ઉત્પાદનો

તુલનાત્મક જીનોમિક્સ

તુલનાત્મક જીનોમિક્સનો શાબ્દિક અર્થ થાય છે વિવિધ જાતિઓના સંપૂર્ણ જિનોમ સિક્વન્સ અને બંધારણોની તુલના કરવી.આ શિસ્તનો ઉદ્દેશ્ય જાતિના ઉત્ક્રાંતિ, જનીન કાર્ય, જીનોમ સ્તરે જીન રેગ્યુલેટરી મિકેનિઝમને ક્રમની રચનાઓ અને તત્વોને ઓળખી કાઢવાનો છે જે વિવિધ જાતિઓમાં સંરક્ષણ અથવા ભિન્નતા ધરાવે છે.લાક્ષણિક તુલનાત્મક જીનોમિક્સ અભ્યાસમાં જનીન કુટુંબ, ઉત્ક્રાંતિ વિકાસ, સંપૂર્ણ જીનોમ ડુપ્લિકેશન, પસંદગીયુક્ત દબાણ વગેરેના વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે.

અમારો સંપર્ક કરો

સેવાની વિગતો

ડેમો પરિણામો

કેસ સ્ટડી

સેવા લાભો

● વ્યાપક વિશ્લેષણ પેકેજ, જેમાં આઠ સૌથી સામાન્ય રીતે જરૂરી વિશ્લેષણો છે

● પરિણામો પર વિગતવાર અને સરળતાથી સમજી શકાય તેવા અર્થઘટન સાથે વિશ્લેષણમાં ઉચ્ચ વિશ્વસનીયતા

● સારી રીતે ડિઝાઈન કરેલ તૈયાર-પ્રકાશિત આકૃતિઓ

● ઉચ્ચ-કુશળ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ ટીમ વિવિધ વ્યક્તિગત વિશ્લેષણની માંગ પૂરી કરે છે

● પૃથ્થકરણમાં ઉચ્ચ ચોકસાઈ સાથે ટૂંકા વળાંકનો સમય

● 900 થી વધુના સંચિત પ્રકાશિત પ્રભાવ પરિબળ સાથે 90 થી વધુ સફળ કેસોનો વિપુલ અનુભવ

સેવા વિશિષ્ટતાઓ

અંદાજિત ટર્ન-અરાઉન્ડ સમય

પ્રજાતિઓની સંખ્યા

વિશ્લેષણ કરે છે

30 કામકાજના દિવસો

6 - 12

જનીન કુટુંબ ક્લસ્ટરિંગ

જનીન કુટુંબ વિસ્તરણ અને સંકોચન

ફાયલોજેનેટિક વૃક્ષનું બાંધકામ

ડાયવર્જન્સ સમયનો અંદાજ (અશ્મિ કેલિબ્રેશન જરૂરી)

LTR દાખલ કરવાનો સમય (છોડ માટે)

સંપૂર્ણ જીનોમ ડુપ્લિકેશન (છોડ માટે)

પસંદગીયુક્ત દબાણ

સિન્ટેની વિશ્લેષણ

બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ

● જનીન કુટુંબ

● ફાયલોજેનેટિક્સ

● વિચલન સમય

● પસંદગીયુક્ત દબાણ

● સિન્ટેની વિશ્લેષણ

નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી

નમૂના જરૂરીયાતો:

જીનોમ સિક્વન્સિંગ અને એસેમ્બલી માટે ટીશ્યુ અથવા ડીએનએ

પેશી માટે

પ્રજાતિઓ	પેશી	સર્વે	PacBio CCS
પ્રાણી	આંતરડાની પેશી	0.5 ~ 1 જી	≥ 3.5 ગ્રામ
	સ્નાયુ પેશી		≥ 3.5 ગ્રામ
			≥ 5.0 ગ્રામ
			≥ 5.0 એમએલ
	સસ્તન પ્રાણીઓનું લોહી		≥ 5.0 એમએલ
	સસ્તન પ્રાણીઓનું લોહી		≥ 0.5 એમએલ
	મરઘા/માછલીનું લોહી		≥ 0.5 એમએલ
છોડ	તાજા પર્ણ	1 ~ 2 જી	≥ 5.0 ગ્રામ
	પાંખડી/સ્ટેમ	1 ~ 2 જી	≥ 10.0 ગ્રામ
	રુટ/બીજ	1 ~ 2 જી	≥ 20.0 ગ્રામ
કોષો	સંસ્કારી કોષ	-	≥ 1 x 10⁸

ડેટા

નજીકથી સંબંધિત પ્રજાતિઓની જીનોમ સિક્વન્સ ફાઇલો(.ફાસ્ટા) અને એનોટેશન ફાઇલો (.gff3)

સેવા કાર્ય પ્રવાહ

પ્રયોગ ડિઝાઇન

નમૂના વિતરણ

પુસ્તકાલય બાંધકામ

સિક્વન્સિંગ

માહિતી વિશ્લેષણ

વેચાણ પછીની સેવાઓ

અગાઉના: ઉત્ક્રાંતિ જિનેટિક્સ

આગળ: જથ્થાબંધ અલગ-અલગ વિશ્લેષણ

*અહીં દર્શાવેલ ડેમો પરિણામો બધા જ બાયોમાર્કર ટેક્નોલોજી સાથે પ્રકાશિત થયેલ જીનોમમાંથી છે

1.LTR ઇન્સર્ટ ટાઇમ અંદાજ: અન્ય પ્રજાતિઓની સરખામણીમાં, વેઇનિંગ રાઇ જીનોમમાં LTR-RTs ઇન્સર્ટેશન ટાઇમ્સમાં આકૃતિ અનન્ય બાયમોડલ વિતરણ દર્શાવે છે.સૌથી તાજેતરનું શિખર લગભગ 0.5 મિલિયન વર્ષો પહેલા દેખાયું હતું.

3LTR-નિવેશ-સમય-અંદાજ-ઇન-વેઇનિંગ-રાય

લી ગુઆંગ એટ અલ.,નેચર જિનેટિક્સ, 2021

2. ચાયોટ (સેચિયમ એડ્યુલ) પર ફાયલોજેની અને જનીન કુટુંબ વિશ્લેષણ : ચાયોટ અને જીન પરિવારમાં અન્ય 13 સંબંધિત પ્રજાતિઓનું વિશ્લેષણ કરીને, ચાયોટે સાપના ગોળ (ટ્રાઇકોસેન્થેસ એન્ગ્યુઇના) સાથે સૌથી વધુ નજીકથી સંબંધિત હોવાનું જણાયું હતું.લગભગ 27-45 માયામાં સાપના ગોળમાંથી મેળવેલ ચાયોટ અને સમગ્ર જિનોમ ડુપ્લિકેશન (WGD) 25±4 માયામાં ચાયોટેમાં જોવા મળ્યું હતું, જે કુકુબિટાસીમાં ત્રીજી WGD ઘટના છે.

4 ફાયલોજેનેટિક-ટ્રી-ઓફ-ચાયોટ

ફુ એ એટ અલ.,બાગાયત સંશોધન, 2021

3.સિન્ટેની પૃથ્થકરણ: ફળોના વિકાસમાં ફાયટોહોર્મોન્સ સાથે સંબંધિત કેટલાક જનીનો ચાયોટ, સાપ અને સ્ક્વોશમાં જોવા મળ્યા હતા.ચાયોટે અને સ્ક્વોશ વચ્ચેનો સંબંધ ચાયોટે અને સાપની ગોળ વચ્ચેના સંબંધ કરતાં થોડો વધારે છે.

4 ફાયલોજેનેટિક-ટ્રી-ઓફ-ચાયોટ

ફુ એ એટ અલ.,બાગાયત સંશોધન, 2021

4.જીન કુટુંબ વિશ્લેષણ: જી.થુરબેરી અને જી.ડેવિડસોની જીનોમમાં જીન પરિવારના વિસ્તરણ અને સંકોચન પર KEGG સંવર્ધન દર્શાવે છે કે સ્ટીરોઈડ બાયોસિન્થેસિસ અને બ્રાસિનોસ્ટેરોઈડ બાયોસિન્થેસિસ સંબંધિત જનીનો વિસ્તરણ કરવામાં આવ્યા હતા.

