-
મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ -NGS
મેટાજેનોમ એ પર્યાવરણીય અને માનવ મેટાજેનોમ જેવા સજીવોના મિશ્ર સમુદાયના કુલ આનુવંશિક સામગ્રીનો સંગ્રહ છે. તેમાં ખેતીયોગ્ય અને ખેતીયોગ્ય બંને પ્રકારના સુક્ષ્મસજીવોના જીનોમ હોય છે. NGS સાથે શોટગન મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ પર્યાવરણીય નમૂનાઓમાં જડિત આ જટિલ જીનોમિક લેન્ડસ્કેપ્સનો અભ્યાસ સક્ષમ બનાવે છે, જે વર્ગીકરણ પ્રોફાઇલિંગ કરતાં વધુ પ્રદાન કરે છે, પ્રજાતિઓની વિવિધતા, વિપુલતા ગતિશીલતા અને જટિલ વસ્તી માળખામાં પણ દાણાદાર આંતરદૃષ્ટિ આપે છે. વર્ગીકરણ અભ્યાસ ઉપરાંત, શોટગન મેટાજેનોમિક્સ એક કાર્યાત્મક જીનોમિક્સ પરિપ્રેક્ષ્ય પણ પ્રદાન કરે છે, જે એન્કોડેડ જનીનો અને ઇકોલોજીકલ પ્રક્રિયાઓમાં તેમની અનુમાનિત ભૂમિકાઓનું અન્વેષણ સક્ષમ બનાવે છે. અંતે, આનુવંશિક તત્વો અને પર્યાવરણીય પરિબળો વચ્ચે સહસંબંધ નેટવર્કની સ્થાપના માઇક્રોબાયલ સમુદાયો અને તેમની ઇકોલોજીકલ પૃષ્ઠભૂમિ વચ્ચેના જટિલ આંતરક્રિયાની સર્વાંગી સમજમાં ફાળો આપે છે. નિષ્કર્ષમાં, મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ વિવિધ માઇક્રોબાયલ સમુદાયોની જીનોમિક જટિલતાઓને ઉજાગર કરવા માટે એક મુખ્ય સાધન તરીકે ઉભું થાય છે, જે આ જટિલ ઇકોસિસ્ટમ્સમાં આનુવંશિકતા અને ઇકોલોજી વચ્ચેના બહુપક્ષીય સંબંધોને પ્રકાશિત કરે છે.
પ્લેટફોર્મ્સ: ઇલુમિના નોવાસેક અને DNBSEQ-T7
-
મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ-TGS
મેટાજેનોમ એ પર્યાવરણીય અને માનવ મેટાજેનોમ જેવા સજીવોના મિશ્ર સમુદાયના આનુવંશિક સામગ્રીનો સંગ્રહ છે. તેમાં ખેતીયોગ્ય અને ખેતીયોગ્ય બંને પ્રકારના સુક્ષ્મસજીવોના જીનોમ હોય છે. મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ, ટેક્સોનોમિક પ્રોફાઇલિંગ કરતાં વધુ પ્રદાન કરીને ઇકોલોજીકલ નમૂનાઓમાં જડિત આ જટિલ જીનોમિક લેન્ડસ્કેપ્સનો અભ્યાસ સક્ષમ બનાવે છે. તે એન્કોડેડ જનીનો અને પર્યાવરણીય પ્રક્રિયાઓમાં તેમની અનુમાનિત ભૂમિકાઓનું અન્વેષણ કરીને કાર્યાત્મક જીનોમિક્સ પરિપ્રેક્ષ્ય પણ પ્રદાન કરે છે. જ્યારે ઇલુમિના સિક્વન્સિંગ સાથે પરંપરાગત શોટગન અભિગમોનો મેટાજેનોમિક અભ્યાસમાં વ્યાપકપણે ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો છે, ત્યારે નેનોપોર અને પેકબાયો લાંબા-વાંચિત સિક્વન્સિંગના આગમનથી ક્ષેત્ર બદલાઈ ગયું છે. નેનોપોર અને પેકબાયો ટેકનોલોજી ડાઉનસ્ટ્રીમ બાયોઇન્ફોર્મેટિક વિશ્લેષણને વધારે છે, ખાસ કરીને મેટાજેનોમ એસેમ્બલી, વધુ સતત એસેમ્બલી સુનિશ્ચિત કરે છે. અહેવાલો સૂચવે છે કે નેનોપોર-આધારિત અને પેકબાયો-આધારિત મેટાજેનોમિક્સે જટિલ માઇક્રોબાયોમમાંથી સંપૂર્ણ અને બંધ બેક્ટેરિયલ જીનોમ સફળતાપૂર્વક ઉત્પન્ન કર્યા છે (મોસ, EL, એટ અલ., નેચર બાયોટેક, 2020). નેનોપોર રીડ્સને ઇલુમિના રીડ્સ સાથે એકીકૃત કરવાથી ભૂલ સુધારણા માટે એક વ્યૂહાત્મક અભિગમ મળે છે, જે નેનોપોરની સહજ ઓછી ચોકસાઈને ઘટાડે છે. આ સિનર્જિસ્ટિક સંયોજન દરેક સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મની શક્તિઓનો ઉપયોગ કરે છે, સંભવિત મર્યાદાઓને દૂર કરવા માટે એક મજબૂત ઉકેલ પ્રદાન કરે છે અને મેટાજેનોમિક વિશ્લેષણની ચોકસાઈ અને વિશ્વસનીયતાને આગળ ધપાવે છે.
