-
Genome-wide အသင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
မျိုးရိုးဗီဇကျယ်ပြန့်သောအသင်းအဖွဲ့လေ့လာမှု (GWAS) သည် တိကျသောလက္ခဏာများ (phenotype) နှင့်ဆက်စပ်နေသော မျိုးရိုးဗီဇမျိုးကွဲများ (genotype) ကို ဖော်ထုတ်ရန် ရည်ရွယ်သည်။GWAS လေ့လာမှုသည် လူတစ်ဦးချင်းစီ၏ ဂျီနိုအာတစ်ခုလုံး၏ မျိုးရိုးဗီဇအမှတ်အသားများကို စုံစမ်းစစ်ဆေးပြီး လူဦးရေအဆင့်တွင် စာရင်းအင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် genotype-phenotype ဆက်စပ်မှုများကို ခန့်မှန်းပေးသည်။တိရစ္ဆာန် သို့မဟုတ် အပင်များ၏ ရှုပ်ထွေးသော စရိုက်လက္ခဏာများဆိုင်ရာ ဗီဇတူးဖော်ခြင်းနှင့် လူသားရောဂါများဆိုင်ရာ သုတေသနတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် အသုံးချခဲ့သည်။
-
Single- nucleus RNA Sequencing
ဆဲလ်တစ်ခုတည်း ဖမ်းယူခြင်းနှင့် တစ်ဦးချင်း စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်မှုနည်းပညာတွင် မြင့်မားသော ဆင့်ကဲဆင့်ကဲမှုဖြင့် ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် ဗီဇဖော်ပြမှုကို ဆဲလ်တစ်ခုချင်းအလိုက် ဆဲလ်အလိုက် လေ့လာမှုများကို ခွင့်ပြုသည်။၎င်းသည် ဆဲလ်အားလုံး၏ ပျမ်းမျှအားယူခြင်းဖြင့် ၎င်းတို့၏ မျိုးရိုးဗီဇကို ဖုံးကွယ်ထားခြင်းကို ရှောင်ရှားနိုင်စေမည့် ရှုပ်ထွေးသောဆဲလ်လူဦးရေအပေါ် ပိုမိုနက်နဲပြီး ပြီးပြည့်စုံသော စနစ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို လုပ်ဆောင်နိုင်စေပါသည်။
သို့သော်လည်း အချို့သောဆဲလ်များသည် ဆဲလ်တစ်ခုတည်း ဆိုင်းငံ့ခြင်းအဖြစ် ပြုလုပ်ရန် မသင့်လျော်သောကြောင့် အခြားနမူနာပြင်ဆင်မှုနည်းလမ်းများ - တစ်ရှူးများမှ နျူကလိယကို ထုတ်ယူရန် လိုအပ်သည်၊ ဆိုလိုသည်မှာ နျူကလိယအား တစ်ရှူးများ သို့မဟုတ် ဆဲလ်များမှ တိုက်ရိုက်ထုတ်ယူပြီး single-nucleus suspension အဖြစ် ပြင်ဆင်သည်။ ဆဲလ် စီစစ်ခြင်း။
BMK သည် 10× Genomics ChromiumTM အခြေပြု ဆဲလ်တစ်ခုတည်း RNA စီစစ်ခြင်းဝန်ဆောင်မှုကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ဤဝန်ဆောင်မှုကို ခုခံအားဆဲလ်များ ကွဲပြားခြင်း၊ အကျိတ်များ ကွဲပြားခြင်း၊ တစ်သျှူးများ ဖွံ့ဖြိုးခြင်းစသည့် ရောဂါဆိုင်ရာ လေ့လာမှုများတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် အသုံးပြုခဲ့သည်။
Spatial transcriptome ချစ်ပ်- 10× Genomics
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq 6000
-
အပင်/တိရိစ္ဆာန်တစ်ခုလုံး ဂျီနိုမ် စီစစ်ခြင်း။
WGS ဟုလည်းသိကြသော မျိုးရိုးဗီဇတစ်ခုလုံးကို ပြန်လည်စီစစ်ခြင်းဖြင့် Single Nucleotide Polymorphism (SNP)၊ ထည့်သွင်းမှုဖျက်ခြင်း (InDel)၊ ဖွဲ့စည်းတည်ဆောက်ပုံကွဲလွဲမှု (SV) နှင့် ကော်ပီနံပါတ်ပြောင်းခြင်း (CNV) အပါအဝင် ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးတွင် ဘုံနှင့်ရှားပါးသော ဗီဇပြောင်းလဲမှုနှစ်ခုလုံးကို ဖော်ထုတ်နိုင်စေပါသည်။ )SV များသည် SNPs များထက် ကွဲလွဲမှုအခြေခံ၏ ပိုကြီးမားသော အစိတ်အပိုင်းတစ်ခုအဖြစ် ဖွဲ့စည်းထားပြီး သက်ရှိသက်ရှိများအပေါ် သိသာထင်ရှားသောအကျိုးသက်ရောက်မှုရှိသည့် ဂျီနိုမ်အပေါ် သက်ရောက်မှုရှိသည်။Long-read resequencing သည် ကြီးမားသောအပိုင်းအစများနှင့် ရှုပ်ထွေးသောပုံစံများကို ပိုမိုတိကျစွာခွဲခြားသတ်မှတ်နိုင်စေသောကြောင့် ရှည်လျားသောဖတ်ရှုမှုများသည် tandem ထပ်ကျော့မှုများ၊ GC/AT-ကြွယ်ဝသောဒေသများနှင့် hyper-variable ဒေသများကဲ့သို့သော ရှုပ်ထွေးသောခရိုမိုဆုန်းများကိုဖြတ်ကျော်ရန် ပိုမိုလွယ်ကူစေသောကြောင့်ဖြစ်သည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina၊ PacBio၊ Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial စာသားမှတ်တမ်း
