Бүтүндөй транскриптомдук ырааттуулук – Иллюмина
Өзгөчөлүктөрү
● Толук транскриптомдун ырааттуулугу үчүн кош китепкана: рРНКнын азайышы, андан кийин PE150 китепканасын даярдоо жана өлчөмүн тандоо, андан кийин SE50 китепканасын даярдоо
● өзүнчө биоинформатика отчетторунда mRNA, lncRNA, circRNA жана miRNAнын толук биоинформатика анализи
● Бирдиктүү отчетто бардык РНК экспрессияларынын биргелешкен анализи, анын ичинде ceRNA тармактарынын анализи.
Кызматтын артыкчылыктары
●Регулятивдик тармактарды терең талдоо: ceRNA тармагын талдоо mRNA, lncRNA, circRNA жана miRNA биргелешкен секвенирлөө жана толук биоинформатикалык иш агымы аркылуу иштетилет.
●Комплекстүү аннотация: Биз дифференциалдык экспрессияланган гендерди (DEGs) функционалдык түрдө аннотациялоо үчүн бир нече маалымат базасын колдонобуз жана транскриптомдук жооптун негизинде жаткан уюлдук жана молекулярдык процесстерге түшүнүк берүү менен тиешелүү байытуу анализин жүргүзөбүз.
●Extensive Expertise: Ар кандай изилдөө чөйрөсүндөгү 2100дөн ашуун бүтүндөй транскриптомдук долбоорлорду ийгиликтүү жабуунун тажрыйбасы менен биздин команда ар бир долбоорго бай тажрыйбаны алып келет.
●Катуу сапатты көзөмөлдөө: Биз үлгүлөрдү жана китепкананы даярдоодон секвенирлөө жана биоинформатикага чейинки бардык этаптарда негизги контролдук пункттарды ишке ашырабыз. Бул кылдат мониторинг ырааттуу жогорку сапаттагы натыйжаларды берүүнү камсыз кылат.
●Сатуудан кийинки колдоо: Биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде биз натыйжаларга байланыштуу бардык суроолорду чечүү үчүн долбоордун артынан мониторинг жүргүзүү, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардам жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Үлгү талаптары жана жеткирүү
| Китепкана | Секвенирлөө стратегиясы | Берилиштер сунушталат | Сапатты көзөмөлдөө |
| рРНК азайып кеткен | Illumina PE150 | 16 Гб | Q30≥85% |
| Өлчөм тандалды | Illumina SE50 | 10-20 миллион окуу |
Үлгү талаптары:
Нуклеотиддер:
| Конц.(нг/мкл) | Суммасы (мкг) | Тазалык | актык |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Чектелген же жок белок же ДНК булганышы гелде көрсөтүлгөн. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; чектелген же негизги бийиктиги жок |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү этикеткалоо: Топ+репликация, мисалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жөнөтүү:
1. Кургак муз: Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2. RNAstable түтүктөр: РНК үлгүлөрүн РНКны турукташтыруучу түтүктө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жөнөтүүгө болот.
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
РНК экстракциясы
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Биоинформатика
РНК экспрессиясы
Дифференциалдык экспрессияланган гендер
ceRNA анализи
Дифференциалдык экспрессияланган миРНКлар жана ага байланыштуу РНКлар
BMKGene'нин бүткүл транскриптомдук секвенирлөө кызматтары тарабынан сунушталган илимий жетишкендиктерди басылмалардын тандалып алынган жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Дай, Y. жана башкалар. (2022) 'РНК секвенциясы менен аныкталган Кашин-Бек оорусунда mRNAs, lncRNAs жана miRNAs комплекстүү экспрессия профилдери', Molecular Omics, 18(2), 154–166-беттер. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Лю, N. нан жана башкалар. (2022) 'Кыштоо мезгилинде Чанбай тоосундагы Apis cerana суукка туруктуулугуна толук узундуктагы транскриптомдордун анализи.', Ген, 830, 146503–146503-беттер. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Чакан клеткалуу өпкө рагы менен атаандашып жаткан эндогендик РНК жөнгө салуу тармактарынын Multi-Omics Integration-негизделген артыкчылыктары: Молекулярдык мүнөздөмөлөрү жана дары талапкерлер', Онкологиядагы чек ара, 12, б. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Сю, П. жана башкалар. (2022) 'lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA экспрессия профилдеринин комплекстүү анализи жержаңгактын тамыр түйүнүндөгү нематоддорго жооп катары потенциалдуу механизмдерге жаңы түшүнүктөрдү ачып берет', BMC Genomics, 23(1), 1-12-беттер. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Ян, З. жана башкалар. (2022) 'Бүткүл транскриптомдук РНК секвенциясы кызыл LED нурлануусу менен брокколиде түшүм жыйнагандан кийинки сапатты сактоо менен байланышкан молекулярдык механизмдерди баса белгилейт', Посттракциондук Биология жана Технология, 188, б. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
