page_head_bg

Jaunumi

GENOMA EVOLŪCIJA

Genoms de novo
Montāža|Dzimuma noteikšana Visus sekvencēšanas darbus un daļējus bioinformātiskos pakalpojumus nodrošināja Biomarker Techonologies.

Abstrakts

"Ikoniskais sedragonu fenotips ietver lapām līdzīgus piedēkļus, bezzobu cauruļveida mute un vīrieša grūtniecību, kas ietver apaugļotu olšūnu inkubāciju uz atvērta "peres vietas".Mēs de novo sekvencējām parastā jūras spārna (Phyllopteryx taeniolatus) un ar to cieši saistītās sugas aligatora pīķzivs (Syngnathoides biaculeatus) vīriešu un sieviešu genomus.Transkripcijas profili no evolūcijas jaunumiem, lapām līdzīgiem piedēkļiem, liecina, ka ir izvēlēts gēnu kopums, kas parasti ir iesaistīts spuru attīstībā, kā arī transskriptu bagātināšana potenciālajiem audu remonta un imūnās aizsardzības gēniem.Tika konstatēts, ka scpp5 zebrafish mutantiem, kas tiek zaudēti visos singnathīdos, trūkst vai ir deformēti rīkles zobi, apstiprinot hipotēzi, ka scpp5 zudums ir veicinājis zobu zudumu singnathīdos.Tika identificēts iespējamais dzimumu noteicošais lokuss, kas kodē tēviņiem raksturīgu amhr2y gēnu, kas ir kopīgs parastajiem sīdragoniem un aligatoriem. 

Materiāli un metodes:

Materiāli

Fmūsu kopīgais sēdragons (P. taeniolatus) un divas aligatora pīpes (S. biaculatus) eksemplāri.Visa genoma sekvencēšanai tika izmantoti divi parastie sēdragona (viens tēviņš un viena mātīte) un divi aligatora pīpju (viens tēviņš un viena mātīte) īpatņi, bet genoma atkārtotai sekvencēšanai tika izmantoti divi citi parastā sēdragona tēviņi.

Genoma sekvencēšanas stratēģija

270/350 bp bibliotēka (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) vai Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sekvencēšana, un divi citi vīriešu kārtas parastie sedragona indivīdi tika izmantoti genoma atkārtotai sekvencēšanai.

Transkripta sekvencēšana

Fvai parastais sēklinieks, smadzenes, acs, žaunas, aknas, sirds, nieres, apzarnis, zarnas, muskuļi, spuras, āda, lapām līdzīgi piedēkļi, sēklinieki un olnīcas.

Genome de novo montāžas stratēģija

Canu (korekcija) + WTDBG2 (montāža) + Pilon (poļu valoda) + Lachesis (Hi-C).

Galvenie rezultāti

Fig.-1.-Key-features-of-the-common-seadragon-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S

1. att. Parastā jūraszivs (P. taeniolatus) un aligatorzivs (S. biaculatus) galvenās iezīmes un to filoģenētiskās pozīcijas.

Fig.-2.-Morphology-and-genetic-makeup-of-the-leaf-like-appendages-in-the-common-seadragon-P

2. att. Lapai līdzīgo piedēkļu morfoloģija un ģenētiskais sastāvs parastajā sārtumā (P. taeniolatus).

Fig.-3.-Putative-sex-determination-gene-in-the-common-seadragon-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S.-biaculeatus

3. att. Iespējamais dzimuma noteikšanas gēns parastajam ūdeņraža (P. taeniolatus) un aligatora pīpēdam (S. biaculatus).

Fig.-4

4. att. Rīkles zobu fenotipi zebrafish scpp5 homozigotos mutantos.


Izlikšanas laiks: 08.01.2022

Nosūtiet mums savu ziņu: