લાંબી નોન-કોડિંગ સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
સેવા લાભો
● સેવા લાભો
● સેલ્યુલર અને પેશી વિશિષ્ટ
● ચોક્કસ સ્ટેજ ગતિશીલ અભિવ્યક્તિ પરિવર્તનને વ્યક્ત કરે છે અને રજૂ કરે છે
● સમય અને અવકાશ અભિવ્યક્તિની ચોક્કસ પેટર્ન
● mRNA ડેટા સાથે સંયુક્ત વિશ્લેષણ.
● BMKCloud-આધારિત પરિણામ વિતરણ: પ્લેટફોર્મ પર કસ્ટમાઇઝ્ડ ડેટા-માઇનિંગ ઉપલબ્ધ છે.
● વેચાણ પછીની સેવાઓ પ્રોજેક્ટ પૂર્ણ થયા પછી 3 મહિના માટે માન્ય છે
નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી
| પુસ્તકાલય | પ્લેટફોર્મ | ભલામણ કરેલ ડેટા | ડેટા QC |
| rRNA અવક્ષય | ઇલુમિના PE150 | 10 જીબી | Q30≥85% |
| કોન્ક.(ng/μl) | રકમ (μg) | શુદ્ધતા | અખંડિતતા |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 જેલ પર દર્શાવેલ મર્યાદિત અથવા કોઈ પ્રોટીન અથવા ડીએનએ દૂષણ નથી. | છોડ માટે: RIN≥6.5; પ્રાણીઓ માટે: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; મર્યાદિત અથવા કોઈ આધારરેખા એલિવેશન નથી |
ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ:
પેશી: વજન(સૂકા): ≥1 ગ્રામ
*5 મિલિગ્રામથી નાની પેશી માટે, અમે ફ્રોઝન (પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં) પેશીના નમૂના મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.
સેલ સસ્પેન્શન: સેલ કાઉન્ટ = 3×107
*અમે ફ્રોઝન સેલ લિસેટ મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.જો તે કોષની ગણતરી 5×10 કરતા ઓછી હોય5, ફ્લૅશને પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં સ્થિર કરવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે.
લોહીના નમૂનાઓ:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol અને 2mL રક્ત(TRIzol:Blood=3:1)
ભલામણ કરેલ નમૂના ડિલિવરી
કન્ટેનર: 2 મિલી સેન્ટ્રીફ્યુજ ટ્યુબ (ટીન ફોઇલની ભલામણ કરવામાં આવતી નથી)
નમૂના લેબલીંગ: જૂથ+પ્રતિકૃતિ દા.ત. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
શિપમેન્ટ:
1.ડ્રાય આઈસ: સેમ્પલને બેગમાં પેક કરીને ડ્રાય આઈસમાં દાટી દેવાની જરૂર છે.
2.RNAstable ટ્યુબ: RNA સેમ્પલને RNA સ્ટેબિલાઈઝેશન ટ્યુબમાં સૂકવી શકાય છે (દા.ત. RNAstable®) અને ઓરડાના તાપમાને મોકલી શકાય છે.
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
પ્રયોગ ડિઝાઇન
નમૂના વિતરણ
આરએનએ નિષ્કર્ષણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
સિક્વન્સિંગ
માહિતી વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ
1.LncRNA વર્ગીકરણ
ઉપરોક્ત ચાર સોફ્ટવેર દ્વારા અનુમાનિત LncRNA ને 4 શ્રેણીઓમાં વર્ગીકૃત કરવામાં આવ્યા હતા: lincRNA, એન્ટિ-સેન્સ-LncRNA, intronic-LncRNA;સેન્સ-LncRNA.LncRNA વર્ગીકરણ નીચેના હિસ્ટોગ્રામમાં દર્શાવવામાં આવ્યું હતું.
LncRNA વર્ગીકરણ
DE-lncRNA સંવર્ધન વિશ્લેષણના 2.Cis-લક્ષિત જનીનો
ક્લસ્ટરપ્રોફાઈલરને જૈવિક પ્રક્રિયાઓ, મોલેક્યુલર ફંક્શન્સ અને સેલ્યુલર ઘટકોના સંદર્ભમાં, વિભિન્ન રીતે વ્યક્ત lncRNA (DE-lncRNA) ના સીઆઈએસ-લક્ષિત જનીનો પર GO સંવર્ધન વિશ્લેષણમાં નિયુક્ત કરવામાં આવ્યું હતું.GO સંવર્ધન વિશ્લેષણ એ સમગ્ર જીનોમની તુલનામાં ડીઇજી-નિર્દેશિત નોંધપાત્ર રીતે સમૃદ્ધ GO શબ્દોને ઓળખવાની પ્રક્રિયા છે.નીચે બતાવ્યા પ્રમાણે હિસ્ટોગ્રામ, બબલ ચાર્ટ વગેરેમાં સમૃદ્ધ શબ્દો રજૂ કરવામાં આવ્યા હતા.