પ્લેટફોર્મ: નેનોપોર પ્રોમેથિઓન 48, ઇલુમિયા અને પેકબાયો રેવિઓ
-
૧૬એસ/૧૮એસ/આઇટીએસ એમ્પ્લીકોન સિક્વન્સિંગ-પેકબાયો
16S અને 18S rRNA જનીનો, ઇન્ટરનલ ટ્રાન્સ્ક્રાઇબ્ડ સ્પેસર (ITS) પ્રદેશ સાથે, અત્યંત સંરક્ષિત અને હાઇપર-વેરિયેબલ પ્રદેશોના સંયોજનને કારણે મુખ્ય મોલેક્યુલર ફિંગરપ્રિન્ટિંગ માર્કર્સ તરીકે સેવા આપે છે, જે તેમને પ્રોકેરીયોટિક અને યુકેરીયોટિક સજીવોને લાક્ષણિકતા આપવા માટે અમૂલ્ય સાધનો બનાવે છે. આ પ્રદેશોનું એમ્પ્લીફિકેશન અને સિક્વન્સિંગ વિવિધ ઇકોસિસ્ટમ્સમાં માઇક્રોબાયલ રચના અને વિવિધતાની તપાસ માટે એક અલગતા-મુક્ત અભિગમ પ્રદાન કરે છે. જ્યારે ઇલુમિના સિક્વન્સિંગ સામાન્ય રીતે 16S અને ITS1 ના V3-V4 જેવા ટૂંકા હાઇપરવેરિયેબલ પ્રદેશોને લક્ષ્ય બનાવે છે, ત્યારે એવું દર્શાવવામાં આવ્યું છે કે 16S, 18S અને ITS ની સંપૂર્ણ લંબાઈને સિક્વન્સ કરીને શ્રેષ્ઠ વર્ગીકરણ એનોટેશન પ્રાપ્ત કરી શકાય છે. આ વ્યાપક અભિગમ સચોટ રીતે વર્ગીકૃત સિક્વન્સના ઉચ્ચ ટકાવારી તરફ દોરી જાય છે, જે પ્રજાતિઓની ઓળખ સુધી વિસ્તરેલ રિઝોલ્યુશનનું સ્તર પ્રાપ્ત કરે છે. PacBio નું સિંગલ-મોલેક્યુલ રીઅલ-ટાઇમ (SMRT) સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ ઇલુમિના સિક્વન્સિંગની ચોકસાઇને ટક્કર આપતા, પૂર્ણ-લંબાઈના એમ્પ્લીકોન્સને આવરી લેતા અત્યંત સચોટ લાંબા વાંચન (HiFi) પ્રદાન કરીને અલગ પડે છે. આ ક્ષમતા સંશોધકોને એક અજોડ ફાયદો - આનુવંશિક લેન્ડસ્કેપનો એક મનોહર દૃશ્ય પ્રાપ્ત કરવાની મંજૂરી આપે છે. વિસ્તૃત કવરેજ પ્રજાતિઓના એનોટેશનમાં રિઝોલ્યુશનને નોંધપાત્ર રીતે વધારે છે, ખાસ કરીને બેક્ટેરિયલ અથવા ફંગલ સમુદાયોમાં, માઇક્રોબાયલ વસ્તીની જટિલતાઓની ઊંડી સમજને સક્ષમ બનાવે છે.
