条形banner-၀၃

ထုတ်ကုန်များ

Metagenomic Sequencing-TGS

图片၆၇

metagenome ဆိုသည်မှာ ပတ်ဝန်းကျင်နှင့် လူသားတို့၏ ဇီဝမျိုးကွဲများကဲ့သို့ ရောနှောသော သက်ရှိအသိုင်းအဝိုင်း၏ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ အစုအဝေးတစ်ခုဖြစ်သည်။ ၎င်းတွင် စိုက်ပျိုး၍မရသော ဇီဝသက်ရှိများ နှင့် မျိုးရိုးဗီဇ နှစ်မျိုးလုံး ပါရှိသည်။ Metagenomic sequencing သည် ဂေဟဗေဒနမူနာများတွင် မြှုပ်ထားသော ဤရှုပ်ထွေးသော မျိုးရိုးဗီဇရှုခင်းများကို လေ့လာခြင်းအား အခွန်ဆိုင်ရာ ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်ခြင်းထက် ပိုမိုပံ့ပိုးပေးခြင်းဖြင့် ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ ၎င်းသည် ကုဒ်လုပ်ထားသော မျိုးဗီဇများနှင့် ပတ်ဝန်းကျင် လုပ်ငန်းစဉ်များတွင် ၎င်းတို့၏ အကျုံးဝင်သော အခန်းကဏ္ဍများကို ရှာဖွေခြင်းဖြင့် လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ ရှုထောင့်ကိုလည်း ပေးဆောင်ပါသည်။ Illumina sequencing နှင့် ရိုးရာသေနတ်ပစ်နည်းများကို ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလေ့လာမှုများတွင် တွင်ကျယ်စွာအသုံးပြုခဲ့သော်လည်း၊ Nanopore နှင့် PacBio long-read sequencing တို့သည် နယ်ပယ်ကို ပြောင်းလဲစေခဲ့သည်။ Nanopore နှင့် PacBio နည်းပညာသည် ရေစုန်အောက်ပိုင်း ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို မြှင့်တင်ပေးသည်၊ အထူးသဖြင့် ဇီဝမျိုးကွဲစုပေါင်းခြင်းအား ပိုမိုကောင်းမွန်စေပြီး စဉ်ဆက်မပြတ် စုဝေးမှုများကို ပိုမိုသေချာစေသည်။ Nanopore-based နှင့် PacBio-based metagenomics တို့သည် ရှုပ်ထွေးသော microbiomes များမှ ပြီးပြည့်စုံသော နှင့် ပိတ်ထားသော ဘက်တီးရီးယား ဂျီနိုမ်များကို အောင်မြင်စွာ ထုတ်လုပ်နိုင်ခဲ့ကြောင်း အစီရင်ခံစာများက ဖော်ပြသည် (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020)။ Nanopore reads များကို Illumina reads နှင့် ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် Nanopore ၏ မွေးရာပါ တိကျမှု နိမ့်ကျမှုကို လျော့ပါးသက်သာစေမည့် ဗျူဟာမြောက် ချဉ်းကပ်မှုတစ်ခု ဖြစ်သည် ။ ဤပေါင်းစပ်ပေါင်းစပ်မှုသည် စီတန်းခြင်းပလပ်ဖောင်းတစ်ခုစီ၏ အားသာချက်များကို အသုံးချပြီး ဖြစ်နိုင်ချေရှိသော ကန့်သတ်ချက်များကို ကျော်လွှားကာ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ တိကျမှုနှင့် ယုံကြည်စိတ်ချရမှုကို မြှင့်တင်ရန် ခိုင်မာသောအဖြေကို ပေးဆောင်သည်။

ပလပ်ဖောင်း- Nanopore PromethION 48၊ Illumia နှင့် PacBio Revio


ဝန်ဆောင်မှုအသေးစိတ်

ဇီဝအချက်အလက်

သရုပ်ပြရလဒ်များ

အထူးအသားပေးစာစောင်များ

ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ

● Nanopore P48 (10Kb စာကြည့်တိုက်); PacBio Revio (8Kb စာကြည့်တိုက်)

● အမှားပြင်ဆင်ခြင်း- Illumina NovaSeq (PE150 စာကြည့်တိုက်)

ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ

အရည်အသွေးမြင့် Metagenome စည်းဝေးပွဲ-ပိုမိုမြင့်မားသောအဆက်မပြတ်ရှိသော contigs နည်းပါးသောနှင့်အတူ။

ပိုမိုတိကျမှု-မျိုးစိတ်ခွဲခြားခြင်းနှင့် လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇခန့်မှန်းခြင်း။

တိုးတက်သောစည်းဝေးပွဲ: ဘက်တီးရီးယား ဂျီနိုမ် သီးခြားခွဲထုတ်ခြင်းနှင့် နှိုင်းယှဥ်ပြောင်းလဲခြင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို လွယ်ကူချောမွေ့စေခြင်း။

