-
Kogu genoomi hõlmav assotsiatsioonianalüüs
Genoomi hõlmava assotsiatsiooniuuringu (GWAS) eesmärk on tuvastada geneetilisi variante (genotüüp), mis on seotud spetsiifiliste tunnustega (fenotüüp).GWAS-i uuring uurib geneetilisi markereid, mis läbivad suure hulga indiviidide kogu genoomi ja ennustavad genotüübi-fenotüübi seoseid populatsiooni tasandil statistilise analüüsi abil.Seda on laialdaselt kasutatud inimeste haiguste ja loomade või taimede keeruliste tunnuste funktsionaalse geenikaevandamise uuringutes.
-
Ühetuumalise RNA sekveneerimine
Edusammud üksikute rakkude hõivamise ja individuaalse raamatukogu ehitamise tehnikas koos suure läbilaskevõimega sekveneerimisega võimaldavad geeniekspressiooni uuringuid rakupõhiselt.See võimaldab keerukate rakupopulatsioonide sügavamat ja täielikku süsteemianalüüsi, milles see väldib suures osas nende heterogeensuse varjamist, võttes kõigi rakkude keskmise.
Mõned rakud ei sobi siiski üherakulise suspensiooni valmistamiseks, mistõttu on vaja kasutada teisi proovide ettevalmistamise meetodeid – kudedest tuuma eraldamist, see tähendab, et tuum ekstraheeritakse otse kudedest või rakust ja valmistatakse sellest ühetuumaline suspensioon. rakkude järjestamine.
BMK pakub 10× Genomics ChromiumTM-il põhinevat üherakulise RNA sekveneerimisteenust.Seda teenust on laialdaselt kasutatud haigustega seotud uuringutes, nagu immuunrakkude diferentseerumine, kasvaja heterogeensus, kudede areng jne.
Ruumiline transkriptoomikiip: 10 × genoomika
Platvorm: Illumina NovaSeq 6000
-
Taime/looma kogu genoomi järjestamine
Terve genoomi resekveneerimine, tuntud ka kui WGS, võimaldab paljastada nii levinud kui ka haruldasi mutatsioone kogu genoomis, sealhulgas ühe nukleotiidi polümorfismi (SNP), sisestamise deletsiooni (InDel), struktuuri variatsiooni (SV) ja koopianumbri variatsiooni (CNV). ).SV-d moodustavad variatsioonibaasist suurema osa kui SNP-d ja neil on suurem mõju genoomile, millel on oluline mõju elusorganismidele.Pikaajaline resekveneerimine võimaldab suuri fragmente ja keerulisi variatsioone täpsemalt tuvastada, kuna pikad lugemised muudavad kromosoomide ristumise keeruliseks piirkondadeks, nagu tandemkordused, GC/AT-rikkad piirkonnad ja hüpermuutlikud piirkonnad, palju lihtsamaks.
Platvorm: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 ruumiline transkriptoom
Rakkude ruumiline korraldus mängib olulist rolli erinevates bioloogilistes protsessides, nagu immuunsüsteemi infiltratsioon, embrüo areng jne. Ruumiline transkriptoomide järjestamine, mis näitab geeniekspressiooni profiilide koostamist, säilitades samal ajal teabe ruumilise asukoha kohta, on andnud suurepärase ülevaate transkriptoomi tasemel koearhitektuurist.Tehnoloogia arenedes tuleb üliselget koe morfoloogiat ja ruumilise molekulaarse ekspressiooni tegelikku struktuurset erinevust uurida suurema eraldusvõimega.BMKGENE pakub kõikehõlmavat ühekordset ruumilise transkriptsiooni järjestamise teenust proovidest kuni bioloogiliste arusaamadeni.
Ruumilise transkriptoomika tehnoloogiad võimaldasid uudseid perspektiive mitmekesises uurimisareenis, lahendades heterogeensete proovide ruumilise sisuga geeniekspressiooniprofiili.
Ruumiline transkriptsioonikiip: BMKMANU S1000
Platvorm: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visiumi ruumiline transkriptoom
Visium Spatial Gene Expression on tavapärane ruumilise transkriptoomi sekveneerimise tehnoloogia koe klassifitseerimiseks kogu mRNA põhjal.Kaardistage kogu transkriptoom morfoloogilise kontekstiga, et avastada uudseid teadmisi normaalsest arengust, haiguste patoloogiast ja kliinilistest translatsiooniuuringutest.BMKGENE pakub kõikehõlmavat ühekordset ruumilise transkriptsiooni järjestamise teenust proovidest kuni bioloogiliste arusaamadeni.
