-
T2T જીનોમ એસેમ્બલી | અલ્ટ્રા લોંગ સિક્વન્સિંગ
T2T (ટેલોમેર-ટુ-ટેલોમેર) જીનોમ એ ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા જીનોમ એસેમ્બલી માટેનું સુવર્ણ માનક છે, જે એક ટેલોમેરથી બીજા ટેલોમેર સુધી ફેલાયેલા ગેપ-ફ્રી અથવા ગેપલેસ, ક્રોમોસોમ-સ્કેલ જીનોમ પુનર્નિર્માણનો ઉલ્લેખ કરે છે, અને પરંપરાગત જીનોમ એસેમ્બલીની ફ્રેગમેન્ટેશન મર્યાદાને તોડે છે.
કોર ONT અલ્ટ્રા-લોંગ રીડ સિક્વન્સિંગ દ્વારા સંચાલિત અને મલ્ટી-પ્લેટફોર્મ ડીપ સિક્વન્સિંગ અને ઑપ્ટિમાઇઝ્ડ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પાઇપલાઇન્સ સાથે સંકલિત, BMKGENE T2T જીનોમ સોલ્યુશન સૌથી જટિલ જીનોમિક "ડાર્ક પ્રદેશો" - ટેલોમેર્સ (યુકેરીયોટિક રંગસૂત્ર છેડા પર વિશિષ્ટ ન્યુક્લિયોપ્રોટીન સંકુલ), ઉચ્ચ ઓર્ગેનિક સેન્ટ્રોમેર્સ (વિશાળ ટેન્ડમ રિપીટ એરે), અને અન્ય જટિલ રિપીટ અને હેટરોઝાયગસ હેપ્લોટાઇપ પ્રદેશોને લક્ષ્ય બનાવે છે, જે લાંબા સમયથી પ્રમાણભૂત લાંબા-રીડ સિક્વન્સિંગ માટે ઉકેલી શકાતા નથી. પરંપરાગત લાંબા વાંચનથી વિપરીત જે આ પ્રદેશોને પાર કરવામાં નિષ્ફળ જાય છે અને સિક્વન્સ પતન અથવા કાઇમરિક કોન્ટિગ્સનું કારણ બને છે, ONT અલ્ટ્રા-લોંગ વાંચન અનસેમ્બલેબલ ગેપ્સ અને જટિલ પ્રદેશોને ફેલાવી શકે છે. BMKGene વિવિધ પ્રજાતિઓ માટે ગેપ-ફ્રી અથવા ગેપ-લેસ, ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા T2T જીનોમ પહોંચાડવા માટે પ્રતિબદ્ધ છે.
T2T જીનોમનું નિર્માણ અગાઉ દુર્ગમ જટિલ જીનોમિક પ્રદેશોને ખોલે છે, મહત્વપૂર્ણ સંશોધન અવકાશને ભરે છે, અને પ્રજાતિ ઉત્ક્રાંતિ, કાર્યાત્મક જનીન ખાણકામ, પરમાણુ સંવર્ધન, ચોકસાઇ દવા અને અન્ય અત્યાધુનિક વૈજ્ઞાનિક સંશોધન સહિત ઊંડાણપૂર્વકના અભ્યાસ માટે નક્કર, ઉચ્ચ-ચોકસાઇવાળા પાયાના ડેટા પૂરા પાડે છે.