-
૧૬એસ/૧૮એસ/આઇટીએસ એમ્પ્લીકોન સિક્વન્સિંગ-એનજીએસ
ઇલુમિના ટેકનોલોજી સાથે એમ્પ્લીકોન સિક્વન્સિંગ, ખાસ કરીને 16S, 18S અને ITS આનુવંશિક માર્કર્સને લક્ષ્ય બનાવતી, માઇક્રોબાયલ સમુદાયોમાં ફાયલોજેની, વર્ગીકરણ અને પ્રજાતિઓની વિપુલતાને ઉજાગર કરવા માટે એક શક્તિશાળી પદ્ધતિ છે. આ અભિગમમાં હાઉસકીપિંગ આનુવંશિક માર્કર્સના હાઇપરવેરિયેબલ પ્રદેશોને સિક્વન્સ કરવાનો સમાવેશ થાય છે. મૂળ રૂપે મોલેક્યુલર ફિંગરપ્રિન્ટ તરીકે રજૂ કરવામાં આવ્યું હતું.વોઇસેસ અને અન્ય૧૯૭૭ માં, આ તકનીકે આઇસોલેશન-મુક્ત વિશ્લેષણને સક્ષમ કરીને માઇક્રોબાયોમ પ્રોફાઇલિંગમાં ક્રાંતિ લાવી છે. ૧૬એસ (બેક્ટેરિયા), ૧૮એસ (ફૂગ), અને ઇન્ટરનલ ટ્રાન્સ્ક્રાઇબ્ડ સ્પેસર (આઇટીએસ, ફૂગ) ના ક્રમ દ્વારા, સંશોધકો માત્ર વિપુલ પ્રમાણમાં પ્રજાતિઓ જ નહીં પરંતુ દુર્લભ અને અજાણી પ્રજાતિઓને પણ ઓળખી શકે છે. એક મુખ્ય સાધન તરીકે વ્યાપકપણે અપનાવવામાં આવેલ, એમ્પ્લીકોન સિક્વન્સિંગ માનવ મોં, આંતરડા, મળ અને તેનાથી આગળના વિવિધ વાતાવરણમાં વિભેદક માઇક્રોબાયલ રચનાઓને પારખવામાં મહત્વપૂર્ણ ભૂમિકા ભજવી છે.
-
બેક્ટેરિયલ અને ફંગલ આખા જીનોમનું પુનઃક્રમાંકન
બેક્ટેરિયા અને ફંગલ આખા-જીનોમ રી-સિક્વન્સિંગ પ્રોજેક્ટ્સ માઇક્રોબાયલ જીનોમને આગળ વધારવા માટે મહત્વપૂર્ણ છે, જેનાથી માઇક્રોબાયલ જીનોમ પૂર્ણ થાય છે અને તેની સરખામણી થાય છે. આ આથો ઇજનેરી, ઔદ્યોગિક પ્રક્રિયાઓનું ઑપ્ટિમાઇઝેશન અને ગૌણ ચયાપચય માર્ગોની શોધને સરળ બનાવે છે. વધુમાં, ફંગલ અને બેક્ટેરિયલ રી-સિક્વન્સિંગ પર્યાવરણીય અનુકૂલનને સમજવા, તાણને ઑપ્ટિમાઇઝ કરવા અને આનુવંશિક ઉત્ક્રાંતિ ગતિશીલતાને જાહેર કરવા માટે મહત્વપૂર્ણ છે, જેની વ્યાપક અસરો દવા, કૃષિ અને પર્યાવરણીય વિજ્ઞાનમાં થાય છે.
-
પ્રોકેરીયોટિક આરએનએ સિક્વન્સિંગ
RNA સિક્વન્સિંગ ચોક્કસ પરિસ્થિતિઓમાં કોષોની અંદરના તમામ RNA ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સના વ્યાપક પ્રોફાઇલિંગને સશક્ત બનાવે છે. આ અદ્યતન ટેકનોલોજી એક શક્તિશાળી સાધન તરીકે કામ કરે છે, જે જટિલ જનીન અભિવ્યક્તિ પ્રોફાઇલ્સ, જનીન માળખાં અને વિવિધ જૈવિક પ્રક્રિયાઓ સાથે સંકળાયેલા પરમાણુ મિકેનિઝમ્સને ઉજાગર કરે છે. મૂળભૂત સંશોધન, ક્લિનિકલ ડાયગ્નોસ્ટિક્સ અને ડ્રગ વિકાસમાં વ્યાપકપણે અપનાવવામાં આવેલ, RNA સિક્વન્સિંગ સેલ્યુલર ગતિશીલતા અને આનુવંશિક નિયમનની જટિલતાઓમાં આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે. અમારી પ્રોકેરીયોટિક RNA નમૂના પ્રક્રિયા પ્રોકેરીયોટિક ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ્સ માટે તૈયાર કરવામાં આવી છે, જેમાં rRNA અવક્ષય અને દિશાત્મક પુસ્તકાલય તૈયારીનો સમાવેશ થાય છે.
