-
PacBio-အရှည် 16S/18S/ITS အမ်ပလီကွန် စီစစ်ခြင်း
Amplicon (16S/18S/ITS) ပလပ်ဖောင်းသည် စံပြုအခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုပါ၀င်သည့် အဏုဇီဝကွဲပြားမှုဆိုင်ရာ ပရောဂျက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် အတွေ့အကြုံနှစ်ပေါင်းများစွာဖြင့် တီထွင်ထားခြင်းဖြစ်သည်- အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် လက်ရှိအဏုဇီဝသုတေသန၏ ပင်မခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအကြောင်းအရာကို အကျုံးဝင်သည်၊ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအကြောင်းအရာသည် ကြွယ်ဝပြီး ပြည့်စုံသည်၊ နှင့် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုရလဒ်များကို စီမံကိန်းအစီရင်ခံစာပုံစံဖြင့် တင်ပြပါသည်။ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ အကြောင်းအရာသည် ကွဲပြားသည်။နမူနာများကို ရွေးချယ်နိုင်ပြီး ကန့်သတ်ချက်များကို အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်အစီရင်ခံစာနှင့် သုတေသနရည်ရွယ်ချက်အရ၊ ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်လိုအပ်ချက်များကို သိရှိနိုင်ရန် ဘောင်များကို လိုက်လျောညီထွေဖြစ်စေနိုင်သည်။Windows လည်ပတ်မှုစနစ်သည် ရိုးရှင်းပြီး မြန်ဆန်သည်။
-
PacBio-အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်း (အကိုးအကားမဟုတ်)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing data ကို ထည့်သွင်းခြင်းဖြင့်၊ ဤအက်ပ်သည် အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်းများ (စုပေါင်းခြင်းမရှိဘဲ) ကို ရှာဖွေဖော်ထုတ်နိုင်သည်။ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်နှင့် ပတ်သက်သည့် အစအဆုံး အစီအစဥ်များကို ပုံဖော်ခြင်းဖြင့်၊ မှတ်သားထားသော ဗီဇများ၊ စာသားမှတ်တမ်းများ၊ ကုဒ်နံပါတ်များ စသည်တို့ဖြင့် အကောင်းဆုံးဖြစ်အောင် ပြုလုပ်နိုင်ပါသည်။ ဤကိစ္စတွင်၊ အစားထိုးဆက်ကပ်ခြင်းကဲ့သို့သော mRNA ဖွဲ့စည်းပုံများကို ပိုမိုတိကျစွာ ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း စသည်တို့ကို အောင်မြင်နိုင်ပါသည်။NGS စာသားမှတ်တမ်း စီစစ်ခြင်းဒေတာနှင့်အတူ ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် ရေစုန်းခြားနားသောအသုံးအနှုန်းနှင့် လုပ်ငန်းဆိုင်ရာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ဖော်ပြချက်တွင် ပိုမိုပြည့်စုံသောမှတ်ချက်များနှင့် ပိုမိုတိကျသောအရေအတွက်ကို ထုတ်ပေးပါသည်။
-
ကိရိယာအစုံ
BMKCloud သည် ဆေး၊ စိုက်ပျိုးရေး၊ သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်စသည်ဖြင့် နယ်ပယ်အသီးသီးရှိ သုတေသီများက ကျယ်ပြန့်စွာ ယုံကြည်လက်ခံထားသည့် မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ ပရိုဂရမ်များအတွက် တစ်ခုတည်းသော ရပ်တန့်ဖြေရှင်းချက်ပေးသည့် ထိပ်တန်း bioinformatic platform တစ်ခုဖြစ်သည်။ BMKCloud သည် bioinformatic analysis platforms နှင့် tools များအပါအဝင် ပေါင်းစည်းထားသော၊ ယုံကြည်စိတ်ချရပြီး ထိရောက်သော ဝန်ဆောင်မှုများကို ပံ့ပိုးပေးရန် ကတိပြုပါသည်။ ၊ ကွန်ပြူတာအရင်းအမြစ်များ၊ အများသူငှာဒေတာဘေ့စ၊ ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာအွန်လိုင်းသင်တန်းများစသည်ဖြင့် BMKCloud တွင် မကြာခဏအသုံးပြုလေ့ရှိသော bioinformatic tools များပါရှိသည် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း စသည်တို့
