પૂર્ણ-લંબાઈ mRNA સિક્વન્સિંગ-નેનોપોર
સેવા લાભો
● નિમ્ન ક્રમ પૂર્વગ્રહ
● પૂર્ણ-લંબાઈના સીડીએનએ પરમાણુઓ જાહેર કરવા
● સમાન સંખ્યામાં ટ્રાન્સક્રિપ્ટને આવરી લેવા માટે ઓછો ડેટા જરૂરી છે
● જનીન દીઠ બહુવિધ આઇસોફોર્મ્સની ઓળખ
● આઇસોફોર્મ સ્તરમાં અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણીકરણ
સેવા વિશિષ્ટતાઓ
| પુસ્તકાલય | પ્લેટફોર્મ | ભલામણ કરેલ ડેટા યીલ્ડ (Gb) | ગુણવત્તા નિયંત્રણ |
| cDNA-PCR(પોલી-એ સમૃદ્ધ) | નેનોપોર પ્રોમેથિઅન P48 | 6 જીબી/નમૂનો (પ્રજાતિના આધારે) | પૂર્ણ-લંબાઈનો ગુણોત્તર＞70% સરેરાશ ગુણવત્તા સ્કોર: Q10
|
બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ
●કાચો ડેટા પ્રોસેસિંગ
● ટ્રાન્સક્રિપ્ટ ઓળખ
● વૈકલ્પિક વિભાજન
● જનીન સ્તર અને આઇસોફોર્મ સ્તરમાં અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણીકરણ
● વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ
● કાર્ય એનોટેશન અને સંવર્ધન (DEGs અને DETs)
નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી
નમૂના જરૂરીયાતો:
ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ:
| કોન્ક.(ng/μl) | રકમ (μg) | શુદ્ધતા | અખંડિતતા |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 જેલ પર દર્શાવેલ મર્યાદિત અથવા કોઈ પ્રોટીન અથવા ડીએનએ દૂષણ નથી. | છોડ માટે: RIN≥7.0; પ્રાણીઓ માટે: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; મર્યાદિત અથવા કોઈ આધારરેખા એલિવેશન નથી |
પેશી: વજન(સૂકા): ≥1 ગ્રામ
*5 મિલિગ્રામથી નાની પેશી માટે, અમે ફ્રોઝન (પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં) પેશીના નમૂના મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.
સેલ સસ્પેન્શન: સેલ કાઉન્ટ = 3×106- 1×107
*અમે ફ્રોઝન સેલ લિસેટ મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.જો તે કોષની ગણતરી 5×10 કરતા ઓછી હોય5, પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં ફ્લૅશ સ્થિર કરવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે, જે માઇક્રો એક્સટ્રૅક્શન માટે વધુ સારું છે.
લોહીના નમૂનાઓ: વોલ્યુમ≥1 મિલી
ભલામણ કરેલ નમૂના ડિલિવરી
કન્ટેનર: 2 મિલી સેન્ટ્રીફ્યુજ ટ્યુબ (ટીન ફોઇલની ભલામણ કરવામાં આવતી નથી)
નમૂના લેબલીંગ: જૂથ+પ્રતિકૃતિ દા.ત. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
શિપમેન્ટ: 2、ડ્રાય-આઈસ: સેમ્પલને બેગમાં પેક કરીને ડ્રાય આઈસમાં દફનાવવાની જરૂર છે.
- RNAstable ટ્યુબ: RNA સેમ્પલને RNA સ્ટેબિલાઈઝેશન ટ્યુબમાં સૂકવી શકાય છે (દા.ત. RNAstable®) અને ઓરડાના તાપમાને મોકલી શકાય છે.
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ:
નમૂના વિતરણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
સિક્વન્સિંગ
માહિતી વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
પેશી:
પ્રયોગ ડિઝાઇન
નમૂના વિતરણ
આરએનએ નિષ્કર્ષણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
સિક્વન્સિંગ
માહિતી વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
1.વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ - જ્વાળામુખી પ્લોટ
વિભેદક અભિવ્યક્તિ પૃથ્થકરણની પ્રક્રિયા ડિફરન્શિયલ એક્સપ્રેસ જનીનો (DEGs) ને ઓળખવા માટે બંને જનીન સ્તરે અને વિભેદક રીતે ઓળખવા માટે isoform સ્તરમાં કરી શકાય છે.
વ્યક્ત ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સ (ડીઇટી)
2.અધિક્રમિક ક્લસ્ટરિંગ હીટમેપ
3. વૈકલ્પિક વિભાજન ઓળખ અને વર્ગીકરણ
એસ્ટાલાવિસ્ટા દ્વારા પાંચ પ્રકારની વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ ઘટનાઓની આગાહી કરી શકાય છે.
4.પોલી-એના 50 bp અપસ્ટ્રીમ પર વૈકલ્પિક પોલી-એડીનેલેશન (APA) ઘટનાઓની ઓળખ અને મોટિફ
BMK કેસ
નેનોપોર ફુલ-લેન્થ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ દ્વારા વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ ઓળખ અને આઇસોફોર્મ-લેવલનું પ્રમાણીકરણ
પ્રકાશિત:નેચર કોમ્યુનિકેશન્સ, 2020
અનુક્રમ વ્યૂહરચના:
જૂથીકરણ: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E મ્યુટેશન);3. સામાન્ય બી-કોષો
સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના: MinION 2D લાઇબ્રેરી સિક્વન્સિંગ, PromethION 1D લાઇબ્રેરી સિક્વન્સિંગ;સમાન નમૂનાઓમાંથી ટૂંકા-વાંચવાનો ડેટા
સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ: નેનોપોર મિનિઅન;નેનોપોર પ્રોમેથિઅન;
મુખ્ય પરિણામો
1.Isoform-સ્તરની વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ ઓળખ
લાંબા સમયથી વાંચેલા સિક્વન્સ મ્યુટન્ટ SF3B1 ની ઓળખને સશક્ત બનાવે છેK700E- આઇસોફોર્મ-લેવલ પર સ્પ્લિસ સાઇટ્સ બદલાઈ.35 વૈકલ્પિક 3′SSs અને 10 વૈકલ્પિક 5′SSs નોંધપાત્ર રીતે SF3B1 વચ્ચે વિભાજિત હોવાનું જણાયું હતું.K700Eઅને SF3B1WT.35 માંથી 33 ફેરફારો લાંબા-વાંચેલા સિક્વન્સ દ્વારા નવા શોધાયા હતા.
2.આઇસોફોર્મ-લેવલ વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ પ્રમાણીકરણ
SF3B1 માં ઇન્ટ્રોન રીટેન્શન (IR) આઇસોફોર્મ્સની અભિવ્યક્તિK700Eઅને SF3B1WTનેનોપોર સિક્વન્સના આધારે પરિમાણ નક્કી કરવામાં આવ્યું હતું, જે SF3B1 માં IR આઇસોફોર્મ્સનું વૈશ્વિક ડાઉન-રેગ્યુલેશન દર્શાવે છે.K700E.
સંદર્ભ
તાંગ એડી , સોલેટ સીએમ , બેરેન એમજેવી , એટ અલ.ક્રોનિક લિમ્ફોસાયટીક લ્યુકેમિયામાં SF3B1 પરિવર્તનની પૂર્ણ-લંબાઈની ટ્રાન્સક્રિપ્ટ લાક્ષણિકતા જાળવી રાખેલા ઇન્ટ્રોન્સનું ડાઉનરેગ્યુલેશન દર્શાવે છે[J].નેચર કોમ્યુનિકેશન્સ.