-
મેટાટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ
ઇલુમિના સિક્વન્સિંગ ટેકનોલોજીનો ઉપયોગ કરીને, BMKGENE ની મેટાટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ સેવા માટી, પાણી, સમુદ્ર, મળ અને આંતરડા જેવા કુદરતી વાતાવરણમાં યુકેરીયોટ્સથી લઈને પ્રોકેરીયોટ્સ અને વાયરસ સુધી ફેલાયેલા વિવિધ પ્રકારના સૂક્ષ્મજીવાણુઓના ગતિશીલ જનીન અભિવ્યક્તિનું અનાવરણ કરે છે. અમારી વ્યાપક સેવા સંશોધકોને જટિલ માઇક્રોબાયલ સમુદાયોના સંપૂર્ણ જનીન અભિવ્યક્તિ પ્રોફાઇલ્સમાં ઊંડાણપૂર્વક અભ્યાસ કરવાની સશક્ત બનાવે છે. વર્ગીકરણ વિશ્લેષણ ઉપરાંત, અમારી મેટાટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ સેવા કાર્યાત્મક સંવર્ધનમાં સંશોધનને સરળ બનાવે છે, વિભેદક રીતે વ્યક્ત કરાયેલા જનીનો અને તેમની ભૂમિકાઓ પર પ્રકાશ પાડે છે. આ વિવિધ પર્યાવરણીય માળખામાં જનીન અભિવ્યક્તિ, વર્ગીકરણ વિવિધતા અને કાર્યાત્મક ગતિશીલતાના જટિલ લેન્ડસ્કેપ્સમાં નેવિગેટ કરતી વખતે જૈવિક આંતરદૃષ્ટિનો ભંડાર શોધો.
-
ડી નોવો ફંગલ જીનોમ એસેમ્બલી
BMKGENE ફંગલ જીનોમ માટે બહુમુખી ઉકેલો પ્રદાન કરે છે, જે વિવિધ સંશોધન જરૂરિયાતો અને ઇચ્છિત જીનોમ પૂર્ણતાને પૂર્ણ કરે છે. ફક્ત શોર્ટ-રીડ ઇલુમિના સિક્વન્સિંગનો ઉપયોગ ડ્રાફ્ટ જીનોમ બનાવવા માટે પરવાનગી આપે છે. નેનોપોર અથવા પેકબિયોનો ઉપયોગ કરીને શોર્ટ-રીડ અને લોંગ-રીડ સિક્વન્સિંગને લાંબા કોન્ટિગ્સ સાથે વધુ શુદ્ધ ફંગલ જીનોમ માટે જોડવામાં આવે છે.
-
ડી નોવો બેક્ટેરિયલ જીનોમ એસેમ્બલી
અમે સંપૂર્ણ બેક્ટેરિયલ જીનોમ એસેમ્બલી સેવા પૂરી પાડીએ છીએ, જે 0 ગેપની ગેરંટી આપે છે. ONT રીડ્સના એસેમ્બલી વેલિડેશન અને ભૂલ સુધારણા માટે ઇલુમિના સાથે એસેમ્બલી માટે નેનોપોર અને પેકબાયો જેવી લોંગ-રીડ સિક્વન્સિંગ અને શોર્ટ-રીડ સિક્વન્સિંગને એકીકૃત કરીને આ શક્ય છે. અમારી સેવા એસેમ્બલી, ફંક્શનલ એનોટેશન અને એડવાન્સ્ડ બાયોઇન્ફોર્મેટિક વિશ્લેષણમાંથી સંપૂર્ણ બાયોઇન્ફોર્મેટિક વર્કફ્લો પ્રદાન કરે છે, જે ચોક્કસ સંશોધન લક્ષ્યોને પૂર્ણ કરે છે. આ સેવા વિવિધ આનુવંશિક અને જીનોમિક અભ્યાસો માટે ચોક્કસ સંદર્ભ જીનોમના વિકાસને સક્ષમ બનાવે છે. વધુમાં, તે સ્ટ્રેન ઑપ્ટિમાઇઝેશન, આનુવંશિક એન્જિનિયરિંગ અને માઇક્રોબાયલ ટેકનોલોજી વિકાસ જેવા એપ્લિકેશનો માટે આધાર બનાવે છે, જે વૈજ્ઞાનિક આંતરદૃષ્ટિ અને બાયોટેકનોલોજીકલ નવીનતાને આગળ વધારવા માટે મહત્વપૂર્ણ વિશ્વસનીય અને ગેપ-મુક્ત જીનોમિક ડેટા સુનિશ્ચિત કરે છે.
