મેટાજેનોમિક સિક્વન્સિંગ-નેનોપોર
સેવા લાભો
Øઉચ્ચ-ગુણવત્તાની એસેમ્બલી-પ્રજાતિની ઓળખ અને કાર્યાત્મક જનીન અનુમાનની ચોકસાઈ વધારવી
Øબંધ બેક્ટેરિયલ જીનોમ અલગતા
Øવિવિધ ક્ષેત્રોમાં વધુ શક્તિશાળી અને વિશ્વસનીય એપ્લિકેશન, દા.ત. પેથોજેનિક સુક્ષ્મસજીવો અથવા એન્ટિબાયોટિક પ્રતિકાર સંબંધિત જનીનોની શોધ
Øતુલનાત્મક મેટાજેનોમ વિશ્લેષણ
સેવા વિશિષ્ટતાઓ
| સિક્વન્સિંગપ્લેટફોર્મ | પુસ્તકાલય | ભલામણ કરેલ ડેટા ઉપજ | અંદાજિત ટર્ન-અરાઉન્ડ સમય |
| ઈલુમિના નોવાસેક 6000 | PE250 | 50K/100K/300K ટૅગ્સ | 30 દિવસ |
બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ
üકાચો ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ
üમેટાજેનોમ એસેમ્બલી
üબિન-રિડન્ડન્ટ જીન સેટ અને એનોટેશન
üજાતિ વિવિધતા વિશ્લેષણ
üઆનુવંશિક કાર્ય વિવિધતા વિશ્લેષણ
üઆંતર-જૂથ વિશ્લેષણ
üપ્રાયોગિક પરિબળો સામે એસોસિએશન વિશ્લેષણ
નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી
નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી
નમૂના જરૂરીયાતો:
માટેડીએનએ અર્ક:
| નમૂનાનો પ્રકાર | રકમ | એકાગ્રતા | શુદ્ધતા |
| ડીએનએ અર્ક | > 30 એનજી | 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
પર્યાવરણીય નમૂનાઓ માટે:
| નમૂના પ્રકાર | ભલામણ કરેલ નમૂના પ્રક્રિયા |
| માટી | નમૂનાની રકમ: આશરે.5 ગ્રામ;બાકીના સુકાઈ ગયેલા પદાર્થને સપાટી પરથી દૂર કરવાની જરૂર છે;મોટા ટુકડાને ગ્રાઇન્ડ કરો અને 2 એમએમ ફિલ્ટરમાંથી પસાર થાઓ;આરક્ષણ માટે જંતુરહિત ઇપી-ટ્યુબ અથવા સાયરોટ્યુબમાં એલિક્વોટ નમૂનાઓ. |
| મળ | નમૂનાની રકમ: આશરે.5 ગ્રામ;આરક્ષણ માટે જંતુરહિત ઇપી-ટ્યુબ અથવા ક્રાયોટ્યુબમાં અલિક્વોટ નમૂનાઓ એકત્રિત કરો. |
| આંતરડાની સામગ્રી | એસેપ્ટિક સ્થિતિ હેઠળ નમૂનાઓ પર પ્રક્રિયા કરવાની જરૂર છે.પીબીએસ સાથે એકત્રિત પેશી ધોવા;પીબીએસને સેન્ટ્રીફ્યુજ કરો અને ઇપી-ટ્યુબમાં પ્રીસીપીટન્ટ એકત્રિત કરો. |
| કાદવ | નમૂનાની રકમ: આશરે.5 ગ્રામ;આરક્ષણ માટે જંતુરહિત ઇપી-ટ્યુબ અથવા ક્રાયોટ્યુબમાં અલિક્વોટ કાદવના નમૂના એકત્રિત કરો |
| વોટરબોડી | માઇક્રોબાયલની મર્યાદિત માત્રા સાથેના નમૂના માટે, જેમ કે નળનું પાણી, કૂવાનું પાણી, વગેરે, ઓછામાં ઓછું 1 L પાણી એકત્રિત કરો અને પટલ પર માઇક્રોબાયલને સમૃદ્ધ બનાવવા માટે 0.22 μm ફિલ્ટરમાંથી પસાર કરો.પટલને જંતુરહિત ટ્યુબમાં સંગ્રહિત કરો. |
| ત્વચા | જંતુરહિત કપાસના સ્વેબ અથવા સર્જિકલ બ્લેડથી ત્વચાની સપાટીને કાળજીપૂર્વક ઉઝરડો અને તેને જંતુરહિત ટ્યુબમાં મૂકો. |
ભલામણ કરેલ નમૂના ડિલિવરી
નમૂનાઓને 3-4 કલાક માટે પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં સ્થિર કરો અને પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં અથવા -80 ડિગ્રી સુધી લાંબા ગાળાના રિઝર્વેશનમાં સ્ટોર કરો.ડ્રાય આઈસ સાથે સેમ્પલ શિપિંગ જરૂરી છે.