-
RNA အသေး
သေးငယ်သော RNA များသည် miRNA၊ siRNA နှင့် piRNA အပါအဝင် ပျမ်းမျှအရှည် 18-30 nt ရှိသော အတိုကောက်မဟုတ်သော RNA အမျိုးအစားဖြစ်သည်။ဤသေးငယ်သော RNA များသည် mRNA ပျက်စီးခြင်း၊ ဘာသာပြန်ခြင်းကို ဟန့်တားခြင်း၊ heterochromatin ဖွဲ့စည်းခြင်းစသည်ဖြင့် အမျိုးမျိုးသော ဇီဝဖြစ်စဉ်များတွင် ကြီးမားစွာပါဝင်ပတ်သက်ကြောင်း အစီရင်ခံထားသည်။ SmallRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကို တိရစ္ဆာန်/အပင်ဖွံ့ဖြိုးမှု၊ ရောဂါ၊ ဗိုင်းရပ်စ်စသည်ဖြင့် လေ့လာမှုများတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် အသုံးချခဲ့သည်။ RNA အသေးစား၊ sequencing analysis platform တွင် စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် အဆင့်မြင့်ဒေတာတူးဖော်ခြင်း ပါဝင်သည်။RNA-seq ဒေတာကို အခြေခံ၍ စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် miRNA ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် ခန့်မှန်းခြင်း၊ miRNA ပစ်မှတ်မျိုးရိုးဗီဇခန့်မှန်းခြင်း၊ မှတ်ချက်ပေးခြင်းနှင့် စကားအသုံးအနှုန်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းတို့ကို ရရှိနိုင်သည်။အဆင့်မြင့်ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်သည် စိတ်ကြိုက် miRNA ရှာဖွေခြင်းနှင့် ထုတ်ယူခြင်း၊ Venn ပုံကြမ်းထုတ်လုပ်ခြင်း၊ miRNA နှင့် ပစ်မှတ်မျိုးရိုးဗီဇကွန်ရက်တည်ဆောက်ခြင်းတို့ကို လုပ်ဆောင်ပေးပါသည်။
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS သည် Biomarker Technologies တွင် ကြွယ်ဝသော အတွေ့အကြုံများကို အခြေခံ၍ တီထွင်ထားသည့် ဂျီနိုမ်ပြန်လည် စီစစ်ခြင်းဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလတ်ဖောင်းတစ်ခုလုံးဖြစ်သည်။ဤအသုံးပြုရလွယ်ကူသောပလပ်ဖောင်းသည် Illumina ပလပ်ဖောင်းနှင့် BGI စီစစ်ခြင်းပလပ်ဖောင်းနှစ်ခုလုံးမှထုတ်ပေးသော DNA စီစစ်ခြင်းဒေတာအတွက် ကိုက်ညီသည့် အခြေခံဘောင်အနည်းငယ်ကို သတ်မှတ်ခြင်းဖြင့် ပေါင်းစပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုလုပ်ငန်းအသွားအလာကို အမြန်တင်ပြနိုင်စေပါသည်။ဤပလပ်ဖောင်းကို အချိန်အကန့်အသတ်အတွင်း အလွန်ထိရောက်သော ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို အားကောင်းစေသည့် စွမ်းဆောင်ရည်မြင့် ကွန်ပျူတာဆာဗာတွင် အသုံးပြုထားသည်။မျိုးရိုးဗီဇမေးမြန်းမှု၊ PCR primer ဒီဇိုင်းစသည်တို့အပါအဝင် စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအပေါ် အခြေခံ၍ ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့် ဒေတာတူးဖော်ခြင်းကို ရနိုင်ပါသည်။
