Tooted

Mitteviitepõhine mRNA järjestus-Illumina

Mitteviitepõhine mRNA järjestuse-Illumina esiletõstetud pilt

mRNA sekveneerimine kasutab järgmise põlvkonna sekveneerimistehnikat (NGS), et püüda eukarüootist sõnumitooja RNA (mRNA) kindlal perioodil, mil mõned erifunktsioonid aktiveerivad.Pikimat splaissitud transkripti nimetati Unigene'iks ja seda kasutati järgneva analüüsi võrdlusjärjestusena, mis on tõhus vahend liikide molekulaarse mehhanismi ja regulatiivse võrgustiku uurimiseks ilma viiteta.

Pärast transkriptsiooniandmete kogumist ja unigeenset funktsionaalset annotatsiooni

(1) Eelnevalt tehakse SSR-analüüs, CDS-i ennustus ja geenistruktuur.

(2) Igas proovis tehakse unigeense ekspressiooni kvantifitseerimine.

(3) Proovide (või rühmade) erinevalt ekspresseeritud unigeenid avastatakse unigeense ekspressiooni põhjal

(4) Tehakse diferentsiaalselt ekspresseeritud unigeenide rühmitamine, funktsionaalne annotatsioon ja rikastusanalüüs

Võta meiega ühendust

Teenuse üksikasjad

Bioinformaatika

Demo tulemused

Juhtumiuuring

Funktsioonid

● mis tahes võrdlusgenoomist sõltumatu,

● Andmeid saab kasutada ärakirjade struktuuri ja väljenduse analüüsimiseks

● Tuvastage muutujate lõikekohad

Teenuse eelised

● BMKCloud-põhine tulemuste edastamine: tulemused edastatakse andmefailina ja interaktiivse aruandena BMKCloudi platvormi kaudu, mis võimaldab kasutajasõbralikult lugeda keerukaid analüüsiväljundeid ja kohandatud andmekaevet standardse bioinformaatika analüüsi alusel.

● Müügijärgsed teenused: müügijärgsed teenused, mis kehtivad 3 kuud pärast projekti lõppu, sealhulgas projekti järelkontroll, tõrkeotsing, tulemuste küsimused ja vastused jne.

Näidisnõuded ja kohaletoimetamine

Näidisnõuded:

Nukleotiidid:

Kontsentr. (ng/μl)

Kogus (μg)

Puhtus

Terviklikkus

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260/230 = 0,5-2,5

Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse.

Taimedele: RIN≥6,5;

Loomadele: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

algtaseme tõus on piiratud või puudub

Kude: kaal (kuiv): ≥1 g
*Kudede puhul, mis on väiksemad kui 5 mg, soovitame saata kiirkülmutatud (vedelas lämmastikus) koeproov.

Rakkude suspensioon: rakkude arv = 3 × 10⁷
*Soovitame tarnida külmutatud rakulüsaati.Kui selle rakkude arv on väiksem kui 5 × 10⁵, on soovitatav kiirkülmutada vedelas lämmastikus.

Vereproovid:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzol ja 2 ml verd (TRIzol: Blood = 3: 1)

Soovitatav näidiste kohaletoimetamine

Konteiner:
2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium ei ole soovitatav)
Näidismärgistus: rühm+kordus nt A1, A2, A3;B1, B2, B3.....

Saadetis:
1. Kuivjää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta kuivjäässe.
2. RNA-stabiilsed torud: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimiskatsutis (nt RNAstable®) ja tarnida toatemperatuuril.

Teeninduse töövoog

Katsekujundus

Näidiste kohaletoimetamine

RNA ekstraheerimine

Raamatukogu ehitus

Järjestus

Andmete analüüs

Müügijärgsed teenused

Eelmine: Pikk mittekodeeriv järjestus-Illumina

Järgmine: Eukarüootne mRNA sekveneerimine-Illumina

Bioinformaatika

1.mRNA(denovo) koostamise põhimõte

Trinity poolt on lugemised killustatud väiksemateks tükkideks, mida nimetatakse K-meriks.Neid K-meere kasutatakse seejärel seemnetena, mida saab laiendada kontiigideks ja seejärel komponentideks, mis põhinevad kontigide kattumisel.Lõpuks rakendati siin komponentides ärakirjade äratundmiseks De Bruijni.

mRNA-(De-novo)-Kolmainsuse ülevaade

mRNA (De novo) Trinity ülevaade

2.mRNA (De novo) Geeni ekspressioonitaseme jaotus

RNA-Seq on võimeline saavutama geeniekspressiooni väga tundliku hinnangu.Tavaliselt on transkriptide ekspressiooni FPKM tuvastatav vahemik 10^-2 kuni 10^6

mRNA-(De-novo)-FPKM-tiheduse jaotus igas proovis

mRNA (De novo) FPKM tiheduse jaotus igas proovis

3. DEG-de mRNA (De novo) GO rikastamise analüüs

GO (Gene Ontology) andmebaas on struktureeritud bioloogiline annotatsioonisüsteem, mis sisaldab geenide ja geeniproduktide funktsioonide standardset sõnavara.See sisaldab mitut taset, kus mida madalam on tase, seda spetsiifilisemad on funktsioonid.

mRNA-(De-novo)-GO-DEG-de klassifikatsioon teisel tasemel

DEG-de mRNA (De novo) GO klassifikatsioon teisel tasemel

BMK juhtum

Sahharoosi metabolismi transkriptoomiline analüüs sibulate turse ja arengu ajal sibulas (Allium cepa L.)

Avaldatud: taimeteaduse piirid2016

Järjestusstrateegia

Illumina HiSeq2500

Näidiste kogumine

Selles uuringus kasutati Utah Yellow Sweet Spain kultivari "Y1351".Kogutud proovide arv oli
15. päev pärast sibula paisumist (DAS) (läbimõõt 2 cm ja kaal 3–4 g), 30. päev pärast sibula paisumist (läbimõõt 5 cm ja kaal 100–110 g) ja ∼ 3. 40. DAS (läbimõõt 7 cm ja kaal) 260-300 grammi).

Peamised tulemused

1. Venni diagrammil tuvastati kõigis kolmes arenguetappide paaris kokku 146 DEG-d
2. "Süsivesikute transporti ja ainevahetust" esindas ainult 585 unigeeni (st 7% annoteeritud COG-st).
3. GO andmebaasi edukalt annoteeritud Unigenes liigitati kolme peamise kategooriasse sibulate kolme erineva arenguetapi jaoks."Bioloogilise protsessi" põhikategoorias oli enim esindatud "ainevahetusprotsess", millele järgnes "rakuline protsess".Põhikategoorias "molekulaarne funktsioon" olid kaks enim esindatud kategooriat "sidumine" ja "katalüütiline aktiivsus".

PB-täispikk-RNA-sekveneerimise-juhtumiuuring

Ortoloogiliste rühmade klastrite (COG) klassifikatsiooni histogramm

Geeni ontoloogia (GO) klassifikatsiooni histogramm kolmes arengujärgus sibulatest saadud unigeenide jaoks

Venni diagramm, mis näitab geene, mis on erinevalt ekspresseeritud sibulasibulate arengu mis tahes kahes etapis

Viide

Zhang C, Zhang H, Zhan Z jt.Sahharoosi metabolismi transkriptoomiline analüüs sibula (Allium cepa L.) sibulate turse ja arengu ajal [J].Piirid taimeteaduses, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425