● Nanopore P48 (10Kb စာကြည့်တိုက်); PacBio Revio (8Kb စာကြည့်တိုက်)
● အမှားပြင်ဆင်ခြင်း- Illumina NovaSeq (PE150 စာကြည့်တိုက်)
●အရည်အသွေးမြင့် Metagenome စည်းဝေးပွဲ-ပိုမိုမြင့်မားသောအဆက်မပြတ်ရှိသော contigs နည်းပါးသောနှင့်အတူ။
●ပိုမိုတိကျမှု-မျိုးစိတ်ခွဲခြားခြင်းနှင့် လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇခန့်မှန်းခြင်း။
●တိုးတက်သောစည်းဝေးပွဲ: ဘက်တီးရီးယား ဂျီနိုမ် သီးခြားခွဲထုတ်ခြင်းနှင့် နှိုင်းယှဥ်ပြောင်းလဲခြင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို လွယ်ကူချောမွေ့စေခြင်း။
●ပြည့်စုံသော ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း-ကျွန်ုပ်တို့၏ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုသည် အခွန်စည်းကြပ်မှုဆိုင်ရာ ကွဲပြားမှုအပေါ်သာမက ရပ်ရွာ၏ လုပ်ငန်းဆောင်တာ ကွဲပြားမှုအပေါ်လည်း အာရုံစိုက်ပါသည်။
●ကျယ်ပြန့်သောအတွေ့အကြုံ: ကျွန်ုပ်တို့၏အဖွဲ့သည် သုတေသနနယ်ပယ်အသီးသီးရှိ metagenomics ပရောဂျက်များစွာကို အောင်မြင်စွာပိတ်သိမ်းကာ နမူနာပေါင်း 200,000 ကျော်ကို လုပ်ဆောင်ခြင်းဖြင့် ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ယူဆောင်လာပေးသည်၊ ကျွန်ုပ်တို့အဖွဲ့သည် ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ယူဆောင်လာပါသည်။
Sequencing platform | Sequencing ဗျူဟာ | ဒေတာအကြံပြုထားသည်။ |
Illumina NovaSeq | PE150 | 6 Gb |
Nanopor P48 | 10 kb | 6/10 Gb |
PacBio Revio | 8 kb | 10/20 Gb |
အာရုံစူးစိုက်မှု (ng/µL) | စုစုပေါင်းပမာဏ (µg) | ပမာဏ (µL) | |
Illumina PE150 စာကြည့်တိုက် | ≥1 | ≥0.03 | ≥20 |
Nanopore 10 kb စာကြည့်တိုက် | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
PacBio 8 kb စာကြည့်တိုက် | ≥50 | 10 µg/ဆဲလ် | ≥20 |
အောက်ပါ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပါဝင်သည်-
● ဒေတာအရည်အသွေး ထိန်းချုပ်မှုကို စီစစ်ခြင်း။
● Metagenome Assembly နှင့် Gene Prediction
● Gene မှတ်ချက်
● Taxonomic Alpha Diversity ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● အစုအဖွဲ့၏လုပ်ငန်းဆောင်တာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း- ဇီဝဆိုင်ရာလုပ်ဆောင်ချက်၊ ဇီဝဖြစ်စဉ်၊ ပဋိဇီဝဆေးယဉ်ပါးမှု
● Functional နှင့် Taxonomic Diversity နှစ်မျိုးလုံးကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း-
ဘီတာ ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
အုပ်စုအချင်းချင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
ဆက်စပ်မှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း- ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ပြင်ပဖွဲ့စည်းမှု နှင့် ကွဲပြားမှုကြား
မလိုအပ်သော မျိုးဗီဇအစုံ ဖြန့်ဖြူးမှု-
မျိုးရိုးဗီဇ မှတ်ချက်- KEGG လမ်းကြောင်း
မျိုးရိုးဗီဇ မှတ်ချက်- eggNOG
မျိုးရိုးဗီဇမှတ်ချက်- CAZY ဘိုဟိုက်ဒရိတ်
မျိုးစိတ်ဆက်နွယ်မှုကွန်ရက်-
BMKGene ၏ Nanopore + Illumina ဖြင့် ဤအသားပေးထုတ်ဝေမှုဖြင့် BMKGene ၏ metaagenomics sequencing ဝန်ဆောင်မှုမှ ပံ့ပိုးပေးထားသည့် တိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းလေ့လာပါ-
Jin, H. et al. (2023) 'အတွင်းမွန်ဂိုလီးယန်းလူမျိုးများ၏ အူတွင်းအဏုဇီဝအဏုဇီဝများ၏ အရည်အသွေးမြင့် ဂျီနိုမ်ပေါင်းစပ်မှု'၊ Nature Microbiology 2023 8:1၊ 8(1)၊ စ. 150–161။ doi: 10.1038/s41564-022-01270-1။