ဆဲလ်များ၏ spatial အဖွဲ့အစည်းသည် ခုခံအားဝင်ရောက်မှု၊ သန္ဓေသားဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုစသည်ဖြင့် အမျိုးမျိုးသော ဇီဝဖြစ်စဉ်များတွင် အရေးပါသောအခန်းကဏ္ဍမှ ပါဝင်ပါသည်။ Spatial transcriptome sequencing၊ spatial transcriptome sequencing၊ spatial position ၏ အချက်အလက်ကို ထိန်းသိမ်းထားစဉ်တွင် မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ပရိုဖိုင်းကို ညွှန်ပြခြင်းသည် transcriptome-level တစ်ရှူးဗိသုကာဆိုင်ရာ သိမြင်နားလည်မှုများကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။နည်းပညာဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်လာသည်နှင့်အမျှ၊ အလွန်ရှင်းလင်းသောတစ်ရှူးရုပ်ပုံသဏ္ဌာန်နှင့် spatial molecular expression တို့၏ တကယ့်ဖွဲ့စည်းပုံဆိုင်ရာ ခြားနားချက်ကို ပိုမိုကြည်လင်ပြတ်သားစွာဖြင့် လေ့လာရန် လိုအပ်ပါသည်။BMKGENE သည် နမူနာများမှ ဇီဝဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုအထိ ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် တစ်နေရာတည်းတွင် မှတ်တမ်းတင်ခြင်းဆိုင်ရာ ဝန်ဆောင်မှုကို ပေးပါသည်။
Spatial transcriptomics နည်းပညာများသည် ကွဲပြားသောနမူနာများတွင် မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုပရိုဖိုင်ကို ကွဲပြားသောနမူနာများတွင် ကွဲပြားသောအကြောင်းအရာများဖြင့် ဖြေရှင်းခြင်းဖြင့် မတူကွဲပြားသော သုတေသနနယ်ပယ်တွင် ဆန်းသစ်သောအမြင်များကို အားကောင်းစေပါသည်။
Spatial စာသားမှတ်တမ်း ချစ်ပ်- BMKMANU S1000
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial စာသားမှတ်တမ်း
Visium Spatial Gene Expression သည် mRNA အားလုံးကို အခြေခံ၍ တစ်သျှူးများကို အမျိုးအစားခွဲရန်အတွက် ပင်မ spatial transcriptome sequencing နည်းပညာတစ်ခုဖြစ်သည်။ပုံမှန်ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု၊ ရောဂါဗေဒနှင့် လက်တွေ့ဘာသာပြန်သုတေသနပြုခြင်းဆိုင်ရာ ဆန်းသစ်သောထိုးထွင်းသိမြင်မှုများကို ရှာဖွေတွေ့ရှိရန် စာသားမှတ်တမ်းတစ်ခုလုံးကို ပုံသဏ္ဌာန်ဆိုင်ရာ အကြောင်းအရာဖြင့် မြေပုံဆွဲပါ။BMKGENE သည် နမူနာများမှ ဇီဝဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုအထိ ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် တစ်နေရာတည်းတွင် မှတ်တမ်းတင်ခြင်းဆိုင်ရာ ဝန်ဆောင်မှုကို ပေးပါသည်။
Spatial transcriptomics နည်းပညာများသည် မတူညီကွဲပြားသောနမူနာများတွင် မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုပရိုဖိုင်ကို ကွဲပြားသောနမူနာများတွင် ကွဲပြားသောအကြောင်းအရာများဖြင့် ဖြေရှင်းခြင်းဖြင့် မတူကွဲပြားသော သုတေသနနယ်ပယ်တွင် ဆန်းသစ်သောအမြင်များကို အားကောင်းစေသည်.