ပြည့်စုံသော ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း-ကျွန်ုပ်တို့၏ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုသည် အခွန်စည်းကြပ်မှုဆိုင်ရာ ကွဲပြားမှုအပေါ်သာမက ရပ်ရွာ၏ လုပ်ငန်းဆောင်တာ ကွဲပြားမှုအပေါ်လည်း အာရုံစိုက်ပါသည်။

ကျယ်ပြန့်သောအတွေ့အကြုံ: ကျွန်ုပ်တို့၏အဖွဲ့သည် သုတေသနနယ်ပယ်အသီးသီးရှိ metagenomics ပရောဂျက်များစွာကို အောင်မြင်စွာပိတ်သိမ်းကာ နမူနာပေါင်း 200,000 ကျော်ကို လုပ်ဆောင်ခြင်းဖြင့် ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ယူဆောင်လာပေးသည်၊ ကျွန်ုပ်တို့အဖွဲ့သည် ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ယူဆောင်လာပါသည်။

ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ

Sequencing platform

Sequencing ဗျူဟာ

ဒေတာအကြံပြုထားသည်။

Illumina NovaSeq

PE150

6 Gb

Nanopor P48

10 kb

6/10 Gb

PacBio Revio

8 kb

10/20 Gb

နမူနာလိုအပ်ချက်များ

 

အာရုံစူးစိုက်မှု (ng/µL)

စုစုပေါင်းပမာဏ (µg)

ပမာဏ (µL)

Illumina PE150 စာကြည့်တိုက်

≥1

≥0.03

≥20

Nanopore 10 kb စာကြည့်တိုက်

≥40

≥2

≥20

PacBio 8 kb စာကြည့်တိုက်

≥50

10 µg/ဆဲလ် ≥20

Service Work Flow

နမူနာပေးပို့ခြင်း။

နမူနာပေးပို့ခြင်း။

စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်ခြင်း။

စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး

Sequencing

Sequencing

ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ

ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ


  • ယခင်-
  • နောက်တစ်ခု:

  • 流程图贝贝第三版-၀၂

    အောက်ပါ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပါဝင်သည်-

    ● ဒေတာအရည်အသွေး ထိန်းချုပ်မှုကို စီစစ်ခြင်း။

    ● Metagenome Assembly နှင့် Gene Prediction

    ● Gene မှတ်ချက်

    ● Taxonomic Alpha Diversity ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။

    ● အစုအဖွဲ့၏လုပ်ငန်းဆောင်တာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း- ဇီဝဆိုင်ရာလုပ်ဆောင်ချက်၊ ဇီဝဖြစ်စဉ်၊ ပဋိဇီဝဆေးယဉ်ပါးမှု

    ● Functional နှင့် Taxonomic Diversity နှစ်မျိုးလုံးကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း-

    ဘီတာ ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။

    အုပ်စုအချင်းချင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။

    ဆက်စပ်မှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း- ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ပြင်ပဖွဲ့စည်းမှု နှင့် ကွဲပြားမှုကြား

    မလိုအပ်သော မျိုးဗီဇအစုံ ဖြန့်ဖြူးမှု-

    图片၆၈ 

    မျိုးရိုးဗီဇ မှတ်ချက်- KEGG လမ်းကြောင်း

    图片၆၉ 

    မျိုးရိုးဗီဇ မှတ်ချက်- eggNOG

     图片70

     

    မျိုးရိုးဗီဇမှတ်ချက်- CAZY ဘိုဟိုက်ဒရိတ်

     图片၇၁

    မျိုးစိတ်ဆက်နွယ်မှုကွန်ရက်-

     图片၇၂

    BMKGene ၏ Nanopore + Illumina ဖြင့် ဤအသားပေးထုတ်ဝေမှုဖြင့် BMKGene ၏ metaagenomics sequencing ဝန်ဆောင်မှုမှ ပံ့ပိုးပေးထားသည့် တိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းလေ့လာပါ-

    Jin, H. et al. (2023) 'အတွင်းမွန်ဂိုလီးယန်းလူမျိုးများ၏ အူတွင်းအဏုဇီဝအဏုဇီဝများ၏ အရည်အသွေးမြင့် ဂျီနိုမ်ပေါင်းစပ်မှု'၊ Nature Microbiology 2023 8:1၊ 8(1)၊ စ. 150–161။ doi: 10.1038/s41564-022-01270-1။

    ကိုးကားရယူပါ။

    သင့်စာကို ဤနေရာတွင် ရေးပြီး ကျွန်ုပ်တို့ထံ ပေးပို့ပါ။

    သင့်ထံ မက်ဆေ့ချ်ပို့ပါ-