Metagenoomika (NGS)

Illumina abil teostatav haavlipüssi metagenoomika on populaarne tööriist mikrobioomide uurimiseks, mis sekveneerib DNA-d otse keerukatest proovidest, võimaldades uurida nii taksonoomilist kui ka funktsionaalset mitmekesisust. BMKCloudi metagenoomika (NGS) analüüs algab kvaliteedikontrolli ja metagenoomi kokkupanemisega, mille põhjal ennustatakse geene ja rühmitatakse need mitteredundantseteks andmekogumiteks, mis on mitme andmebaasi abil funktsiooni ja taksonoomia osas annoteeritud. Seda teavet kasutatakse valimisisese taksonoomilise mitmekesisuse (alfa-mitmekesisuse) ja valimivahelise mitmekesisuse (beeta-mitmekesisuse) analüüsimiseks. Rühmadevaheline diferentsiaalanalüüs leiab OTÜ-d ja bioloogilised funktsioonid, mis kahe rühma vahel erinevad, kasutades nii parameetrilisi kui ka mitteparameetrilisi teste, samas kui korrelatsioonianalüüs seob need erinevused keskkonnateguritega.