BMKCloud Log in
条形بینر-03

خبریں

جینوم ارتقاء

جینوم ڈی نوو
اسمبلی|جنس کا تعین مکمل ترتیب کے کام اور جزوی بایو انفارمیٹک خدمات Biomarker Technologies کے ذریعہ فراہم کی گئیں۔

خلاصہ

"سیڈریگنز کی مشہور فینوٹائپ میں پتوں کی طرح کا ضمیمہ، بغیر دانتوں والا نلی نما منہ، اور مردانہ حمل شامل ہے جس میں کھلے "بروڈ پیچ" پر فرٹیلائزڈ انڈوں کا انکیوبیشن شامل ہے۔ہم نے عام سی ڈریگن (Phyllopteryx taeniolatus) اور اس کے قریب سے متعلقہ پرجاتیوں، ایلیگیٹر پائپ فش (Syngnathoides biaculeatus) کے نر اور مادہ جینوم کو ترتیب دیا ہے۔ایک ارتقائی نیاپن سے ٹرانسکرپشن پروفائلز، پتوں کی طرح کے ضمیمہ، ظاہر کرتے ہیں کہ جینوں کا ایک سیٹ جو عام طور پر فن کی نشوونما میں شامل ہوتا ہے اور ساتھ ہی ممکنہ ٹشو کی مرمت اور مدافعتی دفاعی جینوں کے لیے ٹرانس اسکرپٹس کی افزودگی کا انتخاب کیا گیا ہے۔scpp5 کے لیے zebrafish mutants، جو کہ تمام syngnathids میں کھو جاتا ہے، میں pharyngeal دانتوں کی کمی یا خرابی پائی گئی، اس مفروضے کی تائید کرتے ہوئے کہ scpp5 کے نقصان نے syngnathids میں دانتوں کے ضائع ہونے میں اہم کردار ادا کیا ہے۔عام سی ڈریگن اور ایلیگیٹر پائپ فش کے ذریعہ مشترکہ مردانہ مخصوص amhr2y جین کو انکوڈنگ کرنے والی ایک پوٹیو جنس – تعین کرنے والے لوکس کی شناخت کی گئی۔ "

مواد اور طریقے:

مواد

Fہمارا مشترکہ سمندری ڈریگن (P. taeniolatus) اور دو مگرمچھ پائپ فش (ایس بائیکولیٹس) نمونےدو عام سیڈریگن (ایک نر اور ایک مادہ) اور دو ایلیگیٹر پائپ فش (ایک نر اور ایک مادہ) افراد کو پورے جینوم کی ترتیب کے لیے استعمال کیا گیا تھا، اور دو دیگر مرد عام سیڈریگن افراد کو جینوم کی ترتیب کے لیے استعمال کیا گیا تھا۔

جینوم کی ترتیب کی حکمت عملی

270/350 bp لائبریری (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) یا Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000)۔ ترتیب، اور دو دیگر مرد عام سیڈریگن افراد کو جینوم کی تلاش کے لیے استعمال کیا گیا۔

ٹرانسکرپٹوم کی ترتیب

Fیا عام سی ڈریگن، دماغ، آنکھ، گل، جگر، دل، گردہ، میسنٹری، آنت، پٹھوں، پنکھ، جلد، پتی کی طرح کے اپینڈیجز، خصیوں اور بیضہ دانی کو جمع کیا گیا تھا۔

جینوم ڈی نوو اسمبلی کی حکمت عملی

Canu (تصحیح) + WTDBG2 (اسمبلی) + Pilon (پولش) + Lachesis (Hi-C)۔

اہم نتائج

تصویر-1۔-عام-سیڈراگون-P.-taeniolatus-and-alligator-pipefish-S-کی-کلیدی خصوصیات

تصویر 1. عام سی ڈریگن (P. taeniolatus) اور ایلیگیٹر پائپ فش (S. biaculeatus) کی اہم خصوصیات اور ان کی فائیلوجنیٹک پوزیشن۔

تصویر-2.-مورفولوجی-اور-جینیاتی-میک اپ-کی-پتے کی طرح-اپنڈیجز-میں-عام-سیڈراگون-P

تصویر 2. عام سی ڈریگن (P. taeniolatus) میں پتوں کی طرح کے ضمیموں کی شکل اور جینیاتی میک اپ۔

تصویر.-3.-Putative-جنسی-عزم-جین-میں-عام-سیڈراگون-P.-taeniolatus-and-alligator-pipefish-S.-biaculeatus-

تصویر 3. کامن سی ڈریگن (P. taeniolatus) اور ایلیگیٹر پائپ فش (S. biaculeatus) میں جنسی تعین کرنے والا جین۔

تصویر۔4

تصویر 4. زیبرا فش ایس سی پی پی 5 ہوموزائگس اتپریورتیوں میں فارینجیل ٹوتھ فینوٹائپس۔


پوسٹ ٹائم: جنوری 08-2022

اپنا پیغام ہمیں بھیجیں: