પૂર્ણ-લંબાઈની mRNA સિક્વન્સિંગ -PacBio
સેવા લાભો
● 3'- અંતથી 5'- અંત સુધી પૂર્ણ-લંબાઈના cDNA પરમાણુનું ડાયરેક્ટ રીડ-આઉટ
● સિક્વન્સ સ્ટ્રક્ચરમાં આઇસો-ફોર્મ લેવલ રિઝોલ્યુશન
● ઉચ્ચ સચોટતા અને અખંડિતતા સાથે ટ્રાન્સક્રિપ્ટ
● vaours પ્રજાતિઓ માટે અત્યંત સુસંગત
● 4 PacBio સિક્વલ II સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ સજ્જ સાથે મોટી સિક્વન્સિંગ ક્ષમતા
● 700 થી વધુ Pacbio-આધારિત RNA સિક્વન્સિંગ પ્રોજેક્ટ્સ સાથે અત્યંત અનુભવી
● BMKCloud-આધારિત પરિણામ વિતરણ: પ્લેટફોર્મ પર કસ્ટમાઇઝ્ડ ડેટા-માઇનિંગ ઉપલબ્ધ છે.
● વેચાણ પછીની સેવાઓ પ્રોજેક્ટ પૂર્ણ થયા પછી 3 મહિના માટે માન્ય છે
સેવા વિશિષ્ટતાઓ
પ્લેટફોર્મ: PacBio સિક્વલ II
સિક્વન્સિંગ લાઇબ્રેરી: પોલી A- સમૃદ્ધ mRNA લાઇબ્રેરી
ભલામણ કરેલ ડેટા ઉપજ: 20 Gb/નમૂનો (પ્રજાતિ પર આધાર રાખીને)
FLNC（%）： ≥75%
*FLNC: પૂર્ણ-લંબાઈના બિન-કાઇમરિક ટ્રાન્સીપ્ટ્સ
બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ
● કાચો ડેટા પ્રોસેસિંગ
● ટ્રાન્સક્રિપ્ટ ઓળખ
● અનુક્રમ માળખું
● અભિવ્યક્તિ પરિમાણ
● કાર્ય એનોટેશન
નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી
નમૂના જરૂરીયાતો:
ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ:
| કોન્ક.(ng/μl) | રકમ (μg) | શુદ્ધતા | અખંડિતતા |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 જેલ પર દર્શાવેલ મર્યાદિત અથવા કોઈ પ્રોટીન અથવા ડીએનએ દૂષણ નથી. | છોડ માટે: RIN≥7.5; પ્રાણીઓ માટે: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; મર્યાદિત અથવા કોઈ આધારરેખા એલિવેશન નથી |
પેશી: વજન(સૂકા):≥1 ગ્રામ
*5 મિલિગ્રામથી નાની પેશી માટે, અમે ફ્રોઝન (પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં) પેશીના નમૂના મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.
સેલ સસ્પેન્શન:કોષની સંખ્યા = 3×106- 1×107
*અમે ફ્રોઝન સેલ લિસેટ મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.જો તે કોષની ગણતરી 5×10 કરતા ઓછી હોય5, પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં ફ્લૅશ સ્થિર કરવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે, જે માઇક્રો એક્સટ્રૅક્શન માટે વધુ સારું છે.
લોહીના નમૂનાઓ:વોલ્યુમ≥1 એમએલ
સુક્ષ્મસજીવો:માસ ≥ 1 ગ્રામ
ભલામણ કરેલ નમૂના ડિલિવરી
કન્ટેનર:
2 મિલી સેન્ટ્રીફ્યુજ ટ્યુબ (ટીન ફોઇલની ભલામણ કરવામાં આવતી નથી)
નમૂના લેબલીંગ: જૂથ+પ્રતિકૃતિ દા.ત. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
શિપમેન્ટ:
1. ડ્રાય-આઈસ: સેમ્પલને બેગમાં પેક કરીને ડ્રાય આઈસમાં દાટી દેવાની જરૂર છે.
2. RNAstable ટ્યુબ: RNA સેમ્પલને RNA સ્ટેબિલાઈઝેશન ટ્યુબમાં સૂકવી શકાય છે (દા.ત. RNAstable®) અને ઓરડાના તાપમાને મોકલી શકાય છે.
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
પ્રયોગ ડિઝાઇન
નમૂના વિતરણ
આરએનએ નિષ્કર્ષણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
સિક્વન્સિંગ
માહિતી વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
1.FLNC લંબાઈ વિતરણ
ફુલ-લેન્થ નોન-કાઇમરિક રીડ(FLNC) ની લંબાઈ પુસ્તકાલયના બાંધકામમાં cDNA ની લંબાઈ દર્શાવે છે.પુસ્તકાલયના બાંધકામની ગુણવત્તાનું મૂલ્યાંકન કરવા માટે FLNC લંબાઈનું વિતરણ નિર્ણાયક સૂચક છે.