-
પ્રોટીઓમિક્સ
પ્રોટીઓમિક્સ પ્રોટીન પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરે છે - જીવન પ્રવૃત્તિઓના અમલકર્તાઓ જે સજીવ ટ્રાન્સક્રિપ્શન નિયમનમાં મહત્વપૂર્ણ ભૂમિકા ભજવે છે. તે પેશીઓ અથવા કોષોમાં ગતિશીલ રીતે બદલાતા પ્રોટીનની રચના, અભિવ્યક્તિ સ્તર અને ફેરફાર સ્થિતિઓનું વિશ્લેષણ કરે છે, વિવિધ જીવન પ્રક્રિયાઓ પર પ્રોટીઓમ વિપુલતા ગતિશીલતાના નોંધપાત્ર પ્રભાવને સંબોધિત કરે છે. દવા, કૃષિ અને પશુપાલનમાં વ્યાપકપણે ઉપયોગમાં લેવાય છે. ગુણાત્મક પ્રોટીઓમિક્સ જેલ સ્ટ્રીપ્સ, IP, અને CO-IP/પુલ ડાઉન નમૂનાઓ સહિત નમૂનાઓને ઓળખવા માટે HPLC-MS/MS પ્રોટીન ઓળખ તકનીકનો ઉપયોગ કરે છે. માત્રાત્મક પ્રોટીઓમિક્સ જીનોમ દ્વારા અથવા જટિલ મિશ્ર સિસ્ટમમાં વ્યક્ત કરાયેલા તમામ પ્રોટીનનું ચોક્કસ પ્રમાણીકરણ અને ઓળખ પ્રાપ્ત કરે છે. વર્તમાન માત્રાત્મક પ્રોટીઓમિક્સ તકનીકોને મુખ્યત્વે લેબલ (TMT) અને લેબલ-મુક્ત (લેબલ ફ્રી, DIA, PRM) અભિગમોમાં વર્ગીકૃત કરવામાં આવી છે. BMKGENE મલ્ટી-પ્લેટફોર્મ અને મલ્ટી-ટેકનોલોજી પ્રોટીઓમિક્સ ઉકેલો પ્રદાન કરે છે.
-
ચયાપચય
જીનોમિક્સની એક ડાઉનસ્ટ્રીમ શાખા, મેટાબોલોમિક્સ, મુખ્યત્વે 1500 Da કરતા ઓછા પરમાણુ વજનવાળા નાના-આણ્વિક પદાર્થોને લક્ષ્ય બનાવે છે. તે ચયાપચયને બાહ્ય ઉત્તેજના અને શારીરિક/રોગવિજ્ઞાનિક ફેરફારો પ્રત્યે સજીવોના પ્રતિભાવોને વધુ સંવેદનશીલ રીતે પ્રતિબિંબિત કરવા સક્ષમ બનાવે છે. આનુવંશિક ભિન્નતા-પ્રેરિત મેટાબોલિટ સ્તરના ફેરફારો પણ તેના સંશોધન ક્ષેત્રમાં છે, જે એક નવતર સંશોધન પરિપ્રેક્ષ્ય પ્રદાન કરે છે.
BMKGENE મેટાબોલોમિક્સ સેવાઓની સંપૂર્ણ શ્રેણી પ્રદાન કરે છે, જેમાં બિન-લક્ષિત મેટાબોલોમિક્સ, વ્યાપકપણે લક્ષિત મેટાબોલોમિક્સ અને લક્ષિત મેટાબોલોમિક્સનો સમાવેશ થાય છે. લિક્વિડ ક્રોમેટોગ્રાફી-માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી (LC-MS) અથવા ગેસ ક્રોમેટોગ્રાફી-માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી (GC-MS) નો ઉપયોગ કરીને, બાહ્ય ઉત્તેજના પહેલાં અને પછી સજીવોમાં મોટાભાગના નાના-અણુ ચયાપચયમાં ગતિશીલ ફેરફારો શોધી શકાય છે. આ સેવાઓનો મુખ્ય ઉદ્દેશ્ય પ્રાયોગિક અને નિયંત્રણ જૂથો વચ્ચે નોંધપાત્ર તફાવતો ધરાવતા ચયાપચયને ઓળખવાનો અને શારીરિક/રોગવિજ્ઞાનવિષયક ફેરફારો અને અંતર્ગત પદ્ધતિઓ સાથેના તેમના સહસંબંધની વધુ શોધખોળ કરવાનો છે.
