Эволюциялык генетика
Кызматтын артыкчылыктары
Такаги жана башкалар,Өсүмдүктөр журналы, 2013
●Комплекстүү биоинформатикалык анализ:түрлөрдүн эволюциялык потенциалын чагылдырган генетикалык ар түрдүүлүктү баалоону камсыз кылуу жана конвергенттик эволюция менен параллелдүү эволюциянын минималдуу таасири менен түрлөрдүн ортосундагы ишенимдүү филогенетикалык байланышты аныктоо.
●Кошумча ылайыкташтырылган талдоо: мисалы, нуклеотид жана аминокислоталар деңгээлиндеги өзгөрүүлөргө негизделген дивергенция убактысын жана ылдамдыгын баалоо.
●Кеңири экспертиза жана жарыяланган жазууларBMKGene 15 жылдан ашык убакыттан бери популяция жана эволюциялык генетика долбоорлорунда миңдеген түрлөрдү камтыган ири тажрыйба топтоп, Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal ж.б. басылмаларында жарыяланган 1000ден ашык жогорку деңгээлдеги долбоорлорго салым кошкон.
● Жогорку квалификациялуу биоинформатика командасы жана кыска анализ циклиӨркүндөтүлгөн геномдук анализ жаатында чоң тажрыйбага ээ болгон BMKGene командасы ар тараптуу анализдерди тез арада жүргүзөт.
● Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз долбоорду аяктоодон тышкары, 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтүн камтыйт. Бул убакыттын ичинде биз долбоорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүүгө жардам берүү жана жыйынтыктарга байланыштуу ар кандай суроолорго жооп берүү үчүн суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Кызмат көрсөтүүнүн мүнөздөмөлөрү жана талаптары
| Ырааттуулуктун түрү | Сунушталган калктын масштабы | Ырааттуулук стратегиясы | Нуклеотидге болгон талаптар |
| Бүтүндөй геномдук ырааттуулук | ≥ 30 адам, ар бир кичи топтон ≥ 10 адам
| 10x | Концентрациясы: ≥ 1 нг/мкл Жалпы суммасы ≥ 30 мг Деградация же булгануу чектелген же такыр жок |
| Белгилүү бир локус менен күчөтүлгөн фрагмент (SLAF) | Тегдин тереңдиги: 10x Тегдердин саны: <400 Мб: WGS сунушталат <1Гб: 100 миң тег 1 Гб >2 Гб: 300 миң тег Эң көп дегенде 500 миң тег | Концентрациясы ≥ 5 нг/µL Жалпы суммасы ≥ 80 нг Нанотамчы OD260/280=1.6-2.5 Агароза гели: бузулбайт же булганбайт
|
Кызмат көрсөтүүнүн жумуш агымы
Эксперименттик дизайн
Үлгү жеткирүү
Китепкана куруу
Ырааттуулук
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Кызмат популяциянын түзүмүн талдоону (филогенетикалык дарак, PCA, популяциянын стратификация диаграммасы), популяциянын ар түрдүүлүгүн жана популяцияны тандоону (байланыш тең салмаксыздыгы, тандалма шыпыруу - пайдалуу жерлерди тандоо) камтыйт. Кызмат ошондой эле жекелештирилген талдоону камтышы мүмкүн (мисалы, дивергенция убактысы, ген агымы).
*Бул жерде көрсөтүлгөн демо жыйынтыктардын баары BMKGENE менен жарыяланган геномдордон алынган
1. Эволюциялык анализ генетикалык вариацияларга негизделген филогенетикалык даракты, популяциянын түзүмүн жана PCAны түзүүдөн турат.
Филогенетикалык дарак жалпы ата-бабалары бар түрлөрдүн ортосундагы таксономиялык жана эволюциялык мамилелерди билдирет.
PCA субпопуляциялардын ортосундагы жакындыкты элестетүүгө багытталган.
Популяциянын түзүлүшү аллель жыштыктары боюнча генетикалык жактан айырмаланган субпопуляциянын бар экендигин көрсөтөт.
Чен жана башкалар,ПНАС, 2020
2. Тандалма шыпыруу
Тандалма шыпыруу - бул пайдалуу сайтты тандап алуу жана байланышкан нейтралдуу сайттардын жыштыгын көбөйтүү жана байланышпаган сайттардын жыштыгын азайтуу процесси, бул аймактык байланыштын азайышына алып келет.
Тандалма шыпыруу аймактарында геном боюнча аныктоо белгилүү бир кадамда (10 Кб) жылма терезенин ичиндеги (100 Кб) бардык SNPлердин популяциялык генетикалык индексин (π，Fst, Тажиманын D) эсептөө жолу менен иштетилет.
Нуклеотиддердин ар түрдүүлүгү (π)
Тажиманын D
Фиксация индекси (Fst)
Ву жана башкалар,Молекулярдык өсүмдүк, 2018
3. Ген агымы
Ву жана башкалар,Молекулярдык өсүмдүк, 2018
4. Демографиялык тарых
Чжан жана башкалар,Жаратылыш экологиясы жана эволюциясы, 2021
5. Дивергенция убактысы
Чжан жана башкалар,Жаратылыш экологиясы жана эволюциясы, 2021
BMKGeneнин эволюциялык генетика кызматтарынын жетишкендиктерин атайын тандалган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз:
Хассаняр, А.К. жана башкалар (2023) 'Толук геномду кайра секвенирлөө жолу менен Apis cerana cerana личинкаларындагы сакброд вирусуна туруктуулук менен байланышкан SNP молекулярдык маркерлерин жана кандидат гендерин ачуу',Эл аралык молекулярдык илимдер журналы, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Чай, Ж. жана башкалар (2022) 'Жапайы, генетикалык жактан таза кытайлык алп саламандранын табылышы жаңы сактоо мүмкүнчүлүктөрүн жаратат',Зоологиялык изилдөө, 2022, 43-том, 3-чыгарылыш, Барактар: 469-480, 43(3), 469–480-беттер. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Хан, М. жана башкалар (2022) 'Цинхай-Тибет платосундагы жергиликтүү Elymus sibiricus L. өсүмдүктүн филологиялык үлгүсү жана популяциянын эволюция тарыхы',Өсүмдүк таануудагы чек аралар, 13, б. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Ван, Дж. жана башкалар (2022) «Хромосома деңгээлиндеги геном жыйындысынан жана лонгандардын популяциялык геномикасынан лонган эволюциясына геномдук түшүнүктөр»,Бакчачылыкты изилдөө, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