-
mRNA(ကိုးကား)
Transcriptome သည် မျိုးရိုးဗီဇအချက်အလက်နှင့် ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလုပ်ဆောင်မှု၏ proteome အကြားချိတ်ဆက်မှုဖြစ်သည်။ကူးယူဖော်ပြမှုအဆင့် စည်းမျဉ်းသည် အရေးကြီးဆုံးနှင့် သက်ရှိများ၏ အကျယ်ပြန့်ဆုံး လေ့လာထားသော စည်းမျဉ်းပုံစံဖြစ်သည်။စာသားမှတ်တမ်းများ စီစစ်ခြင်းသည် အချိန်အခါ သို့မဟုတ် အခြေအနေတစ်ရပ်ရပ်တွင် တိကျပြတ်သားသော တိကျပြတ်သားမှုတစ်ခုဖြင့် စာသားမှတ်တမ်းကို စီစဥ်နိုင်သည်။ ၎င်းသည် မျိုးရိုးဗီဇမှတ်တမ်း၏အဆင့်ကို ဒိုင်းနမစ်ရောင်ပြန်ဟပ်နိုင်ပြီး ရှားပါးပြီး ပုံမှန်စာသားမှတ်တမ်းများကို တစ်ပြိုင်နက်တည်း ခွဲခြားသတ်မှတ်ကာ ဖွဲ့စည်းတည်ဆောက်ပုံဆိုင်ရာ အချက်အလက်များကို ပံ့ပိုးပေးသည်။ နမူနာ သီးသန့် မှတ်တမ်းများ။
လက်ရှိတွင်၊ တိရိစ္ဆာန်နှင့် အပင်ဖွံ့ဖြိုးမှုဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်း၊ ပတ်ဝန်းကျင်လိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင်၊ ကိုယ်ခံအားဆိုင်ရာ အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှု၊ မျိုးရိုးဗီဇဒေသသတ်မှတ်မှု၊ မျိုးရိုးဗီဇဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် အကျိတ်နှင့် မျိုးရိုးဗီဇရောဂါရှာဖွေခြင်းအပါအဝင် အခြားသုတေသနနယ်ပယ်များတွင် မှတ်တမ်းတင်ခြင်းနည်းပညာကို ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်အသုံးပြုခဲ့သည်။
-
Metagenomics (NGS)
ဤခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုပလပ်ဖောင်းသည် အတွေ့အကြုံနှစ်ပေါင်းများစွာကို အခြေခံ၍ သေနတ်ပစ်ဂွန်၏ မက်ဂနို ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။၎င်းတွင် ဒေတာလုပ်ဆောင်ခြင်း၊ မျိုးစိတ်အဆင့်လေ့လာမှုများ၊ ဗီဇလုပ်ဆောင်မှုအဆင့်လေ့လာမှုများ၊ metagenome binning စသည်တို့အပါအဝင် အများအားဖြင့် လိုအပ်သော ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအမျိုးမျိုးပါဝင်သော ပေါင်းစပ်လုပ်ငန်းအသွားအလာတွင် ပါဝင်ပါသည်။ ထို့အပြင်၊ မျိုးရိုးဗီဇနှင့် မျိုးစိတ်ဆိုင်ရာ မေးမြန်းမှုအပါအဝင် စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုဆိုင်ရာ လုပ်ငန်းစဉ်များတွင် ရရှိနိုင်ပါသည်။ ကန့်သတ်ချက် ဆက်တင်၊ စိတ်ကြိုက် ပုံထုတ်ပေးခြင်း စသည်
-
LncRNA
ရှည်လျားသော coding မဟုတ်သော RNAs (lncRNA) သည် ပရိုတင်းများကို ကုဒ်လုပ်၍မရသော အရှည် 200 nt ထက် ပိုရှည်သော စာသားမှတ်တမ်းများဖြစ်သည်။စုဆောင်းအထောက်အထားများအရ lncRNAs အများစုသည် လုပ်ဆောင်နိုင်ဖွယ်ရှိကြောင်း သက်သေပြနေသည်။မြင့်မားသောဆင့်ကဲဆင့်ကဲနည်းပညာများနှင့် ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကိရိယာများသည် lncRNA အတွဲလိုက်များနှင့် သတင်းအချက်အလက်များကို ပိုမိုထိရောက်စွာဖော်ထုတ်နိုင်စေရန်နှင့် အရေးကြီးသောစည်းမျဉ်းဆိုင်ရာလုပ်ဆောင်ချက်များဖြင့် lncRNA များကို ရှာဖွေတွေ့ရှိရန် ကျွန်ုပ်တို့အား ပို့ဆောင်ပေးပါသည်။BMKCloud သည် ကျွန်ုပ်တို့၏ဖောက်သည်များအား lncRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလပ်ဖောင်းကို မြန်ဆန်စွာ၊ ယုံကြည်စိတ်ချရပြီး လိုက်လျောညီထွေရှိသော lncRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို ရရှိရန်အတွက် ဂုဏ်ယူပါသည်။
