સંપૂર્ણ ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ સિક્વન્સિંગ - ઇલુમિના
સેવા લાભો
● ગણતરીઓ, અભિવ્યક્તિ અને રંગસૂત્ર-આધારિત સંબંધિત અભિવ્યક્તિના સંદર્ભમાં તમામ પ્રકારના RNAs પર અંદાજ
● વિભિન્ન રીતે વ્યક્ત RNAs અને અનુરૂપ અભિવ્યક્તિની ઓળખ
● જનીન સહ-અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ
● ceRNA નેટવર્ક વિશ્લેષણ
● મુખ્ય જનીનો પાથવે વિશ્લેષણ સાથે સંકળાયેલા છે
● BMKCloud-આધારિત પરિણામ વિતરણ: પ્લેટફોર્મ પર કસ્ટમાઇઝ્ડ ડેટા-માઇનિંગ ઉપલબ્ધ છે
● વેચાણ પછીની સેવાઓ પ્રોજેક્ટ પૂર્ણ થયા પછી 3 મહિના માટે માન્ય છે
નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી
| પુસ્તકાલય | પ્લેટફોર્મ | ભલામણ કરેલ ડેટા | ડેટા QC |
| કુલ આરએનએ | ઈલુમિના PE150&SE50 | Circ/lnc/mRNA: 16G;miRNA: 10M વાંચે છે | Q30≥85% |
નમૂના જરૂરીયાતો:
ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ:
| શુદ્ધતા | અખંડિતતા | દૂષણ | રકમ |
| OD260/280≥1.7-2.5； OD260/230≥0.5-2.5； | છોડ માટે: RIN≥6.5;પ્રાણીઓ માટે: RIN≥7;28S/18S≥1.0;મર્યાદિત અથવા કોઈ આધારરેખા એલિવેશન નથી | જેલ પર દર્શાવેલ મર્યાદિત અથવા કોઈ પ્રોટીન અથવા ડીએનએ દૂષણ નથી. | કોંક.≥100 એનજી/μl;વોલ્યુમ ≥ 10 μl;કુલ ≥ 2 μg |
પેશી: વજન(સૂકા): ≥1 ગ્રામ
*5 મિલિગ્રામથી નાની પેશી માટે, અમે ફ્રોઝન (પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં) પેશીના નમૂના મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.
સેલ સસ્પેન્શન: સેલ કાઉન્ટ = 3×107
*અમે ફ્રોઝન સેલ લિસેટ મોકલવાની ભલામણ કરીએ છીએ.જો કોષની ગણતરી 5×105 કરતા ઓછી હોય, તો પ્રવાહી નાઇટ્રોજનમાં ફ્લેશને સ્થિર કરવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે.
લોહીના નમૂનાઓ:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol અને 2mL રક્ત(TRIzol:Blood=3:1)
ભલામણ કરેલ નમૂના ડિલિવરી
કન્ટેનર:
2 મિલી સેન્ટ્રીફ્યુજ ટ્યુબ (ટીન ફોઇલની ભલામણ કરવામાં આવતી નથી)
નમૂના લેબલીંગ: જૂથ+પ્રતિકૃતિ દા.ત. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
શિપમેન્ટ:
1.ડ્રાય આઈસ: સેમ્પલને બેગમાં પેક કરીને ડ્રાય આઈસમાં દાટી દેવાની જરૂર છે.
2.RNAstable ટ્યુબ: RNA સેમ્પલને RNA સ્ટેબિલાઈઝેશન ટ્યુબમાં સૂકવી શકાય છે (દા.ત. RNAstable®) અને ઓરડાના તાપમાને મોકલી શકાય છે.
