Soojuskaart
Soojuskaardi tööriist aktsepteerib sisendina maatriksandmefaili ning võimaldab kasutajatel andmeid filtreerida, normaliseerida ja klasterdada. Soojuskaartide peamine kasutusjuhtum on geeniekspressiooni taseme klasteranalüüs erinevate valimite vahel.
Geenimärkus
Geenimärkuste tööriist teostab geenide märkimist sisend-FASTA-failide järjestuse joondamise põhjal erinevate andmebaasidega.
Põhiline lokaalse joondamise otsingu tööriist (BLAST)
BLAST-tööriist on BMKCloudi integreeritud versioon NCBI BLAST-ist ja seda saab kasutada samade funktsioonide täitmiseks, kasutades BMKCloudi kontole üleslaaditud andmeid.
CDS_UTR ennustus
CDS_UTR ennustustööriist on loodud ennustama kodeerivaid piirkondi (CDS) ja mittekodeerivaid piirkondi (UTR) antud transkriptijärjestustes, tuginedes BLAST-i tulemustele võrreldes teadaolevate valguandmebaaside ja ORF-i ennustustulemustega.
Manhattani krunt
Manhattani graafiku tööriist võimaldab kuvada suure valimiga katseid ja seda kasutatakse tavaliselt genoomiülestes assotsiatsiooniuuringutes (GWAS).
Ringdiagramm
CIRCOS Diagram tööriist pakub tõhusat visualiseeringut genoomsete tunnuste jaotumisest genoomis. Levinud tunnuste hulka kuuluvad kvantitatiivsed lookused, SNP-d, InDel-id, struktuuri- ja koopiaarvu variandid.
Geenontoloogia (GO) rikastamine
GO rikastamise tööriist pakub funktsionaalse rikastamise analüüsi. Selle tööriista peamine tarkvara on TopGO-Bioconductor pakett, mis sisaldab diferentsiaalse ekspressiooni analüüsi, GO rikastamise analüüsi ja tulemuste visualiseerimist.
Kaalutud geeni koekspressioonivõrgu analüüs (WGCNA)
WGCNA on laialdaselt kasutatav andmekaeve meetod geenide koekspressiooni moodulite avastamiseks. Seda saab rakendada erinevatele ekspressiooniandmestikele, sealhulgas mikrokiibi ja NGS-i geenide ekspressiooniandmetele.
InterProScan
InterProScani tööriist pakub InterPro valgujärjestuse analüüsi ja klassifitseerimist.
GO KEGG rikastamine
GO KEGG rikastamise tööriist on loodud GO rikastamise histogrammi, KEGG rikastamise histogrammi ja KEGG rikastamise raja genereerimiseks esitatud geenikomplekti ja vastava annotatsiooni põhjal.
