16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Кызматтын артыкчылыктары
ØУзак окуулар 16S/18S/ITS толук узундугун ачып берет
ØPacBio CCS режиминин ырааттуулугу менен абдан так базалык чалуу
ØOTU/ASV аннотациясында түр деңгээлиндеги резолюция
ØАкыркы QIIME2 маалымат базасы, аннотация, OTU/ASV жагынан ар түрдүү анализдер менен агымды талдоо.
ØАр түрдүү микробдук коомчулуктун изилдөөлөрүндө колдонулат
ØBMK топурак, суу, газ, ылай, заң, ичеги, тери, ачытуу сорпосу, курт-кумурскалар, өсүмдүктөр, ж.
ØBMKCloud 45 жекелештирилген талдоо куралдарын камтыган маалыматтарды чечмелөөгө жардам берди
Кызмат спецификациялары
| СеквенциялооПлатформа | Китепкана | Сунушталган маалымат кирешеси | Болжолдуу айлануу убактысы |
| PacBio уландысы II | SMRT-коңгуроо | 5K/10K/30K CCS | 30 күн |
Биоинформатика анализдери
üЧийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
üOTU кластерлөө/Чуулоо (ASV)
üOTU аннотациясы
üAlpha көп түрдүүлүгү
üБета ар түрдүүлүк
üТоп аралык талдоо
üЭксперименттик факторлорго каршы ассоциация анализи
üФункционалдык генди болжолдоо
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
үчүнДНК экстракттары:
| Үлгү түрү | Суммасы | Концентрация | Тазалык |
| ДНК экстракттары | ＞ 1 мкг | ＞ 20 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Экологиялык үлгүлөр үчүн:
| Үлгү түрү | Сунушталган үлгүлөрдү алуу процедурасы |
| Топурак | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Калган соолуп калган затты бетинен алып салуу керек;Чоң бөлүктөрүн майдалап, 2 мм фильтрден өткөрөт;Стерилдүү EP-түтүктөгү же резервациялоо үчүн киротүбдөгү аликвот үлгүлөрү. |
| заң | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн үлгүлөрдү чогултуу жана аликвот. |
| Ичеги мазмуну | Үлгүлөрдү асептикалык шартта иштетүү керек.PBS менен чогултулган кыртыштарды жуу;PBS центрифугасы жана EP-түтүкчөлөрдөгү чөктүргүчтү чогултуу. |
| Ылай | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн ылай үлгүсүн чогултуңуз жана аликвот алыңыз |
| Суу дене | Чектелген сандагы микробдук үлгү үчүн, мисалы, суу түтүгү, кудуктун суусу, ж.б., кеминде 1 л суу чогултуп, мембранадагы микробду байытуу үчүн 0,22 мкм чыпкадан өткөрүңүз.Мембрананы стерилдүү түтүктө сактаңыз. |
| Тери | Теринин бетин стерилденген кебез же хирургиялык бычак менен кылдат кырып, аны стерилдүү түтүккө салыңыз. |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Үлгүлөрдү суюк азотто 3-4 саат тоңдуруңуз жана суюк азотто же -80 градуска чейин узак мөөнөткө сактаңыз.кургак муз менен үлгү жеткирүү талап кылынат.
Кызматтын иш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
1.V3+V4(Illumina) негизиндеги микробдук коомчулуктун профилин түзүүнүн аннотация ылдамдыгы. Толук узундуктагы (PacBio) негизиндеги профилдөө.
(Статистикага туш келди тандалып алынган 30 долбоордун маалыматтары колдонулган)
2. Түрдүү үлгүлөрдүн түрлөрүндө түр деңгээлинде толук узундуктагы ампликон секвенирлөөнүн аннотациясынын ылдамдыгы
3. Түрлөрдүн таралышы
4. Филогенетикалык дарак
BMK Case
Мышьяктын таасири ичеги-карын тосмосунун бузулушуна алып келет жана натыйжада ичеги-боор огу активдешип, өрдөктөрдүн боорунун сезгенишине жана пироптозуна алып келет.
Жарыяланган:Жалпы айлана-чөйрө илими,2021
Тартиптештирүү стратегиясы:
Үлгүлөр: Контролдук 8 мг/кг АТОго дуушар болгон топко каршы
Тартиптүү маалымат кирешеси: жалпысынан 102 583 чийки CCS ырааттуулугу
Control: 54,518 ± 747 натыйжалуу CCS
ATO-ачык : 45,050 ± 1675 эффективдүү CCS
Негизги жыйынтыктар
Альфа ар түрдүүлүгү:ATO таасири өрдөктөрдүн ичеги микробдорунун байлыгын жана ар түрдүүлүгүн олуттуу өзгөрттү.
Метастат анализи:
Филум деңгээлинде: 2 бактерия филасы контролдук топтордо гана аныкталган
Урук деңгээлинде: 6 уруу салыштырмалуу көптүгү боюнча бир топ айырмаланган
Түр деңгээлинде: Бардыгы болуп 36 түр аныкталган, алардын ичинен 6 түрү салыштырмалуу көптүгү боюнча бир топ айырмаланып турат.
Шилтеме
Thingholm, LB, et al."2-типтеги кант диабети менен жана ансыз семиз адамдар ичегидеги микробдук функцияларды жана курамын ар кандай көрсөтөт."Cell Host & Microbe26.2(2019).