-
GWAS
မျိုးရိုးဗီဇကျယ်ပြန့်သောအသင်းအဖွဲ့လေ့လာမှု (GWAS) သည် တိကျသောလက္ခဏာများ (phenotype) နှင့်ဆက်စပ်နေသော မျိုးရိုးဗီဇမျိုးကွဲများ (genotype) ကို ဖော်ထုတ်ရန် ရည်ရွယ်သည်။GWA လေ့လာမှုများသည် လူအများအပြား၏ ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ဖြတ်ကျော်ကာ မျိုးရိုးဗီဇအမှတ်အသားများကို စုံစမ်းပြီး လူဦးရေအဆင့်တွင် စာရင်းအင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် genotype-phenotype ဆက်စပ်မှုများကို ခန့်မှန်းပေးသည်။ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ပြန်ဆက်ခြင်းသည် မျိုးရိုးဗီဇမျိုးကွဲအားလုံးကို ရှာဖွေတွေ့ရှိနိုင်ချေရှိသည်။phenotypic data နှင့် ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့်၊ GWAS သည် ခေတ်မီတိရိစ္ဆာန်/အပင်များ မွေးမြူခြင်းကို ခိုင်ခိုင်မာမာ ကျောထောက်နောက်ခံပေးသည့် ဖီနိုအမျိုးအစား ဆက်စပ်သော SNPs၊ QTLs နှင့် ကိုယ်စားလှယ် genes များကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် လုပ်ဆောင်နိုင်သည်။SLAF သည် ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော ဖြန့်ဝေမှုအမှတ်အသားများ၊ SNP ကို ရှာဖွေတွေ့ရှိသည့် ရိုးရှင်းသော ဂျီနိုမ် စီစစ်ခြင်းဗျူဟာတစ်ခုဖြစ်သည်။ဤ SNPs များကို မော်လီကျူးမျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားများအဖြစ် ပစ်မှတ်ထားသော စရိုက်လက္ခဏာများနှင့် ဆက်စပ်လေ့လာမှုများအတွက် လုပ်ဆောင်နိုင်ပါသည်။၎င်းသည် မျိုးရိုးဗီဇ ကွဲပြားမှုများနှင့် ဆက်စပ်နေသော ရှုပ်ထွေးသော စရိုက်လက္ခဏာများကို ဖော်ထုတ်ရာတွင် စရိတ်သက်သာသော နည်းဗျူဟာတစ်ခုဖြစ်သည်။
-
Nanopore အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်း
သက်ရှိများတွင် ရှုပ်ထွေးပြီး ပြောင်းလဲနိုင်သော အခြား isoforms များသည် မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် ပရိုတင်းကွဲပြားမှုကို ထိန်းညှိရန်အတွက် အရေးကြီးသော မျိုးဗီဇယန္တရားများဖြစ်သည်။စာသားမှတ်တမ်းဖွဲ့စည်းပုံများကို တိကျစွာဖော်ထုတ်ခြင်းသည် မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြခြင်းဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်းပုံစံများကို အတွင်းကျကျလေ့လာမှုအတွက် အခြေခံဖြစ်သည်။Nanopore sequencing platform သည် transcriptomic study ကို isoform-level သို့ အောင်မြင်စွာ ယူဆောင်လာခဲ့ပါသည်။ဤခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုပလပ်ဖောင်းသည် ဗီဇအဆင့်နှင့် စာသားမှတ်တမ်းအဆင့်နှစ်ခုစလုံးတွင် အရည်အသွေးနှင့် အရေအတွက်ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာမှုကို ရရှိသည့် ကိုးကားဂျီနိုမ်အခြေခံပေါ်အခြေခံ၍ Nanopore ပလပ်ဖောင်းပေါ်တွင် ထုတ်လုပ်သည့် RNA-Seq ဒေတာကို ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာရန် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။
