16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Teenuse eelised
● Mikroobse koostise isolatsioonivaba ja kiire tuvastamine keskkonnaproovides
● Keskkonnaproovide vähese sisaldusega komponentide kõrge eraldusvõime
● Uusim QIIME2 analüüsivoogu koos erinevate analüüsidega andmebaasi, annotatsiooni, OTU/ASV osas.
● Suur läbilaskevõime, suurem täpsus
● Kohaldatav erinevate mikroobikoosluse uuringute jaoks
● BMK-l on laialdased kogemused üle 100 000 prooviga aastas, mis hõlmavad mulda, vett, gaasi, muda, väljaheiteid, soolestikku, nahka, fermentatsioonipuljongit, putukaid, taimi jne.
● BMKCloud hõlbustas andmete tõlgendamist, mis sisaldab 45 isikupärastatud analüüsitööriista
Teenuse spetsifikatsioonid
| JärjestusPlatvorm | Raamatukogu | Soovitatav andmemaht | Eeldatav läbimisaeg |
| Illumina NovaSeq platvorm | PE250 | 50K/100K/300K sildid | 30 päeva |
Bioinformaatika analüüsid
● Toorandmete kvaliteedi kontroll
● OTU klasterdamine/müra eemaldamine (ASV)
● OTU annotatsioon
● Alfa mitmekesisus
● Beeta mitmekesisus
● Gruppidevaheline analüüs
● Seoste analüüs eksperimentaalsete tegurite suhtes
● Funktsioonigeeni ennustamine
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
Näidisnõuded:
SestDNA ekstraktid:
| Proovi tüüp | Summa | Keskendumine | Puhtus |
| DNA ekstraktid | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Keskkonnanäidiste jaoks:
| Proovi tüüp | Soovitatav proovivõtuprotseduur |
| Muld | Proovide kogus: ca.5 g;Ülejäänud kuivanud aine tuleb pinnalt eemaldada;Jahvatage suured tükid ja laske läbi 2 mm filtri;Proovide alikvootid steriilsesse EP-torusse või tsürotorusse broneerimiseks. |
| Väljaheited | Proovide kogus: ca.5 g;Koguge proovid ja jagage need reserveerimiseks steriilsesse EP-torusse või krüotuubi. |
| Soolestiku sisu | Proove tuleb töödelda aseptilistes tingimustes.Peske kogutud kude PBS-ga;Tsentrifuugige PBS ja koguge sade EP-tuubidesse. |
| Muda | Proovide kogus: ca.5 g;Koguge mudaproov ja jagage see reserveerimiseks steriilsesse EP-torusse või krüotorusse |
| Veekogu | Piiratud koguse mikroobidega proovide puhul, nagu kraanivesi, kaevuvesi jne, koguge vähemalt 1 l vett ja laske see läbi 0,22 μm filtri, et rikastada membraani mikroobide olemasolu.Hoidke membraani steriilses torus. |
| Nahk | Kraapige nahapinda ettevaatlikult steriilse vatitiku või kirurgilise teraga ja asetage see steriilsesse katsutisse. |
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Külmutage proove vedelas lämmastikus 3-4 tunniks ja säilitage vedelas lämmastikus või -80 kraadises pikaajalises reservatsioonis.Näidis saatmine kuiva jääga on nõutav.
Teeninduse töövoog
Näidiste kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
1.Liikide levik
2. Soojuskaart: Liigirikkuse rühmitus
3.Rare fraktsiooni kõver
4.NMDS analüüs
5.Lefse analüüs
BMK juhtum
2. tüüpi diabeediga ja ilma rasvunud isikutel on erinev soolestiku mikroobide funktsionaalne võimekus ja koostis
Avaldatud:Rakuperemees ja mikroob, 2019
Järjestusstrateegia:
lahja mittediabeet (n=633);Rasvunud mittediabeet (n=494);Rasvunud 2. tüüpi diabeet (n=153);
Sihtpiirkond: 16S rDNA V1-V2
Platvorm: Illumina Miseq (NGS-põhine amplikonide järjestamine)
DNA ekstraktide alamhulk allutati metagenoomilisele sekveneerimisele Illumina Hiseq
Peamised tulemused
Nende metaboolsete haiguste mikroobide profiilid diferentseeriti edukalt.
16S sekveneerimisega genereeritud mikroobsete tunnuste võrdlemisel leiti, et rasvumine on seotud muutustega mikroobide koostises, individuaalsetes tunnustes, eriti olulisel määral Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes jne esinemissageduse vähenemisega. Lisaks leiti, et T2D on seotud Escherichia/shigella suurenemisega. .
Viide
Thingholm, LB jt."Tüüpi 2 diabeediga ja ilma rasvunud isikutel on erinev soolestiku mikroobide funktsionaalne võime ja koostis."Rakuperemees ja mikroob26.2(2019).