Spatial transcriptome ချစ်ပ်- 10x Genomics Visium
ပလပ်ဖောင်း-Illumina NovaSeq 6000
-
အရှည်အပြည့် mRNA Sequencing-Nanopore
RNA sequence သည် ပြည့်စုံသော စာသားမှတ်တမ်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် အဖိုးမဖြတ်နိုင်သော ကိရိယာတစ်ခုဖြစ်သည်။သံသယမရှိပဲ၊ ရိုးရာအတိုချုံးဖတ်ခြင်း အစီအစဉ်သည် ဤနေရာတွင် များစွာအရေးကြီးသော ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုကို ရရှိခဲ့သည်မှာ သေချာပါသည်။မည်သို့ပင်ဆိုစေကာမူ၊ ၎င်းသည် full-length isoform identifications, quantification, PCR bias များတွင် ကန့်သတ်ချက်များနှင့် ကြုံတွေ့ရတတ်သည်။
နျူကလီးအိုတိုက်များကို DNA ပေါင်းစပ်ခြင်းမရှိဘဲ တိုက်ရိုက်ဖတ်နိုင်ပြီး ကီလိုဘေ့စ်ဆယ်ဂဏန်းဖြင့် ရှည်လျားသောဖတ်ခြင်းကို ထုတ်ပေးသောကြောင့် Nanopore sequencing သည် အခြားသော sequencing platform များနှင့် ကွဲပြားသည်။၎င်းသည် အစအဆုံး စာသားမှတ်တမ်းများကို တိုက်ရိုက်ဖတ်ရှုပြီး isoform အဆင့်လေ့လာမှုများတွင် စိန်ခေါ်မှုများကို ကိုင်တွယ်ဖြေရှင်းနိုင်စေပါသည်။
ပလပ်ဖောင်း:Nanopore PromethION
စာကြည့်တိုက်-cDNA-PCR
-
အစအဆုံး mRNA စီစစ်ခြင်း -PacBio
ဒီနိုဗိုfull-length transcriptome sequencing ဟုခေါ်သည်။ဒီနိုဗိုIso-Seq သည် PacBio sequencer ၏ အားသာချက်များကို ကွဲလွဲမှုမရှိဘဲ အစအဆုံး cDNA မော်လီကျူးများကို စီစစ်နိုင်စေသည့် အရှည်ဖတ်ဖြင့် PacBio sequencer ၏ အားသာချက်များကို ရယူသည်။၎င်းသည် စာသားစုစည်းမှု အဆင့်များတွင် ထုတ်ပေးသည့် အမှားအယွင်းများကို လုံးဝရှောင်ရှားပြီး unigene sets များကို isoform-level resolution ဖြင့် တည်ဆောက်သည်။ဤ unigene အစုံများသည် transcriptome-level တွင် "ကိုးကားသောဂျီနိုမ်" အဖြစ် အားကောင်းသော မျိုးရိုးဗီဇအချက်အလက်ကို ပေးဆောင်ပါသည်။ထို့အပြင်၊ နောက်မျိုးဆက်တစ်ခုစီဆက်ခြင်းဒေတာနှင့်ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့်၊ ဤဝန်ဆောင်မှုသည် isoform-level expression ၏တိကျသောပမာဏကို အားကောင်းစေသည်။
ပလပ်ဖောင်း- PacBio Sequel IIစာကြည့်တိုက်- SMRT ခေါင်းလောင်းစာကြည့်တိုက် -
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
mRNA စီစစ်ခြင်းသည် တိကျသောအခြေအနေများအောက်တွင် ဆဲလ်များမှကူးယူထားသော mRNA အားလုံးကို ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်နိုင်စေပါသည်။၎င်းသည် မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုပရိုဖိုင်၊ မျိုးဗီဇဖွဲ့စည်းပုံများနှင့် အချို့သောဇီဝဖြစ်စဉ်များ၏ မော်လီကျူးယန္တရားများကို ထုတ်ဖော်ပြသရန်အတွက် အစွမ်းထက်သောနည်းပညာတစ်ခုဖြစ်သည်။ယနေ့အထိ၊ mRNA sequencing ကို အခြေခံကျသော သုတေသန၊ ဆေးခန်းဆိုင်ရာ ရောဂါရှာဖွေမှု၊ ဆေးဝါးဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုစသည်ဖြင့် တွင်ကျယ်စွာ အသုံးပြုခဲ့သည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq 6000