4 ફાયલોજેનેટિક-ટ્રી-ઓફ-ચાયોટ

યાંગ ઝેડ એટ અલ.,BMC બાયોલોજી, 2021

5. સંપૂર્ણ જિનોમ ડુપ્લિકેશન વિશ્લેષણ: 4DTV અને Ks વિતરણ વિશ્લેષણ સમગ્ર જિનોમ ડુપ્લિકેશન ઘટના દર્શાવે છે.આંતરજાતિના શિખરો ડુપ્લિકેશનની ઘટનાઓ દર્શાવે છે.આંતરજાતિના શિખરોએ વિશિષ્ટતાની ઘટનાઓ દર્શાવી.વિશ્લેષણ દર્શાવે છે કે અન્ય ત્રણ નજીકથી સંબંધિત પ્રજાતિઓ સાથે સરખામણી કરતાં, O. europaea તાજેતરમાં મોટા પાયે જનીન ડુપ્લિકેશનમાંથી પસાર થયું હતું.

4 ફાયલોજેનેટિક-ટ્રી-ઓફ-ચાયોટ

રાવ જી એટ અલ.,બાગાયત સંશોધન, 2021

BMK કેસ

કાંટા વગરનું ગુલાબ: ભેજ અનુકૂલન સાથે જોડાયેલ જીનોમિક આંતરદૃષ્ટિ

પ્રકાશિત: રાષ્ટ્રીય વિજ્ઞાન સમીક્ષા, 2021

અનુક્રમ વ્યૂહરચના:

'બસ્યનુંકાંટા વગરનું' (આર.વિચુરૈનન) જીનોમ:
આશરે.93 X PacBio + આશરે.90 X નેનોપોર + 267 X ઇલુમિના

મુખ્ય પરિણામો

1.ઉચ્ચ ગુણવત્તાવાળા R.wichuraiana જિનોમનું નિર્માણ લાંબા-રીડ સિક્વન્સિંગ તકનીકોનો ઉપયોગ કરીને કરવામાં આવ્યું હતું, જે 530.07 Mb ની એસેમ્બલી આપે છે (અંદાજિત જિનોમનું કદ ફ્લો સાયટોમેટ્રી દ્વારા આશરે 525.9 Mb હતું અને જિનોમ સર્વેક્ષણ દ્વારા 525.5) આશરે 3% હેટરોઝી હતી.BUSCO અંદાજિત સ્કોર 93.9% હતો."ઓલ્ડ બ્લશ" (haploOB) સાથે સરખામણી કરતા, આ જીનોમની ગુણવત્તા અને સંપૂર્ણતા બેઝ સિંગલ-બેઝ ચોકસાઈ અને LTR એસેમ્બલી ઈન્ડેક્સ (LAI=20.03) દ્વારા પુષ્ટિ કરવામાં આવી હતી.R.wichuraiana જીનોમમાં 32,674 પ્રોટીન કોડિંગ જનીનો છે.

2. મલ્ટિ-ઓમિક્સ સંયુક્ત વિશ્લેષણ, જેમાં તુલનાત્મક જીનોમિક્સ, ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ, આનુવંશિક વસ્તીના QTL વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે, આર. વિચુરાયના અને રોઝા ચિનેન્સિસ વચ્ચેની નિર્ણાયક વિશિષ્ટતા જાહેર કરે છે.ઉપરાંત, QTL માં સંબંધિત જનીનોની અભિવ્યક્તિ ભિન્નતા સ્ટેમ પ્રિકલ પેટર્નિંગ સાથે સંકળાયેલ હોવાની શક્યતા હતી.

7KEGG-સંવર્ધન-પર-જીન-કુટુંબ-વિસ્તરણ-અને-સંકોચન

સિન્ટેની પૃથ્થકરણ, જીન ફેમિલી ક્લસ્ટર, વિસ્તરણ અને સંકોચન પૃથ્થકરણ સહિત બાસીના થોર્નલેસ અને રોઝા ચિનેન્સીસ વચ્ચેના તુલનાત્મક જીનોમિક્સ વિશ્લેષણમાં મોટી સંખ્યામાં ભિન્નતાઓ બહાર આવી છે, જે ગુલાબમાં નિર્ણાયક લક્ષણો સાથે સંબંધિત છે.NAC અને FAR1/FRS જનીન પરિવારમાં અનન્ય વિસ્તરણ બ્લેક સ્પોટના પ્રતિકાર સાથે સંકળાયેલું હોવાની સંભાવના હતી.

81 તુલનાત્મક-જીનોમિક્સ-વિશ્લેષણ-બીટી-અને-ઓબી વચ્ચે 82-BT-અને-OB-વચ્ચે તુલનાત્મક-જીનોમિક્સ-વિશ્લેષણ 83-BT-અને-OB-વચ્ચે તુલનાત્મક-જીનોમિક્સ-વિશ્લેષણો