အပူပေးမြေပုံ
Heatmap tool သည် matrix data file ကို input အဖြစ်လက်ခံပြီး အသုံးပြုသူများအား data များကို filter လုပ်ခြင်း၊ normalize လုပ်ခြင်းနှင့် cluster လုပ်ခြင်းတို့ကို ပြုလုပ်နိုင်စေပါသည်။ heatmap များအတွက် အဓိကအသုံးပြုမှုကိစ္စမှာ မတူညီသောနမူနာများအကြား gene expression level ၏ cluster analysis ဖြစ်သည်။
မျိုးဗီဇမှတ်ချက်
Gene Annotation tool သည် input FASTA ဖိုင်များ၏ sequence alignment ကိုအခြေခံ၍ gene annotation ကို လုပ်ဆောင်သည်။
အခြေခံ ဒေသတွင်း ချိန်ညှိမှု ရှာဖွေရေးကိရိယာ (BLAST)
BLAST ကိရိယာသည် NCBI BLAST ၏ BMKCloud ပေါင်းစပ်ဗားရှင်းတစ်ခုဖြစ်ပြီး BMKCloud အကောင့်သို့ အပ်လုဒ်လုပ်ထားသောဒေတာကို အသုံးပြု၍ တူညီသောလုပ်ဆောင်ချက်များကို လုပ်ဆောင်ရန် အသုံးပြုနိုင်သည်။
CDS_UTR ခန့်မှန်းချက်
CDS_UTR ခန့်မှန်းကိရိယာကို BLAST ရလဒ်များကို သိရှိထားသော ပရိုတင်းဒေတာဘေ့စ်များနှင့် ORF ခန့်မှန်းချက်ရလဒ်များနှင့် နှိုင်းယှဉ်၍ ပေးထားသော transcript sequence များတွင် coding regions (CDS) နှင့် non-coding regions (UTR) များကို ခန့်မှန်းရန် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။
မန်ဟက်တန် မြေကွက်
Manhattan Plot tool သည် နမူနာမြင့်မားသော စမ်းသပ်ချက်များကို ပြသနိုင်စေပြီး genome-wide association studies (GWAS) တွင် အသုံးများသည်။
ဆာကော့စ်ပုံကြမ်း
CIRCOS Diagram tool သည် genomic feature များ မည်သို့ဖြန့်ဝေသည်ကို ထိရောက်စွာ မြင်ယောင်နိုင်စေပါသည်။ အဖြစ်များသော feature များတွင် quantitative loci၊ SNP များ၊ InDels၊ structural နှင့် copy number variants များ ပါဝင်သည်။
မျိုးရိုးဗီဇ ဆက်စပ်မှု (GO) ကြွယ်ဝစေခြင်း
GO Enrichment tool သည် functional enrichment analysis ကို ပေးပါသည်။ ဤ tool ရှိ အဓိက software မှာ TopGO-Bioconductor package ဖြစ်ပြီး ၎င်းတွင် differential expression analysis၊ GO enrichment analysis နှင့် ရလဒ်များကို visualization လုပ်ခြင်းတို့ ပါဝင်သည်။
အလေးချိန်ရှိသော မျိုးဗီဇ ပူးတွဲဖော်ပြမှု ကွန်ရက် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း (WGCNA)
WGCNA သည် မျိုးဗီဇပူးတွဲဖော်ပြမှု မော်ဂျူးများကို ရှာဖွေတွေ့ရှိရန်အတွက် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်အသုံးပြုသည့် အချက်အလက်တူးဖော်ခြင်းနည်းလမ်းတစ်ခုဖြစ်သည်။ ၎င်းသည် microarray နှင့် NGS မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုဒေတာအပါအဝင် အမျိုးမျိုးသော ဖော်ပြမှုဒေတာစုများအတွက် အသုံးချနိုင်သည်။
အင်တာပရိုစကန်
InterProScan ကိရိယာသည် InterPro ပရိုတင်း အစီအစဥ် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် အမျိုးအစားခွဲခြားခြင်းတို့ကို ပေးပါသည်။
GO KEGG အာဟာရဖြည့်တင်းခြင်း
GO KEGG Enrichment tool သည် ပေးထားသော gene set နှင့် သက်ဆိုင်ရာ annotation ကို အခြေခံ၍ GO enrichment histogram၊ KEGG enrichment histogram နှင့် KEGG enrichment pathway ကို ထုတ်လုပ်ရန် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။
