સ્પેસિફિક-લોકસ એમ્પ્લીફાઇડ ફ્રેગમેન્ટ સિક્વન્સિંગ (SLAF-Seq)
વર્કફ્લો
લાઇબ્રેરીની તૈયારી પર શ્રેષ્ઠ એન્ઝાઇમ પસંદગીની ખાતરી આપવા માટે સેવામાં સિલિકોમાં કેટલીક પૂર્વ-ડિઝાઇન છે.
ટેકનિકલ યોજના
સેવા સુવિધાઓ
● PE150 સાથે NovaSeq પર સિક્વન્સિંગ.
● ડબલ બારકોડિંગ સાથે લાઇબ્રેરી તૈયારી, 1000 થી વધુ નમૂનાઓનું પૂલિંગ સક્ષમ બનાવવું.
● સંદર્ભ જીનોમથી સ્વતંત્ર:
સંદર્ભ જીનોમ સાથે: SNP અને InDel શોધ
સંદર્ભ વિનાનો જીનોમ: નમૂના ક્લસ્ટરિંગ અને SNP શોધ
● માંઇન-સિલિકોપ્રી-ડિઝાઇન સ્ટેજ મલ્ટીપલ રિસ્ટ્રિક્શન એન્ઝાઇમ સંયોજનોની તપાસ કરવામાં આવે છે જેથી જીનોમ સાથે SLAF ટૅગ્સનું એકસમાન વિતરણ ઉત્પન્ન થાય તે શોધી શકાય.
● પૂર્વ-પ્રયોગ દરમિયાન, 9 SLAF લાઇબ્રેરીઓ બનાવવા માટે 3 નમૂનાઓમાં ત્રણ એન્ઝાઇમ સંયોજનોનું પરીક્ષણ કરવામાં આવે છે, અને આ માહિતીનો ઉપયોગ પ્રોજેક્ટ માટે શ્રેષ્ઠ પ્રતિબંધ એન્ઝાઇમ સંયોજન પસંદ કરવા માટે થાય છે.
સેવાના ફાયદા
●ઉચ્ચ આનુવંશિક માર્કર શોધ: અમે એક ઉચ્ચ-થ્રુપુટ ડબલ બારકોડ સિસ્ટમને એકીકૃત કરીએ છીએ જે મોટી વસ્તીના એક સાથે ક્રમ અને લોકસ-વિશિષ્ટ એમ્પ્લીફિકેશનને કાર્યક્ષમતામાં વધારો કરવાની મંજૂરી આપે છે, ખાતરી કરે છે કે ટેગ નંબરો વિવિધ સંશોધન પ્રશ્નોની વિવિધ આવશ્યકતાઓને પૂર્ણ કરે છે.
● જીનોમ પર ઓછી નિર્ભરતા: તે સંદર્ભ જીનોમ ધરાવતી અથવા વગરની પ્રજાતિઓ પર લાગુ કરી શકાય છે.
●લવચીક યોજના ડિઝાઇન: વિવિધ સંશોધન લક્ષ્યો અથવા પ્રજાતિઓને પૂર્ણ કરવા માટે સિંગલ-એન્ઝાઇમ, ડ્યુઅલ-એન્ઝાઇમ, મલ્ટિ-એન્ઝાઇમ પાચન અને વિવિધ પ્રકારના ઉત્સેચકો પસંદ કરી શકાય છે.
● ઉત્સેચક પાચનમાં ઉચ્ચ કાર્યક્ષમતા: એકનું વહનઇન-સિલિકોપૂર્વ-ડિઝાઇન અને પૂર્વ-પ્રયોગ રંગસૂત્ર પર SLAF ટૅગ્સના સમાન વિતરણ (1 SLAF ટૅગ/4Kb) અને ઘટાડેલા પુનરાવર્તિત ક્રમ (<5%) સાથે શ્રેષ્ઠ ડિઝાઇનની ખાતરી આપે છે.
●વ્યાપક કુશળતા: અમે દરેક પ્રોજેક્ટમાં અનુભવનો ભંડાર લાવીએ છીએ, જેમાં છોડ, સસ્તન પ્રાણીઓ, પક્ષીઓ, જંતુઓ અને જળચર જીવો સહિત સેંકડો પ્રજાતિઓ પર 5000 થી વધુ SLAF-Seq પ્રોજેક્ટ્સ પૂર્ણ કરવાનો ટ્રેક રેકોર્ડ છે.
● સ્વ-વિકસિત બાયોઇન્ફોર્મેટિક વર્કફ્લો: અંતિમ આઉટપુટની વિશ્વસનીયતા અને ચોકસાઈ સુનિશ્ચિત કરવા માટે અમે SLAF-Seq માટે એક સંકલિત બાયોઇન્ફોર્મેટિક વર્કફ્લો વિકસાવ્યો છે.