FLNC વાંચન લંબાઈ વિતરણ
2. પૂર્ણ ORF પ્રદેશ લંબાઈ વિતરણ
અમે પ્રોટીન કોડિંગ ક્ષેત્રો અને અનુરૂપ એમિનો એસિડ સિક્વન્સની આગાહી કરવા માટે ટ્રાન્સડેકોડરનો ઉપયોગ કરીએ છીએ જેથી યુનિજીન સેટ જનરેટ કરવામાં આવે, જેમાં તમામ નમૂનાઓમાં સંપૂર્ણ બિન-રિડન્ડન્ટ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ માહિતી હોય છે.
પૂર્ણ ORF પ્રદેશ લંબાઈ વિતરણ
3.KEGG પાથવે સંવર્ધન વિશ્લેષણ
PacBio સિક્વન્સિંગ ડેટા દ્વારા જનરેટ કરાયેલ પૂર્ણ-લંબાઈના ટ્રાન્સક્રિપ્ટ સેટ પર NGS-આધારિત RNA સિક્વન્સિંગ ડેટાને સંરેખિત કરીને ડિફરન્શિયલ એક્સપ્રેસ ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ્સ(DETs) ઓળખી શકાય છે.આ DETs વિવિધ કાર્યાત્મક વિશ્લેષણ માટે આગળ પ્રક્રિયા કરી શકે છે, દા.ત. KEGG પાથવે સંવર્ધન વિશ્લેષણ.
DET KEGG પાથવે સંવર્ધન - ડોટ પ્લોટ
BMK કેસ
પોપ્યુલસ સ્ટેમ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમની વિકાસ ગતિશીલતા
પ્રકાશિત: પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ, 2019
અનુક્રમ વ્યૂહરચના:
નમૂના સંગ્રહ:સ્ટેમ પ્રદેશો: એપેક્સ, ફર્સ્ટ ઇન્ટરનોડ(IN1), સેકન્ડ ઇન્ટરનોડ(IN2), ત્રીજો ઇન્ટરનોડ(IN3), ઇન્ટરનોડ(IN4) અને Nanlin895 માંથી ઇન્ટરનોડ(IN5)
NGS-ક્રમ:15 વ્યક્તિઓના આરએનએ એક જૈવિક નમૂના તરીકે એકત્રિત કરવામાં આવ્યા હતા.NGS ક્રમ માટે દરેક પોઈન્ટની ત્રણ જૈવિક પ્રતિકૃતિઓ પર પ્રક્રિયા કરવામાં આવી હતી
TGS-ક્રમ:સ્ટેમ પ્રદેશોને ત્રણ પ્રદેશોમાં વિભાજિત કરવામાં આવ્યા હતા, એટલે કે સર્વોચ્ચ, IN1-IN3 અને IN4-IN5.દરેક પ્રદેશને ચાર પ્રકારની લાઇબ્રેરીઓ સાથે PacBio સિક્વન્સિંગ માટે પ્રક્રિયા કરવામાં આવી હતી: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb અને 3-10 kb.
મુખ્ય પરિણામો
1. કુલ 87150 પૂર્ણ-લંબાઈના ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ્સની ઓળખ કરવામાં આવી હતી, જેમાં, 2081 નોવેલ આઇસોફોર્મ્સ અને 62058 નોવેલ વૈકલ્પિક સ્પ્લિસ્ડ આઇસોફોર્મ્સ ઓળખવામાં આવ્યા હતા.
2.1187 lncRNA અને 356 ફ્યુઝન જનીનો ઓળખવામાં આવ્યા હતા.
3.પ્રાથમિક વૃદ્ધિથી ગૌણ વૃદ્ધિ સુધી, 995 વિભિન્ન રીતે વ્યક્ત કરાયેલા જનીનોમાંથી 15838 વિભિન્ન રીતે વ્યક્ત કરાયેલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સ ઓળખવામાં આવ્યા હતા.તમામ ડીઇજીમાં, 1216 ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળો હતા, જેમાંથી મોટાભાગનાની હજુ સુધી જાણ કરવામાં આવી નથી.
4.GO સંવર્ધન વિશ્લેષણ પ્રાથમિક અને ગૌણ વૃદ્ધિમાં કોષ વિભાજન અને ઓક્સિડેશન-ઘટાડો પ્રક્રિયાનું મહત્વ દર્શાવે છે.
વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ ઇવેન્ટ્સ અને વિવિધ આઇસોફોર્મ્સ
ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળો પર WGCNA વિશ્લેષણ
સંદર્ભ
ચાઓ ક્યૂ, ગાઓ ઝેડએફ, ઝાંગ ડી, એટ અલ.પોપ્યુલસ સ્ટેમ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમની વિકાસ ગતિશીલતા.પ્લાન્ટ બાયોટેકનૉલ જે. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