Ruumilise transkriptoomika tehnoloogiad andsid uudsetele perspektiividele mitmekesises uurimisareenis, lahendades heterogeensetes proovides ruumilise sisuga geeniekspressiooniprofiili.
Ruumiline transkriptoomikiip: 10x Genomics Visium
Platvorm:Illumina NovaSeq 6000
-
Täispikk mRNA sekveneerimine - nanopoor
RNA sekveneerimine on olnud igakülgse transkriptoomianalüüsi hindamatu vahend.Kahtlemata saavutas traditsiooniline lühilugemisjärjestus siin mitmeid olulisi arenguid.Sellegipoolest puutub see sageli kokku piirangutega täispika isovormi identifitseerimisel, kvantifitseerimisel ja PCR-i kõrvalekaldumisel.
Nanopooride sekveneerimine erineb teistest sekveneerimisplatvormidest selle poolest, et nukleotiide loetakse otse ilma DNA sünteesita ja see tekitab pika lugemise kümnete kilobaaside juures.See võimaldab otselugemist täispikkade ärakirjade ületamiseks ja isovormi taseme uuringute väljakutsetega tegelemiseks.
Platvorm:Nanopore PromethION
Raamatukogu:cDNA-PCR
-
Täispikk mRNA sekveneerimine - PacBio
De novotäispikk transkriptoomide järjestamine, tuntud ka kuiDe novoIso-Seq kasutab PacBio sekvenseri eeliseid lugemispikkuses, mis võimaldab järjestada täispikka cDNA molekule ilma pausideta.See väldib täielikult transkriptsiooni koostamise etappides tekkivaid vigu ja loob unigeensed komplektid isovormi tasemel eraldusvõimega.Need unigeensed komplektid pakuvad transkriptoomi tasemel võimsat geneetilist teavet "võrdlusgenoomina".Lisaks annab see teenus kombineerituna järgmise põlvkonna järjestusandmetega isovormi tasemel ekspressiooni täpseks kvantifitseerimiseks.
Platvorm: PacBio Sequel IIRaamatukogu: SMRT kellade raamatukogu -
Eukarüootne mRNA sekveneerimine-Illumina
mRNA sekveneerimine võimaldab profileerida kõiki rakkudest transkripteeritud mRNA-sid spetsiifilistes tingimustes.See on võimas tehnoloogia geeniekspressiooniprofiili, geenistruktuuride ja teatud bioloogiliste protsesside molekulaarsete mehhanismide paljastamiseks.Praeguseks on mRNA sekveneerimist laialdaselt kasutatud alusuuringutes, kliinilises diagnostikas, ravimite väljatöötamises jne.
Platvorm: Illumina NovaSeq 6000
-
Mitteviitepõhine mRNA järjestus-Illumina
mRNA sekveneerimine kasutab järgmise põlvkonna sekveneerimistehnikat (NGS), et püüda eukarüootist sõnumitooja RNA (mRNA) kindlal perioodil, mil mõned erifunktsioonid aktiveerivad.Pikimat splaissitud transkripti nimetati Unigene'iks ja seda kasutati järgneva analüüsi võrdlusjärjestusena, mis on tõhus vahend liikide molekulaarse mehhanismi ja regulatiivse võrgustiku uurimiseks ilma viiteta.
Pärast transkriptsiooniandmete kogumist ja unigeenset funktsionaalset annotatsiooni
(1) Eelnevalt tehakse SSR-analüüs, CDS-i ennustus ja geenistruktuur.
(2) Igas proovis tehakse unigeense ekspressiooni kvantifitseerimine.
(3) Proovide (või rühmade) erinevalt ekspresseeritud unigeenid avastatakse unigeense ekspressiooni põhjal
(4) Tehakse diferentsiaalselt ekspresseeritud unigeenide rühmitamine, funktsionaalne annotatsioon ja rikastusanalüüs
-
Pikk mittekodeeriv järjestus-Illumina
Pikad mittekodeerivad RNA-d (lncRNA-d) on RNA molekulide tüüp, mille pikkus ületab 200 nt ja mida iseloomustab äärmiselt madal kodeerimispotentsiaal.LncRNA-d kui mittekodeerivate RNA-de võtmeliiget leidub peamiselt tuumas ja plasmas.Sekveneerimistehnoloogia ja bioinformatika areng võimaldab tuvastada arvukalt uudseid lncRNA-sid ja seostada neid bioloogiliste funktsioonidega.Kuhjuvad tõendid viitavad sellele, et lncRNA on laialdaselt seotud epigeneetilise regulatsiooni, transkriptsiooni regulatsiooni ja transkriptsioonijärgse regulatsiooniga.