સેવા સ્પષ્ટીકરણો
| વિશ્લેષણનો પ્રકાર | ભલામણ કરેલ વસ્તી સ્કેલ | ક્રમ વ્યૂહરચના | |
| ટેગ સિક્વન્સિંગની ઊંડાઈ | ટૅગ નંબર | ||
| આનુવંશિક નકશા | ૨ માતાપિતા અને ૧૫૦ થી વધુ સંતાનો | માતાપિતા: 20x WGS ઓફસ્પિંગ: ૧૦x | જીનોમનું કદ: <400 Mb: WGS ની ભલામણ કરવામાં આવે છે <1Gb: 100K ટૅગ્સ ૧-૨ જીબી:: ૨૦૦ હજાર ટૅગ્સ >2Gb: 300K ટૅગ્સ મહત્તમ 500k ટૅગ્સ |
| જીનોમ-વાઇડ એસોસિએશન સ્ટડીઝ (GWAS) | ≥200 નમૂનાઓ | ૧૦x | |
| આનુવંશિક ઉત્ક્રાંતિ | ≥30 નમૂનાઓ, દરેક પેટાજૂથમાંથી 10 થી વધુ નમૂનાઓ સાથે | ૧૦x | |
સેવા આવશ્યકતાઓ
સાંદ્રતા ≥ 5 ng/µL
કુલ રકમ ≥ 80 નંગ
નેનોડ્રોપ OD260/280=1.6-2.5
એગારોઝ જેલ: કોઈ અથવા મર્યાદિત અધોગતિ અથવા દૂષણ નહીં
ભલામણ કરેલ નમૂના વિતરણ
કન્ટેનર: 2 મિલી સેન્ટ્રીફ્યુજ ટ્યુબ
(મોટાભાગના નમૂનાઓ માટે, અમે ઇથેનોલમાં સાચવવાની ભલામણ કરીએ છીએ નહીં)
નમૂના લેબલિંગ: નમૂનાઓ સ્પષ્ટ રીતે લેબલ કરેલા હોવા જોઈએ અને સબમિટ કરેલા નમૂના માહિતી ફોર્મ જેવા જ હોવા જોઈએ.
શિપમેન્ટ: ડ્રાય-આઈસ: નમૂનાઓને પહેલા બેગમાં પેક કરીને ડ્રાય-આઈસમાં દાટી દેવા જોઈએ.
સેવા કાર્યપ્રવાહ
નમૂના QC
પાયલોટ પ્રયોગ
SLAF-પ્રયોગ
પુસ્તકાલય તૈયારી
ક્રમ
ડેટા વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
અમારા બાયોઇન્ફોર્મેટિકલ વિશ્લેષણમાં શામેલ છે:
N-રિચ રીડ્સ, એડેપ્ટર રીડ્સ અથવા ઓછી ગુણવત્તાવાળા રીડ્સ દૂર કરવા માટે ડેટા QC અને ડેટા ટ્રિમિંગ.
બેઝ ડિસ્ટ્રિબ્યુશન, સિક્વન્સ ગુણવત્તા અને ડેટા મૂલ્યાંકન ચકાસવા માટે, તેમજ પાચન કાર્યક્ષમતા અને મેળવેલા ઇન્સર્ટ્સ ચકાસવા માટે ક્લીન રીડ્સનું બીજું ગુણવત્તા નિયંત્રણ.
એકવાર વાંચન તપાસ્યા પછી, બે વિકલ્પો છે:
- સંદર્ભ જીનોમ પર મેપિંગ
- સંદર્ભ જીનોમ વિના: ક્લસ્ટરિંગ
તે પછી, SLAF ટૅગ્સના વિશ્લેષણનો ઉપયોગ માર્કર શોધમાં મદદ કરવા માટે કેટલાક વેરિઅન્ટ કૉલિંગ કરવા માટે થાય છે: SNP, InDel, SNV, CV કૉલિંગ અને એનોટેશન.
