Эволюциялык генетика
Кызматтын артыкчылыктары
Такаги жана башкалар.Өсүмдүк журналы, 2013
● Нуклеотиддердин жана аминокислоталардын деңгээлиндеги вариациялардын негизинде түрлөрдүн дивергенция убактысын жана ылдамдыгын баалоо
● Конвергенттик эволюциянын жана параллелдүү эволюциянын минималдуу таасири менен түрлөрдүн ортосундагы ишенимдүү филогенетикалык байланыштын ачылышы
● Белгилүү гендерди ачуу үчүн генетикалык өзгөрүүлөр менен фенотиптердин ортосундагы байланыштарды түзүү
● Түрлөрдүн эволюциялык потенциалын чагылдырган генетикалык көп түрдүүлүктү баалоо
● Тезирээк кайтаруу убактысы
● Кеңири тажрыйба: BMK 12 жылдан ашык убакыттан бери жүздөгөн түрлөрдү камтыган популяциялык жана эволюцияга байланыштуу долбоорлордо чоң тажрыйба топтогон жана Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal ж.б. басылып чыккан 80ден ашуун жогорку деңгээлдеги долбоорлорго салым кошкон.
Кызмат спецификациялары
Материалдар:
Адатта, кеминде үч субпопуляция (мисалы, түрчөлөр же штаммдар) сунушталат.Ар бир субпопуляция 10дон кем эмес индивиддерди камтышы керек (Өсүмдүктөрдү ＞15, сейрек кездешүүчү түрлөр үчүн азайтууга болот).
Тартиптештирүү стратегиясы:
* WGS жогорку сапаттагы эталондук геному бар түрлөр үчүн колдонулушу мүмкүн, ал эми SLAF-Seq шилтеме геному бар же ансыз түрлөргө, же сапаты начар референттик геномго тиешелүү.
| Геном өлчөмүнө карата колдонулат | WGS | SLAF-Тегтер (×10 000) |
| ≤ 500 Мб | 10×/жеке | WGS көбүрөөк сунушталат |
| 500 Мб - 1 Гб | 10 | |
| 1 Гб - 2 Гб | 20 | |
| ≥2 Гб | 30 |
Биоинформатика анализи
● Эволюциялык анализ
● Тандап тазалоо
● Ген агымы
● Демографиялык тарых
● Дивергенция убактысы
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
| Түрлөр | Ткань | WGS-NGS | SLAF |
| Жаныбар
| Висцералдык кыртыш |
0,5~1г
|
0,5 г
|
| Булчуң тканы | |||
| Сүт эмүүчүлөрдүн каны | 1,5 мл
| 1,5 мл
| |
| Канаттуулардын/Балыктын каны | |||
| Өсүмдүк
| Fresh Leaf | 1~2г | 0,5~1г |
| Жапчагы/Саңгы | |||
| Root/Seed | |||
| Клеткалар | Маданияттуу клетка |
| гДНК | Концентрация | Суммасы (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1,6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0,1 | - |
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
*Бул жерде көрсөтүлгөн демо натыйжалары BMKGENE менен жарыяланган геномдордон алынган
1.Эволюция анализи генетикалык вариацияларга негизделген филогенетикалык дарактын, популяциянын структурасын жана PCA курулушун камтыйт.
Филогенетикалык дарак ата-теги жалпы түрлөрдүн ортосундагы таксономиялык жана эволюциялык мамилелерди билдирет.
PCA суб-популяциялардын ортосундагы жакындыкты визуализациялоого багытталган.
Популяциянын структурасы аллель жыштыктары боюнча генетикалык жактан айырмаланган субпопуляциянын болушун көрсөтөт.
Чен, ж.б.ал.,PNAS, 2020
2. Тандалма шыпыруу
Тандалма шыпыруу - бул пайдалуу сайт тандалып алынган жана байланышкан нейтралдуу сайттардын жыштыгы көбөйүп, байланышы жок сайттардын жыштыгы азайып, натыйжада аймактык кыскарган процесс.
Селективдүү тазалоо аймактарында жалпы геномду аныктоо белгилүү бир кадамда (10 Кб) жылма терезенин (100 Кб) ичиндеги бардык SNPлердин популяциясынын генетикалык индексин (π，, Fst, Tajima's D) эсептөө аркылуу иштетилет.
Нуклеотиддердин ар түрдүүлүгү (π）
Тажиманын Д
Фиксация индекси (Fst)
Ву, ж.б.ал.,Молекулярдык өсүмдүк, 2018
3.Gene Flow
Ву, ж.б.ал.,Молекулярдык өсүмдүк, 2018
4. Демографиялык тарых
Чжан ж.б.ал.,Жаратылыш экологиясы жана эволюциясы, 2021
5. Дивергенция убактысы
Чжан ж.б.ал.,Жаратылыш экологиясы жана эволюциясы, 2021
BMK Case
Геномдук вариация картасы жазгы кытай капустасынын (Brassica rapa ssp. Pekinensis) тандоосунун генетикалык негиздери жөнүндө түшүнүк берет.
Жарыяланган: Молекулярдык өсүмдүк, 2018
Тартиптештирүү стратегиясы:
Resequencing: секвенирлөө тереңдиги: 10×
Негизги жыйынтыктар
Бул изилдөөдө 194 кытай капустасы 10 × орточо тереңдик менен кайра секвенирлөө үчүн иштетилген, андан 1 208 499 SNP жана 416 070 InDels алынган.Бул 194 сызык боюнча филогенетикалык анализ бул сызыктарды жаз, жай жана күз деп үч экотипке бөлүүгө болорун көрсөттү.Кошумчалай кетсек, популяциянын структурасы жана ПКАнын анализи жазгы кытай капустасы Кытайдын Шаньдун шаарындагы күзгү капустадан келип чыкканын көрсөттү.Кийинчерээк булар Кореяга жана Японияга киргизилип, жергиликтүү линиялар менен кесилишкен жана алардын кээ бир кеч болтурулган сорттору кайра Кытайга киргизилген жана акырында жазгы кытай капустасына айланган.
Жазгы кытай капусталарын жана күзгү капусталарды тандоо боюнча геномдук сканерлөө күчтүү тандоодон өткөн 23 геномдук локустарды аныктады, алардын экөө QTL-карталоонун негизинде болтинг-убакыт контролдоочу аймак менен капталган.Бул эки аймакта гүлдөөнү жөнгө салуучу негизги гендер бар экени аныкталган, BrVIN3.1 жана BrFLC1.Бул эки ген дагы транскриптомдук изилдөө жана трансгендик эксперименттер аркылуу болтинг убактысына тартылганы тастыкталды.
 Кытай капустасы боюнча калктын структурасын талдоо |  Кытай капустасын тандоо боюнча генетикалык маалымат |
Тонгбинг жана башкалар."Геномдук вариация картасы жазгы кытай капустасынын (Brassica rapa ssp.pekinensis) тандоосунун генетикалык негиздери жөнүндө түшүнүк берет."Молекулярдык өсүмдүктөр,11(2018):1360-1376.