-
એક્સોસોમલ mRNA/LncRNA/CircRNA સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
એક્ઝોસોમ્સ એ કોષો દ્વારા સ્ત્રાવિત નાના વેસિકલ્સ છે, જેનો વ્યાસ સામાન્ય રીતે 30 થી 100 નેનોમીટર સુધીનો હોય છે. આ વેસિકલ્સમાં વિવિધ RNA હોય છે. એક્ઝોસોમ્સ આંતરકોષીય સંચાર, રોગપ્રતિકારક પ્રતિભાવો અને રોગના વિકાસમાં મહત્વપૂર્ણ ભૂમિકા ભજવે છે તેવું માનવામાં આવે છે, અને પ્લાઝ્મા, લાળ અને પેશાબ જેવા શારીરિક પ્રવાહી દ્વારા શરીરના અન્ય ભાગોમાં પ્રસારિત થઈ શકે છે. તેઓ પ્રાપ્તકર્તા કોષોના કાર્યોને નિયંત્રિત કરવા માટે ચોક્કસ બાયોમોલેક્યુલ્સ ધરાવે છે, જે સેલ્યુલર શારીરિક સ્થિતિઓને પ્રભાવિત કરે છે. એક્ઝોસોમ્સને કેન્સર, ન્યુરોડિજનરેટિવ રોગો અને બળતરાની સ્થિતિઓ સહિત રોગોના વિકાસમાં મુખ્ય ભૂમિકા ભજવવા માટે પણ માનવામાં આવે છે. એક્ઝોસોમ્સ પર સંશોધન રોગોના નિદાન, સારવાર અને નિવારણ માટે નવી આંતરદૃષ્ટિ અને પદ્ધતિઓ પ્રદાન કરે છે.
-
એક્સોસોમલ સ્મોલ આરએનએ સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
એક્સોસોમ્સ એ કોષો દ્વારા સ્ત્રાવિત નાના વેસિકલ્સ છે, જેનો વ્યાસ સામાન્ય રીતે 30 થી 100 નેનોમીટર સુધીનો હોય છે. આ વેસિકલ્સમાં વિવિધ RNA હોય છે. એક્સોસોમ્સમાં RNA પ્રકારોમાં, સૌથી સામાન્ય અને વ્યાપકપણે અભ્યાસ કરાયેલ માઇક્રોઆરએનએ (miRNA) છે. miRNA એ નોન-કોડિંગ નાના RNA નો એક વર્ગ છે જેની લંબાઈ લગભગ 18-25 ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ છે. તેઓ લક્ષ્ય mRNA ના 3′ અનટ્રાન્સલેટેડ પ્રદેશ (3′ UTR) સાથે જોડાઈને પોસ્ટ-ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ જનીન શાંત કરવાની મધ્યસ્થી કરે છે, જેનાથી જનીન અભિવ્યક્તિનું નિયમન થાય છે. ઉદાહરણ તરીકે, ચોક્કસ ગાંઠ કોષો દ્વારા સ્ત્રાવિત એક્સોસોમ્સમાં ચોક્કસ miRNA હોય છે, જેમ કે miR-126 અને miR-92a. આ miRNA પ્રાપ્તકર્તા કોષોમાં જનીન અભિવ્યક્તિને પ્રભાવિત કરી શકે છે અને ગાંઠ એન્જીયોજેનેસિસને પ્રોત્સાહન આપી શકે છે (ટોમોહિરો ઉમેઝુ, એટ અલ., ઓન્કોજીન, 2012).
-
BMKMANU S3000_સ્પેશિયલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ
સ્પેશિયલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ એ એક તકનીક છે જે આપણને પેશીઓમાં જનીન અભિવ્યક્તિને કેપ્ચર અને કલ્પના કરવાની મંજૂરી આપે છે. કોષો કેવી રીતે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે તે સમજવા માટે આ મહત્વપૂર્ણ બની શકે છે.
આ અભિગમ માટે વિવિધ પ્લેટફોર્મ છે. આ બાબતે, BMKGene એ BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip વિકસાવ્યું છે, જે એક પ્લેટફોર્મ છે જે ટેકનિક પ્રદર્શનને વેગ આપે છે, સબસેલ્યુલર રિઝોલ્યુશન સુધી પહોંચે છે અને બહુ-સ્તરીય રિઝોલ્યુશન સેટિંગને સક્ષમ કરે છે.
આ ચિપ સ્પેશિયલી બારકોડેડ પ્રોબ્સથી ભરેલા મણકાઓથી ભરેલા માઇક્રોવેલ્સની પેટન્ટ ટેકનોલોજીનો ઉપયોગ કરીને 4.2 મિલિયન સ્પોટ્સને ઘેરી લે છે. આ પદ્ધતિ સાથે, કેપ્ચર અને એમ્પ્લીફિકેશન પછી, આપણે બારકોડેડ નમૂનાઓથી સમૃદ્ધ cDNA લાઇબ્રેરી મેળવીએ છીએ જે ઇલુમિના સુસંગત છે.
