BMKCloud Log in
条形банер-03

Новини

ЕВОЛЮЦИЯ НА ГЕНОМА

Геном De novo
Сглобяване|Определяне на пола. Цялата работа по секвенирането и частични биоинформационни услуги бяха предоставени от Biomarker Techonologies.

Резюме

Емблематичният фенотип на морските дракони включва подобни на листа придатъци, беззъба тръбеста уста и мъжка бременност, включваща инкубация на оплодени яйца върху отворено „участък за разплод“.Ние de novo секвенирахме мъжките и женските геноми на обикновения морски дракон (Phyllopteryx taeniolatus) и неговите тясно свързани видове, алигаторът (Syngnathoides biaculeatus).Транскрипционните профили от еволюционна новост, листоподобните придатъци, показват, че набор от гени, обикновено участващи в развитието на перките, са били кооптирани, както и обогатяване на транскриптове за потенциално възстановяване на тъкани и гени за имунна защита.Установено е, че мутантите на зебра за scpp5, който се губи във всички сингнатиди, нямат или имат деформирани фарингеални зъби, което подкрепя хипотезата, че загубата на scpp5 е допринесла за загубата на зъби в сингнатидите.Беше идентифициран предполагаем определящ пола локус, кодиращ мъжки специфичен amhr2y ген, споделен от обикновен морски дракон и алигатор. 

Материали и методи:

Материали

Fнашият общ морски дракон (P. taeniolatus) и две риби алигатори (S. biaculeatus) екземпляри.Два индивида от обикновен морски дракон (един мъжки и един женски) и два индивида от алигатор (един мъжки и един женски) бяха използвани за секвениране на целия геном, а други два мъжки индивида от обикновен морски дракон бяха използвани за повторно секвениране на генома.

Стратегия за секвениране на генома

2Библиотека 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) или Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000). секвениране и два други мъжки индивида от обикновен морски дракон бяха използвани за повторно секвениране на генома.

Секвениране на транскриптоми

Fили обикновен морски дракон, мозък, око, хриле, черен дроб, сърце, бъбрек, мезентериум, черва, мускул, перка, кожа, листовидни придатъци, тестис и яйчник бяха събрани.

Стратегия за сглобяване на генома de novo

Canu (Корекция) + WTDBG2 (Сглобяване) + Pilon (Полски) + Lachesis (Hi-C).

Основни резултати

Фиг.-1.-Ключови-характеристики-на-обикновения-морски дракон-P.-taeniolatus-и-алигатор-риба-тръбопровод-S

Фиг. 1. Основни характеристики на обикновения морски дракон (P. taeniolatus) и алигатора (S. biaculeatus) и техните филогенетични позиции.

Фиг.-2.-Морфология-и-генетичен-устройство-на-листоподобните-придатъци-в-обикновения-морски дракон-P

Фиг. 2. Морфология и генетичен състав на листовидните придатъци в обикновения морски дракон (P. taeniolatus).

Фиг.-3.-Предполагаем-ген за определяне-на-пола-в-обикновения-морски дракон-P.-taeniolatus-и-алигатор-риба-тръбопровод-S.-biaculeatus

Фиг. 3. Предполагаем ген за определяне на пола в обикновения морски дракон (P. taeniolatus) и алигатора (S. biaculeatus).

Фиг.-4

Фиг. 4. Фенотипове на фарингеални зъби при scpp5 хомозиготни мутанти на рибка зебра.


Време на публикуване: 8 януари 2022 г

Изпратете вашето съобщение до нас: