GENOME EVOLUTION
Genome De novo
Assemblée|Sex Determinatioun Déi ganz Sequenzéierungsaarbechten a partiell bioinformatesch Servicer goufe vu Biomarker Techonologies geliwwert.
Abstrakt
"Den ikonesche Phänotyp vu Seadragons enthält blatähnlech Anhang, en Zännlosen tubuläre Mond, a männlech Schwangerschaft mat Inkubatioun vu befruchteten Eeër op engem oppene "Broutfleck".Mir de novo-sequenzéiert männlech a weiblech Genome vum gemeinsame Seedragon (Phyllopteryx taeniolatus) a seng enk verwandte Spezies, den Alligator Pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Transkriptiounsprofile vun enger evolutiver Neiheet, de Blat-ähnlechen Appendages, weisen datt eng Rei vu Genen, déi typesch an der Finentwécklung involvéiert sinn, cooptéiert goufen wéi och eng Beräicherung vun Transkripte fir potenziell Tissuereparatur an Immunverteidegungsgenen.D'Zebrafësch Mutanten fir scpp5, déi an all Syngnathiden verluer sinn, goufen fonnt datt se pharyngeal Zänn feelen oder deforméiert hunn, déi d'Hypothese ënnerstëtzen datt de Verloscht vu scpp5 zum Verloscht vun Zänn bei Syngnathiden bäigedroen huet.E putative Geschlecht-bestëmmend Lokus, deen e männlecht spezifescht Amhr2y-Gen codéiert, gedeelt duerch gemeinsame Seadragon an Alligator Pipefish, gouf identifizéiert. "
Material a Methoden:
Materialien
Feise gemeinsame Seedragon (P. taeniolatus) an zwee Alligator Pipefish (S. biaculeatus) Exemplare.Zwee gemeinsam Seadragon (e männlech an eng weiblech) an zwee Alligator Pipefish (eng männlech an eng weiblech) Individuen goufen fir Ganzen-Genome Sequenzencing benotzt, an zwee aner männlech gemeinsam Seadragon Individuen goufen fir Genom Resequencing benotzt.
Genome Sequencing Strategie
270/350 bp Bibliothéik (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) oder Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000). Sequencing, an zwee aner männlech gemeinsam Seadragon Individuen goufen fir Genom resequencing benotzt.
Transkriptom Sequenzéierung
Foder gemeinsam seadragon, Gehir, Aen, Gill, Liewer, Häerz, Nier, mesentery, Daarm, Muskel, Fin, Haut, Leaf-wëll appendages, testis, an ovary goufen gesammelt.
Genome de novo Assemblée Strategie
Canu (Korrektioun) + WTDBG2 (Versammlung) + Pilon (polnesch) + Lachesis (Hi-C).
Main Resultater
Fig. 1. Schlëssel Fonctiounen vun der gemeinsamer Seadragon (P. taeniolatus) an der Alligator Pipefish (S. biaculeatus) an hir phylogenetic Positiounen.
Fig. 2. Morphologie an genetesch Zesummesetzung vun de Blieder-ähnlechen Appendages am gemeinsame Seadragon (P. taeniolatus).
Fig. 3. Putative Geschlechtbestëmmungsgen am gemeinsame Seedragon (P. taeniolatus) an den Alligator Pipefish (S. biaculeatus).
Fig. 4. Pharyngeal Zänn Phänotypen an Zebrafish scpp5 homozygote Mutanten.
Post Zäit: Jan-08-2022