ડેટા પર, સ્પેશિયલ બારકોડ અને UMI નું સંયોજન જનરેટ થયેલા ડેટાની ચોકસાઈ અને વિશિષ્ટતાની ખાતરી કરે છે. ઉપરોક્ત બધાને જોડીને, BMKManu અત્યંત બહુમુખી ડેટા સેટિંગ પ્રદાન કરે છે.
-
DNBSEQ પહેલાથી બનાવેલી લાઇબ્રેરીઓ
MGI દ્વારા વિકસાવવામાં આવેલ DNBSEQ, એક નવીન NGS ટેકનોલોજી છે જે સિક્વન્સિંગ ખર્ચમાં વધુ ઘટાડો કરવામાં અને થ્રુપુટ વધારવામાં સફળ રહી છે. DNBSEQ લાઇબ્રેરીઓની તૈયારીમાં DNA ફ્રેગમેન્ટેશન, ssDNA ની તૈયારી અને DNA નેનોબોલ્સ (DNB) મેળવવા માટે રોલિંગ સર્કલ એમ્પ્લીફિકેશનનો સમાવેશ થાય છે. પછી આને ઘન સપાટી પર લોડ કરવામાં આવે છે અને ત્યારબાદ કોમ્બીનેટોરિયલ પ્રોબ-એન્કર સિન્થેસિસ (cPAS) દ્વારા સિક્વન્સ કરવામાં આવે છે. DNBSEQ ટેકનોલોજી નેનોબોલ્સ સાથે ઉચ્ચ ઘનતા ભૂલ પેટર્નનો ઉપયોગ કરીને ઓછા એમ્પ્લીફિકેશન ભૂલ દર હોવાના ફાયદાઓને જોડે છે, જેના પરિણામે ઉચ્ચ થ્રુપુટ અને ચોકસાઈ સાથે સિક્વન્સિંગ થાય છે.
અમારી પહેલાથી બનાવેલી લાઇબ્રેરી સિક્વન્સિંગ સેવા ગ્રાહકોને વિવિધ સ્ત્રોતો (mRNA, આખા જીનોમ, એમ્પ્લીકોન, 10x લાઇબ્રેરીઓ, વગેરે) માંથી ઇલુમિના સિક્વન્સિંગ લાઇબ્રેરીઓ તૈયાર કરવા સક્ષમ બનાવે છે, જેને DNBSEQ-T7 માં સિક્વન્સ કરવા માટે અમારી પ્રયોગશાળાઓમાં MGI લાઇબ્રેરીઓમાં રૂપાંતરિત કરવામાં આવે છે, જેનાથી ઓછા ખર્ચે ઉચ્ચ ડેટા જથ્થો શક્ય બને છે.
-
હાઇ-સી આધારિત ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા
હાઇ-સી એ પ્રોબિંગ પ્રોક્સિમિટી-આધારિત ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ અને હાઇ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગને જોડીને જીનોમિક રૂપરેખાંકન મેળવવા માટે રચાયેલ પદ્ધતિ છે. આ પદ્ધતિ ફોર્માલ્ડિહાઇડ સાથે ક્રોમેટિન ક્રોસલિંકિંગ પર આધારિત છે, ત્યારબાદ પાચન અને રિ-લિગેશન થાય છે જેથી ફક્ત સહસંયોજક રીતે જોડાયેલા ટુકડાઓ જ લિગેશન પ્રોડક્ટ્સ બનાવે. આ લિગેશન પ્રોડક્ટ્સને સિક્વન્સ કરીને, જીનોમના 3D સંગઠનનો અભ્યાસ કરવો શક્ય છે. હાઇ-સી જીનોમના તે ભાગોના વિતરણનો અભ્યાસ કરવાનું શક્ય બનાવે છે જે હળવા પેક્ડ છે (A કમ્પાર્ટમેન્ટ્સ, યુક્રોમેટિન) અને ટ્રાન્સક્રિપ્શનલી સક્રિય હોવાની શક્યતા વધુ છે, અને તે પ્રદેશો જે વધુ ચુસ્ત રીતે પેક્ડ છે (B કમ્પાર્ટમેન્ટ્સ, હેટરોક્રોમેટિન). હાઇ-સીનો ઉપયોગ ટોપોલોજીકલી એસોસિએટેડ ડોમેન્સ (TADs) ને નિર્ધારિત કરવા માટે પણ થઈ શકે છે, જીનોમના એવા પ્રદેશો કે જેમાં ફોલ્ડ સ્ટ્રક્ચર્સ છે અને સમાન અભિવ્યક્તિ પેટર્ન હોવાની શક્યતા છે, અને ક્રોમેટિન લૂપ્સ, ડીએનએ પ્રદેશો ઓળખવા માટે પણ થઈ શકે છે જે પ્રોટીન દ્વારા એકસાથે લંગરાયેલા છે અને જે ઘણીવાર નિયમનકારી તત્વોથી સમૃદ્ધ હોય છે. BMKGene ની Hi-C સિક્વન્સિંગ સેવા સંશોધકોને જીનોમિક્સના અવકાશી પરિમાણોનું અન્વેષણ કરવા માટે સશક્ત બનાવે છે, જે જીનોમ નિયમન અને આરોગ્ય અને રોગમાં તેની અસરોને સમજવા માટે નવા માર્ગો ખોલે છે.
