ઉત્પાદનો

*અહીં દર્શાવેલ ડેમો પરિણામો બધા BMKGENE સાથે પ્રકાશિત થયેલ જીનોમમાંથી છે

1. ઉત્ક્રાંતિ વિશ્લેષણમાં આનુવંશિક ભિન્નતાના આધારે ફાયલોજેનેટિક વૃક્ષ, વસ્તી માળખું અને પીસીએનું નિર્માણ શામેલ છે.

ફાયલોજેનેટિક વૃક્ષ સામાન્ય પૂર્વજ સાથેની પ્રજાતિઓ વચ્ચે વર્ગીકરણ અને ઉત્ક્રાંતિ સંબંધોનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે.
PCA નો ઉદ્દેશ પેટા-વસ્તી વચ્ચે નિકટતાની કલ્પના કરવાનો છે.
વસ્તી માળખું એલીલ ફ્રીક્વન્સીઝના સંદર્ભમાં આનુવંશિક રીતે અલગ પેટા-વસ્તીની હાજરી દર્શાવે છે.

ચેન, એટ.અલ.,PNAS, 2020

2.પસંદગીયુક્ત સ્વીપ

પસંદગીયુક્ત સ્વીપ એ એવી પ્રક્રિયાનો ઉલ્લેખ કરે છે કે જેના દ્વારા ફાયદાકારક સાઇટ પસંદ કરવામાં આવે છે અને લિંક કરેલી તટસ્થ સાઇટ્સની ફ્રીક્વન્સીઝ વધે છે અને અનલિંક કરેલી સાઇટ્સની આવર્તન ઘટે છે, પરિણામે પ્રાદેશિક ઘટાડો થાય છે.

પસંદગીના સ્વીપ પ્રદેશો પર જીનોમ-વ્યાપી શોધની પ્રક્રિયા ચોક્કસ પગલા (10 Kb) પર સ્લાઇડિંગ વિન્ડો (100 Kb) ની અંદર તમામ SNP ના વસ્તી આનુવંશિક અનુક્રમણિકા (π，Fst, Tajima's D) ની ગણતરી કરીને પ્રક્રિયા કરવામાં આવે છે.

ન્યુક્લિયોટાઇડ વિવિધતા (π)

તાજીમાના ડી

ફિક્સેશન ઇન્ડેક્સ(Fst)

વુ, એટ.અલ.,મોલેક્યુલર પ્લાન્ટ, 2018

3.જીન ફ્લો

વુ, એટ.અલ.,મોલેક્યુલર પ્લાન્ટ, 2018

4. વસ્તી વિષયક ઇતિહાસ

ઝાંગ, એટ.અલ.,નેચર ઇકોલોજી એન્ડ ઇવોલ્યુશન, 2021

5.વિચલન સમય

ઝાંગ, એટ.અલ.,નેચર ઇકોલોજી એન્ડ ઇવોલ્યુશન, 2021

BMK કેસ

જીનોમિક વેરિએશન મેપ સ્પ્રિંગ ચાઈનીઝ કોબીજ (બ્રાસિકા રાપા એસએસપી. પેકિનેન્સિસ) પસંદગીના આનુવંશિક આધારમાં આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે

પ્રકાશિત: મોલેક્યુલર પ્લાન્ટ, 2018

અનુક્રમ વ્યૂહરચના:

અનુકરણ: અનુક્રમ ઊંડાઈ: 10×

મુખ્ય પરિણામો

આ અભ્યાસમાં, 194 ચાઈનીઝ કોબીઝને 10× ની સરેરાશ ઊંડાઈ સાથે પુનઃક્રમાંકન માટે પ્રક્રિયા કરવામાં આવી હતી, જેમાંથી 1,208,499 SNPs અને 416,070 InDels મળ્યા હતા.આ 194 રેખાઓ પર ફિલોજેનેટિક વિશ્લેષણ દર્શાવે છે કે આ રેખાઓને ત્રણ ઇકોટાઇપ્સ, વસંત, ઉનાળો અને પાનખરમાં વિભાજિત કરી શકાય છે.વધુમાં, વસ્તી માળખું અને PCA વિશ્લેષણ દર્શાવે છે કે વસંત ચાઇનીઝ કોબીની ઉત્પત્તિ ચીનના શેન્ડોંગમાં પાનખર કોબીમાંથી થઈ હતી.આને પછીથી કોરિયા અને જાપાનમાં રજૂ કરવામાં આવ્યા હતા, સ્થાનિક લાઇન સાથે ક્રોસ કરવામાં આવ્યા હતા અને તેમાંથી કેટલીક લેટ બોલ્ટિંગ જાતો ચીનમાં પાછી રજૂ કરવામાં આવી હતી અને અંતે સ્પ્રિંગ ચાઇનીઝ કોબી બની હતી.

પસંદગી પર વસંત ચાઇનીઝ કોબીઝ અને પાનખર કોબીઝ પર જીનોમ-વ્યાપી સ્કેનિંગમાં 23 જીનોમિક સ્થાનો બહાર આવ્યા જે મજબૂત પસંદગીમાંથી પસાર થયા છે, જેમાંથી બે QTL-મેપિંગ પર આધારિત બોલ્ટિંગ-ટાઇમ નિયંત્રણ ક્ષેત્ર સાથે ઓવરલેપ થયા હતા.આ બે પ્રદેશોમાં ફૂલોનું નિયમન કરતા મુખ્ય જનીનો જોવા મળ્યા, BrVIN3.1 અને BrFLC1.આ બે જનીનો ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ અભ્યાસ અને ટ્રાન્સજેનિક પ્રયોગો દ્વારા બોલ્ટિંગ ટાઈમમાં સામેલ હોવાની પુષ્ટિ કરવામાં આવી હતી.

ચાઇનીઝ કોબીજ પર વસ્તી માળખું વિશ્લેષણ

ચાઇનીઝ કોબી પસંદગી પર આનુવંશિક માહિતી