-
BMKMANU S3000_Ruumiline transkriptoom
Ruumiline transkriptoomika on tehnika, mis võimaldab meil jäädvustada ja visualiseerida geenide ekspressiooni kudedes. See võib olla ülioluline rakkude interaktsiooni mõistmiseks.
Selle lähenemisviisi jaoks on erinevaid platvorme. Selleks on BMKGene välja töötanud BMKManu 3000 ruumilise transkriptoomi kiibi, platvormi, mis suurendab tehnika jõudlust, saavutades subtsellulaarse lahutusvõime ja võimaldades mitmetasandilist lahutusvõime seadistust.
See kiip sisaldab 4,2 miljonit täppi, kasutades patenteeritud tehnoloogiat, kus mikrotiiterribad on kaetud ruumiliselt vöötkoodiga sondidega laetud helmestega. Selle meetodi abil saame pärast püüdmist ja amplifikatsiooni cDNA teegi, mis on rikastatud vöötkoodiga proovidega ning ühildub Illuminaga.
Ruumilise vöötkoodi ja UMI-de kombinatsioon andmete puhul tagab genereeritud andmete täpsuse ja spetsiifilisuse. Kõike eelnevat kombineerides pakub BMKManu äärmiselt mitmekülgset andmekogumit.
-
Ühe tuuma RNA sekveneerimine
Üksikute rakkude püüdmise ja kohandatud teekide loomise tehnikate väljatöötamine koos suure läbilaskevõimega sekveneerimisega on muutnud geeniekspressiooni uuringuid raku tasandil revolutsiooniliselt. See läbimurre võimaldab keeruliste rakupopulatsioonide sügavamat ja põhjalikumat analüüsi, ületades geeniekspressiooni keskmistamisega seotud piirangud kõigi rakkude ulatuses ja säilitades nende populatsioonide tegeliku heterogeensuse. Kuigi üksikute rakkude RNA sekveneerimisel (scRNA-seq) on vaieldamatud eelised, on sellel väljakutseid teatud kudedes, kus üksikrakulise suspensiooni loomine osutub keeruliseks ja nõuab värskeid proove. BMKGene'is lahendame selle takistuse, pakkudes ühetuumalise RNA sekveneerimist (snRNA-seq), kasutades tipptasemel 10X Genomics Chromium tehnoloogiat. See lähenemisviis laiendab transkriptoomi analüüsiks sobivate proovide spektrit üksikraku tasandil.
Tuumade isoleerimine toimub uuendusliku 10X Genomics Chromium kiibi abil, millel on kaheksakanaliline mikrofluidikasüsteem kahekordse ristumise ja läbimisega. Selles süsteemis kapseldatakse nanoliitri suurustesse õlitilkadesse geelgraanulid, mis sisaldavad vöötkoode, praimereid, ensüüme ja ühte tuuma, moodustades geelgraanulite emulsiooni (GEM). Pärast GEM-i moodustumist toimub igas GEM-is rakkude lüüs ja vöötkoodi vabanemine. Seejärel läbivad mRNA molekulid pöördtranskriptsiooni cDNA-deks, mis sisaldavad 10X vöötkoode ja unikaalseid molekulaarseid identifikaatoreid (UMI-sid). Seejärel allutatakse need cDNA-d standardsele sekveneerimisteegi konstrueerimisele, mis hõlbustab geeniekspressiooni profiilide põhjalikku ja põhjalikku uurimist üksikraku tasandil.
Platvorm: 10× Genomics Chromium ja Illumina NovaSeq platvorm
-
10x genoomika Visiumi ruumiline transkriptoom
Ruumiline transkriptoomika on tipptehnoloogia, mis võimaldab teadlastel uurida geenide ekspressiooni mustreid kudedes, säilitades samal ajal nende ruumilise konteksti. Üks võimas platvorm selles valdkonnas on 10x Genomics Visium koos Illumina sekveneerimisega. 10X Visiumi põhimõte seisneb spetsiaalsel kiibil, millel on määratud püüdmisala, kuhu paigutatakse koelõigud. See püüdmisala sisaldab vöötkoodiga laike, millest igaüks vastab unikaalsele ruumilisele asukohale koes. Seejärel märgistatakse koest püütud RNA molekulid pöördtranskriptsiooniprotsessi käigus unikaalsete molekulaarsete identifikaatoritega (UMI). Need vöötkoodiga laigud ja UMI-d võimaldavad geeniekspressiooni täpset ruumilist kaardistamist ja kvantifitseerimist ühe raku resolutsiooniga. Ruumiliselt vöötkoodiga proovide ja UMI-de kombinatsioon tagab genereeritud andmete täpsuse ja spetsiifilisuse. Seda ruumilise transkriptoomika tehnoloogiat kasutades saavad teadlased sügavama arusaama rakkude ruumilisest korraldusest ja kudedes toimuvatest keerukatest molekulaarsetest interaktsioonidest, pakkudes hindamatut teavet bioloogiliste protsesside aluseks olevate mehhanismide kohta mitmes valdkonnas, sealhulgas onkoloogias, neuroteaduses, arengubioloogias, immunoloogias ja botaanikauuringutes.
Platvorm: 10X Genomics Visium ja Illumina NovaSeq
