GENOME EVOLUSIE
Genome De novo
Vergadering|Geslagsbepaling Die hele opeenvolgingswerke en gedeeltelike bioinformatiese dienste is deur Biomarker Techonologies verskaf.
Abstrak
“Die ikoniese fenotipe van seedrake sluit blaaragtige aanhangsels, 'n tandlose buisvormige mond en manlike swangerskap in wat inkubasie van bevrugte eiers op 'n oop "broodpleister" behels.Ons het manlike en vroulike genome van die gewone seedraak (Phyllopteryx taeniolatus) en sy naverwante spesies, die alligator-pypvis (Syngnathoides biaculeatus) de novo-volgorde gemaak.Transkripsieprofiele van 'n evolusionêre nuwigheid, die blaaragtige aanhangsels, toon dat 'n stel gene wat tipies by vinontwikkeling betrokke is, gekoöpteer is, asook 'n verryking van transkripsies vir potensiële weefselherstel- en immuunverdedigingsgene.Daar is gevind dat die sebravismutante vir scpp5, wat in alle syngnathids verlore gaan, gebrek aan of vervormde faringeale tande het, wat die hipotese ondersteun dat die verlies van scpp5 bygedra het tot die verlies van tande in syngnathids.'n Vermeende seksbepalende lokus wat kodeer vir 'n man-spesifieke amhr2y-geen wat gedeel word deur gewone seedraak- en alligator-pypvisse is geïdentifiseer. ”
Materiale en metodes:
Materiaal
Fons gewone seedraak (P. taeniolatus) en twee alligator pypvisse (S. biaculeatus) monsters.Twee gewone seedraak (een mannetjie en een wyfie) en twee krokodil pypvisse (een manlike en een vroulike) individue is gebruik vir heelgenoomvolgordebepaling, en twee ander manlike gewone seedraakindividue is gebruik vir genoomhervolgordebepaling.
Genoomvolgordebepalingstrategie
270/350 bp biblioteek (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Opvolg) of Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). volgordebepaling, en twee ander manlike gewone seedraak-individue is gebruik vir genoomherrangskikking.
Transkripsievolgordebepaling
Fof gewone seedraak, brein, oog, kieue, lewer, hart, nier, mesenterium, derm, spier, vin, vel, blaaragtige aanhangsels, testis en eierstok is versamel.
Genome de novo samestelling strategie
Canu (Regstelling) + WTDBG2 (Versameling) + Pilon (Pools) + Lachesis (Hi-C).
Hoofresultate
Fig. 1. Sleutelkenmerke van die gewone seedraak (P. taeniolatus) en die alligator-pypvis (S. biaculeatus) en hul filogenetiese posisies.
Fig. 2. Morfologie en genetiese samestelling van die blaaragtige aanhangsels in die gewone seedraak (P. taeniolatus).
Fig. 3. Vermeende geslagsbepalingsgeen in die gewone seedraak (P. taeniolatus) en die alligator-pypvis (S. biaculeatus).
Fig. 4. Faringeale tand fenotipes in sebravis scpp5 homosigotiese mutante.
Postyd: Jan-08-2022