-
પેકબાયો 2+3 પૂર્ણ-લંબાઈ mRNA સોલ્યુશન
જ્યારે NGS-આધારિત mRNA સિક્વન્સિંગ જનીન અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણ નક્કી કરવા માટે એક બહુમુખી સાધન છે, ત્યારે ટૂંકા વાંચન પર તેની નિર્ભરતા જટિલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક વિશ્લેષણમાં તેની અસરકારકતાને મર્યાદિત કરે છે. બીજી બાજુ, PacBio સિક્વન્સિંગ (Iso-Seq) લાંબા-વાંચન તકનીકનો ઉપયોગ કરે છે, જે પૂર્ણ-લંબાઈના mRNA ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સના ક્રમને સક્ષમ કરે છે. આ અભિગમ વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ, જનીન ફ્યુઝન અને પોલી-એડેનિલેશનના વ્યાપક સંશોધનને સરળ બનાવે છે, જોકે તે જનીન અભિવ્યક્તિ પરિમાણ માટે પ્રાથમિક પસંદગી નથી. 2+3 સંયોજન સમાન આઇસોફોર્મ્સનું પ્રમાણ નક્કી કરવા માટે ટ્રાન્સક્રિપ્ટ આઇસોફોર્મ્સ અને NGS સિક્વન્સિંગના સંપૂર્ણ સેટને ઓળખવા માટે PacBio HiFi રીડ પર આધાર રાખીને ઇલુમિના અને PacBio વચ્ચેના અંતરને દૂર કરે છે.
પ્લેટફોર્મ્સ: PacBio Revio અને Illumina NovaSeq
-
જીનોમ-વાઇડ એસોસિએશન વિશ્લેષણ
જીનોમ-વાઇડ એસોસિએશન સ્ટડીઝ (GWAS) નો ઉદ્દેશ્ય ચોક્કસ લક્ષણો (ફેનોટાઇપ્સ) સાથે જોડાયેલા આનુવંશિક પ્રકારો (જીનોટાઇપ્સ) ઓળખવાનો છે. મોટી સંખ્યામાં વ્યક્તિઓમાં સમગ્ર જીનોમમાં આનુવંશિક માર્કર્સની તપાસ કરીને, GWAS વસ્તી-સ્તરના આંકડાકીય વિશ્લેષણ દ્વારા જીનોટાઇપ-ફેનોટાઇપ સંગઠનોને એક્સ્ટ્રાપોલેટ કરે છે. આ પદ્ધતિ માનવ રોગોના સંશોધન અને પ્રાણીઓ અથવા છોડમાં જટિલ લક્ષણોથી સંબંધિત કાર્યાત્મક જનીનોની શોધમાં વ્યાપક એપ્લિકેશનો શોધે છે.
BMKGENE ખાતે, અમે મોટી વસ્તી પર GWAS હાથ ધરવા માટે બે માર્ગો પ્રદાન કરીએ છીએ: હોલ-જીનોમ સિક્વન્સિંગ (WGS) નો ઉપયોગ કરવો અથવા ઘટાડેલી રજૂઆત જીનોમ સિક્વન્સિંગ પદ્ધતિ, ઇન-હાઉસ-વિકસિત સ્પેસિફિક-લોકસ એમ્પ્લીફાઇડ ફ્રેગમેન્ટ (SLAF) પસંદ કરવી. જ્યારે WGS નાના જીનોમને અનુકૂળ આવે છે, ત્યારે SLAF લાંબા જીનોમ સાથે મોટી વસ્તીનો અભ્યાસ કરવા માટે ખર્ચ-અસરકારક વિકલ્પ તરીકે ઉભરી આવે છે, જે અસરકારક રીતે સિક્વન્સિંગ ખર્ચ ઘટાડે છે, જ્યારે ઉચ્ચ આનુવંશિક માર્કર શોધ કાર્યક્ષમતાની ખાતરી આપે છે.
