circRNA સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
સેવા લાભો
● CircRNA એ mRNA અભિવ્યક્તિ નિયમન સાથે અત્યંત સહસંબંધિત છે
● circRNA - miRNA - mRNA ની નિયમનકારી પ્રણાલીમાં ભાગ લીધો
● જાણીતા circRNA અને નવલકથા circRNA અનુમાન પર ઓળખ અને આંકડા
● BMKCloud-આધારિત પરિણામ વિતરણ: પ્લેટફોર્મ પર કસ્ટમાઇઝ્ડ ડેટા-માઇનિંગ ઉપલબ્ધ છે.
● વેચાણ પછીની સેવાઓ પ્રોજેક્ટ પૂર્ણ થયા પછી 3 મહિના માટે માન્ય છે
નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી
| પુસ્તકાલય | પ્લેટફોર્મ | ભલામણ કરેલ ડેટા | ડેટા QC |
| rRNA અવક્ષય | ઇલુમિના PE150 | 16 જીબી | Q30≥85% |
ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ:
| કોન્ક.(ng/μl) | રકમ (μg) | શુદ્ધતા | અખંડિતતા |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 જેલ પર દર્શાવેલ મર્યાદિત અથવા કોઈ પ્રોટીન અથવા ડીએનએ દૂષણ નથી. | છોડ માટે: RIN≥6.5; પ્રાણીઓ માટે: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; મર્યાદિત અથવા કોઈ આધારરેખા એલિવેશન નથી |
નમૂના જરૂરીયાતો:
પેશી: વજન(સૂકા): ≥1 ગ્રામ
*5 મિલિગ્રામથી નાની પેશી માટે, અમે ફ્રોઝન (પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં) પેશીના નમૂના મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.
સેલ સસ્પેન્શન: સેલ કાઉન્ટ = 3×107
*અમે ફ્રોઝન સેલ લિસેટ મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.જો તે કોષની ગણતરી 5×10 કરતા ઓછી હોય5, ફ્લૅશને પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં સ્થિર કરવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે.
લોહીના નમૂનાઓ:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol અને 2mL રક્ત(TRIzol:લોહી=3:1)
ભલામણ કરેલ નમૂના ડિલિવરી
કન્ટેનર: 2 મિલી સેન્ટ્રીફ્યુજ ટ્યુબ (ટીન ફોઇલની ભલામણ કરવામાં આવતી નથી)
નમૂના લેબલીંગ: જૂથ+પ્રતિકૃતિ દા.ત. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
શિપમેન્ટ:
ડ્રાય આઈસ: સેમ્પલને બેગમાં પેક કરીને ડ્રાય આઈસમાં દાટી દેવાની જરૂર છે.
RNAstable ટ્યુબ: RNA સેમ્પલને RNA સ્ટેબિલાઈઝેશન ટ્યુબમાં સૂકવી શકાય છે (દા.ત. RNAstable®) અને ઓરડાના તાપમાને મોકલી શકાય છે.
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
પ્રયોગ ડિઝાઇન
નમૂના વિતરણ
આરએનએ નિષ્કર્ષણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
સિક્વન્સિંગ
માહિતી વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ
1.CircRNA હોસ્ટ્સ
એવું નોંધવામાં આવ્યું છે કે મોટાભાગના circRNAs ઇન્ટ્રોન અથવા ઇન્ટરજેનિક પ્રદેશોને બદલે એક્ઝોન્સમાંથી ઉદ્ભવ્યા છે.વધુમાં circRNA નું વિતરણ રંગસૂત્રો વચ્ચે નોંધપાત્ર રીતે બદલાય છે.તેથી, વિવિધ નમૂનાઓ વચ્ચે circRNA યજમાનોના વિવિધ વિતરણનું મૂલ્યાંકન કરવું ખૂબ મૂલ્યવાન છે, જેમાં વિવિધ જનીન પ્રદેશો અને વિવિધ રંગસૂત્રો પર તેનું વિતરણ શામેલ છે.
circRNA હોસ્ટનું વિતરણ
2. DE-circRNA પર ક્લસ્ટરિંગ વિશ્લેષણ
વિભિન્ન રીતે વ્યક્ત સર્કઆરએનએનું અધિક્રમિક ક્લસ્ટરિંગ
DE-circRNA હોસ્ટ જીન્સ પર GO એનોટેશન
DE-circRNA હોસ્ટ જનીનોનું GO વર્ગીકરણ
BMK કેસ
CPSF4 હેપેટોસેલ્યુલર કાર્સિનોમામાં circRNA રચના અને માઇક્રોઆરએનએ મધ્યસ્થી જનીન સાયલન્સિંગનું નિયમન કરે છે
પ્રકાશિત: ઓન્કોજીન,2021
મુખ્ય પરિણામો
1.CPSF4 અભિવ્યક્તિ HCC માં અપરેગ્યુલેટ કરવામાં આવી છે અને CPSF4 ની ઉચ્ચ અભિવ્યક્તિ HCC દર્દીઓમાં નબળા પૂર્વસૂચન સાથે સંકળાયેલ છે
2. CPSF4 circRNAs ના સ્તરને ઘટાડે છે, જે પોલિએડેનિલેશન સિગ્નલ ક્રમ ધરાવે છે અને circRNAs માં આ ઘટાડો miRNA ના સંચયને ઘટાડે છે અને HCC માં miRNA-મધ્યસ્થી જનીન શાંત થવામાં વિક્ષેપ પાડે છે.
3. સેલ કલ્ચર અને ઝેનોગ્રાફ્ટ માઉસ મોડલ્સના પ્રયોગો દર્શાવે છે કે CPSF4 HCC કોષોના પ્રસારને પ્રોત્સાહન આપે છે અને ટ્યુમોરિજેનિસિટી વધારે છે.વધુમાં, CPSF4 HCC માં તેના ડાઉનસ્ટ્રીમ circRNA ની ટ્યુમર સપ્રેસર અસરનો વિરોધ કરે છે.
 miRNA સ્તર અને પ્રોટીન સ્તર |
વાંગ એક્સ , ડોંગ જે , લી એક્સ , એટ અલ.CPSF4 હેપેટોસેલ્યુલર કાર્સિનોમા[J] માં circRNA રચના અને માઇક્રોઆરએનએ મધ્યસ્થી જનીન શાંત થવાનું નિયમન કરે છે.ઓન્કોજીન.ડીઓઆઈ: 10.1038/s41388-021-01867-6