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
નમૂના વિતરણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
સિક્વન્સિંગ
માહિતી વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
1.હીટમેપ: પ્રજાતિઓની સમૃદ્ધિ ક્લસ્ટરિંગ
2. KEGG મેટાબોલિક પાથવેઝ પર ટીકા કરાયેલ કાર્યાત્મક જનીનો
3.પ્રજાતિ સહસંબંધ નેટવર્ક
4.કાર્ડ એન્ટિબાયોટિક રેઝિસ્ટન્સ જનીનોનું સર્કોસ
BMK કેસ
નેનોપોર મેટાજેનોમિક્સ બેક્ટેરિયલ નીચલા શ્વસન ચેપના ઝડપી ક્લિનિકલ નિદાનને સક્ષમ કરે છે
પ્રકાશિત:નેચર બાયોટેકનોલોજી, 2019
ટેકનિકલ હાઇલાઇટ્સ
સિક્વન્સિંગ: નેનોપોર મિનિઅન
ક્લિનિકલ મેટાજેનોમિક્સ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ: હોસ્ટ DNA અવક્ષય, WIMP અને ARMA વિશ્લેષણ
ઝડપી શોધ: 6 કલાક
ઉચ્ચ સંવેદનશીલતા: 96.6%
મુખ્ય પરિણામો
2006 માં, લોઅર રેસ્પિરેટરી ઇન્ફેક્શન (LR) ને કારણે વૈશ્વિક સ્તરે 3 મિલિયન માનવ મૃત્યુ થયા હતા.LR1 પેથોજેન શોધવા માટેની લાક્ષણિક પદ્ધતિ ખેતી છે, જે નબળી સંવેદનશીલતા ધરાવે છે, લાંબા સમય સુધી ટર્ન-અરાઉન્ડ-ટાઇમ ધરાવે છે અને પ્રારંભિક એન્ટિબાયોટિક ઉપચારમાં માર્ગદર્શનનો અભાવ છે.ઝડપી અને સચોટ માઇક્રોબાયલ નિદાન લાંબા સમયથી તાકીદની જરૂરિયાત છે.ઇસ્ટ એંગ્લિયા યુનિવર્સિટીના ડૉ. જસ્ટિન અને તેમના ભાગીદારોએ પેથોજેન શોધવા માટે નેનોપોર-આધારિત મેટાજેનોમિક પદ્ધતિ સફળતાપૂર્વક વિકસાવી.તેમના વર્કફ્લો મુજબ, 99.99% યજમાન DNA ક્ષીણ થઈ શકે છે.પેથોજેન્સ અને એન્ટિબાયોટિક પ્રતિરોધક જનીનોની તપાસ 6 કલાકમાં પૂર્ણ કરી શકાય છે.
સંદર્ભ
ચારલામ્પસ, ટી. , કે, જીએલ , રિચાર્ડસન, એચ. , આયડિન, એ. , અને ઓ'ગ્રેડી, જે. .(2019).નેનોપોર મેટાજેનોમિક્સ બેક્ટેરિયલ નીચલા શ્વસન ચેપનું ઝડપી ક્લિનિકલ નિદાન સક્ષમ કરે છે.નેચર બાયોટેકનોલોજી, 37(7), 1.
