Seene genoom
Teenuse eelised
● Erinevate uurimiseesmärkide jaoks on saadaval mitu järjestusstrateegiat
● Suur kogemus seente genoomi kokkupanemisel, kokku on pandud üle 10 000 peen-täieliku genoomi.
● Professionaalne müügijärgne tehnilise toe meeskond, kes täidab spetsiifilisemaid uurimisvajadusi.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Teenindus | Järjestusstrateegia | Kvaliteet garanteeritud | Eeldatav läbimisaeg |
| Seenepeen kaart | Illumina 50X+Nanopore 100X | Pidev N50≥2 Mb | 35 tööpäeva |
| PacBio HiFi 30X | |||
| Seenepeene-täielik kaart | Illumina 50X + Nanopore 100X (Pacbio HiFi 30X) + Hi-C 100X | Kromosoomide ankurdussuhe >90% | 45 tööpäeva |
Bioinformaatika analüüsid
● Toorandmete kvaliteedi kontroll
● Genoomi kokkupanek
● Genoomikomponentide analüüs
● Geenifunktsiooni annotatsioon
● Võrdlev genoomianalüüs
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
Näidisnõuded:
SestDNA ekstraktid:
| Proovi tüüp | Summa | Keskendumine | Puhtus |
| DNA ekstraktid | ＞ 1,2 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Koeproovide jaoks:
| Proovi tüüp | Soovitatav proovitöötlus | Näidiste ladustamine ja saatmine |
| Üherakuline seen | Jälgige pärmi mikroskoobi all ja koguge need eksponentsiaalses faasis Viige kultuur (mis sisaldab umbes 3-4,5e9 rakku) 1,5 või 2 ml eppendorfi.(Hoia jääl) Tsentrifuugige katseklaasi 1 minut 14000 g juures, et koguda bakterid ja eemaldada ettevaatlikult supernatant Sulgege toru ja külmutage bakterid vedelas lämmastikus vähemalt 1-3 tundi.Hoida tuubi -80 ℃ külmikus. | Külmutage proove vedelas lämmastikus 3-4 tunniks ja säilitage vedelas lämmastikus või -80 kraadises pikaajalises reservatsioonis.Näidis saatmine kuiva jääga on nõutav. |
| Makroseen | Soovitatav on aktiivse kasvu faasis kude. Loputage kudet endotoksiinivaba veega, seejärel 70% etonaaliga. Salvestage proov krüotorudesse. |
Teeninduse töövoog
Näidiste kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
1.Circos diagramm seente genoomsete komponentide kohta
2. Võrdlev genoomika analüüs: Fülogeneetiline puu
