mRNA-seq (NGS) koos võrdlusgenoomiga
RNA-sekveneerimine on standardne tööriist elu- ja põllukultuuriteadustes, mis ühendab genoomid ja proteoomid. Selle tugevus seisneb uute transkriptide avastamises ja nende ekspressiooni kvantifitseerimises ühe analüüsiga. Seda kasutatakse laialdaselt võrdlevate transkriptoomiliste uuringute jaoks, heites valgust erinevate tunnuste või fenotüüpidega seotud geenidele, näiteks mutantide võrdlemisel metsiktüüpidega või geeniekspressiooni paljastamisel teatud tingimustes. BMKCloud mRNA(Reference) rakendus integreerib ekspressiooni kvantifitseerimise, diferentsiaalse ekspressioonianalüüsi (DEG) ja järjestusstruktuuri analüüsi mRNA-seq(NGS) bioinformaatika torujuhtmesse ning ühendab sarnaste tarkvarade tugevused, tagades mugavuse ja kasutajasõbralikkuse. Kasutajad saavad oma RNA-seq andmed üles laadida pilve, kus rakendus pakub terviklikku ja universaalset bioinformaatilise analüüsi lahendust. Lisaks seab see esikohale kliendikogemuse, pakkudes isikupärastatud toiminguid, mis on kohandatud kasutajate konkreetsetele vajadustele. Kasutajad saavad ise parameetreid määrata ja torujuhtme missiooni esitada, kontrollida interaktiivset aruannet, vaadata andmeid/diagramme ja teha andmekaevandamist, näiteks: sihtgeeni valik, funktsionaalne klasterdamine, diagrammide koostamine jne.
Platvorm:Illumina, MGI
Strateegia:RNA-sekveneerimine
Paigutus: Paaritud, puhtad andmed.
Raamatukogu tüüp:fr-üheahelaline, fr-esimeseahelaline või fr-teiseahelaline
Loe pikkus:150 bp
Failitüüp:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz või *.fq.gz. Süsteempaarib .fastq-failid automaatselt vastavalt nende failinimedele,nt *_1.fastq koos *._2.fastq-ga.
Proovide arv:Numbrile piiranguid ei oleproovide arvu, kuid analüüsiaeg pikeneb koos proovide arvugaproovid kasvavad.
Soovitatav andmemaht:6G proovi kohta