-
အကိုးအကားမဟုတ်သော mRNA Sequencing-Illumina
mRNA စီစစ်ခြင်းသည် အချို့သော အထူးလုပ်ဆောင်ချက်များကို အသက်ဝင်နေသည့် သတ်သတ်မှတ်မှတ်ကာလတွင် messenger RNA(mRNA) ပုံစံ Eukaryote ကိုဖမ်းယူရန် မျိုးဆက်သစ်ဆက်ဆက်ခြင်းနည်းပညာ (NGS) ကို လက်ခံပါသည်။အရှည်လျားဆုံး စာသားတွဲစပ်ခြင်းကို 'Unigene' ဟုခေါ်ပြီး နောက်ဆက်တွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် ကိုးကားမှုအစီအစဥ်အဖြစ် အသုံးပြုကာ ကိုးကားစရာမလိုဘဲ မျိုးစိတ်များ၏ မော်လီကျူးယန္တရားနှင့် စည်းမျဉ်းကွန်ရက်ကို လေ့လာရန် ထိရောက်သောနည်းလမ်းတစ်ခုဖြစ်သည်။
စာသားမှတ်တမ်းပြီးနောက် စုစည်းမှုနှင့် unigene functional မှတ်ချက်
(1)SSR ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း၊ CDS ခန့်မှန်းခြင်းနှင့် မျိုးဗီဇဖွဲ့စည်းပုံတို့ကို ကြိုတင်ပြင်ဆင်ထားမည်ဖြစ်သည်။
(2) နမူနာတစ်ခုစီရှိ ယူနီဂျင်အသုံးအနှုန်း၏ အရေအတွက်ကို ဆောင်ရွက်ပေးပါမည်။
(၃) နမူနာ (သို့မဟုတ်) အုပ်စုများကြားတွင် ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော ယူနီဂျင်များကို တွေ့ရှိမည်
(4) ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော ယူနီဂျင်များ၏ အစုအစည်းများ၊ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မှတ်ချက်များနှင့် ကြွယ်ဝမှုဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို လုပ်ဆောင်ပါမည်။
-
ရှည်လျားသော coding sequencing-Illumina
Long-coding မဟုတ်သော RNAs (lncRNAs) သည် အရှည် 200 nt ထက် ကျော်လွန်သော RNA မော်လီကျူး အမျိုးအစားဖြစ်ပြီး၊ အလွန်နည်းသော ကုဒ်လုပ်နိုင်စွမ်းဖြင့် လက္ခဏာရပ်များဖြစ်သည်။LncRNA သည် ကုဒ်မဟုတ်သော RNAs တွင် အဓိကအဖွဲ့ဝင်အဖြစ်၊ အဓိကအားဖြင့် နျူကလိယနှင့် ပလာစမာတွင် တွေ့ရပါသည်။စီတန်းခြင်းနည်းပညာနှင့် ဇီဝသတင်းအချက်အလက်ဆိုင်ရာ ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုသည် မြောက်မြားစွာသော LncRNAs များကို ဖော်ထုတ်နိုင်စေပြီး ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ လုပ်ဆောင်ချက်များရှိသူများကို ချိတ်ဆက်ပေးသည်။စုဆောင်းထားသောအထောက်အထားများအရ lncRNA သည် epigenetic regulation၊ transcription regulation နှင့် post-transcription regulation တို့တွင် ကျယ်ပြန့်စွာပါဝင်နေကြောင်း အကြံပြုပါသည်။