-
circ-RNA
Circular RNA(circRNA) သည် မကြာသေးမီက တွေ့ရှိခဲ့သော ကုဒ်မဟုတ်သော RNA အမျိုးအစားတစ်ခုဖြစ်ပြီး၊ ဖွံ့ဖြိုးဆဲ၊ ပတ်ဝန်းကျင် ခုခံမှုစသဖြင့် ပါဝင်သည့် စည်းကမ်းကွန်ရက်များတွင် အရေးပါသော အခန်းကဏ္ဍမှ ပါဝင်နေပါသည်။ linear RNA မော်လီကျူးများ ဥပမာ mRNA၊ lncRNA၊ 3′ နှင့် 5′ တို့နှင့် ကွဲပြားပါသည်။ circRNA ၏ အဆုံးပိုင်းများသည် exonuclease ၏ အစာခြေခြင်းမှ ကယ်တင်ပြီး linear RNA အများစုထက် ပိုမိုတည်ငြိမ်သော စက်ဝိုင်းပုံသဏ္ဍာန်တစ်ခုအဖြစ် ပေါင်းစပ်ထားသည်။CircRNA သည် မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုကို ထိန်းညှိရာတွင် ကွဲပြားသောလုပ်ဆောင်ချက်များရှိကြောင်း တွေ့ရှိခဲ့သည်။CircRNA သည် miRNA sponge ဟုခေါ်သော miRNA ကို အပြိုင်အဆိုင် ချိတ်ဆက်ပေးသော ceRNA အဖြစ် လုပ်ဆောင်နိုင်သည်။CircRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလပ်ဖောင်းသည် circRNA ဖွဲ့စည်းပုံနှင့် ထုတ်ဖော်ပြောဆိုမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ ပစ်မှတ်ခန့်မှန်းခြင်းနှင့် အခြား RNA မော်လီကျူးအမျိုးအစားများနှင့် ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို အားကောင်းစေသည်။
-
BSA
Bulked Segregant ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလပ်ဖောင်းတွင် စိတ်ကြိုက် ကန့်သတ်ဘောင်ဆက်တင်ဖြင့် အဆင့်တစ်ဆင့် စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုနှင့် အဆင့်မြင့် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများ ပါဝင်ပါသည်။BSA သည် phenotype နှင့်ဆက်စပ်သော မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားများကို အမြန်ဖော်ထုတ်ရန် အသုံးပြုသည့် နည်းပညာတစ်ခုဖြစ်သည်။BSA ၏ အဓိကလုပ်ငန်းအသွားအလာတွင်- 1. အလွန်ဆန့်ကျင်ဘက်ဖြစ်သော ဖီနိုအမျိုးအစားများပါရှိသော လူအုပ်စုနှစ်ခုကို ရွေးချယ်ခြင်း၊2. လူတစ်ဦးချင်းစီ၏ DNA၊ RNA သို့မဟုတ် SLAF-seq (Biomarker မှ တီထွင်ထားသည့်) DNA အစုအဝေးနှစ်ခုကို ဖွဲ့စည်းရန်၊3. ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ် သို့မဟုတ် အကြားရှိ ကွဲပြားသော sequence များကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း 4. ED နှင့် SNP-index algorithm ဖြင့် ကိုယ်စားလှယ်လောင်းချိတ်ဆက်ထားသော ဒေသများကို ခန့်မှန်းခြင်း၊5. ယှဉ်ပြိုင်သည့်ဒေသများရှိ မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ လုပ်ဆောင်ချက်ဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် ကြွယ်ဝစေခြင်း စသည်တို့။ မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားပြုလုပ်ခြင်း နှင့် primer ဒီဇိုင်း အပါအဝင် အချက်အလက်များတွင် ပိုမိုအဆင့်မြင့်သော တူးဖော်မှုများကိုလည်း ရရှိနိုင်ပါသည်။
