હીટમેપ
હીટમેપ ટૂલ મેટ્રિક્સ ડેટા ફાઇલને ઇનપુટ તરીકે સ્વીકારે છે અને વપરાશકર્તાઓને ડેટા ફિલ્ટર, નોર્મલાઇઝ અને ક્લસ્ટર કરવાની મંજૂરી આપે છે. હીટમેપ્સ માટે પ્રાથમિક ઉપયોગ કેસ વિવિધ નમૂનાઓ વચ્ચે જનીન અભિવ્યક્તિ સ્તરનું ક્લસ્ટર વિશ્લેષણ છે.
જનીન ટીકા
જનીન એનોટેશન ટૂલ વિવિધ ડેટાબેઝ સામે ઇનપુટ FASTA ફાઇલોના ક્રમ ગોઠવણીના આધારે જનીન એનોટેશન કરે છે.
મૂળભૂત સ્થાનિક સંરેખણ શોધ સાધન (BLAST)
BLAST ટૂલ એ NCBI BLAST નું BMKCloud સંકલિત સંસ્કરણ છે અને BMKCloud એકાઉન્ટ પર અપલોડ કરેલા ડેટાનો ઉપયોગ કરીને સમાન કાર્યો કરવા માટે વાપરી શકાય છે.
CDS_UTR આગાહી
CDS_UTR પ્રિડિક્શન ટૂલ જાણીતા પ્રોટીન ડેટાબેઝ અને ORF પ્રિડિક્શન પરિણામો સામે BLAST પરિણામોના આધારે આપેલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ સિક્વન્સમાં કોડિંગ રિજન (CDS) અને નોન-કોડિંગ રિજન (UTR) ની આગાહી કરવા માટે રચાયેલ છે.
મેનહટન પ્લોટ
મેનહટન પ્લોટ ટૂલ ઉચ્ચ નમૂના પ્રયોગોના પ્રદર્શનને સક્ષમ કરે છે અને સામાન્ય રીતે જીનોમ-વાઇડ એસોસિએશન સ્ટડીઝ (GWAS) માં ઉપયોગમાં લેવાય છે.
સર્કસ ડાયાગ્રામ
CIRCOS ડાયાગ્રામ ટૂલ જીનોમમાં જીનોમિક ફીચર કેવી રીતે વિતરિત થાય છે તેનું કાર્યક્ષમ વિઝ્યુલાઇઝેશન પૂરું પાડે છે. સામાન્ય ફીચર્સમાં ક્વોન્ટિટેટિવ લોકી, SNPs, InDels, સ્ટ્રક્ચરલ અને કોપી નંબર વેરિઅન્ટનો સમાવેશ થાય છે.
જનીન ઓન્ટોલોજી (GO) સંવર્ધન
GO એનરિચમેન્ટ ટૂલ કાર્યાત્મક સંવર્ધન વિશ્લેષણ પૂરું પાડે છે. આ ટૂલમાં પ્રાથમિક સોફ્ટવેર TopGO-બાયોકન્ડક્ટર પેકેજ છે, જેમાં વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ, GO સંવર્ધન વિશ્લેષણ અને પરિણામોનું વિઝ્યુલાઇઝેશન શામેલ છે.
ભારિત જનીન સહ-અભિવ્યક્તિ નેટવર્ક વિશ્લેષણ (WGCNA)
WGCNA એ જનીન સહ-અભિવ્યક્તિ મોડ્યુલો શોધવા માટે વ્યાપકપણે ઉપયોગમાં લેવાતી ડેટા માઇનિંગ પદ્ધતિ છે. તે માઇક્રોએરે અને NGS જનીન અભિવ્યક્તિ ડેટા સહિત વિવિધ અભિવ્યક્તિ ડેટાસેટને લાગુ પડે છે.
ઇન્ટરપ્રોસ્કેન
ઇન્ટરપ્રોસ્કેન ટૂલ ઇન્ટરપ્રો પ્રોટીન સિક્વન્સ વિશ્લેષણ અને વર્ગીકરણ પૂરું પાડે છે.
GO KEGG સંવર્ધન
GO KEGG એનરિચમેન્ટ ટૂલ એ GO એનરિચમેન્ટ હિસ્ટોગ્રામ, KEGG એનરિચમેન્ટ હિસ્ટોગ્રામ અને KEGG એનરિચમેન્ટ પાથવે જનરેટ કરવા માટે ડિઝાઇન કરવામાં આવ્યું છે જે પ્રદાન કરેલ જનીન સેટ અને અનુરૂપ એનોટેશન પર આધારિત છે.