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
પ્રયોગ ડિઝાઇન
નમૂના વિતરણ
આરએનએ નિષ્કર્ષણ
પુસ્તકાલય બાંધકામ
સિક્વન્સિંગ
માહિતી વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ
1. તમામ પ્રકારના આરએનએ આધારિત સંબંધિત અભિવ્યક્તિ પર અંદાજ
આરએનએ અભિવ્યક્તિમાં તફાવતોના મહત્વ પર સર્કોસ
2. એકીકૃત KEGG પાથવે નેટવર્ક
સંકલિત KEGG પાથવે નેટવર્ક
3.ceRNA નેટવર્ક વિશ્લેષણ
ceRNA નેટવર્ક-આધારિત DE-circRNA-miRNA-mRNA ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ
BMK કેસ
CircRNA એક્સપ્રેશન પેટર્ન અને ceRNA અને miRNA-mRNA નેટવર્ક્સ બ્રાસિકા કેમ્પેસ્ટ્રીસની CMS લાઇનમાં એન્થર ડેવલપમેન્ટમાં સામેલ છે
પ્રકાશિત:ઇન્ટરનેશનલ જર્નલ ઓફ મોલેક્યુલર સાયન્સ,2019
NONMMUT015812-નોકડાઉન KP (shRNA-2) કોષો અને નકારાત્મક નિયંત્રણ (sh-Scr) કોષો ચોક્કસ વાયરલ ચેપના દિવસે 6 પર મેળવવામાં આવ્યા હતા.
મુખ્ય પરિણામો
આ અભ્યાસે પોલિમા સાયટોપ્લાઝમ મેલ સ્ટરિલિટી (CMS) લાઇન "Bcpol97-05A", અને ફળદ્રુપ રેખા, "Bcajh97-01B", બ્રાસિકા કેમ્પેસ્ટ્રીસ L. ssp માં સ્થાપિત કરી.chinensis Makino, syn.બી. રાપા એસએસપી.ચાઇનેન્સિસ, અને સંપૂર્ણ-ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ દ્વારા જંતુરહિત રેખા અને ફળદ્રુપ રેખાના ફૂલોની કળીઓ વચ્ચે આરએનએ અભિવ્યક્તિની પ્રોફાઇલિંગ સરખામણીઓ કરી.
1. કુલ 31 ડિફરન્શિયલ એક્સપ્રેસ (DE) circRNAs, 47 DE miRNAs, અને 4779 DE mRNAs ઓળખવામાં આવ્યા હતા.
2. જનીન ઓન્ટોલોજી (GO) વિશ્લેષણ દર્શાવે છે કે મોટાભાગના DE જનીનો પરાગ દિવાલના વિકાસમાં સામેલ હતા.
3. DE mRNAs ના KEGG પાથવે સંવર્ધન વિશ્લેષણ (ફળદ્રુપ રેખાની તુલનામાં જંતુરહિત લાઇનમાં અપ-રેગ્યુલેટેડ અને ડાઉન-રેગ્યુલેટેડ mRNA સહિત) દર્શાવે છે કે "સ્ટાર્ચ અને સુક્રોસેમેટાબોલિઝમ", "ફેનિલપ્રોપેનોઇડ બાયોસિન્થેસિસ", અને "પેન્ટોઝ અને ગ્લુવર્સનક્યુરેશન્સ ઇન્ટરફેસ ” સૌથી વધુ સમૃદ્ધ મેટાબોલિક માર્ગો હતા.
 વિભિન્ન રીતે વ્યક્ત mRNAs નું KEGG પાથવે સંવર્ધન વિશ્લેષણ |  વિભેદક રીતે વ્યક્ત mRNAs નું જીન ઓન્ટોલોજી (GO) વર્ગીકરણ |  DEcircRNA–DEmiRNA–DEmRNA ટ્રિપલ નેટવર્કનું દૃશ્ય |
સંદર્ભ
લિઆંગ વાય, ઝાંગ વાય, ઝુ એલ, એટ અલ.CircRNA અભિવ્યક્તિ પેટર્ન અને ceRNA અને miRNA–mRNA નેટવર્ક્સ બ્રાસિકા કેમ્પેસ્ટ્રીસ[J]ની CMS લાઇનમાં એન્થર ડેવલપમેન્ટમાં સામેલ છે.ઇન્ટરનેશનલ જર્નલ ઑફ મોલેક્યુલર સાયન્સ, 2019, 20(19):4808-.DOI: 10.3390/ijms20194808