-
એકલ-ન્યુક્લીઅર આરએનએ સિક્વન્સિંગ
સિંગલ-સેલ કેપ્ચર અને કસ્ટમ લાઇબ્રેરી બાંધકામ તકનીકોના વિકાસ, ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ સાથે, કોષ સ્તરે જનીન અભિવ્યક્તિ અભ્યાસમાં ક્રાંતિ લાવી છે. આ પ્રગતિ જટિલ કોષ વસ્તીના ઊંડા અને વધુ વ્યાપક વિશ્લેષણ માટે પરવાનગી આપે છે, બધા કોષો પર જનીન અભિવ્યક્તિના સરેરાશ સાથે સંકળાયેલ મર્યાદાઓને દૂર કરે છે અને આ વસ્તીમાં સાચી વિજાતીયતા જાળવી રાખે છે. જ્યારે સિંગલ-સેલ RNA સિક્વન્સિંગ (scRNA-seq) ના નિર્વિવાદ ફાયદા છે, તે ચોક્કસ પેશીઓમાં પડકારોનો સામનો કરે છે જ્યાં સિંગલ-સેલ સસ્પેન્શનનું નિર્માણ મુશ્કેલ સાબિત થાય છે અને તાજા નમૂનાઓની જરૂર પડે છે. BMKGene ખાતે, અમે અત્યાધુનિક 10X જીનોમિક્સ ક્રોમિયમ ટેકનોલોજીનો ઉપયોગ કરીને સિંગલ-ન્યુક્લિયસ RNA સિક્વન્સિંગ (snRNA-seq) ઓફર કરીને આ અવરોધનો સામનો કરીએ છીએ. આ અભિગમ સિંગલ-સેલ સ્તરે ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ વિશ્લેષણ માટે યોગ્ય નમૂનાઓના સ્પેક્ટ્રમને વિસ્તૃત કરે છે.
ન્યુક્લીનું આઇસોલેશન નવીન 10X જીનોમિક્સ ક્રોમિયમ ચિપ દ્વારા પૂર્ણ થાય છે, જેમાં ડબલ ક્રોસિંગ સાથે આઠ-ચેનલ માઇક્રોફ્લુઇડિક્સ સિસ્ટમ છે. આ સિસ્ટમમાં, બારકોડ, પ્રાઇમર્સ, ઉત્સેચકો અને એક ન્યુક્લિયસને સમાવિષ્ટ કરતા જેલ મણકા નેનોલિટર-કદના તેલના ટીપાંમાં સમાવિષ્ટ થાય છે, જે જેલ બીડ-ઇન-ઇમલ્શન (GEM) બનાવે છે. GEM રચના પછી, દરેક GEM માં કોષ લિસિસ અને બારકોડ રિલીઝ થાય છે. ત્યારબાદ, mRNA પરમાણુઓ cDNA માં રિવર્સ ટ્રાન્સક્રિપ્શનમાંથી પસાર થાય છે, જેમાં 10X બારકોડ અને યુનિક મોલેક્યુલર આઇડેન્ટિફાયર (UMI)નો સમાવેશ થાય છે. આ cDNA પછી પ્રમાણભૂત સિક્વન્સિંગ લાઇબ્રેરી બાંધકામને આધિન કરવામાં આવે છે, જે સિંગલ-કોષ સ્તરે જનીન અભિવ્યક્તિ પ્રોફાઇલ્સના મજબૂત અને વ્યાપક સંશોધનને સરળ બનાવે છે.
પ્લેટફોર્મ: 10× જીનોમિક્સ ક્રોમિયમ અને ઇલુમિના નોવાસેક પ્લેટફોર્મ
-
વનસ્પતિ/પ્રાણીના સંપૂર્ણ જીનોમ સિક્વન્સિંગ
હોલ જીનોમ સિક્વન્સિંગ (WGS) એ એક તકનીક છે જેનો ઉપયોગ એક જ સમયે સજીવના જીનોમના સંપૂર્ણ DNA ક્રમને નક્કી કરવા માટે થાય છે.
