКлардын KEGG жолун байытуу анализи |  Дифференциалдуу экспрессияланган мРНКлардын ген онтологиясы (GO) классификациясы |  DEcircRNA–DEmiRNA–DEmRNA үч тармактын көрүнүшү |
Шилтеме
Liang Y, Zhang Y, Xu L жана башкалар.CircRNA экспрессия үлгүсү жана ceRNA жана miRNA–mRNA тармактары Brassica campestris[J] CMS линиясында Anther өнүктүрүүгө тартылган.Эл аралык Молекулярдык илимдер журналы, 2019, 20(19):4808-.DOI: 10.3390/ijms20194808
