16S/18S/ITS Ампликондук секвенирлөө-PacBio
Кызматтын өзгөчөлүктөрү
● Секвенирлөө платформасы: PacBio Revio
● Ырааттуулук режими: CCS (HiFi окуулары)
● HiFi SMRT коңгуроо китепканасын даярдоодон мурун максаттуу аймакты күчөтүү жана андан кийин ампликондорду тандемдик байланыштыруу
Кызматтын артыкчылыктары
●Жогорку таксономиялык чечилиш: Than кыска ампликондук секвенирлөөсү,түр деңгээлинде OTU классификациясынын жогорку көрсөткүчтөрүн камсыз кылат.
●Жогорку тактыктагы базалык чалууPacBio CCS режимин ырааттуулукка келтирүү (HiFi окуулары).
●ИзоляциясызАйлана-чөйрөнүн үлгүлөрүндөгү микробдук курамды тез аныктоо.
●Кеңири колдонулатАр кандай микробдук коомчулуктарды изилдөө.
●Комплекстүү биоинформатикалык анализМаалымат базасы, аннотация, OTU/ASV жагынан ар кандай анализдери бар акыркы QIIME2 пакети (микробдук экологияга сандык түшүнүк).
●Кеңири экспертизаЖыл сайын миңдеген ампликон секвенирлөө долбоорлору жүргүзүлүп, BMKGENE он жылдан ашык тажрыйбага, жогорку квалификациялуу талдоо тобуна, ар тараптуу мазмунга жана эң сонун сатуудан кийинки колдоого ээ.
Кызматтын мүнөздөмөлөрү
| Китепкана | Ырааттуулук стратегиясы | Сунушталган маалыматтар |
| Ампликон | PacBio Revio | 10/30/50 миң тегдер (CCS) |
Үлгү талаптары
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы көлөмү (мкг) | Көлөмү (µL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Үлгүлөрдү суюк азотто 3-4 саат тоңдуруңуз жана суюк азотто же -80 градус температурада узак мөөнөткө сактоого чейин сактаңыз. Үлгүнү кургак муз менен жеткирүү талап кылынат.
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Төмөнкү анализди камтыйт:
● Чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
●OTU кластерлөө/Ызы-чууну басуу (ASV)
●OTU аннотациясы
●Альфа ар түрдүүлүгүн талдоо: Шеннон, Симпсон жана ACE сыяктуу бир нече индекстер.
●Бета ар түрдүүлүктү талдоо
●Топтор аралык анализ
●Корреляциялык анализ: айлана-чөйрөнүн факторлору менен OUT курамынын жана ар түрдүүлүгүнүн ортосундагы
●16S функционалдык генди алдын ала айтуу
Таксономиялык бөлүштүрүүнүн гистограммасы
Коомчулуктун таралышы филогенетикалык дарак
Альфа ар түрдүүлүк анализи: ACE
индекс
Бета ар түрдүүлүктү талдоо: PCoA
Топтор аралык анализ: ANOVA
BMKGene компаниясынын PacBio менен биргеликте ампликондук секвенирлөө кызматтары аркылуу жетишилген жетишкендиктерди тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Гао, Х. жана Ван, Х. (2023) 'Альп шалбаасындагы эки өсүү стадиясындагы альп меринос койлорунун ар кандай фенологияга адаптациялануу учурундагы (кайра жашылданган жана чөптүү) карын бактерияларынын профилдеринин жана функцияларынын салыштырмалуу анализи', Fermentation, 9(1), б. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Ли, С. жана башкалар (2023) 'Культуромикага негизделген метагеномиканы жана жогорку чечилиштеги анализди колдонуу менен чөл топурактарындагы микробдук караңгы затты тартуу', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), 1–14-беттер. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Му, Л. жана башкалар (2022) 'Беде, күрүчтүн саманы жана буудай кебеги менен даярдалган аралаш силостун ачытуу мүнөздөмөлөрүнө, бактериялардын ар түрдүүлүгүнө жана аэробдук туруктуулугуна май кислотасынын туздарынын таасири', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), 1475–1487-беттер. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) 'Чоңдордогу зебра балыгында оксазолон менен шартталган ичегидеги кычкылдануу стрессиндеги Sonchus brachyotus DC экстракттарынын антиоксиданттык таасириндеги кычкылдануу стрессинин биомаркерлери менен ичеги микробиотасынын өз ара аракеттенүүсү', Антиоксиданттар 2023, 12-том, 192-бет, 12(1), 192-бет. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
