યુકેરીયોટિક mRNA વિશ્લેષણ (સંદર્ભ આધારિત અને નવા વિકલ્પો ઉપલબ્ધ છે)
આ પાઇપલાઇન NGS RNA-Seq ડેટાનો ઇનપુટ તરીકે ઉપયોગ કરે છે અને બહુવિધ ડાઉનસ્ટ્રીમ વિશ્લેષણમાંથી પરિણામો ઉત્પન્ન કરે છે જેમાં નીચેનાનો સમાવેશ થાય છે પરંતુ તે મર્યાદિત નથી: સિક્વન્સિંગ ડેટા ગુણવત્તા મૂલ્યાંકન,નવીનતાટ્રાન્સક્રિપ્શન સાઇટ એનોટેશન, ચલ સ્પ્લિસિંગ વિશ્લેષણ, વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ, કાર્ય એનોટેશન અને સંવર્ધન વિશ્લેષણ.
લાંબા નોન-કોડિંગ આરએનએ વિશ્લેષણ
લાંબા નોન-કોડિંગ RNA (lncRNA) એ 200 nt કરતા વધુ લંબાઈવાળા નોન-કોડિંગ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ છે અને ક્રોમેટિન સંગઠન અને નિયમનમાં ભૂમિકા ભજવવા માટે જાણીતા છે. હાઇ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ ટેકનોલોજી અને બાયોઇન્ફોર્મેટિકે મહત્વપૂર્ણ નિયમનકારી કાર્યો સાથે lncRNA ને ઓળખવા માટે lncRNA સિક્વન્સ અને પોઝિશનિંગ માહિતીની આપણી સમજને સશક્ત બનાવી છે. આ પાઇપલાઇન યુકેરીયોટિક mRNA વિશ્લેષણ પાઇપલાઇનમાં ઉલ્લેખિત વિશ્લેષણ ઉપરાંત lncRNA વિશ્લેષણ પ્રદાન કરે છે.
૧૬એસ/૧૮એસ/આઇટીએસ એમ્પ્લીકોન સિક્વન્સિંગ
એમ્પ્લીકોન સિક્વન્સિંગ માઇક્રોબાયલ ડાયવર્સિટી વિશ્લેષણ પાઇપલાઇન માઇક્રોબાયલ ડાયવર્સિટી પ્રોજેક્ટ વિશ્લેષણમાં વર્ષોના અનુભવના આધારે વિકસાવવામાં આવી હતી. પાઇપલાઇનમાં પ્રમાણિત મૂળભૂત વિશ્લેષણ છે, જે વર્તમાન માઇક્રોબાયલ સંશોધન અને વ્યક્તિગત વિશ્લેષણની મુખ્ય પ્રવાહ વિશ્લેષણ સામગ્રીને આવરી લે છે. વિશ્લેષણ અહેવાલ સમૃદ્ધ અને વ્યાપક છે, જેમાં વિવિધ વ્યક્તિગત વિશ્લેષણ કરવાનો વિકલ્પ છે. વધુમાં, વધારાના કસ્ટમાઇઝેશન અને નિયંત્રણ માટે નમૂનાઓ અને જૂથોને ફ્લાય પર સુધારી શકાય છે.
શોટગન મેટાજેનોમિક્સ વિશ્લેષણ
શોટગન મેટાજેનોમિક વિશ્લેષણ પાઇપલાઇન પર્યાવરણીય નમૂનાઓમાંથી કાઢવામાં આવેલા મિશ્ર જીનોમિક સામગ્રીમાંથી NGS ડેટાનો ઉપયોગ કરે છે. સમાવિષ્ટ વિશ્લેષણ પ્રજાતિઓની વિવિધતા અને વિપુલતા, વસ્તી માળખું, ફાયલોજેનેટિક સંબંધ, કાર્યાત્મક જનીનો અને પર્યાવરણીય પરિબળો સાથેના સહસંબંધ નેટવર્ક્સ પર વિગતવાર માહિતી પ્રદાન કરે છે.
NGS-WGS વેરિઅન્ટ વિશ્લેષણ
NGS-WGS વેરિઅન્ટ એનાલિસિસ એ એક સંકલિત વેરિઅન્ટ ડિટેક્શન પાઇપલાઇન છે જે ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ, ક્રમ સંરેખણ, એનોટેશન અને જનીન પરિવર્તન વિશ્લેષણ કરે છે. પાઇપલાઇન SNP અને InDel ડિટેક્શન માટે GATK શ્રેષ્ઠ પ્રથાઓનું પાલન કરે છે અને માળખાકીય વેરિઅન્ટ કોલિંગ માટે માનતાનો ઉપયોગ કરે છે.
જીનોમ વાઇડ એસોસિએશન સ્ટડી (GWAS)
GWAS પાઇપલાઇન એ એક ડાઉનસ્ટ્રીમ વિશ્લેષણ છે જે અગાઉ જનરેટ થયેલ VCF ફાઇલો અને વ્યક્તિઓના સમૂહ માટે અનુરૂપ ફેનોટાઇપ ડેટાને ઇનપુટ તરીકે લે છે. ચોક્કસ આંકડાકીય પદ્ધતિઓનો ઉપયોગ કરીને, GWAS ફેનોટાઇપિક તફાવતો સાથે સંકળાયેલ જીનોમ-વ્યાપી ન્યુક્લિયોટાઇડ ભિન્નતાઓને ઉજાગર કરવાનો હેતુ ધરાવે છે. તે છોડ અને પ્રાણીઓમાં જટિલ માનવ રોગો અને જટિલ લક્ષણો સાથે સંકળાયેલા કાર્યાત્મક જનીનોની શોધમાં મહત્વપૂર્ણ ભૂમિકા ભજવે છે.
બલ્ક સેગ્રિગેશન એનાલિસિસ (BSA)
BSA વિશ્લેષણમાં અલગ વસ્તીમાંથી અત્યંત ફેનોટાઇપિક લક્ષણો ધરાવતી વ્યક્તિઓને એકત્રિત કરવાનો સમાવેશ થાય છે. પૂલ કરેલા નમૂનાઓ વચ્ચે વિભેદક સ્થાનની તુલના કરીને, આ અભિગમ લક્ષ્ય જનીનો સાથે સંકળાયેલા નજીકથી જોડાયેલા પરમાણુ માર્કર્સને ઝડપથી ઓળખે છે. છોડ અને પ્રાણીઓના આનુવંશિક મેપિંગમાં વ્યાપકપણે ઉપયોગમાં લેવાતું, તે માર્કર-સહાયિત સંવર્ધન માટે એક મૂલ્યવાન સાધન છે.
ઉત્ક્રાંતિ જિનેટિક્સ વિશ્લેષણ
ઇવોલ્યુશનરી જિનેટિક્સ એનાલિસિસ વર્કફ્લો BMKGENE ના આનુવંશિક ઉત્ક્રાંતિ પ્રોજેક્ટ્સમાં વ્યાપક અનુભવનો લાભ લે છે અને તેમાં ફાયલોજેનેટિક વૃક્ષ બાંધકામ, જોડાણ અસંતુલન વિશ્લેષણ, આનુવંશિક વિવિધતા મૂલ્યાંકન, પસંદગીયુક્ત સ્વીપ ઓળખ, સગપણ વિશ્લેષણ, મુખ્ય ઘટક વિશ્લેષણ અને વસ્તી માળખું લાક્ષણિકતા શામેલ છે.