સામાન્ય રીતે, સંદર્ભ જીનોમના અસ્તિત્વના આધારે સેવાને બે અલગ અલગ જૂથોમાં વહેંચવામાં આવે છે:
- નવોસંપૂર્ણ જીનોમ સિક્વન્સિંગ.આ સ્થિતિમાં, જે જીનોમ સિક્વન્સ કરવામાં આવશે તેમાં રેફરન્સ જીનોમ ઉપલબ્ધ નથી, અને તે કારણોસર, આ સિક્વન્સિંગનો ઉદ્દેશ્ય તેને જનરેટ કરવાનો (અથવા હાલના એકને સુધારવાનો) છે. આ ટેકનિકમાં રીડ્સ વચ્ચે ઓવરલેપ બનાવીને જીનોમ એસેમ્બલીને વધારવા માટે ઇલુમિના ડેટા અને લોંગ-રીડ સિક્વન્સિંગ બંનેનો ઉપયોગ કરવાની જરૂર છે.
- ફરીથી ક્રમ.તે જાણીતા સંદર્ભ જીનોમ સાથે પ્રજાતિઓના વિવિધ વ્યક્તિઓના સમગ્ર જીનોમ ક્રમનો ઉલ્લેખ કરે છે. આ આધારે, વ્યક્તિઓ અથવા વસ્તીના જીનોમિક તફાવતોને વધુ ઓળખી શકાય છે.
-
પૂર્ણ-લંબાઈ mRNA સિક્વન્સિંગ-નેનોપોર
જ્યારે NGS-આધારિત mRNA સિક્વન્સિંગ જનીન અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણ નક્કી કરવા માટે એક બહુમુખી સાધન છે, ત્યારે ટૂંકા વાંચન પર તેની નિર્ભરતા જટિલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક વિશ્લેષણમાં તેની અસરકારકતાને મર્યાદિત કરે છે. બીજી બાજુ, નેનોપોર સિક્વન્સિંગ લાંબા-વાંચન તકનીકનો ઉપયોગ કરે છે, જે પૂર્ણ-લંબાઈના mRNA ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સના ક્રમને સક્ષમ બનાવે છે. આ અભિગમ વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ, જનીન ફ્યુઝન, પોલી-એડેનિલેશન અને mRNA આઇસોફોર્મ્સના જથ્થાના વ્યાપક સંશોધનને સરળ બનાવે છે.
નેનોપોર સિક્વન્સિંગ, એક પદ્ધતિ જે નેનોપોર સિંગલ-મોલેક્યુલ રીઅલ-ટાઇમ ઇલેક્ટ્રિકલ સિગ્નલો પર આધાર રાખે છે, તે રીઅલ-ટાઇમમાં પરિણામો પ્રદાન કરે છે. મોટર પ્રોટીન દ્વારા માર્ગદર્શન આપવામાં આવે છે, ડબલ-સ્ટ્રેન્ડેડ ડીએનએ બાયોફિલ્મમાં એમ્બેડેડ નેનોપોર પ્રોટીન સાથે જોડાય છે, વોલ્ટેજ તફાવત હેઠળ નેનોપોર ચેનલમાંથી પસાર થતાં તે આરામ કરે છે. ડીએનએ સ્ટ્રૅન્ડ પર વિવિધ પાયા દ્વારા ઉત્પન્ન થતા વિશિષ્ટ ઇલેક્ટ્રિકલ સિગ્નલો રીઅલ-ટાઇમમાં શોધી અને વર્ગીકૃત કરવામાં આવે છે, જે સચોટ અને સતત ન્યુક્લિયોટાઇડ સિક્વન્સિંગને સરળ બનાવે છે. આ નવીન અભિગમ ટૂંકા-વાંચન મર્યાદાઓને દૂર કરે છે અને તાત્કાલિક પરિણામો સાથે જટિલ જિનોમિક વિશ્લેષણ માટે ગતિશીલ પ્લેટફોર્મ પૂરું પાડે છે, જેમાં જટિલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક અભ્યાસનો સમાવેશ થાય છે.
પ્લેટફોર્મ: નેનોપોર પ્રોમેથિઓન 48
