ԳԵՆՈՄԻ ԷՎՈԼՈՒՑԻԱ
Genome De novo
Համագումար|Սեռի որոշում Ամբողջ հաջորդականության աշխատանքները և մասնակի բիոինֆորմատիկական ծառայությունները տրամադրվել են Biomarker Technologies-ի կողմից:
Վերացական
«Ծովային վիշապների խորհրդանշական ֆենոտիպը ներառում է տերևանման կցորդներ, անատամ խողովակաձև բերան և արական հղիություն, որը ներառում է բեղմնավորված ձվերի ինկուբացիա բաց «ծննդաբերության շերտի վրա»:Մենք նոր ենք հաջորդականացրել սովորական ծովային վիշապի (Phyllopteryx taeniolatus) և նրա սերտ առնչվող տեսակների՝ ալիգատոր խողովակաձկների (Syngnathoides biaculeatus) արական և էգ գենոմները:Էվոլյուցիոն նորույթի տառադարձման պրոֆիլները՝ տերևանման հավելումները, ցույց են տալիս, որ գեների մի շարք, որոնք սովորաբար ներգրավված են լողակների զարգացման մեջ, համախմբվել են, ինչպես նաև հարստացել են տրանսկրիպտները՝ պոտենցիալ հյուսվածքների վերականգնման և իմունային պաշտպանության գեների համար:Զեբրաձկան մուտանտները scpp5-ի համար, որը կորած է բոլոր սինգնաթիդներում, բացակայում են կամ դեֆորմացված ֆարինգիալ ատամներ ունեն, ինչը հաստատում է այն վարկածը, որ scpp5-ի կորուստը նպաստել է սինգնաթիդների ատամների կորստին:Հայտնաբերվել է ենթադրյալ սեռը որոշող տեղանք, որը կոդավորում է արական հատուկ amhr2y գենը, որը կիսում է ընդհանուր ծովային վիշապը և ալիգատորը: »
Նյութեր եւ մեթոդներ:
Նյութեր
Fմեր ընդհանուր ծովային վիշապը (P. taeniolatus) և երկու ալիգատոր խողովակաձուկ (S. biaculeatus) նմուշներ.Երկու սովորական ծովային վիշապ (մեկ արու և մեկ էգ) և երկու ալիգատոր խողովակաձուկ (մեկ արու և մեկ էգ) օգտագործվել են ամբողջ գենոմի հաջորդականության համար, և երկու այլ արու սովորական ծովավիշապ անհատներ օգտագործվել են գենոմի կրկնօրինակման համար:
Գենոմի հաջորդականության ռազմավարություն
270/350 bp գրադարան (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) կամ Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000) հաջորդականությունը, և երկու այլ արական ընդհանուր ծովային վիշապ անհատներ օգտագործվել են գենոմի վերահաշվարկի համար:
Տրանսկրիպտոմի հաջորդականություն
Fկամ սովորական ծովավիշապը, ուղեղը, աչքը, մաղձը, լյարդը, սիրտը, երիկամը, միջնուղեղը, աղիքները, մկանները, լողակները, մաշկը, տերևանման հավելումները, ամորձիները և ձվարանները:
Genome de novo հավաքման ռազմավարություն
Canu (Ուղղում) + WTDBG2 (Հավաքում) + Pilon (Լեհերեն) + Lachesis (Hi-C):
Հիմնական արդյունքները
Նկ. 1. Ընդհանուր ծովային վիշապի (P. taeniolatus) և ալիգատոր խողովակաձկների (S. biaculeatus) հիմնական առանձնահատկությունները և նրանց ֆիլոգենետիկ դիրքերը:
Նկ. 2. Ընդհանուր ծովային վիշապի տերևանման հավելումների մորֆոլոգիան և գենետիկական կազմը (P. taeniolatus):
Նկ. 3. Սեռի որոշման ենթադրյալ գեն սովորական ծովային վիշապի (P. taeniolatus) և ալիգատոր խողովակաձկան մեջ (S. biaculeatus):
Նկ. 4. Ֆարինգիալ ատամի ֆենոտիպերը zebrafish scpp5 հոմոզիգոտ մուտանտներում:
Հրապարակման ժամանակը՝ Հունվար-08-2022