રંગસૂત્રો પર SLAF ટૅગ્સનું વિતરણ:
રંગસૂત્રો પર SNPs નું વિતરણ:
SNP એનોટેશન
જિયાંગ એસ, લી એસ, લુઓ જે, વાંગ એક્સ અને શી સી (2023) ફળ પાકતી વખતે ખાંડની સામગ્રીનું QTL મેપિંગ અને ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ વિશ્લેષણપાયરસ પાયરીફોલિયા.આગળ. છોડ વિજ્ઞાન.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
લી, જે., ઝાંગ, વાય., મા, આર., હુઆંગ, ડબલ્યુ., હૌ, જે., ફેંગ, સી., અને સન, એલ. (૨૦૨૨). સ્ટુડિયો ૧ ની ઓળખ સોયાબીનના પાળવા દરમિયાન બીજ મોર્ફોલોજી અને તેલની સામગ્રીના હિચહાઇકિંગને લગતા પસંદગીને દર્શાવે છે.પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
ઝુ, પી., ઝાંગ, એક્સ., વાંગ, એક્સ.વગેરે.કોમન કાર્પનો જીનોમ ક્રમ અને આનુવંશિક વિવિધતા,સાયપ્રિનસ કાર્પિયો.નેટ જેનેટ 46, ૧૨૧૨–૧૨૧૯ (૨૦૧૪). https://doi.org/10.1038/ng.3098
ઝુઆંગ, ડબલ્યુ., ચેન, એચ., યાંગ, એમ.વગેરે.ઉગાડવામાં આવતી મગફળીનો જીનોમ કઠોળના કેરીયોટાઇપ્સ, પોલીપ્લોઇડ ઉત્ક્રાંતિ અને પાકના પાળવાની સમજ આપે છે.નેટ જેનેટ 51, ૮૬૫–૮૭૬ (૨૦૧૯). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| વર્ષ | જર્નલ | IF | શીર્ષક | અરજીઓ |
| 2022 | પ્રકૃતિ સંદેશાવ્યવહાર | ૧૭.૬૯૪ | વૃક્ષ પિયોનીના ગીગા-રંગસૂત્રો અને ગીગા-જીનોમનો જીનોમિક આધાર પેઓનિયા ઓસ્ટી | સ્લેફ-જીડબલ્યુએએસ |
| ૨૦૧૫ | નવા ફાયટોલોજિસ્ટ | ૭.૪૩૩ | કૃષિવિજ્ઞાનના મહત્વના જીનોમિક પ્રદેશોમાં પાળતુ પ્રાણીના પગના નિશાન સોયાબીન | સ્લેફ-જીડબલ્યુએએસ |
| 2022 | જર્નલ ઓફ એડવાન્સ્ડ રિસર્ચ | ૧૨.૮૨૨ | જી. હિરસુટમમાં ગોસીપિયમ બાર્બાડેન્સનું જીનોમ-વ્યાપી કૃત્રિમ પ્રવેશ કપાસના રેસાની ગુણવત્તા અને ઉપજમાં એકસાથે સુધારો કરવા માટે શ્રેષ્ઠ સ્થાન જાહેર કરો લક્ષણો | SLAF-ઉત્ક્રાંતિ જિનેટિક્સ |
| ૨૦૧૯ | મોલેક્યુલર પ્લાન્ટ | ૧૦.૮૧ | વસ્તી જીનોમિક વિશ્લેષણ અને ડી નોવો એસેમ્બલી વીડીની ઉત્પત્તિ જાહેર કરે છે એક ઉત્ક્રાંતિ રમત તરીકે ચોખા | SLAF-ઉત્ક્રાંતિ જિનેટિક્સ |
| ૨૦૧૯ | કુદરત જિનેટિક્સ | ૩૧.૬૧૬ | કોમન કાર્પ, સાયપ્રિનસ કાર્પિયોનો જીનોમ ક્રમ અને આનુવંશિક વિવિધતા | SLAF-લિંકેજ નકશો |
| ૨૦૧૪ | કુદરત જિનેટિક્સ | ૨૫.૪૫૫ | ઉગાડવામાં આવતી મગફળીનો જીનોમ કઠોળના કેરીયોટાઇપ્સ, પોલીપ્લોઇડ વિશે સમજ આપે છે ઉત્ક્રાંતિ અને પાકનું પાલન. | SLAF-લિંકેજ નકશો |
| 2022 | પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ | ૯.૮૦૩ | ST1 ની ઓળખ બીજ મોર્ફોલોજીના હિચહાઇકિંગ સાથે સંકળાયેલ પસંદગી દર્શાવે છે અને સોયાબીનના પાળવા દરમિયાન તેલનું પ્રમાણ | SLAF-માર્કર વિકાસ |
| 2022 | આંતરરાષ્ટ્રીય જર્નલ ઓફ મોલેક્યુલર સાયન્સિસ | ૬.૨૦૮ | ઘઉં-લેમસ મોલિસ 2Ns (2D) માટે ઓળખ અને DNA માર્કર વિકાસ ડિસોમિક ક્રોમોસોમ સબસ્ટિટ્યુશન | SLAF-માર્કર વિકાસ |
| વર્ષ | જર્નલ | IF | શીર્ષક | અરજીઓ |
| ૨૦૨૩ | વનસ્પતિ વિજ્ઞાનમાં સીમાઓ | ૬.૭૩૫ | પાયરસ પાયરીફોલિયાના ફળ પાકતી વખતે ખાંડની સામગ્રીનું QTL મેપિંગ અને ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ વિશ્લેષણ | આનુવંશિક નકશો |
| 2022 | પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ | ૮.૧૫૪ | ST1 ની ઓળખ સોયાબીનના પાલન દરમિયાન બીજના આકારશાસ્ત્ર અને તેલની સામગ્રીના હિચહાઇકિંગનો સમાવેશ કરતી પસંદગી દર્શાવે છે.
| SNP કોલિંગ |
| 2022 | વનસ્પતિ વિજ્ઞાનમાં સીમાઓ | ૬.૬૨૩ | દુષ્કાળ વાતાવરણમાં હલેસ બેરલી ફેનોટાઇપ્સનું જીનોમ-વાઇડ એસોસિએશન મેપિંગ.
| જીડબ્લ્યુએએસ |