DE-lncRNA સંવર્ધન વિશ્લેષણના સીઆઈએસ-લક્ષિત જનીનો - બબલ ચાર્ટ
3. mRNA અને lncRNA ની લંબાઈ, એક્ઝોન નંબર, ORF અને અભિવ્યક્તિની માત્રાની સરખામણી કરીને, અમે તેમની વચ્ચેના બંધારણ, ક્રમ અને તેથી વધુના તફાવતોને સમજી શકીએ છીએ અને એ પણ ચકાસી શકીએ છીએ કે અમારા દ્વારા અનુમાનિત નવલકથા lncRNA સામાન્ય લાક્ષણિકતાઓને અનુરૂપ છે કે કેમ.
BMK કેસ
KRAS-G12D મ્યુટેશન અને P53 નોકઆઉટ સાથે માઉસ લંગ એડેનોકાર્સિનોમાસમાં ડિરેગ્યુલેટેડ lncRNA એક્સપ્રેશન પ્રોફાઇલ
પ્રકાશિત:જર્નલ ઓફ સેલ્યુલર એન્ડ મોલેક્યુલર મેડિસિન,2019
સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના
ઈલુમિના
નમૂના સંગ્રહ
NONMMUT015812-નોકડાઉન KP (shRNA-2) કોષો અને નકારાત્મક નિયંત્રણ (sh-Scr) કોષો ચોક્કસ વાયરલ ચેપના દિવસે 6 પર મેળવવામાં આવ્યા હતા.
મુખ્ય પરિણામો
આ અભ્યાસ P53 નોકઆઉટ અને KrasG12D મ્યુટેશન સાથે માઉસ લંગ એડેનોકાર્સિનોમામાં અસ્પષ્ટ રીતે વ્યક્ત lncRNA ની તપાસ કરે છે.
1.6424 lncRNA અલગ રીતે વ્યક્ત કરવામાં આવ્યા હતા (≥ 2-ગણો ફેરફાર, P <0.05).
2.તમામ 210 lncRNAs(FC≥8) પૈકી, 11 lncRNAs ની અભિવ્યક્તિ P53 દ્વારા, 33 lncRNAs KRAS દ્વારા અને 13 lncRNAs ને પ્રાથમિક KP કોષોમાં હાયપોક્સિયા દ્વારા નિયંત્રિત કરવામાં આવી હતી.
3.NONMMUT015812, જે માઉસના ફેફસાના એડેનોકાર્સિનોમામાં નોંધપાત્ર રીતે ઉપર-નિયમિત હતું અને P53 પુનઃ-અભિવ્યક્તિ દ્વારા નકારાત્મક રીતે નિયંત્રિત હતું, તેના સેલ્યુલર કાર્યનું વિશ્લેષણ કરવા માટે શોધી કાઢવામાં આવ્યું હતું.
4. shRNAs દ્વારા NONMMUT015812 ના નોકડાઉનથી KP કોષોના પ્રસાર અને સ્થળાંતર ક્ષમતાઓમાં ઘટાડો થયો.NONMMUT015812 સંભવિત ઓન્કોજીન હતું.
 NONMMUT015812-નોકડાઉન કેપી કોશિકાઓમાં વિભિન્ન રીતે વ્યક્ત જનીનોનું KEGG પાથવે વિશ્લેષણ |  NONMMUT015812-નોકડાઉન KP કોષોમાં વિભિન્ન રીતે વ્યક્ત જનીનોનું જનીન ઓન્ટોલોજી વિશ્લેષણ |
સંદર્ભ
KRAS-G12D મ્યુટેશન અને P53 નોકઆઉટ[J] સાથે માઉસ લંગ એડેનોકાર્સિનોમાસમાં ડિરેગ્યુલેટેડ lncRNA એક્સપ્રેશન પ્રોફાઇલ.જર્નલ ઓફ સેલ્યુલર એન્ડ મોલેક્યુલર મેડિસિન, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
